CC BY
152
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Молекулярно-биологический мониторинг возбудителей гнойного бактериального менингита на современном этапе
Матосова С.В.1, Миронов К.О.1, Платонов А.Е.1, Шипулина О.Ю.1, Шипулин Г.А.1, Нагибина М.В.2, Венгеров Ю.Я.2
ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва
: ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России
В статье представлены результаты эпидемиологического мониторинга за возбудителями гнойных бактериальных менингитов. Проведен анализ этиологической структуры гнойных бактериальных менингитов и эпидемиологических особенностей менингококковой и пневмококковой инфекции. Рассмотрена серо-групповая характеристика N. meningitidis, серотиповая структура S. pneumoniae и приведены результаты мультилокусного секвенирования-типирования штаммов N. meningitidis. Обоснована роль молекулярно-биологических методов типирования в эпидемиологическом мониторинге возбудителей гнойных бактериальных менингитов.
Ключевые слова:
бактериальные менингиты, генерализованная менингококковая инфекция, N. meningitidis, S. pneumoniae, полимеразная цепная реакция, мультилокусное секвенирование-типирование
Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. 2018. Т. 7. № 1. С. 93-99.
Статья поступила в редакцию: 23.10.2017. Принята в печать: 08.12.2017.
Molecular biological monitoring of purulent bacterial meningitispathogens at the present stage
Matosova S.V.1, Mironov K.O.1, 1 Central Research Institute of Epidemiology, Moscow
PlatonovA.E.1, Shipulina O.Yu.1, 2 A.I. Yevdokimov Moscow State University of Medicine and Dentistry Shipulin G.A.1, Nagibina M.V.2, of the Ministry of Healthcare of the Russian Federation
Vengerov Yu.Ya.2
The work gives the results ofthe epidemiological monitoring of purulent bacterial meningitispathogens. It shows the etiology of purulent bacterial meningitides and the epidemiological features of meningococcal and pneumococcal infections.The serogroup characteristics of N. meningtidis, the serotype structure of S. pneumoniae andthe results of multilocus sequence typing of N. meningtidis were analyzed in this work. In this work was demonstrated the role of molecular typing methods in epidemiological surveillance for pathogens of purulent bacterial meningitis.
Keywords:
bacterial meningitis, generalized meningococcal disease, N. meningitidis, S. pneumoniae, polymerase chain reaction, multilocus sequence typing
Infectious Diseases: News, Opinions, Training. 2018; 7 (1): 93-9.
Received: 23.10.2017. Accepted: 08.12.2017.
Гнойные бактериальные менингиты (ГБМ) - группа тяжелых инфекционных заболеваний центральной нервной системы (ЦНС). На долю ГБМ приходится 33% всех инфекционных поражений ЦНС [1]. Актуальность проблемы ГБМ определяется высокими показателями заболеваемости, длительными сроками госпитализации, риском неврологических осложнений и стабильно высокими показателями летальности. Среди различных этиологических форм ГБМ высокую медицинскую и социально-экономическую значимость представляют генерализованные формы менингококковой инфекции (ГФМИ) в связи с тем, что, несмотря на относительно низкий уровень заболеваемости, суммарный экономический ущерб от всех зарегистрированных случаев ГФМИ в течение года значительно превосходит таковой от многих других инфекционных заболеваний [2].
Наиболее часто ГБМ вызывают N. meningitidis, H. influenzae, S. pneumoniae, которые ответственны за 85% этиологически расшифрованных случаев заболевания [3]. Важным инструментом эпидемиологического надзора за ГБМ является определение этиологического агента [4], что также имеет важное клиническое значение с точки зрения выбора тактики терапии. Перспективным методом для диагностики ГБМ в настоящее время является определение специфических фрагментов ДНК возбудителей в биологическом материале (БМ) с использованием полимераз-ной цепной реакции (ПЦР) [5, 6]. Использование методик, основанных на ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации в режиме реального времени (ПЦР-РРВ), позволяет одновременно определять специфические фрагменты ДНК нескольких возбудителей. В России зарегистрированы следующие наборы реагентов для постановки ПЦР: «АмплиСенс® N. meningitidis/ H. influenzae/S. pneumoniae-FL» (РУ № ФСР 2011/12380 от 25.11.2011) для выявления N. meningitidis, S. pneumoniae и H. influenzae, а также для определения других микроорганизмов, способных вызвать ГБМ, в числе которых, например, L. monocytogenes, S. aureus (РУ № РЗН 2015/3111 от 18.09.2015 и № ФСР 2012/13998 от 29.10.2012).
Поскольку далеко не все представители видов N. meningitidis и S. pneumoniae способны вызвать ГБМ, важным направлением при проведении эпидемиологического надзора является молекулярно-биологический мониторинг, включающий идентификацию возбудителей генерализованных
форм инфекции, в том числе обладающих резистентностью к антибактериальным препаратам, и выявление их принадлежности к отдельным клонам или клональным комплексам. С этой целью используют ряд методических подходов, позволяющих определить антигенную и генетическую характеристики бактерий. Молекулярно-биологические методы могут быть использованы при проведении как проспективного, так и ретроспективного эпидемиологического анализа ГБМ [7-10].
Характеристика антигенных свойств капсульных полисахаридов N. meningitidis, S. pneumoniae и H. influenzae является ключевым элементом внутривидовой классификации этих бактерий и основным объектом детекции при проведении микробиологического мониторинга циркулирующих возбудителей, проводимых в рамках эпидемиологического надзора за ГБМ. Известно, что среди бактерий вида H. influenzae возбудителем ГБМ является только 1 серо-тип - H. influenzae типа b, выявление которого позволяет подтвердить этиологию заболевания. В то же время при проведении микробиологического мониторинга штаммов N. meningitidis и S. pneumoniae как этиологических агентов ГБМ возникает необходимость в определении нескольких серологических вариантов капсульного полисахарида.
Распространенным способом проведения генетической характеристики возбудителей ГБМ является метод мультило-кусного секвенирования-типирования (МЛСТ), основанный на секвенировании нуклеотидных последовательностей нескольких генов «домашнего хозяйства»*. Метод МЛСТ демонстрирует высокую дискриминирующую способность по сравнению с традиционными микробиологическими, серологическими методами и позволяет объединять результаты в общедоступную базу данных PubMLST через Интернет, что дает возможность сопоставлять данные, полученные исследователями на разных территориях и проводить оценку их эпидемической опасности. Применение метода МЛСТ N. meningitidis успешно зарекомендовало себя при характеристике основных возбудителей ГБМ на территории России [11-14].
Цель работы - определение этиологической структуры ГБМ, анализ результатов молекулярно-биологического мониторинга штаммов N. meningitidis и S. pneumoniae с характеристикой клональных комплексов N. meningitidis, в том числе штаммов клонального комплекса ST-11 compLex/ET-37, с помощью массового параллельного секвенирования.
* - Гены «домашнего хозяйства» (англ. housekeeping genes) - это гены, необходимые для поддержания важнейших жизненных функций микро-/макроорганизма.
Материал и методы
В рамках проведенной работы были исследованы образцы биологического материала (кровь и спинномозговая жидкость) от 468 пациентов с ГБМ. Все пациенты, включенные в исследование, проходили стационарное лечение в ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 2» Департамента здравоохранения г. Москвы с июня 2011 г. по январь 2017 г.
Для экстракции ДНК из образцов биологического материала использовали набор реагентов РИБО-преп (производство ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора). Для определения ДНК возбудителей ГБМ применяли набор реагентов «АмплиСенс® N. meningitidis/H. influenzae/ S. pneumoniae-FL» РУ № ФСР 2011/12380 от 25.11.2011 (производство ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора). Для определения серогрупповой принадлежности менингококков, обнаруженных в образцах от 272 пациентов, использовали разработанную в ФБУН «Центральный на-
учно-исследовательский институт эпидемиологии» Ро-спотребнадзора методику на основе ПЦР-РРВ для определения серогрупп А, В, С и W N. meningitidis [15]. Серотип S. pneumoniae, обнаруженных в биологическом материале от 46 пациентов, определяли с помощью метода на основе ПЦР-РРВ, позволяющего дифференцировать 16 сероти-пов S. pneumoniae, входящих в состав 10- и тринадцативалентных вакцин, разработанного в ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Ро-спотребнадзора [16]. Данный метод регулярно применяют в ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 2» Департамента здравоохранения г. Москвы при проведении моле-кулярно-биологического мониторинга возбудителей ГБМ [17-21]. Амплификацию проводили на приборах RotorGene 3000/6000 (Corbettr Research, Австралия). МЛСТ осуществляли согласно международным требованиям по методике К.О. Миронова и соавт. [14]. Секвенирование проводили с помощью реагентов и оборудования фирмы «Applied Biosystems» (США). Массовое параллельное секвенирование проводили на платформе MiSeq c использованием набора MiSeqReagentKitv2, 500-cycles («Illumina», США).
Этиологическая структура гнойных бактериальных менингитов (ГБМ) [22-25]
Пациенты Число Возбудители ГБМ Период наблюдения,
расшифрованных N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae годы/источник
случаев ГБМ, абс.(%) абс. (%) абс. (%) тип b, абс. (%) литературы
Дети (n=133) 56 (42) 35 (63) 6 (11) 15 (26) 2012-2013 [22]
Взрослые (n=162) 121 (75) 76 (63) 40 (33) 1 (1) 2011-2013 [23]
Дети (n=44) 29 (66) 20 (68) 3 (10) 6 (21) 2014 [24]
Взрослые (n=49) 43 (88) 29 (68) 13 (30) 0 (0) 2014 [24]
Взрослые и дети (n=80) 58 (73) 33 (57) 21 (36) 2 (3) 2016 [25]
%
100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0
I
Н
3 10
19 22
46
2012 (n=59)
ш
1
3
4
27 25
41
2013 (n=56)
ш
2
17 13
29
39
2014 (n=52)
I
2
13 22
32
31
2015 (n=68)
I
30
16
pH;
41
13
2016 (n=37)
ED A DB
C □ W
l N. meningitidis других серогрупп
Серогрупповая характеристика N. meningitidis, выделенных от пациентов с генерализованными формами менингококковой инфекции с 2012 по 2016 г. [20, 26]
0
Результаты и обсуждение
По данным исследований, проведенных в ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора в разные годы, большинство случаев ГБМ с установленным этиологическим агентом приходится на долю N. meningitidis, который с одинаковой частотой вызывает ГФМИ у взрослых и детей [22-25]. На втором месте в качестве этиологического агента ГБМ у взрослых пациентов находится S. pneumoniae, в то время как у детей - H. influenzae типа b; при этом значительная доля случаев ГБМ остается нерасшифрованной. Этиологическая структура ГБМ у пациентов, госпитализированных на протяжении 2011-2016 гг. в ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 2» Департамента здравоохранения г. Москвы, представлена в таблице.
Разработанная методика позволила определить серо-группу N. meningitidis в 98% случаев ГФМИ [15, 26]. По данным проведенных исследований [20, 26], на территории Москвы в течение последних 5 лет наблюдается устойчивая тенденция к снижению удельного веса N. meningitidis серо-группы А, в 2014-2015 гг. - повышение доли N. meningitidis B и W серогрупп. При этом колебание доли N. meningitidis се-рогруппы C не позволяет говорить о каких-либо выраженных закономерностях (см. рисунок).
Полученные данные свидетельствуют о том, что на территории Москвы происходит смена доминирующей серогруппы N. meningitidis. В то же время эпидемиологическую настороженность вызывает увеличение доли N. meningitidis серогруппы W (до 30%), учитывая, что менингококк данной серогруппы неоднократно выделяли в течение эпидемических подъемов заболеваемости во многих странах мира [27-29]. В связи с этим возникает необходимость проведения дополнительных исследований, направленных на определение генетических характеристик менингококка и идентификацию гипервирулентных клональных комплексов N. meningitidis, ассоциированных с осложнением эпидемической обстановки.
В рамках молекулярно-биологического мониторинга штаммов S. pneumoniae, циркулировавших на территории Москвы с 2011 по 2014 г., исследованы 46 образцов ДНК возбудителя, полученных от пациентов с ГБМ [21]. В 31 (67%) образце ликвора был определен серо-тип пневмококка. Выявлено следующее распределение серотипов: 6 образцов ликвора содержали специфические фрагменты ДНК пневмококка серотипа 23F, 4 - серо-типа 14, по 3 образца содержали ДНК серотипов 6BA и 18, по 2 образца - серотипов 4, 7FA, 11AD, 19F, 15AF, по одному -серотипов 1, 3, 5, 18 и 19A. Специфические фрагменты ДНК пневмококка серотипов 2, 9VA и 9NL не обнаружены.
Большое значение исследователи придают изучению характеристик штаммов N. meningitidis серогруппы A, поскольку подъемы заболеваемости ГФМИ в России в предыдущие годы были связаны с циркуляцией менингококка этой серогруппы. В связи с этим было проведено исследование генетических свойств 20 образцов, содержащих ДНК N. meningitidis серогруппы А методом МЛСТ. В связи с увеличением доли менингококка серогруппы W в этиологической структуре ГФМИ были исследованы 18 образ-
цов, содержащих ДНК N. meningitidis этой серогруппы. Все образцы были получены от пациентов с ГФМИ, проходивших стационарное лечение с июня 2011 г. по декабрь 2015 г. [26]. Большинство штаммов менингококка серогруппы A имели сиквенс-тип ST-75 (19 образцов из 20), при этом все они принадлежали к клональному комплексу ST-1 complex/subgroup I/II, генетической субгруппе Х. Циркуляция менингококка серогруппы А, входящего в данный кло-нальный комплекс, характерна для межэпидемического периода и не ассоциирована с осложнениями эпидемической обстановки.
При проведении МЛСТ штаммов менингококка серогруппы W в 8 образцах из 10 была обнаружена ДНК, относящаяся к клональному комплексу ST-11 complex/ET-37 complex и в подавляющем большинстве имеющая сиквенс-тип ST-11 (15 образцов). Однократно были определены 2 новых сиквенс-типа, не встречавшихся ранее: ST-11585 и ST-11589. Клональный комплекс ST-11 complex/ET-37 complex является вторым по величине клональным комплексом, характерным для зарубежных штаммов, а входящие в этот клональный комплекс N. meningitidis неоднократно выделяли в периоды эпидемического неблагополучия в разных странах. Выявление представителей данного гипервирулентного клонального комплекса диктует необходимость более широкой генетической характеристики этих штаммов.
Для поиска маркеров, ассоциированных с повышенными вирулентными свойствами отдельных представителей клонального комплекса ST-11/ET-37, был использован метод массового параллельного секвенирования [30]. Использование данного метода позволяет увеличить объем получаемых данных и дискриминирующую способность генотипирова-ния. Данный подход обладает большими возможностями для идентификации наиболее эпидемически опасных клонов, которые предположительно могут обладать селективными преимуществами и эволюционировать внутри клональных комплексов, обозначаемых с помощью метода МЛСТ. Проведено генотипирование с помощью массового параллельного секвенирования 4 образцов ДНК N. meningitidis серогруппы W, полученных от пациентов с ГФМИ. Результаты исследования позволяют считать, что на территории Москвы в 2016 г. циркулировали как минимум 2 клона N. meningitidis серогруппы W, входящие в клональный комплекс ST-11 complex/ ET-37 complex.
Заключение
Дальнейшие исследования должны быть направлены на повышение уровня этиологической расшифровки ГБМ путем расширения спектра определенных возбудителей ГБМ с разработкой новых диагностических наборов реагентов на основе ПЦР-РРВ. В рамках оперативного эпидемиологического надзора важно продолжать наблюдение за изменениями в се-рогрупповой структуре N. meningitidis и соотношением серотипов S. pneumoniae. Необходим дальнейший молекулярно-биологический мониторинг за гипервирулентными клонами менингококков серогруппы W с помощью метода МЛСТ и массового параллельного секвенирования для оценки эпидемической обстановки на наблюдаемой территории.
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ
Матосова Светлана Владимировна - младший научный сотрудник отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва Е-таН: [email protected], [email protected]
Миронов Константин Олегович - кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва E-maiL: [email protected]
Платонов Александр Евгеньевич - доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией эпидемиологии природно-очаговых инфекций ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва E-maiL: [email protected]
Шипулина Ольга Юрьевна - кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник, руководитель лаборатории молекулярных методов отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва E-maiL: [email protected], [email protected]
Шипулин Герман Александрович - кандидат медицинских наук, руководитель отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, Москва E-maiL: [email protected]
Нагибина Маргарита Васильевна - доктор медицинских наук, доцент кафедры инфекционных болезней и эпидемиологии ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России E-maiL: [email protected]
Венгеров Юрий Яковлевич - доктор медицинских наук, профессор кафедры инфекционных болезней и эпидемиологии ФГБОУ ВО «Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова» Минздрава России E-maiL: [email protected]
ЛИТЕРАТУРА
1. Филатова Т.Г. Бактериальные гнойные менингиты : учебное пособие для студентов 6-го курса (специальности 060101 «Лечебное дело», 060103 «Педиатрия»). Петрозаводск : Изд-во ПетрГУ, 2014. 42 с.
2. Шаханина И.Л. Экономическая значимость менингококковой инфекции в современной России // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2009. № 4. C. 4-5.
3. Королева М.А., Белошицкий Г.В., Закроева И.М., Королева И.С. Этиологическая структура гнойных бактериальных менингитов в Российской Федерации в 2013 году // Материалы VII Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням с международным участием. М., 2015. С. 169-170.
4. Королева И.С., Белошицкий Г.В. Менингококковая инфекция и гнойные бактериальные менингиты: руководство по лабораторной диагностике / под ред. В.И. Покровского. М., 2007. 112 с.
5. Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Королева И.С., Шипулина О.Ю. Перспективы диагностики бактериальных менингитов // Журн. микробиол. 1999. № 2. С. 71-76.
6. Тютюнник Е.Н. Использование полимеразной цепной реакции для диагностики и прогнозирования течения менингитов : дис. ... канд. мед. наук. М., 2001. 143 с.
7. Миронов К.О., Животова В.А., Матосова С.В., Шипулина О.Ю. и др. Генотипирование Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году // Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». М., 2017. Т. 1. С. 223-225.
8. Миронов К.О., Королева М.А., Платонов А.Е., Королева И.С. и др. Генетическое типирование Neisseria meningitidis, циркулирующих в регионах России // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2013. № 2. С. 36-40.
9. Королева И.С., Покровский В.И., Миронов К.О., Платонов А.Е. и др. Эпидемиологический мониторинг за гнойными бактериальными менингитами в историческом и современном аспектах // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2014. № 2. С. 52-56.
10. Achtman M., van der Ende A., Zhu P. et al. Molecular epidemiology of serogroup a meningitis in Moscow, 1969 to 1997 // Emerg. Infect. Dis. 2001. Vol. 7, N 3. P. 420-427.
11. Миронов К.О., Шипулин Г.А., Королева И.С., Платонов А.Е. Генотипирование Neisseria meningitidis // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2009. № 4. С. 18-21.
12. Миронов К.О., Платонов А.Е., Королева И.С., Тагаченкова Т.А. и др. Генетическая характеристика московских штаммов Neisseria meningitidis // Клин. микробиол. и антимикроб. химиотер. 2011. Т. 13. № 2. С. 135-148.
13. Миронов К.О. Клональные комплексы Neisseria meningitidis, циркулирующие на территории России, и их роль в эпидемическом процессе менингококковой инфекции // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016. № 6. С. 52-61.
14. Миронов К.О., Платонов А.Е., Королева И.С., Шипулин Г.А. Анализ московской популяции штаммов Neisseria meningitidis методом мультилокусного секвенирования-типирования // Журн. микробиол. 2006. № 2. С. 31-36.
15. Миронов К.О., Платонов А.Е., Дрибноходова О.П., Кусева В.И. и др. Методика для определения серогрупп A, B, C и W Neisseria menin-gitides методом ПЦР в режиме реального времени // Журн. микробиол. 2014. № 6. С. 35-42.
16. Миронов К.О., Платонов А.Е., Дунаева Е.А., Шипулин Г.А. Разработка и клиническая апробация методики для определения серотипов Streptococcus pneumoniae методом ПЦР в режиме реального времени // Материалы VIII Всероссийской научно-практической конференции
с международным участием «Молекулярная диагностика 2014». М., 2014. С. 418-419.
17. Миронов К.О., Матосова С.В., Дрибноходова О.П., Шипулина О.Ю. и др. Определение серогрупп Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2012-2013 гг., с помощью ПЦР в режиме реального времени // Материалы VIII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2014». М.,
2014. С. 417-418.
18. Миронов К.О., Матосова С.В., Паркина Н.В., Шипулина О.Ю. и др. Определение серогрупп Neisseria meningitidis, выделенных из биологического материала пациентов с генерализованными формами менингококковой инфекции методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // Материалы VII Ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням с международным участием. М.,
2015. С. 215-216.
19. Матосова С.В., Миронов К.О., Смирнова В.С., Шипулина О.Ю. и др. Определение серогрупп Neisseria meningitidis, выделенных из биологического материала пациентов с генерализованными формами менингококковой инфекции на территории Москвы в 2015 году, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // Материалы VIII Ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням с международным участием. М., 2016. С. 178.
20. Матосова С.В., Миронов К.О., Смирнова В.С., Шипулина О.Ю. и др. Характеристика серогруппового распределения Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году // Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». М., 2017. С. 240-241.
21. Миронов К.О., Матосова С.В., Паркина Н.В., Шипулина О.Ю. и др. Определение серотипов Streptococcus pneumoniae, выделенных из образцов спинномозговой жидкости пациентов с гнойными менингитами, методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // Материалы VII Ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням с международным участием. М., 2015. С. 224-225.
REFERENCES
1. Filatova T.G. Bacterial purulent meningitis: textbook for students of the 6th year (specialty 060101 "General Medicine", 060103 "Pediatrics"). Petrozavodsk: Publishing house ofPetrozavodsk State University; 2014: 42 p. (in Russian)
2. Shakhanina I.L. Economic implication of meningococcal infection in today's Russia. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni [Epidemiology and Infectious Diseases]. 2009; (4): 4-5. (in Russian)
3. Koroleva M.A., Beloshitskiy G.V., Zakroeva I.M., Koroleva I.S. Etiological structure of purulent bacterial meningitis in the Russian Federation in 2013. In: Materials of the VII Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases with International Participation. Moscow, 2015: 169-70. (in Russian)
4. Koroleva I.S., Beloshitskiy G.V. Meningococcal infection and purulent bacterial meningitis: a guideline for laboratory diagnosis. Edited by Pokrovsky V.I. Moscow, 2007: 112 p. (in Russian)
5. Platonov A.E., Shipulin G.A., Koroleva I.S., Shipulina O.Yu. The prospects for the diagnosis of bacterial meningitis. Zhurnal mikrobiologii, epi-
22. Матосова С.В., Ракчеева О.В., Шипулина О.Ю., Платонов А.Е. и др. Этиологическая диагностика менингитов и менингоэнцефалитов у детей методом ПЦР // Материалы VIII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2014». М., 2014. С. 422-423.
23. Матосова С.В., Паркина Н.В., Шипулина О.Ю., Платонов А.Е. и др. Расшифровка этиологии менингитов, менингоэнцефалитов и энцефалитов методом ПЦР // Материалы VIII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2014». М., 2014. С.424-425.
24. Матосова С.В., Паркина Н.В., Шипулина О.Ю., Чернышов Д.В. и др. Этиологическая диагностика гнойных менингитов и менингоэнцефалитов методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // Материалы VII Ежегодного Всероссийского конгресса по инфекционным болезням с международным участием. М., 2015. С. 216.
25. Матосова С.В., Смирнова В.С., Шипулина О.Ю. Молекулярно-био-логические методы в этиологической диагностике гнойных менингитов и менингоэнцефалитов // Лаб. служба. 2017. T. 6, № 3. С. 98.
26. Матосова С.В., Миронов К.О., Платонов А.Е., Шипулина О.Ю. и др. Молекулярно-биологический мониторинг Neisseria meningitidis на территории Москвы в период с 2011 по 2015 г. // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016. № 2. С. 4-9.
27. Aguilera J.-F., Perrocheau A., Meffre C. et al. Outbreak of Serogroup W135 Meningococcal Disease after the Hajj Pilgrimage, Europe, 2000 // Emerg. Infect. Dis. 2002. Vol. 8, N 8. P. 761-767.
28. Mustapha M.M., Marsh J.W., Harrison L.H. Global epidemiology of capsular group W meningococcal disease (1970-2015): Multifocal emergence and persistence of hypervirulent sequence type (ST)-11 clonal complex // Vaccine. 2016. Vol. 34, N 13. P. 1515-1523.
29. Mayer L.W., Reeves M.W., Al-Hamdan N. et al. Outbreak of W135 meningococcal disease in 2000: not emergence of a new W135 strain but clonal expansion within the electrophoretic type-37 complex // J. Infect. Dis. 2002. Vol. 185, N 11. P. 1596-1605.
30. Миронов К.О., Животова В.А., Матосова С.В., Кулешов К.В. и др. Характеристика Neisseria meningitides серогруппы W, циркулирующих на территории Москвы, с помощью массового параллельного секвенирования // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2017. № 4. (95). С. 33-37.
demiologii i immunobiologii [Journal of Mikrobiology, Epidemiology and Immunobiology]. 1999; (2): 71-6. (in Russian)
6. Tyutyunnik E.N. Use of polymerase chain reaction for diagnosis and prognosis of meningitis: Dissertation. Moscow, 2001: 143 p. (in Russian)
7. Mironov K.O., Zhivotova V.A., Matosova S.V., Shipulina O.Yu., et al. Genotyping of Neisseria meningitidis, which caused generalized forms of meningococcal infection in the Moscow territory in 2016. In: Proceedings of the 9th All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation «Molecular Diagnostics 2017». Moscow, 2017; 1: 223-5. (in Russian)
8. Mironov K.O., Koroleva M.A., Platonov A.E., Koroleva I.S., et al. Genetic typing of Neisseria meningitidis circulating in the regions of Russia. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual'nye voprosy [Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items]. 2013; (2): 36-40. (in Russian)
9. Koroleva I.S., Pokrovskiy V.I., Mironov K.O., Platonov A.E., et al. Epidemiological monitoring of purulent bacterial meningitides: Historical and present-day aspects. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual'nye
voprosy [Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items]. 2014; (2): 52-6. (in Russian)
10. Achtman M., van der Ende A., Zhu P., et al. Molecular epidemiology of serogroup a meningitis in Moscow, 1969 to 1997. Emerg Infect Dis. 2001; 7 (3): 420-7.
11. Mironov K.O., Shipulin G.A., Koroleva I.S., Platonov A.E. Geno-typing of Neisseria meningitides. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni [Epidemiology and Infectious Diseases]. 2009; (4): 18-21. (in Russian)
12. Mironov K.O., Platonov A.E., Koroleva I.S., Tagachenkova T.A., et al. Genetic Characteristics of Neisseria meningitidis Strains in Moscow. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya [Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy]. 2011; 13 (2): 135-48. (in Russian)
13. Mironov K.O. Clonal complex of Neisseria meningitidis, circulating in the regions of Russia and their role in epidemic process of meningococcal infection. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual'nye voprosy [Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items]. 2016; (6): 52-61. (in Russian)
14. Mironov K.O., Platonov A.E., Koroleva I.S., Shipulin G.A. Analysis of the Moscow population of Neisseria meningitidis strains by the method of multilocus sequencing-typing. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii [Journal of Mikrobiology, Epidemiology and Immunobi-ology]. 2006; (2): 31-6. (in Russian)
15. Mironov K.O., Platonov A.E., Dribnokhodova O.P., Kuseva V.I., et al. A Method for determination of Neisseria meningitidis serogroup A, B, C and W by real-time PCR. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii [Journal of Mikrobiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2014; (6): 35-42. (in Russian)
16. Mironov K.O., Platonov A.E., Dunaeva E.A., Shipulin G.A. Development and clinical approbation of methodic for determination of Streptococcus pneumoniae serotypes by real-time PCR. In: Proceedings of the VIII All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation "Molecular Diagnostics 2014". Moscow, 2014: 418-9. (in Russian)
17. Mironov K.O., Matosova S.V., Dribnokhodova O.P., Shipulina O.Yu., et al. Identification of Neisseria meningitidis serogroups, which caused generalized forms of meningococcal infection in Moscow in 2012-2013, using real-time PCR. In: Proceedings of the VIII All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation "Molecular Diagnostics 2014". Moscow, 2014: 417-8. (in Russian)
18. Mironov K.O., Matosova S.V., Parkina N.V., Shipulina O.Yu., et al. Determination of Neisseria meningitidis serogroups isolated from biological material of patients with generalized forms of meningococcal infection by real-time polymerase chain reaction. In: Materials of the VII Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases with International Participation. Moscow, 2015: 215-6. (in Russian)
19. Matosova S.V., Mironov K.O., Smirnova V.S., Shipulina O.Yu., et al. Determination of Neisseria meningitidis serogroups, isolated from the biological material of patients with generalized forms of meningococcal infection in the territory of Moscow in 2015, using real-time polymerase chain reaction. In: Proceedings of the VIII Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases with International Participation. Moscow, 2016: 178. (in Russian)
20. Matosova S.V., Mironov K.O., Smirnova V.S., Shipulina O.Yu., et al. Characteristic of Neisseria meningitidis serogroup distribution, which caused generalized forms of meningococcal infection in Moscow in 2016. In: Proceedings of the IX All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation «Molecular Diagnostics 2017». Moscow, 2017: 240-1. (in Russian)
21. Mironov K.O., Matosova S.V., Parkina N.V., Shipulina O.Yu., et al. Determination of Streptococcus pneumoniae serotypes, isolated from samples of cerebrospinal fluid of patients with purulent meningitis, by real-time polymerase chain reaction. In: Proceedings of the 7th Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases with International Participation. Moscow, 2015: 224-5. (in Russian)
22. Matosova S.V., Rakcheeva O.V., Shipulina O.Yu., Platonov A.E., et al. Etiological diagnosis of meningitis and meningoencephalitis in children by PCR. Materials of the VIII All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation "Molecular Diagnostics 2014". Moscow, 2014: 422-3. (in Russian)
23. Matosova S.V., Parkina N.V., Shipulina O.Yu., Platonov A.E., et al. Decoding of meningitis, meningoencephalitis and encephalitis etiology using PCR method. Materials of VIII All-Russian Scientific and Practical Conference with International Participation "Molecular Diagnostics 2014". Moscow, 2014: 424-5. (in Russian)
24. Matosova S.V., Parkina N.V., Shipulina O.Yu., Chernyshov D.V., et al. Etiological diagnosis of purulent meningitis and meningoencephalitis by real-time polymerase chain reaction method. Materials of the VII Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases with International Participation. Moscow, 2015: 216. (in Russian)
25. Matosova S.V., Smirnova V.S., Shipulina O.Yu. Molecular and biological methods in etiological diagnosis of purulent meningitis and menin-goencephalitis.Laboratornaya sluzhba [Laboratory Service]. 2017; 6 (3): 98. (in Russian)
26. Matosova S.V., Mironov K.O., Platonov A.E., Shipulina O.Yu., et al. Molecular biological monitoring of Neisseria meningitidis in Moscow in the period 2011 to 2015. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual'nye voprosy [Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items]. 2016; (2): 4-9. (in Russian)
27. Aguilera J.-F., Perrocheau A., Meffre C. et al. Outbreak of Serogroup W135 Meningococcal Disease after the Hajj Pilgrimage, Europe, 2000. Emerg Infect Dis. 2002; 8 (8): 761-7.
28. Mustapha M.M., Marsh J.W., Harrison L.H. Global epidemiology of capsular group W meningococcal disease (1970-2015): Multifocal emergence and persistence of hypervirulent sequence type (ST)-11 clonal complex. Vaccine. 2016; 34 (13): 1515-23.
29. Mayer L.W., Reeves M.W., Al-Hamdan N., et al. Outbreak of W135 meningococcal disease in 2000: not emergence of a new W135 strain but clonal expansion within the electrophoretic type-37 complex. J Infect Dis. 2002; 185 (11): 1596-605. (in Russian)
30. Mironov K.O., Zhivotova V.A., Matosova S.V., Kuleshov K.V., et al. Whole genome characterization of Neisseria meningitidis serogroup w isolates, circulating in Moscow. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika [Epidemiology and Vaccine Prophylaxis]. 2017; (4): 33-7. (in Russian)
