CC BY
9Компьютерная биология
159
выраженный циркадный характер; 2) с возрастом уменьшается активность SIRT1, что в свою очередь приводит к увеличению амплитуды циркадных осцилляций активности NF-kB и усилению воспалительной реакции; 3) возрастные изменения динамики циркадного осциллятора могут быть объяснены уменьшением активности SIRT1 с возрастом.
Картографическое проецирование пространственной структуры внутренней поверхности канала коннексина-26 для лучшего понимания его функции
В. С. Сивожелезов1, С. В. Филиппов2 1Институт биофизики клетки РАН
2Институт математических проблем биологии РАН — филиал Института прикладной
математики им. М. В. Келдыша РАН
Email: [email protected]
DOI: 10.24411/9999-017A-2019-10321
В качестве примера функционально значимого представления и анализа пространственной организации макромолекулярных структур, на примере коннексинового канала предлагается его "гипсометрическая" карта, полученная цилиндрическим проецированием атомов его внутренней полости. Назначаемый проекциям атомов цвет обозначает их близость к оси цилиндра и соответствует принятым в картографии канонам.
Таким образом, красным цветом на карте отображаются "пики", и они на полученных нами картах совпадают с известными из литературы узкими местами или воротами, ранее определенными в ходе многолетних ресурсоемких вычислительных экспериментов - решением уравнений Ньютона/ Ланжевена для многоатомных систем (молекулярной динамикой) [1-3]. Подтвердив результаты цитируемых работ относительно одной из "воротных" аминокислот (A-F)Lys41, наш визуальный анализ окружения другой такой аминокислоты (A-F)Asp2 выявил вероятную ошибку в постановке задачи цитированных исследований и указал способы ее исправления.
Тем самым, наш инструмент дает остро недостающую визуальную основу для постановки задач вычислительной биофизики в системах, содержащих труднодоступные макромолекулярные активные центры.
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (код проекта 18-07-00354 А).
Список литературы
1. Zonta, F., Polles, G., Zanotti, G., & Mammano, F. (2012). Permeation pathway of homomeric connexin 26 and connexin 30 channels investigated by molecular dynamics. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 29(5), 985998.
2. Alizadeh, H., Davoodi, J., Zeilinger, C., & Rafii-Tabar, H. (2018). Molecular dynamics simulation of the thermosensitivity of the human connexin 26 hemichannel. Chemical Physics, 500, 7-14.
3. Zonta, F., Buratto, D., Crispino, G., Carrer, A., Bruno, F., Yang, G., Mammano F, & Pantano, S. (2018). Cues to opening mechanisms from in silico electric field excitation of Cx26 hemichannel and in vitro mutagenesis studies in HeLa transfectans. Frontiers in molecular neuroscience, 11, 170.
Реконструкция структуры эукариотических мобильных интронов группы 2
Н. С. Кобало1, Д. Г. Воробьёв2, А. И. Куликов1, И. И. Титов3,4
1Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН
2INSERM U981, Gustave Roussy Cancer Center
3Новосибирский государственный университет
4ФИЦ Институт цитологии и генетики СО РАН
Email: [email protected]
DOI: 10.24411/9999-017A-2019-10322
Интроны группы 2 - одни из самых распространенных мобильных элементов. Предположительно от этих интронов произошли современные интроны и ретроэлементы человека. В биотехнологии ин-троны группы 2 используют в качестве специфических векторов для выключения генов.
С одной стороны, интроны группы 2 обладают инвариантной, хотя и вариабельной, вторичной и третичной структурами глобулярного типа, которая обеспечивает способность интронов к самосплайсингу
