Комбинаторная структура моделей кольцевых генных сетей Текст научной статьи по специальности «Математика»

154

Секция 9

Комбинаторная структура моделей кольцевых генных сетей

Н. Е. Кириллова

Институт математики им. С. Л. Соболева СО РАН

Email: [email protected]

DOI: 10.24411/9999-017A-2019-10311

Изучаются характеристики математических моделей функционирования генных сетей, см. [1,2]. Для нелинейной 9-мерной динамической системы, у которой переменные - это концентрации белков и синтезирующих их мРНК, а параметры - скорости реакций, описан фазовый портрет, найдено условие существования цикла. Для подобной 18-мерной системы, моделирующей более сложную генную сеть, сформулированы достаточные условия существования двух циклов. Каждая такая динамическая система имеет ровно одну стационарную точку. Построен алгоритм описания комбинаторных структур фазовых портретов подобных систем. Проведены численные эксперименты в пакете STEP.

Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (проект 18-01-00057). Список литературы

1. Голубятников В. П., Кириллова Н.Е. О циклах в моделях функционирования кольцевых генных сетей // Сиб. журнал чистой и прикл. матем. 2018 Т. 18, № 1. С. 54-63.

2. Аюпова Н.Б., Голубятников В.П., Казанцев М.В. О существовании цикла в одной несимметричной модели молекулярного репрессилятора // Сиб. журн. вычисл. матем. 2017. Т. 20, № 2. С. 121-129.

Разработка методов автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы

Е. Г. Комышев\ М. А. Генаев1, Д. А. Афонников1,2 1Институт цитологии и генетики СО РАН 2Новосибирский государственный университет Email: [email protected] DOI: 10.24411/9999-017A-2019-10312

Форма и структура колоса - важнейшие характеристики возделываемых злаков, связанные с такими их хозяйственно ценными качествами, как продуктивность, отсутствие ломкости колоса и легкость обмолота. Для выявления генов, контролирующих данные признаки, необходим сбор и анализ большого количества морфометрических данных, которые в большинстве исследований выполняются экспертами на основании визуального анализа колоса и измерений вручную. Автоматизация этого процесса за счет внедрения технологий анализа цифровых изображений, использования баз данных и мобильных устройств позволит сократить затраты времени на сбор и обработку данных.

Мы предлагаем информационную систему для аннотации морфометрических характеристик SpikeDroidDB (http://spikedroid.biores.cytogen.ru) и методы автоматического определения количественных характеристик, описывающих фенотипические признаки колоса пшеницы, такие как: тип формы колоса, его размеры, плотность, остистость, количество зерен в колосе, их размеры, округлость и другие параметры. Метод морфометрии зерен реализован в виде мобильного приложения SeedCounter (https:// play.google.com/store/apps/details?id=org.wheatdb.seedcounter). Метод морфометрии колоса реализован в виде консольного Java приложения.

Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (код проекта 17-74-10148).

MiCoSi: открытый пакет для компьютерного моделирования митоза в стадиях прометфазы, метафазы и анафазы

М. А. Кривов, П. С. Иванов

Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова

Email: [email protected]

DOI: 10.24411/9999-017A-2019-10313

Актуальной проблемой биофизики является изучение процессов, протекающих при митотическом делении клетки. Сегодня, благодаря различным методам синхронизации делящихся культур, имеются точные описания каждой фазы митоза, однако до сих пор отсутствует детальное понимание механизмов,