CC BY
3
ПРИЛОЖЕНИЕ 1
сиквенс-типам принадлежало от 2 до 9 изолятов (ST874 (n=9), ST307 (n=7), ST3229 (n=5), ST512 (n=4), ST39 (n=2) и ST258 (n=1)). По одному изоляту было отнесено к 8 сиквенс-типам (ST13, ST14, ST15, ST29, ST86, ST218, ST336, ST590). На рис. 1 представлено распределение групп карбапене-маз среди разных ST. Карбапенемазы группы OXA-48 содержали все изоляты K. pneumoniae ST23 и ST377, от 80 до 90,4% — ST395, ST11 и ST307. В то время как K. pneumoniae в составе ST874 несли сочетание групп генов карбапенемаз OXA-48+NDM, а K. pneumoniae ST101 (90,9%) и ST512 (75%) — карбапенемазы группы KPC. Наибольшее разнообразие генов карбапенемаз было отмечено у K. pneumoniae в составе ST147, среди которых сочетание групп генов карбапенемаз OXA-48+NDM имели 46,2% изолятов, группы OXA-48 — 30,8%, группы NDM — 23,1%. Впервые CP-K. pneumoniae в рамках многоцентрового исследования были выделены в 2007 г. и принадлежали к ST258. В последующем возросло число определяемых ST. Наибольшее разнообразие ST среди CP-K. pneumoniae было выявлено в 2018—2022 гг., и они вошли в состав 15 ST (рис. 2). Доминирующий ST395 впервые был определен в 2013—2017 гг., далее занял ведущую позицию (38,3%) и сохранил её (33,7%) в 2018-2022 гг. Доля ST23, ранее занимавшего 2-ю позицию, снизилась с 29,8% (2013-2017) до 5% (2018-2022). Следует отметить появление в 2018-2022 гг. ранее не определяемых ST, таких как ST101 (n=11), ST874 (n=9), ST307 (n=7) и ST512 (n=4).
Заключение. Среди CP-K. pneumoniae отмечено генетическое разнообразие, которое представлено 20 ST. В клональной структуре определено преобладание ST395 (32,7%), который можно рассматривать клоном высокого риска для стационаров России. Для каждого ST определены «свои» доминирующие группы карбапенемаз. В период исследования происходило изменение клонального состава CP-K. pneumoniae, которое характеризовалось увеличением разнообразия детектируемых сиквенс-типов.
Чеботкевич В.Н., Кулешова А.В. Бурылев В.В., Грицаев С.В., Бессмельцев С.С.
КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ И КАЧЕСТВЕННЫЙ СОСТАВ МИКРОБИОМА КИШЕЧНИКА КАК ПРЕДИКТОР РАЗВИТИЯ ИНФЕКЦИЙ У ОНКОГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ БОЛЬНЫХ ПРИ ТРАНСПЛАНТАЦИИ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК
ФБГУ «Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии Федерального медико-биологического агентства», г. Санкт-Петербург
Введение. Исследования последних лет показали, что эндогенное заражение из кишечника является основным путем проникновения микробов в кровоток и развития инфекций кровотока у онкогемато-логических больных. Этому способствует иммуносупрессия и частое развитие мукозитов у пациентов. Показано так же, что важную роль играет нарушение состава микробиоты кишечника и снижение ее разнообразия под влиянием терапии антибиотиками.
Цель. Определить качественные и количественные характеристики кишечного микробиома, способствующие развитию инфекций у пациентов с множественной миеломой, при высокодозной химиотерапии и аутологичной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (АТГСК).
Материалы и методы. В исследование было включено 30 пациентов с множественной миеломой в возрасте 48—67 лет (медиана 60 лет), в период с 2020 по 2022 год, перенесших процедуру аутологичной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (АТГСК). Протокол исследования включал сбор и низкотемпературное замораживание образцов кала, полученных от больных до проведения АТГСК и в разные сроки от 7 до 35 дней после ее проведения. Всего было получено 98 образцов биоматериала. В каждом из биологических образцов выполнялась ПЦР-амплификация V5 региона гена 16S рРНК с помощью модифицированных универсальных бактериальных праймеров. Очищенные ПЦР-продукты секвенировали с помощью платформы MiSeq Illumina. Филогенетическая классификация до видового уровня выполнялась на основании базы данных Illumina.
Результаты. Разнообразный кишечный микробиом имеет защитный эффект против ряда инфекций, включая способность предотвращать колонизацию кишечника высокоустойчивыми патогенами. Установлено, что снижение индекса разнообразия является независимым предикто-
ром развития инфекционных осложнений при аллогенной ТГСК. Наши исследования показали, что достоверное (р=0,0215) снижение индекса разнообразия наблюдается и при АТГСК. Известно, что доминирование протеобактерий в кишечной микробиоте является независимым предиктором развития грамотрицательных инфекций кровотока. Недавно было показано, что в защитном эффекте микробиоты и ее способности подавлять патогены важную роль играют бактерии рода Б1аи1ш. В нашем исследовании бактерии рода В1аи1ш в разные сроки до и после трансплантации выявлены у 29 из 30 пациентов. Всего идентифицировано 30 штаммов Ыа^1а, из них: В. соссо$ел 18 (60%), В. шех1егае 8 (27%), В. hansenii 1 (3%), В. hyдrogenotrophica 2 (7%), В. дЖ'тки, 1 (3%). Далее была проанализирована частота выявления энтерококков — частых возбудителей бактериемии — в микробиоте пациентов. Установлено, что энтерококк был выявлен в 11 случаях из микробиоты, где бактерии рода В1аи11а обнаружены не были, и только в четырех при выявлении бактерии этого рода в микробиоте. Это указывает на пробиотические свойства бактерий рода В1аи1ш. Кроме того, имеются работы, показавшие, что снижение плотности бактерий рода В1аи11а в микробиоте является предиктором развития РТПХ при алло-ТГСК.
Заключение. Снижение разнообразия кишечного микробиома является предиктором возможного развития инфекционных осложнений у гематологических больных при высокодозной терапии и АТГСК. Бактерии рода В1аиЕа обладают пробиотическими свойствами и способствуют подавлению колонизации кишечника патогенными микробами, в частности энтерококками. Понижение плотности В1аика или их отсутствие в микробиоте кишечника является предиктором развития РТПХ при аллогенной ТКМ. Это указывает на необходимость мониторинга микробиоты как предиктора развития РТПХ при аллогенной ТКМ.
Юдинцева О.С., Попова М.О., Рогачева Ю.А., Спиридонова А.А., Казанцев И.В., Слесарчук О.А., Быкова Т.А., Зубаровская Л.С.
КОЛОНИЗАЦИЯ РЕЗИСТЕНТНЫМИ БАКТЕРИЯМИ: ВЛИЯНИЕ НА ИНФЕКЦИИ И ВЫБОР ЭМПИРИЧЕСКОЙ АНТИБАКТЕРИАЛЬНОЙ ТЕРАПИИ У ДЕТЕЙ ПРИ ВЫПОЛНЕНИИ ТГСК
ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова» Министерства здравоохранения Российской
Федерации, НИИ ДОГиТ им. Р.М. Горбачевой, г. Санкт-Петербург
Введение. Исследования во взрослой популяции подтвердили, обусловленной резистентным гр(-) бактериями, является колониза-что наиболее важным фактором риска развития тяжелой инфекции, ция или предшествующая инфекция устойчивым патогеном. Однако
| ГЕМАТОЛОГИЯ И ТРАНСФУЗИОЛОГИЯ | RUSSIAN JOURNAL OF HEMATOLOGY AND TRANSFUSIOLOGY (GEMATOLOGIYA I TRANSFUSIOLOGIYA) | 2023; ТОМ 68; №2 |
отсутствуют рекомендации о методах и частоте исследования колонизации, данные о влиянии колонизации на развитие тяжелых инфекционных осложнений в раннем посттрансплантационном периоде у детей.
Цель. Изучить колонизацию гр(-) резистентными бактериями у детей при проведении ТГСК, оценить влияние колонизации на развитие тяжелых инфекций в раннем посттрансплантационном периоде, оценить результаты внедрения нового протокола эмпирической антибактериальной (ЭАБ) терапии у детей при выполнении ТГСК на основании исследования колонизации.
Таблица 1. Характеристика пациентов
Характеристика Группа исследования, п=110 08.2020-02.2023 Группа контроля, п=117 01.2018-08.2020 Р=
Возраст, медиана 6(0,6-21) 6(1-18)
Пол (мужской), % 61,8% (п=68) 64,1% (п=75) 0.722
Злокачественные заболевания: 85% (п=94) 82,9% (п=97) 0.239
Нейробластома 31,8 % (п=35) 35,8% (п=42) 0.517
Лимфома 28,2% (п=31) 10,3% (п=12) <0,001
Опухоли ЦНС 10% (и=11) 24,7%(п=29) 0.004
Другие 15,5% (п=17) 12% (п=14) 0.445
Незлок. заболевания 14,5% (п=16) 17,1% (п=20) 0.600
Алло-ТГСК: нерод; родств; гапло 6,4%(п=7);6,4%(п=7); 11%(п=12) 6,8% (п=8); 4,3% (п=5); 16,2% (п=19) 0.522
Ауто-ТГСК 76,3% (п=84) 72,6% (и=85) 0.522
День развития ФН Д+4 (-6 - +23) д+5 (-7-+14)
Список сокращений: Алло - аллогенная, нерод. - неродственная, родств. - родственная, гапло -гаплоидентичная, Ауто - аутологичная, ФН - фебрильная нейтропения, ЦНС - центральная нервная система, незлок. - незлокачественные
Таблица 2 Основные показатели результатов исследования
Показатели исследования Группа исследования. п=110 082020 - 022023 Группа контроля. п=117 '01201S-082020 Р=
N колонизированных пациентов 84 (76.3%) 45(38,5%) <0.001
Этио.тэгия колонизации Klebsiella pneumonia 13 (15,5%) 21 (46,7%) <0.001
Escheric liia со Ii 15 (17,S%) 17 (37,7%) 0.013
Klebsiella axvtoca 1(1,2%) 1 (2,2%) 0.652
Pseudomonas aw-ogenosa 3 (3,57%) 0 0200
Pro ieus miribalis 4(4,8%) 5(11Д%) 0.172
Proteus vulgaris 1 (12%) 0 0.446
Citrobacter spp. 2 (2,33%) 2(4,4%) 0312
Acinetob caier spp. 1(12%) 2 (4,4%) 0238
Serattia таге. 1(1.2%) 0 0.652
Morgamlla morg. 1(12%) 0 0.463
Neisseria spp, 2 (2,4%) 0 0297
Механизмы устойчивости ко.тэн. ESBL 52(472%) 29(64.4%) 0.777
CARBA 9(8.18%) 9(20%) 0.147
AG-R 16(14,5%) 22(49%) <0.001
Vaoco-R 17(15.5%) 0 0.002
N инфекций кровотока (ИК) 13(11,1%) 17(14,5%) 0.435
Этиология ИК Klebsiella pneumonia 5 (383%) 4(8,9%) 0377
Eschericiüacoli 3 (23 %) 1 (22%) 0.170
Neisseria spp 1(7,7%) 0 0245
Acinetob cater spp 1 (7,7%) 1 (22%) 0.812
Acinetobcater pitii 1 (7,7%) 0 0245
Stem trophomonas maltoph. 1(7,7%) 2 (4,4%) 0.713
Pseudomonas putida, q>p.purog. 2(1,8%): 0; 0 0; 3 (2,72%); 3 (2.72%); 0222
Citrobacter spp. 0 1 (22%) 0311
Serratia spp.,mores. 0 2 (4,4%); 2 (4,4%) 0.034
Механизмы устойчивости ИК ESBL 7(54%) 4 (S.9%) 0392
CARB-R 5(383%) 10 (22,2%) 0270
AG-R 4(31%) S(17,S%) 0367
N сепсис 3 (2,7%) 13(11,8%) 0.014
N перевод в ОРИТ 9(8,1%) 17(14.5%) 0J34
Материалы и методы. В проспективное исследование включено 110 детей со злокачественными и незлокачественными заболеваниями, которым проведена первая ТГСК в период с августа 2020 г. по февраль 2023 г. В группу сравнения ретроспективно включено 117 пациентов, которым проведена первая ТГСК в период с января 2018 г. по август 2020г. Характеристика пациентов представлена в таблице 1. Исследование колонизации до августа 2020 г. включали микробиологическое исследование: мазок зева, мочи и кал с идентификацией колонизирующей гр(-) бактерии и определением чувствительности к антибактериальным препаратам. С августа 2020 г. дополнительно проводилось исследование колонизации кишечника методом CROMagar (ректальный мазок), антибактериальная терапия при ФН проводилась с учетом колонизации гр(—) бактериями и механизмов их резистентности.
Результаты. В группе исследования частота колонизации гр(-) резистентными бактериями составила 76,3%, в группе сравнения — 38,5% (р<0,001). Характеристика этиологии и механизмов устойчивости колонизирующих гр(—) бактерий, возбудителей инфекции кровотока представлена в таблице 2. В группе исследования при использовании рутинных методов колонизация гр(-) резистентными бактериями была выявлена у 30,9% (п=34), не определена у 40% (п=50). Методом СН^ОМа£аг колонизация была выявлена у 79 пациентов (71,8%), не определена у 5 (4,5%), (р<0,001). В группе сравнения у 31% (п=4) возбудитель ИК соответствовал колонизирующей гр(—) бактерии, по механизму устойчивости совпадение было обнаружено в 84,6% (п=11) случаев. В группе исследования ни одного совпадения по этиологии возбудителя ИК и колонизирующей гр(-) бактерии не было (р=0,061), по механизму устойчивости совпадение было у одного пациента (7,69%), р=0,002. Деэскалационная стратегия стартовой антибактериальной терапии в группе исследования применялась чаще и составила 76%, в контрольной группе — 29% (п=33), р <0,01. ОВ в течение 30 дней от развития сепсиса или ИК и в течение 100 дней от развития ФН в группе исследования и группе сравнения составили 85 и 74% (р=0,459), 96,3 и 93,7% (р=0,403) соответственно.
Заключение. Частота колонизации гр(-) резистентными бактериями у детей до развития ФН при проведении ТГСК достигает 76% при использовании метода СН^ОМа£аг, который повышает эффективность детекции колонизации в сравнении со стандартным микробиологическим исследованием. В группе сравнения совпадения по механизму устойчивости возбудителя ИК и колонизирующей бактерии составляет 84,6%, и значительно ниже — 7,69% — в группе исследования. Внедрение протокола ЭАБ у детей при выполнении ТГСК на основании исследования колонизации привело к увеличению частоты использования деэскалационной стратегии, снижению частоты развития сепсиса.
Список сокращений: ИК - инфекция кровотока. ОРИТ - отделение реанимации и интенсивной тер алии. ЕЖ!, -бета-лакхамазы расширенного спектра. САИВ-К,—карбаленемрезистентные бактерии. АО-11— амшюгликэзицфезистентные бактерии.
