CC BY
22
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Мониторинг состава микробиома кишечника при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток: применение в клинической практике
Стома И.О.1, Усс М.А.2, Миланович Н.Ф.2, Стома В.О.1, Губанова Т.Н.2, Модулева Е.А.2
- Учреждение образования «Гомельский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Республики Беларусь, 246000, г. Гомель, Республика Беларусь
! Государственное учреждение «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии», 220045, г. Минск, Республика Беларусь
В настоящем исследовании в условиях реальной клинической практики изучен состав кишечного микробиома у пациентов при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток. В опубликованный этап работы включены 12 взрослых пациентов, перенесших аллогенную трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК). Методами графического и математического анализа выявлены закономерности изменения состава кишечного микробиома при ТГСК, что связано с обширной антибактериальной терапией и химиотерапией на протяжении госпитализации. Независимое от других клинико-лабораторных параметров снижение альфа-биоразнообразия кишечного микробиома подтверждено в мультивариантной математической модели. Полученные данные позволяют внедрить мониторинг состава микробиома как механизм стратификации пациентов при выполнении ТГСК в отношении рисков инфекционных осложнений и других неблагоприятных исходов трансплантации.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки. Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Вклад авторов. Концепция и дизайн исследования - Стома И.О., Усс М.А.; сбор и обработка материала - Усс М.А., Миланович Н.Ф., Губанова Т.Н., Модулева Е.А., Стома В.О.; статистическая обработка - Стома В.О.; написание текста - Стома И.О., Усс М.А., Губанова Т.Н.; редактирование - Стома И.О.
Для цитирования: Стома И.О., Усс М.А., Миланович Н.Ф., Стома В.О., Губанова Т.Н., Модулева Е.А. Мониторинг состава микробиома кишечника при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток: применение в клинической практике // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2022. Т. 11, № 2. С. 85-90. 001: https://doi.org/10.33029/2305-3496-2022-11-2-85-90
Статья поступила в редакцию 07.09.2021. Принята в печать 25.03.2022.
Ключевые слова:
микробиом; трансплантация; гемопоэтические стволовые клетки
Monitoring the composition of the intestinal microbiome in hematopoietic stem cell transplantation: application in clinical practice
Stoma I.O.1, Uss M.A.2, 1 Gomel State Medical University, 246000, Gomel, Republic of Belarus
Milanovich N.F.2, Stoma V.O.1, 2 Minsk Scientific and Practical Center for Surgery, Transplantology
Gubanova T.N.2, Moduleva E.A.2 and Hematology, 220045, Minsk, Republic of Belarus
In this study, the composition of the intestinal microbiome in patients with hematopoietic stem cell transplantation was studied in real clinical practice. The published stage of the study included 12 adult patients who underwent allogeneic HSCT. The methods of graphical and mathematical analysis revealed patterns of changes in the composition of the intestinal microbiome in HSCT, which is associated with extensive antibacterial therapy and chemotherapy during hospitalization. The decrease in the alpha biodiversity of the intestinal microbiome, independent of other clinical and laboratory parameters, was confirmed in a multivariate mathematical model. The data obtained make it possible to implement microbiome composition monitoring as a mechanism for stratification of patients during HSCT in relation to the risks of infectious complications and other adverse outcomes of transplantation.
Keywords:
microbiome; transplantation; hematopoietic stem cells
Funding. The study had no sponsor support.
Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest.
Contribution. The concept and design of the study - Stoma I.O., Uss M.A.; collection and processing of the material -Uss M.A., Milanovich N.F., Gubanova T.N., Moduleva E.A., Stoma V.O.; statistical processing - Stoma V.O.; writing of the text -Stoma I.O., Uss M.A., Gubanova T.N.; editing - Stoma I.O.
For citation: Stoma I.O., Uss M.A., Milanovich N.F., Stoma V.O., Gubanova T.N., Moduleva E.A. Monitoring the composition of the intestinal microbiome in hematopoietic stem cell transplantation: application in clinical practice. Infektsionnye bolezni: novosti, mneniya, obuchenie [Infectious Diseases: News, Opinions, Training]. 2022; 11 (2): 85-90. DOI: https://doi.org/10.33029/2305-3496-2022-11-2-85-90 Received 07.09.2021. Accepted 25.03.2022.
На протяжении последних двух десятилетий микробное сообщество, т.е. микробиом человека, был признан фундаментальным фактором, определяющим физиологию и патологию хозяина. Доказаны изменения спектра и характеристик микробиома в ряде инфекционных и неинфекционных заболеваний человека [1], а современные исследования вышли далеко за пределы классического понимания роли микроорганизмов в нормальной и патологической физиологии человека. Активное изучение микробиома кишечника началось с момента публикации «Наш другой геном» в журнале Nature [2], а внедрение в исследовательскую практику метода 16s рибосомной рибонуклеиновой кислоты (рРНК) секвенирования позволило идентифицировать различные бактерии и таксономический состав кишечного микробиома. Плотность микробиома кишечника в норме варьирует от 1013 до 1014 кл/г фекального материала более чем с 1000 видами бактерий [3]. Несмотря на значительное разнообразие видов микроорганизмов в составе микробиоты, большинство представителей принадлежит только к 4 типам в современной биологической систематике: Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria и Proteobacteria [3]. Типы Firmicutes и Bacteroidetes составляют более 90% бактериальной популяции в толстой кишке, где плотность микробиоты наибольшая [3]. При этом представители типов Actinobacteria и Proteobacteria практически всегда присутствуют в составе микробиоты в относительно невысоком количестве, последние обычно составляют до 1% [4].
Одна из наиболее изученных ролей микроорганизмов человека заключается в обеспечении защиты от бактериальных патогенов. Это особенно важно в условиях стационаров, чтобы предотвратить инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи, вызываемые бактериями, происходящими из желудочно-кишечного тракта (ЖКТ). Коммен-сальные представители микробиома способны исключить данные высокоустойчивые патогены из состава микробного сообщества ЖКТ, а также противостоять колонизации
de novo. Ранее были подробно обозначены методы и направления изучения микробиома в современной клинической медицине [1]. Дифференцированный микробиом и его роль в защите от инфекционных заболеваний особенно важны у пациентов с ослабленным иммунитетом. Известно, что наибольшая глубина и длительность поражения иммунной системы, а также восприимчивость к инфекционным агентам отмечаются у пациентов при выполнении трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (как периферических, так и костного мозга) [5]. Современные показания к трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (ТГСК) включают следующие заболевания: острый лимфобластный лейкоз, острый миелоидный лейкоз, хронический миелоидный лейкоз, миелодиспластический синдром, неходжкинские лимфомы, лимфому Ходжкина, множественную миелому. На модели иммуносупрессии при ТГСК получены многие основополагающие данные о микробиоме человека, обозначенные в первой русскоязычной монографии «Микробиом человека» [6]. Важно отметить, что вопрос биоразнообразия микробиома имеет несомненное клиническое значение, ведь на большой когорте трансплантационных пациентов был показан независимый эффект разнообразия микробиома на риск трансплант-ассоциированной летальности в течение нескольких лет после аллогенной ТГСК [7]. Биоразнообразие отражает количество различных видов/ операционных таксономических единиц (ОТЕ) бактерий в микробиоме.
Альфа-разнообразие - это множество разных видов в пределах биологического образца, что определяется индексами Чао 1, Шеннона, Симпсона. Бета-разнообразие -разнообразие видов между двумя биологическими образцами. Индекс Чао 1 - мера наблюдаемого/скрытого разнообразия; индекс Шеннона - мера разнообразия и плавности микробиома, где более высокий индекс соответствует большему разнообразию; индекс Симпсона -мера доминирования вида в образце [8]. Ранее были
доказаны таксономические ассоциации доминирования отдельных типов в микробиоме и развитии инфекций кровотока, что является верным как для грамотрицательных бактерий [4], так и для отдельных грамположительных микроорганизмов [9]. Более того, индекс биоразнообразия до процедуры проведения ТГСК был положительным прогностическим фактором успеха трансплантации [10].
Цель исследования - оценка параметров биоразнообразия кишечного микробиома и клинико-лабораторных данных в динамике у пациентов при выполнении ТГСК.
Материал и методы
За 2019-2021 гг. в протокол сбора и низкотемпературного замораживания образцов стула были включены взрослые пациенты (в возрасте 24-47 лет; медиана 34 года; интерквартильный интервал IQR 30 лет - 43 года; 50% женщин), госпитализированные для выполнения ТГСК на базе ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии» (Республика Беларусь). Протокол исследования был утвержден этической комиссией учреждения (протокол № 10, 2019). Исследование было зарегистрировано в международном реестре клинических исследований (идентификационный номер NCT04281797). Исследование было проведено в соответствии с Хельсинкской декларацией, а также критериями STROBE для обсервационных исследований. Финансирование исследования проводил Государственный комитет по науке и технологиям Республики Беларусь за счет средств государственной программы «Наукоемкие технологии и техника» на 20162020 гг. (раздел «Медицинские биотехнологии»), номер государственной регистрации 20200047 от 16.01.2020, а также при финансовой поддержке ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии».
Критерии включения в данное клиническое исследование: наличие >2 последовательных высококачественных секвенированных биологических образцов у одного пациента. Одним из условий был отбор первого образца до начала процедуры ТГСК, чтобы иметь базовую точку сравнения для каждого из участников. 2 других образца отбирали в ранний посттрансплантационный период, до 30 сут после ТГСК. Клинические и лабораторные данные (показатели общего, биохимического исследования крови, 3-часовой термометрии, данные клинического наблюдения, исследования прокальцитонина, маркеров грибковых инфекций, серологические маркеры инфекций, микробиологические посевы эпитопов и стерильных жидкостей организма, ультразвуковые и рентгенологические исследования) собирали у каждого из пациентов проспективно в рамках реальной клинической практики. Критериями реакции «трансплантат против хозяина» (РТПХ) были приняты определения NCCN v. 1.2021 [11]. Автоматические бактериологические системы «VITEK» (Biomerieux, Франция) в комбинации с MALDI-TOF масс-спектрометрией применяли для экспресс-идентификации патогенов. Среди клинических параметров в анализ были включены возраст, пол пациентов, основное заболевание, режим кондиционирования, источник гемо-поэтических стволовых клеток, время, продолжительность
и выбор антибиотиков, цитостатиков, характеристики трансплантации. Медиана наблюдения пациентов в исследовании составила 6 мес.
Технические и лабораторные процедуры. После экстракции и очищения дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) в каждом из биологических образцов, выполняли ПЦР-амплификацию V3-V4 региона гена 16SS рРНК с помощью модифицированных универсальных бактериальных прайме-ров (ILLumina, США). После индексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) каждой из ДНК был присвоен уникальный индекс, позволяющий идентифицировать ампликоны одного образца. В зависимости от потребностей покрытия можно было объединить до 96 образцов. Выделение тотальной ДНК из образцов стула проводили с помощью наборов QIAamp® PowerFecaL® DNA Kit (Qiagen, Нидерланды) на автоматической станции для выделения нуклеиновых кислот QIAcube (Qiagen, Нидерланды). Дальнейшую обработку образцов ДНК для приготовления 16S метагеномной библиотеки проводили в соответствии с инструкцией «16S Metagenomic Sequencing Library Preparation» от ILLumina. Секвенирование подготовленной метагеномной библиотеки проводили на платформе MiSeq ILLumina с использованием реагентов для секвенирования MiSeq v3 (600 циклов). Далее детально описаны лабораторные этапы исследования.
Основные характеристики пациентов в трансплантационном периоде (п=12)
Характеристика_| Абс.
Основное заболевание
• Лимфобластный лейкоз 4
• Миелобластный лейкоз 4
• Бифенотипический лейкоз 2
• Апластическая анемия 1
• Хронический миелоидный лейкоз 1
Режим кондиционирования
• Миелоаблативный 2
• Сниженной интенсивности 10
Режим профилактики РТПХ
• Циклоспорин + МТХ 2
• Такролимус + ММФ 9
• Циклоспорин + ГКС (апластическая анемия) 1
In vivo T-клеточная деплеция
• Антитимоцитарный глобулин 5
• Посттрансплантационный циклофосфан 4
РТПХ
• Острая 7
• Хроническая 2
Локализация РТПХ
• Кожа 7
• Слизистые 1
• Кишечник 3
• Печень 3
Степень РТПХ (по NCCN)
• Gr I 1
• Gr II 4
• Gr III 2
• Gr IV 2 Примечание. РТПХ - реакция «трансплантат против хозяина»; МТХ (Metotrexat) - метотрексат; ММФ - микофенолата мофе-тил; ГКС - глюкокортикостероиды.
3-
2-
1-
0-
30
40
Возраст, годы
— Женщины —Мужчины
Рис. 1. Исходное альфа-биоразнообразие (индекс Шеннона) кишечного микробиома в зависимости от пола и возраста пациентов перед процедурой трансплантации гемопоэтиче-ских стволовых клеток
Выделение тотальной ДНК из образцов стула проводили на автоматической станции QIAcube с использованием набора реагентов QIAamp PowerFecaL DNA Kit по протоколу IRT. Выделенную ДНК хранили при -20 °C. Измерение концентрации ДНК в образцах проводили на флюориметре Qubit 4.0 (Thermo Fisher Scientific, США) при помощи набора реагентов 1X dsDNA HS Assay Kit (100 исследований). Для консервативных V3-V4 участков гена 16S рРНК бактерий использовали рекомендованные ILLumina последовательности праймеров. Для наработки целевой ДНК полученную в результате выделения ДНК разводили до концентрации 5 нг/мкл и проводили амплификацию согласно инструкции «16S Metagenomic Sequencing Library Preparation» от ILLumina. С целью анализа длины ампликонов проводили электрофорез 4-5 мкл продукта ПЦР-1 в 2% агарозном геле. Очистку продукта ПЦР проводили с помощью набора Agencourt AMPure XP и магнитного штатива DynaMag-96 (Invitrogen, США) путем двойной отмывки раствором этанола 80%. Индексную ПЦР проводили с использованием набора IDT for ILLumina Nextera DNA UD Indexes (96 Indexes, 96 SampLes). Концентрацию ДНК рассчитывали согласно формуле, предложенной в инструкции «16S Metagenomic Sequencing Library Preparation» от ILLumina.
Филогенетическую классификацию до видового уровня выполняли на о^овании байесовской модели, а также базы данных рибосомальной РНК SILVA [12]. Сиквенс-последова-тельности группировали в ОТЕ на основании 97% идентичности. Общее количество генов 16S рРНК в расчете на 1 г биологического материала, т.е. меру бактериальной плотности, рассчитывали с помощью количественной ПЦР исходя из общего количества ДНК, выделенного из каждого образца. Индексы биоразнообразия, использованные в работе, включали индексы Шеннона, Симпсона, Чао 1 и обратный индекс Симпсона. Обработку и анализ массива клинических, лабораторных и филогенетических данных выполняли с помощью программного кода. Код был создан авторами примени-
тельно к данному исследованию на языке программирования R, в свободной программной среде вычислений с открытым исходным кодом в рамках проекта GNU (R DeveLopment Core Team, Vienna, Austria).
Статистические методы. Для оценки независимого характера различий в биоразнообразии микробиома на фоне процедуры ТГСК применяли байесовские непараметрические статистические методы, включая распределение Дирихле Dir (а), семейство непрерывных многомерных вероятностных распределений. UniFrac применяли как показатель расстояния, используемый для сравнения биологических сообществ. В качестве меры несходства был принят индекс Брея-Кертиса, используемый для количественной оценки композиционного несходства между двумя различными участками на основе подсчетов на каждом участке. Теоретической основой анализа в исследовании была принята байесовская модель.
Результаты и обсуждение
В пилотный этап исследования были включены 12 пациентов. У каждого было собрано не менее 2 образцов для исследования. В таблице представлены базовые клинические и демографические характеристики пациентов в исследовании.
Таким образом, острый лейкоз был наиболее распространенным показанием к выполнению трансплантации, в основном без минимальной остаточной болезни (МОБ; 6 из 8 больных). Использовали режимы кондиционирования, как миелоаблативные, так и режимы сниженной токсичности (преимущественно 10 из 12 случаев). Основным источником ГСК являлась периферическая кровь (в 11 из 12 случаев) от родственного (3 случая) и неродственного доноров (9 случаев). Преимущественно (в 7 случаях) трансплантация выполнялась пациентам в первой ремиссии. Ex vivo деплеция не применялась, однако при трансплантации от полностью совместимого неродственного донора использовали методику in vivo деплеции антитимоцитарным глобулином, а при частично совместимой трансплантации in vivo - деплецию посттрансплантационным циклофосфаном. Исходные характеристики биоразнообразия кишечного микробиома до процедуры ТГСК представлены на рис. 1.
Таким образом, мы видим, что наиболее высокие показатели разнообразия до ТГСК были отмечены у молодых женщин в возрасте около 30 лет. При эксплоративном анализе потенциальных факторов, влияющих на биоразнообразие микробиома, данных за существенные различия в зависимости от основной нозологии показано не было. Несомненно, важной задачей исследования было изучение того, как меняется биоразнообразие кишечного микробиома в динамике при проведении процедуры ТГСК. При графическом анализе внимание привлекло значительное снижение уровня альфа-биоразнообразия во 2-м и 3-м образцах в сравнении с исходным уровнем (рис. 2).
Для математического подтверждения наблюдаемого графически феномена, заключающегося в том, что при процедуре ТГСК существенно снижается альфа-биоразнообразие кишечного микробиома, была использована бай-
есовская непараметрическая модель Дирихле. Проверку нулевой гипотезы проводили путем исследования различий в среднем распределении каждого таксона по группам с учетом избыточной дисперсии. Авторы описывают этот тест как непараметрический аналог t-критерия для 2 выборок, но при этом оценивается, равны ли частоты таксонов, наблюдаемые в обеих группах метагеномных образцов (нулевая гипотеза). В настоящей работе проводили анализ на таксономических типах, но он может быть выполнен на любом таксономическом уровне, включая ОТЕ. По результатам анализа было доказано, что альфа-биоразнообразие кишечного микро-биома во 2/3-м образцах у пациентов при ТГСК достоверно и независимо ниже, чем до ТГСК, в 1-м образце (Xdc=72,93; p<0,001).
При более глубоком анализе динамики состава микро-биома стоит отметить, что, помимо снижения биоразнообразия, у части пациентов (3 пациента) происходит практически полное замещение микробиома одним таксономическим типом. Ранее Y. Taur и соавт. данный феномен обозначили как доминирование (замещение более 30% относительной плотности микробиома одним таксономическим типом) [13]. Более того, в отношении энтерококков это являлось независимым фактором риска энтерококковых инфекций.
Позже группой под руководством I. Stoma было доказано, что доминирование типа Proteobacteria в микробиоме кишечника является независимым фактором развития грам-отрицательных инфекций кровотока [4]. В рамках настоящего пилотного этапа исследования также обращено внимание на то, что в сравнении с микробиомом до ТГСК у ряда пациентов как раз и происходит нарастание относительной плотности типа Proteobacteria (5 образцов во второй группе и 5 образцов в третьей группе). Учитывая, что в нормальном микробиоме относительная плотность Proteobacteria, как правило, составляет до 1%, данные изменения можно назвать прогностически неблагоприятными. Более того, у 1 пациента в настоящем исследовании после ТГСК развился эпизод доминирования типа Proteobacteria, что стоит рассматривать как фактор предикции грамотрица-тельной инфекции и корректировать эмпирическую антибактериальную терапию с учетом этих данных. Интересно также отметить, что при снижении абсолютного содержания типа Bacteroidetes в микробиоме на протяжении ТГСК также снижалось и биоразнообразие внутри всего данного типа.
Заключение
Итак, в настоящем проспективном исследовании была выполнена динамическая оценка альфа-биоразнообразия кишечного микробиома в выборке взрослых пациентов при выполнении процедуры ТГСК. Графический и математический анализ сиквенс-данных в комплексе с клинико-лабораторными переменными позволил доказать, что альфа-биоразнообразие микробиома существенно и достоверно снижается при ТГСК в сравнении с базовым уровнем (Xdc 72,93; p<0,001; мультивариантный анализ распределения Дирихле). Ранее в литературе было обозначено, что пациенты с изначально более низким уровнем биораз-нобразия кишечного микробиома перед ТГСК отличаются
Чао 1
200-
S150-
CD =
S
а
=
S
CD СО
50-
I
0-
250-
200-
150-
100-
50-
АСЕ Шеннона Симпсона 1,00- .
1
4-
3-
2-
1-
0,50-
0,25-
0-
1 2 3
12 3 12 3 Номер образца
1 2 3
Рис. 2. Биоразнообразие образцов кишечного микробиома при трансплантации гемопоэтических стволовых клеток в динамике в зависимости от номера образца
более высоким уровнем 3-летней посттрансплантационной летальности [7, 10] с учетом прочих переменных. В выполненном исследовании, помимо снижения биоразнообразия, показана динамика соотношения основных таксономических типов в микробиоме на протяжении процедуры ТГСК и раннего пострансплантационного периода, а именно снижение относительной плотности представителей типа Bacteroidetes, c нарастанием представителей типа Рго1еоЬас-Ьепа. В одном из клинических случаев в исследовании уровень типа РгоЬеоЬасЬепа после ТГСК достиг доминирования, т.е. более 30%, что, по ранее опубликованным данным, является предиктором инфекций кровотока. Настораживает также то, что именно среди типа РгоЬеоЬасЬепа, по данным мирового мониторинга [14], встречается наибольшее количество проблемных микроорганизмов с высокой распространенностью генов множественной устойчивости к антибиотикам. Немаловажным является то, что нами на практике отработана методология мониторинга и оценки показателей биоразнообразия микробиома на протяжении процедуры ТГСК, что в перспективе позволит выделять и стратифицировать группы риска по инфекционным процессам, РТПХ и даже посттрансплантационной летальности.
Благодарность. Коллектив авторов выражает благодарность кандидату химических наук, доценту кафедры биоорганической химии УО «Белорусский государственный медицинский университет» А.С. Бабенко за научно-техническую и организационную помощь в проведении исследования.
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ
Стома Игорь Олегович (Igor O. Stoma) - доктор медицинских наук, профессор кафедры инфекционных болезней, ректор УО «Гомельский государственный медицинский университет», Гомель, Республика Беларусь E-mail: igor.stoma@gmaiL.com https://orcid.org/0000-0003-0483-7329
Усс Михаил Анатольевич (Michael A. Uss) - врач-гематолог гематологического отделения трансплантации костного мозга ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии», Минск, Республика Беларусь E-mail: mikhail.uss@mail.ru
Миланович Наталья Феодосьевна (Natalya F. Milanovich) - кандидат медицинских наук, врач-гематолог, заведующий гематологическим отделением трансплантации костного мозга ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии», Минск, Республика Беларусь E-mail: nataly.milanovich@gmail.com
Стома Валентина Олеговна (Valentina O. Stoma) - магистр биологических наук, инженер-программист высшей категории УО «Гомельский государственный медицинский университет», Гомель, Республика Беларусь E-mail: gsmu@gsmu.by
Губанова Татьяна Николаевна (Tatyana N. Gubanova) - врач лабораторной диагностики клинико-диагностической лаборатории службы трансплантации костного мозга ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии», Минск, Республика Беларусь E-mail: thubanava@tut.by
Модулева Екатерина Александровна (Ekaterina A. Moduleva) - врач лабораторной диагностики клинико-диагностической лаборатории службы трансплантации костного мозга ГУ «Минский научно-практический центр хирургии, трансплантологии и гематологии», Минск, Республика Беларусь E-mail: kmoduleva@mail.ru
ЛИТЕРАТУРА
1. Стома И.О. Микробиом в медицине : руководство для врачей. Москва : ГЭОТАР-Медиа, 2020. 320 с.
2. Zhao L. The tale of our other genome // Nature. 2010. Vol. 465, N 7300. P. 879-880.
3. Sender R., Fuchs S., Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body // PLoS Biol. 2016. Vol. 14. Article ID e1002533.
4. Stoma I., Littmann E.R., Peled J.U., Giralt S., van den Brink M.R.M., Pamer E.G. et al. Compositional flux within the intestinal microbiota and risk for bloodstream infection with gram-negative bacteria // Clin. Infect. Dis. 2021. Vol. 73, N 11. P. e4627-e4635. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa068
5. Sahin U., Toprak S.K., Atilla P.A., Atilla E, Demirer T. An overview of infectious complications after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation // J. Infect. Chemother. 2016. Vol. 22, N 8. P. 505-514.
6. Стома И.О., Карпов И.А. Микробиом человека. Минск : ДокторДизайн, 2018: 122 c.
7. Taur Y., Jenq R.R., Perales M.A., Littmann E.R., Morjaria S., Ling L. et al. The effects of intestinal tract bacterial diversity on mortality following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation // Blood. 2014. Vol. 124, N 7. P. 1174-1182. DOI: https://doi.org/10.1182/blood-2014-02-554725
8. Morgan X.C., Segata N., Huttenhower C. Biodiversity and functional genomics in the human microbiome // Trends Genet. 2013. Vol. 29, N 1. P. 51-58.
9. Ubeda C., Taur Y., Jenq R.R., Equinda M.J., Son T., Samstein M. et al. Van-comycin-resistant Enterococcus domination of intestinal microbiota is enabled by antibiotic treatment in mice and precedes bloodstream invasion in humans // J. Clin. Invest. 2010. Vol. 120, N 12. P. 4332-4341. DOI: https://doi.org/10.1172/ JCI43918
10. Taur Y., Jenq R.R., Ubeda C., van den Brink M., Pamer E.G. Role of intestinal microbiota in transplantation outcomes // Best Pract. Res. Clin. Haematol. 2015. Vol. 28, N 2-3. P. 155-161. DOI: https://doi.org/10.1016/j.beha.2015.10.013
11. Treatment by Cancer Type [Electronic resource]. NCCN. URL: https://www. nccn.org/guidelines/category_1 (дата обращения: 04.09.2021)
12. Yilmaz P., Parfrey L.W., Yarza P., Gerken J., Pruesse E., Quast C. et al. The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42. P. D643-D648. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/ gkt1209
13. Taur Y., Xavier J.B., Lipuma L., Ubeda C., Goldberg J., Gobourne A. et al. Intestinal domination and the risk of bacteremia in patients undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation // Clin. Infect. Dis. 2012. Vol. 55, N 7. P. 905-914. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/cis580
14. ResistanceMap [Electronic resource]. URL: https://resistancemap.cddep. org/ (дата обращения: 04.09.2021)
REFERENCES
1. Stoma I.O. Microbiome In medicine: A guide for doctors. Moscow: GEOTAR-Medla, 2020: 320 p. (in Russian)
2. Zhao L. The tale of our other genome. Nature. 2010; 465 (7300): 879-80.
3. Sender R., Fuchs S., Milo R. Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body. PLoS Biol. 2016; 14: e1002533.
4. Stoma I., Littmann E.R., Peled J.U., Giralt S., van den Brink M.R.M., Pamer E.G., et al. Compositional flux within the intestinal microbiota and risk for bloodstream infection with gram-negative bacteria. Clin Infect Dis. 2021; 73 (11): e4627-35. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/ciaa068
5. Sahin U., Toprak S.K., Atilla P.A., Atilla E, Demirer T. An overview of infectious complications after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. J Infect Chemother. 2016; 22 (8): 505-14.
6. Stoma I.O., Karpov I.A. The human microbiome. Minsk: DoktorDizayn, 2018: 122 p. (in Russian)
7. Taur Y., Jenq R.R., Perales M.A., Littmann E.R., Morjaria S., Ling L., et al. The effects of intestinal tract bacterial diversity on mortality following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. Blood. 2014; 124 (7): 1174-82. DOI: https://doi. org/10.1182/blood-2014-02-554725
8. Morgan X.C., Segata N., Huttenhower C. Biodiversity and functional genomics in the human microbiome. Trends Genet. 2013; 29 (1): 51-8.
9. Ubeda C., Taur Y., Jenq R.R., Equinda M.J., Son T., Samstein M., et al. Vancomycln-reslstant Enterococcus domination of intestinal microbiota is enabled by antibiotic treatment in mice and precedes bloodstream invasion in humans. J Clin Invest. 2010; 120 (12): 4332-41. DOI: https://doi.org/10.1172/ JCI43918
10. Taur Y., Jenq R.R., Ubeda C., van den Brink M., Pamer E.G. Role of intestinal microbiota in transplantation outcomes. Best Pract Res Clin Haematol. 2015; 28 (2-3): 155-61. DOI: https://doi.org/10.1016Zj.beha.2015.10.013
11. Treatment by Cancer Type [Electronic resource]. NCCN. URL: https://www.nccn.org/guidelines/category_1 (date of access September 4, 2021)
12. Yilmaz P., Parfrey L.W., Yarza P., Gerken J., Pruesse E., Quast C., et al. The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks. Nucleic Acids Res. 2014; 42: D643-8. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkt1209
13. Taur Y., Xavier J.B., Lipuma L., Ubeda C., Goldberg J., Gobourne A., et al. Intestinal domination and the risk of bacteremia in patients undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. Clin Infect Dis. 2012; 55 (7): 905-14. DOI: https://doi.org/10.1093/cid/cis580
14. ResistanceMap [Electronic resource]. URL: https://resistancemap.cddep. org/ (date of access September 4, 2021)
