CC BY
49
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2017 УДК 579.834.113:577.21.017.53
Кубанов А.А.1, Воробьев Д.В.1, Обухов А.П.2, Образцова О.А.1, Дерябин Д.Г.1
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ TREPONEMA PALLIDUM В ПРИГРАНИчНОМ РЕГИОНЕ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ (РЕСПУБЛИКА ТЫВА)
1ФГБУ Государственный научный центр дерматовенерологии и косметологии Минздрава РФ, 107076, Москва, Россия; 2ГБУЗ Республики Тыва Республиканский кожно-венерологический диспансер Республики Тыва, 667000, Кызыл, Россия
Типирование 111 образцов T. pallidum subsp. pallidum, изолированных на территории Республики Тыва в 2013-2016 гг., проведено по генам arp, tpr (E, G, J) и tp0548. Выявлено 7 субтипов возбудителя сифилиса, доминирующим из которых на протяжении всего периода наблюдения являлся 14 d/f (90,1%). На долю субтипов 14 b/f 14 c/f 14 d/g и 14 if приходилось от 0,9 до 1,8%. В 2015 г. выявлены молекулярные субтипы 4 d/f и 9 d/f (по 0,9% каждый), ранее описанные в Шанхае и северо-восточной части Китая. В 2015-2016 гг. впервые зарегистрированы три случая одновременного присутствия в исследуемом материале 9-го и 14-го вариантов гена arp. Сопоставление результатов типиро-вания с данными о современной молекулярной эпидемиологии сифилиса позволило констатировать близость популяций T. pallidum subsp. pallidum в Республике Тыва и в Российской Федерации в целом при их отличии от таковых в КНР и странах Западной Европы.
Ключевые слова: T. pallidum subsp. pallidum; молекулярное типирование; arp; tpr; tp0548.
Для цитирования: Кубанов А.А., Воробьев Д.В., Обухов А.П., Образцова о.А., Дерябин д.Г. Молекулярная эпидемиология Treponema pallidum в приграничном регионе Российской Федерации (Республика Тыва). Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017; 35 (1): 26-30. DOI 10.18821/0208-06132017-35-1-26-30.
Методы молекулярно-генетического типирования, решающие задачу внутривидовой дифференциации и оценки степени родства патогенных микроорганизмов, занимают доминирующее положение при проведении современных эпидемиологических исследований [1]. Особенно актуальными они становятся при исследовании некультивируемых видов, в том числе некоторых возбудителей инфекций, передаваемых половым путем, где ДНК-типирование оказывается единственным эффективным инструментом анализа структуры бактериальных популяций [2].
В отношении возбудителя сифилиса - Treponema pallidum subsp. pallidum - подобный метод был впервые разработан А. Pillay и соавт. [3] на основе анализа вариаций в гене arp (от англ. - acidic repeat protein) и генах tpr (от англ. - Treponema pallidum repeat), входящих в подсемейство II (tprE, tprG и tprJ). В первом из них предложено проводить определение внутренних тандемных повторов из 60 пар оснований [4], по количеству которых идентифицированному субтипу присваивается соответствующее цифровое обозначение (от 4 до 24). В свою очередь анализ генов tprE (tp0313), tprG (tp0317) и tprJ (tp0621) проводится путем исследования полиморфизма длин фрагментов рестрикции предварительно амплифи-цированных участков ДНК с присвоением характерному паттерну одного из 12 буквенных обозначений (a, b, с, d, e, g, h, i, j, k, l или p). Описанный подход был поддержан Center for Disease Control and Prevention (США) и получил широкое распространение при эпидемиологических исследованиях сифилиса во всем мире [5].
Для корреспонденции: Дерябин Дмитрий Геннадьевич, д-р мед. наук, заведующий отделом лабораторной диагностики ИППП и дерматозов ФГБУ ГНЦДК Минздрава РФ; e-mail: [email protected]
Дальнейшие попытки повышения дискриминирующей способности метода были связаны с выявлением нуклеотидных тандемных повторов в гене rpsA (tp0279) [6], сопоставлением сиквенсов генов tp0136, tp0548 и 23S рРНК [7], а также анализом нуклеотидной последовательности вариабельного участка гена tp0548 длиной 84 пар оснований (позиции 131-215) [8]. Различные варианты идентифицируемых при этом типов также получили буквенные обозначения. При этом последний вариант, позволивший выделить 8 дополнительных субтипов T. pallidum subsp. pallidum, разделивший широко распространенный подтип 14d на 4 отдельные подгруппы (14 d/c, 14 d/f, 14 d/g и 14 d/i), а подтипы 12a и 14а -на 2 подгруппы каждый, оказался в настоящее время наиболее востребованным.
Первый опыт молекулярного типирования 190 штаммов T. pallidum subsp. pallidum, изолированных на территории Российской Федерации в 2011-2012 гг., представлен в одной из наших предшествующих публикаций [9]. Проведенное исследование позволило выявить 10 субтипов, доминирующим из которых являлся 14-й тип по гену arp (98,4%), внутри которого превалировал субтип 14 d/f (91,03% от общего количества проанализированных изо-лятов). В свою очередь на долю субтипов 14 b/f и 14 d/t приходилось 3,16 и 2,1% соответственно, а единичные штаммы были представлены молекулярными вариантами 11 d/f, 13 d/f, 14 a/a, 14 a/f 14 d/g, 14 d/c и 20 d/f.
Полученные результаты определили перспективные направления продолжения молекулярного-генетического мониторинга, в том числе связанные с его проведением в приграничных регионах Российской Федерации с относительно высоким уровнем заболеваемости сифилисом, целями которого является выявление «эндемичных» субтипов, а также оценка возможности трансграничного переноса возбудителя данного заболевания. В частности, настоящая работа посвящена анализу молекулярной эпидемиологии T. pallidum в Республике Тыва, граничащей с Монголией и на протяжении ряда лет характеризующейся заболеваемостью сифилисом, в 4,4-6,1 раза превышающей средние показатели по Российской Федерации [10].
Материалы и методы
Материалом для исследования являлось отделяемое шанкров, серозная жидкость эрозивных и язвенных высыпных элементов кожи и слизистых оболочек, полученные от 153 пациентов (мужчины - 40,8%, средний возраст - 25 лет; женщины - 59,2%, средний возраст - 21 год) с клинически подтвержденными диагнозами «Первичный сифилис половых органов» (А51.1 по МКБ-10), «Первичный сифилис анальной области» (A51.1), «Первичный сифилис других локализаций» (А51.2), «Вторичный сифилис кожи и слизистых оболочек» (А.51.3) в период с октября 2013 по февраль 2016 г. Образцы были помещены в стерильные пластиковые пробирки и транспортированы из Кызыла в Москве при -20 oC.
Выделение ДНК из образцов клинического материала проводили с использованием набора реагентов «ДНК-экспресс» (НПФ Литех, Россия). Наличие генетического материала T. pal-
Рис. 1. Примеры типирования T. pallidum по генам arp (а) и tpr II (E, G, J) (б).
Обозначения: М - маркеры молекулярных масс; стрелками указано положение 500 и 1000 п.о. В части а: 1 - вариант гена arp с 14 тандемными повторами; 2 - случай одновременного присутствия в одном изоляте вариантов гена arp 9-го и 14-го типов. В части б приведены паттерны полиморфизма длины фрагментов рестрикции b, d и i типов; стрелками справа указаны размеры фрагментов (п.о.).
lidum подтверждали методом ПЦР с праймерами к гену polA (регион 1156-1531 пар оснований; табл. 1), кодирующему ДНК-полимеразу I данного микроорганизма [11].
Амплификацию целевых генов, используемых в системе молекулярного типирования T. pallidum, осуществляли с прай-мерами, представленными в табл. 1, с использованием ДНК-амплификатора DNA Engine Dyad Peltier Thermal Cycler (BioRad, США) в соответствии процедурой, описанной в [3, 8].
Амплификацию гена arp проводили при концентрации праймеров 0,4 мкМ с использованием рекомбинантной Taq-полимеразы и соответствующего буфера (Thermo Fisher Scientific, США) в режиме: первоначальная денатурация - 94oC, 5 мин; 40 циклов - 94 oC по 40 с, 78 oC по 40 с; 72 oC по 40 с; финальная элонгация - 72 oC 5 мин. Электрофоретическую подвижность полученных ампликонов гена arp анализировали в 2% агарозном геле при 70 V в течение 3 ч и оценивали относительно маркеров молекулярных масс GeneRuler 100 bp Plus DNA Ladder («Thermo Fisher Scientific», США) с использованием системы гель-документирования VersaDoc MP 4000 System («Bio-Rad», США) и программного обеспечения Quantity One 1-D Analysis Software (рис. 1, а).
Амплификацию генов подсемейства TprH осуществляли методом «гнездовой» ПЦР с использованием внешних (A-1, B-2) и внутренних (IP6, IP7) пар праймеров (см. табл. 1) в концентрации 0,6 мкМ. Амплификацию с внешней парой праймеров проводили в режиме: первоначальная денатурация Т + время; 35 циклов - 94oC по 1 мин, 64 oC по 2 мин; 68 oC по 1 мин; финальная элонгация - 68 oC 7 мин. Амплификацию с внутренней парой праймеров проводили в режиме: первоначальная денатурация (Т + время): 45 циклов - 94 oC по 1 мин, 63 oC по
2 мин; 68 oC по 1 мин; финальная элонгация - 68 oC 7 мин. Полученные ампликоны рестрицировали с использованием эндону-клеазы Tru9 I (НПО «СибЭнзим», Россия) с сайтом узнавания T/TAA, аналогичным таковому у рестриктазы MseI, использованной в оригинальной схеме А. Pillay и соавт. [3, 12]. Условия рестрикции: 1 е.а. фермента на 1 мкг ДНК; температура 65 oC в течение
3 ч. Электрофоретическую подвижность продуктов рестрикции анализировали в 2% агарозном геле с последующим определением их соответствия одному из 12 возможных паттернов (см. рис. 1, б).
Вариабельный участок гена tp0548 ам-плифицировали с использованием «смыслового» и «антисмыслового» праймеров (см. табл. 1) в концентрации 0,6 мкМ, после чего продукты амплификации осаждали и проводили повторную ПЦР с мечеными терминирующими нуклеотидами из набора реагентов Big Dye Terminator v 3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, США). Осажденные продукты ПЦР использовали для проведения секвенирования целевых фрагментов ДНК на приборе 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, США) с использованием программного обеспечения 3730 Data Collection v 3.0. Полученные первичные данные обрабатывали в программе Sequencing Analysis 5.3.1. После расшифровки нуклеотидных последовательностей и последующего выравнивания участка гена tp0548 на референсные сиквенсы с помощью программы Mega5 им присваивали буквенные обозначения, соответствующие определенному молекулярному субтипу T. pallidum.
Кластерный анализ, характеризующий степень подобия популяции T. pallidum в Республике Тыва с данными о молекулярной эпидемиологии сифилиса на территории Евразии (20092015 гг.), проведен с использованием пакета программ Statistica V8 («StatSoft Inc.», США).
Таблица
Последовательности праймеров, использованных для амплификации целевых
генов T. pallidum
Ген Название прай-мера Нуклеотидная последовательность Источник
polA Tp_polA _F 5'-TGCGCGTGTGCGAATGGTGTGGTC-3' [11]
Tp_polA_R 5 '-CACAGTGTCCAAAAACGCCTGCACG-3'
arp ARP-1 5'-ATCTTTGCCGTCCCGTGTGC-3' [3]
ARP-2 5'-CCGAGTGGGATGGCTGCTTC-3'
tpr A-1 5'-ACTGGCTCTGCCACACTTGA-3' [3]
B-2 5'-CTACCAGGAGAGGGTGACGC-3'
IP-6 5'-CAGGTTTTGCCGTTAAGC-3'
IP-7 5'-AATCAAGGGAGAATACCGTC-3'
tp0548 tp0548 sense 5'-GGTCCCTATGATATCGTGTTCG-3' [5]
tp0548 antisense 5'-GTCATGGATCTGCGAGTGG-3'
Результаты и обсуждение
В период с 2013 по 2016 г. было собра-1 но 153 клинических образца от больных с клиническим диагнозом сифилис. Анализ образцов на наличие ДНК T. pallidum методом ПЦР с праймерами к гену polA показал положительные результаты в 111 (72,5%) случаях. При дальнейшем типи-ровании polA -позитивных образцов было выявлено 3 варианта гена arp (4, 9 и 14), 4 варианта генов tpr II (b, c, d, i) и 2 варианта гена tp0548 (f, g). Последующая комплексная оценка по генам arp, tpr (.E, G, J) и tp0548 в подавляющем большинстве случаев (108 штаммов; 97,3%) позволила идентифицировать молекулярный субтип, получивший соответствующее цифровое и буквенное обозначение (табл. 2). Три клинических изолята (2,7% от проанализированной выборки) демонстрировали атипичный результат по гену arp (см. ни-
же) и в соответствии с использованным алгоритмом [3, 8] не могли быть однозначно типированы.
На протяжении всего периода наблюдения установлено устойчивое доминирование молекулярного субтипа 14 d/f, доля которого в проанализированной выборке варьировала от 85% (в 2014 г.) до 100% (в 2013 г.). Тем самым полученный результат свидетельствовал об энде-мичности данного молекулярного субтипа возбудителя сифилиса для Республики Тыва, одновременно соответствуя представлениям о его широком распространении во многих других странах мира [13], в том числе - в Российской Федерации [9].
Прочие образцы, также имеющие по 14 повторов в гене arp и относящиеся к типу f по гену tp0548, были дифференцированы на основе анализа продуктов амплификации генов tpr (E, G, J). В соответствии с выявленными паттернами рестрикции они были отнесены к молекулярным субтипам 14 b/f, 14 c/f (по 2 образца каждый; 1,8%), 14 i/f и 14 d/g (по 1 образцу). Субтип 14 d/g в настоящее время вытесняет молекулярный тип 14 d/f в США [14] и был превалирующим в недавних исследованиях эпидемиологии сифилиса в ряде стран Западной Европы [15-17]. При этом спорадический характер выявления названных субтипов в региональной популяции Республики Тыва может интерпретироваться как следствие их миграции по сексуальным цепям из других регионов Российской Федерации.
На этом фоне обращали на себя внимание впервые выявленные в 2015 г. молекулярные субтипы 4 d/f и 9 d/f (по 1 клиническому образцу или 0,9% от анализируемой выборки каждый), существенно отличающиеся по структуре гена arp от доминирующих штаммов T. pallidum 14-го типа. При этом история описания данных субтипов в совокупности с географическим положением Республики Тыва свидетельствует об их возможном трансграничном переносе из КНР, поскольку 4 d/f за несколько лет до этого впервые был обнаружен в Шанхае [18], а 9 d/f - в северо-восточной части Китая [19].
Отдельный интерес представляли 3 образца (1 в 2015 г.; 2 в 2016 г.), исследование электрофоретической подвижности продуктов амплификации гена arp в которых свидетельствовало об одновременном присутствии вариантов с 9 и 14 нуклеотидными повторами (см. рис. 1, а). Подобные данные в доступной научной литературе
Таблица 2
Результаты молекулярного типирования штаммов T. pallidum, изолированных на территории Республики Тыва в 2013-2016 гг.
Молекулярные
Количество выявленных образцов (абс./%)
2013 г. 2014 г. 2015 г. 2016 г. всего
(n = 25) (n = 20) (n = 30) (n = 36) (n = 111)
4 d/f - - 1/3,3 - 1/0,9
9 d/f - - 1/3,3 - 1/0,9
14 b/f - - - 2/5,6 2/1,8
14 c/f - 1/5 1/3,3 - 2/1,8
14 d/f 25/100 17/85 26/86,8 32/88,8 100/90,1
14 d/g - 1/5 - - 1/0,9
14 i/f - 1/5 - - 1/0,9
Не полностью типированы*
1/3,3 2/5,6 3/2,7
Примечание. * - в каждом образце установлено присутствие 9-го и 14-го вариантов гена arp.
не найдены, а их интерпретация предполагает 2 возможных варианта: 1) разнообразие гена arp является результатом генетической рекомбинации (делеции) в исходном штамме [20]; 2) присутствие ДНК с двумя вариантами гена arp является результатом инфекции пациента двумя штаммами T. pallidum 14-го типа и 9-го типа. Дополнительная генетическая гетерогенность данных образцов могла бы стать четким указанием на справедливость второго предположения, однако проведенное типиро-вание свидетельствовало о принадлежности генов tpr II (E, G, J) к типу d, а гена tp0548 к типу f, что в условиях доминирования молекулярного типа 14 d/f и возможном трансграничном переносе типа 9 d/f оставляло описанные выше клинические образцы без окончательной оценки.
В целом при типировании по генам arp, tpr II (E, G, J) и tp0548 инфицированных T. pallidum 124 клинических образцов, выделенных в Республике Тыва в 2013-2016 гг., было выявлено 7 молекулярных субтипов возбудителя сифилиса. Доминирующим из них являлся молекулярный субтип 14 d/f (90,1%; 100 штаммов), а на долю других субтипов 4 d/f, 9 d/f, 14 b/f, 14 c/f, 14 d/g и 14 i/f приходилось от 0,9 до 1,8% на каждый. Кроме того, при проведении настоящего исследования впервые описаны три случая одновременного присутствия в клинических образцах вариантов гена arp 9-го и 14-го типов, требующие дальнейшего исследования.
Сопоставление перечня субтипов T. pallidum, выделенных в Республике Тыва в 2013-2016 гг., с таковыми, изолированными на территории евразийского континента в последние 10 лет (рис. 2, а), позволило охарактеризовать своеобразие региональной популяции возбудителя сифилиса в обследованном приграничном регионе Российской Федерации. При этом обработка представленных данных с использованием кластерного анализа (см. рис. 2, б) свидетельствовала о существенном сходстве популяции T. pallidum с таковой в Российской Федерации в целом (наименьшее значение Евклидова расстояния), что определялось доминированием в них молекулярного субтипа 14 d/f. В свою очередь молекулярные типы, изолированные на территории КНР [19], формировали отдельный примыкающий кластер, особенностью которого являлось отсутствие доминирующего и высокое разнообразие «минорных» субтипов. На этом фоне результаты молекулярного типирования на Тайване (превалирование молекулярных типов 14 f/f и 14 b/c) существенно контрастировали с данными, полученными на материковой части Китая [21], и приводили к наиболее высокому значению Евклидова расстояния, отличающему региональную популяцию от всех прочих включенных в анализ T. pallidum. Наконец, популяции возбудителя сифилиса в ряде стран Западной Европы: Англии [15], Франции [16] и Дании [17], доминирующее положение в которых занимает молекулярный тип 14 d/g, четко дистанцировались от штаммов как российского, так и китайского происхождения.
Таким образом, результаты проведенного исследования позволили включить результаты молекулярного типирования возбудителя сифилиса в Республике Тыва в систему глобального эпидемиологического мониторинга, основными задачами которого являются слежение за циркуляцией и изменчивостью T. pallidum. Продолжение подобного исследования в Республике Тыва и его распространение на другие приграничные регионы должно стать эффективным инструментом национальной системы биологической безопасности Российской Федерации.
типы
Рис. 2. Сравнительный анализ молекулярной эпидемиологии сифилиса на евразийском континенте: распространение молекулярных субтипов (а) и результаты кластерного анализа, характеризующего степень подобия популяций T. pallidum на отдельных
территориях (б).
Финансирование. Исследование выполнено в рамках Государственного задания ФГБУ ГНЦДК Минздрава России на 2015 г. и плановый период 2016-2017 гг. по Государственному контракту 114/БУ-2015-051 от 16.01.2015 г.
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
ЛИТЕРАТУРА (пп. 1, 3-8, 11, 13-21 см. REFERENCES)
2. Сидоренко С.В., Соломка В.С., Кожушная О.С., Фриго Н.В. Методы типирования возбудителей инфекций, передаваемых половым путем. Вестн. дерматол. 2010; (3): 12-21.
9. Кубанова А.А., Кубанов А.А., Фриго Н.В., Волков И.А., Ротанов
C.В., Суворова А.А. Первый опыт молекулярного типирования и определения антибиотикорезистентности штаммов возбудителя сифилиса Treponema pallidum в Российской Федерации. Вестн. дерматол. 2013; (3): 34-6.
10. Кубанова А.А., Кубанов А.А., Мелехина Л.Е., Богданова Е.В. Заболеваемость сифилисом в Российской Федерации в 2010-2014 гг. Вестн. дерматол. 2015; (5): 15-23. 12. Чернухин В.А., Абдурашитов М.А., Томилов В.Н., Гончар Д.А., Дегтярев С.Х. Сравнительный рестрикционный анализ хромосомной ДНК крысы in vitro и in silico. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии имени Ю.А. Овчинникова. 2006; 2 (3): 39-46.
REFERENCES
1. Foxman B., Riley L. Molecular epidemiology: focus on infection. Am. J. Epidemiol. 2001; 153 (12): 1135-41.
2. Sidorenko S.V., Solomka V.S., Kozhushnaya O.S., Frigo N.V. Methods for typing std pathogens. Vestn. dermatol. 2010; (3): 12-21. (in Russian)
3. Pillay A., Liu H., Chen C.Y., Holloway B., Sturm A.W., Steiner B. et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex. Transm. Dis. 1998; 25 (8): 408-14.
4. Harper K.N., Liu H., Ocampo P.S., Steiner B.M., Martin A., Levert K. et al. The sequence of the acidic repeat protein (arp) gene differentiates venereal from nonvenereal Treponema pallidum subspecies, and the gene has evolved under strong positive selection in the subspecies that causes syphilis. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2008; 53 (3): 322-32.
5. Ma D.Y., Giacani L., Centuriön-Lara A. The molecular epidemiology of Treponema pallidum subspecies pallidum. Sex. Hlth. 2015; 12 (2): 141-7.
6. Katz K.A., Pillay A., Ahrens K., Kohn R.P., Hermanstyne K., Bernstein K.T. et al. Molecular epidemiology of syphilis: San Francisco, 2004-2007. Sex. Transm. Dis. 2010; 37: 660-3.
7. Flasarova M., Pospisilova P., Mikalova L., Valisova Z., Dastychova E., Strnadel R. et al. Sequencing-based molecular typing of Treponema pallidum strains in the Czech Republic: all identified genotypes are related to the sequence of the SS14 strain. Acta Derm.-Venereol. 2012; 92: 669-74.
8. Marra C.M., Sahi S.K., Tantalo L.C., Godornes C., Reid T., Behets F. et al. Enhanced molecular typing of Treponema pallidum: geographical distribution of strain types and association with neurosyphilis. J. Infect. Dis. 2010; 202: 1380-8.
9. Kubanova A.A., Kubanov A.A., Frigo N.V., Volkov I.A., Rotanov S.V., Suvorova A.A. First experience of molecular typing and determining the antibiotic resistance of syphilis pathogen Treponema pallidum in the Russian Federation. Vestn. dermatol. 2013; (3): 34-6. (in Russian)
10. Kubanova A.A., Kubanov A.A., Melekhina L.E., Bogdanova E.V. Syphilis incidence in Russian Federation in 2004-2014. Vestn. dermatol. 2015; (5): 15-23. (in Russian)
11. Liu H., Rodes B., Chen C.Y., Steiner B. New tests for syphilis: rational design of a PCR method for detection of Treponema pallidum in clinical specimens using unique regions of the DNA polymerase I gene. J. Clin. Microbiol. 2001; 39 (5): 1941-6.
12. Chernukhin V.A., Abdurashitov M.A., Tomilov V.N., Gonchar
D.A., Degtyarev S.Kh. The comparative DNA restriction analysis of rat in vitro and in silico. Vestnik biotekhnologii i fiziko-khimi-cheskoy biologii imeni Yu.A. Ovchinnikova. 2006; 2 (3): 39-46. (in Russian)
13. Tipple C., Taylor G.P. Syphilis testing, typing, and treatment follow-up: a new era for an old disease. Curr. Opin. Infect. Dis. 2015; 28 (1): 53-60.
14. Grimes M., Sahi S.K., Godornes B.C., Tantalo L.C., Roberts N., Bo-stick D. et al. Two mutations associated with macrolide resistance in Treponema pallidum: increasing prevalence and correlation with molecular strain type in Seattle, Washington. Sex. Transm. Dis. 2012; 39 (12): 954-8.
15. Tipple C., McClure M.O., Taylor G.P. High prevalence of macrolide resistant Treponema pallidum strains in a London centre. Sex. Transm. Infect. 2011; 87 (6): 486-8.
16. Grange P.A., Allix-Beguec C., Chanal J., Benhaddou N., Gerhardt P., Morini J.P. et al. Molecular subtyping of Treponema pallidum in Paris, France. Sex. Transm. Dis. 2013; 40 (8): 641-4.
17. Salado-Rasmussen K., Cowan S., Gerstoft J., Larsen H.K., Hoffmann S., Knudsen T.B. et al. Molecular typing of Treponema pallidum in Denmark: A nationwide study of syphilis. Acta Derm.-Venereol. 2016; 96 (2): 202-6.
18. Dai T., Li K., Lu H., Gu X., Wang Q., Zhou P. Molecular typing of Treponema pallidum: five year surveillance in Shanghai, China. J. Clin. Microbiol. 2012; 50: 3674-7.
19. Peng R.R., Yin Y.P., Wei W.H., Wang H.C., Zhu B.Y., Liu Q.Z. et al. Molecular typing of Treponema pallidum causing early syphilis in China: a cross sectional study. Sex. Transm. Dis. 2012; 39: 42-5.
20. Mikalova L., Pospisilova P., Woznicova V., Kuklova I., Zakoucka H., Smajs D. Comparison of CDC and sequence-based molecular typing of syphilis treponemes: tpr and Arp loci are variable in multiple samples from the same patient. BMC Microbiol. 2013; 13: 178.
21. Wu B.R., Yang C.J., Tsai M.S., Lee K.Y., Lee N.Y., Huang W.C. et al. Multicentre surveillance of prevalence of the 23S rRNA A2058G and A2059G point mutations and molecular subtypes of Treponema pallidum in Taiwan, 2009-2013. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20: 802-7.
Поступила 25.02.16
Kubanov A.A.1, Vorob'ev D.V.1, Obukhov A.P.2, Obraztsova O.A.1, Deryabin D.G1
MOLECULAR EPIDEMIOLOGY OF TREPONEMA PALLIDUM IN BORDER REGION OF RUSSIAN FEDERATION (TUVA REPUBLIC)
1 State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology, Ministry of Health of the Russian Federation, 107076, Moscow, Russian Federation 2 Republican Clinic of Dermatology and Venereology, Tuva Respublic, 667000, Kyzyl, Russian Federation
The 111 strains of T. pallidum subsp. pallidum collected in Tuva Republic in 2013-2016 were typed by the arp, tpr (E, G, J) and tp0548 genes. The 7 subtypes were identified, in which the 14 d/f type was predominant (90.1%). The minor subtypes 14 b/f, 14 c/f, 14 d/g and 14 i/f constituted 0.9-1.8%. Single strains of 4 d/f и 9 d/f types (each 0.9%) previously described in China were detected in 2015. Both 9 and 14 arp gene variants were found in 3 clinical specimens for the first time in 2015-2016. Similarities in the molecular epidemiology of syphilis in Tuva Republic and Russia were demonstrated as well as differences from the T. pallidum subsp. pallidum population in China and Western Europe.
Keywords: T. pallidum subsp. pallidum, molecular types, arp, tpr, tp0548
For citation: Kubanov A.A., Vorob'ev D.V., Obukhov A.P., Obraztsova O.A., Deryabin D.G. Molecular Epidemiology of Treponema pallidum in Border Region of Russian Federation (Tuva Republic). Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya i Virusologiya (Molecular Genetics, Microbiology and Virology) 2017; 35(1):26-30. (Russian). DOI 10.18821/0208-0613-2017-35-1-26-30.
For correspondence: Dmitriy G. Deryabin, Dr. Sci. Med., Head of the Department of STD diagnostics, State Research Center of Der-matovenereology and Cosmetology, Ministry of Health of the Russian Federation, 107076, Moscow, Russian Federation; E-mail: [email protected]
Acknowledgments. The study has been conducted within the framework ofthe State Programfor the State Research Center of Dermatovenereology and Cosmetology, Ministry of Health of the Russian Federation, for 2015 and the planning period of2016-2017 (State Contract No. 114/BU-2015-051, January 16, 2015).
Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest.
