ИСТОРИЯ ИЗУЧЕНИЯ И СОВРЕМЕННАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ КОРОНАВИРУСОВ (NIDOVIRALES: CORONAVIRIDAE) Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

Reviews

Обзоры

Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i immunitet Инфекция и иммунитет

2020, vol. 10, no. 2, pp. 221-246 2020, Т. 10, № 2, с. 221-246

ИСТОРИЯ ИЗУЧЕНИЯ И СОВРЕМЕННАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ КОРОНАВИРУСОВ (NIDOVIRALES: CORONAVIRIDAE)

М.Ю. Щелканов123, А.Ю. Попова45, В.Г. Дедков6, В.Г. Акимкин7, В.В. Малеев7

1 Международный научно-образовательный центр биологической безопасности Роспотребнадзора в Дальневосточном федеральном университете, г. Владивосток, Россия

2 Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии ДВО РАН, г. Владивосток, Россия

3 ФБУЗ Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае, г. Владивосток, Россия

4 Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Москва, Россия 5Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования, Москва, Россия

6 ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия

7 Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия

Резюме. Возникшая на рубеже 2019—2020 гг. сначала в г. Ухань (китайской провинции Хубэй) и распространившаяся затем во многие страны мира эпидемия COVID-19 (Coronavirus disease 2019), этиологически связанная с вирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 типа (SARS-CoV-2 — Severe acute respiratory syndrome 2), породила новую волну интереса к коронавирусам. Первые коронавирусы — представители семейства Coronaviridae из отряда Nidovirales — были открыты еще в первой половине прошлого века. Первый коронавирус человека, HCoV-B814, был изолирован в 1965 г. и к настоящему времени не сохранился в вирусологических коллекциях. За прошедшее время произошло многократное наслоение устаревших названий. К началу XXI в. коронавирусы представляли серьезную ветеринарную проблему, однако считалось, что эпидемические коронавирусы не относятся к числу особо опасных. Научному сообществу пришлось пересматривать эти представления сначала в 2002 г., когда вирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV — Severe acute respiratory syndrome-related Coronavirus) проник в популяцию людей из популяции летучих мышей в Юго-Восточной Азии, а потом в 2012 г., когда были открыты природные очаги вируса Ближневосточного респираторного синдрома (MERS-CoV — Middle East respiratory syndrome-related Coronavirus) на территории Аравийского полуострова. В результате активизации интереса к коронавирусам, в первые два десятилетия XXI в. было открыто большое количество новых представителей Coronaviridae, что потребовало нескольких ревизий таксономической структуры этого семейства. Настоящий обзор посвящен истории изучения коронавирусов и системе их современной классификации, которая сложилась на начало 2020 г. в соответствии с последними рекомендациями Международного Комитета по таксономии вирусов.

Ключевые слова: коронавирус, Nidovirales, Coronaviridae, SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2, 2019-nCoV, COVID-19, таксономия.

Адрес для переписки:

Щелканов Михаил Юрьевич

690091, Россия, г. Владивосток, ул. Уткинская, 36.

ФБУЗ Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае.

Тел.: 8 924 529-71-09, 8 903 268-90-98.

E-mail: [email protected]

Библиографическое описание:

Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г., Акимкин В.Г., Малеев В.В. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10, № 2. С. 221-246. doi: 10.15789/2220-7619-H0I-1412

Contacts:

Mikhail Yu. Shchelkanov

690091, Russian Federation, Vladivostok, Utkinskaya str., 36, Center for Hygiene and Epidemiology in the Primorsky Territory. Phone: +7 924 529-71-09, +7 903 268-90-98. E-mail: [email protected]

Citation:

Shchelkanov M.Yu., Popova A.Yu., Dedkov V.G., Akimkin V.G., Maleev V.V. History of investigation and current classification of coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae) // Russian Journal of Infection and Immunity = Infektsiya i immunitet, 2020, vol. 10, no. 2, pp. 221-246. doi: 10.15789/2220-7619-HOI-1412

Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ «Комплексный эколого-вирусологический мониторинг коронавирусов в экосистемах Дальнего Востока» © Щелканов М.Ю. и соавт., 2020 DOI: http://dx.doi.org/10.15789/2220-7619-HOI-1412

HISTORY OF INVESTIGATION AND CURRENT CLASSIFICATION OF CORONAVIRUSES (NIDOVIRALES: CORONAVIRIDAE)

Shchelkanov M.Yu.abc, Popova A.Yu.de, Dedkov V.G.f, Akimkin V.G.g, Maleev V.V.g

a International Scientific and Educational Center for Biological Security of Rospotrebnadzor, Vladivostok, Russian Federation b Federal Scientific Center ofEast Asia Terrestrial Biodiversity, Far Eastern Branch of RAS, Vladivostok, Russian Federation c Center of Hygiene and Epidemiology in the Primorsky Territory, Vladivostok, Russian Federation

dFederal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing (Rospotrebnadzor), Moscow, Russian Federation e Russian Medical Academy of Continuing Professional Education, Moscow, Russian Federation f St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federaton

g Central Research Institute of Epidemiology and Microbiology of Rospotrebnadzor, Moscow, Russian Federation

Abstract. An epidemic of COVID-19 (Coronavirus disease 2019) etiologically associated with the SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2) that occurred at the turn of 2019—2020 firstly in Wuhan (Hubei province of China) and then spread to many countries around the world rose a new wave of interest to coronaviruses. The first coro-naviruses — members of the Coronaviridae family belonging to the order Nidovirales — were discovered in the first half of the last century. The first human coronavirus, HCoV-B814, was isolated in 1965 that was not preserved in available virological collections. Over the last time, old-fashioned names and terms have been overlapped. By the beginning of the XXI century coronaviruses posed a serious veterinary problem but it was believed that epidemic coronaviruses were not among highly dangerous viruses. Scientific community had to revise such views first in 2002 when SARS-CoV (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) was transferred to human population in the Southeast Asia from bats, and then in 2012 when natural foci of the MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome-related coronavirus) were found on the territory of the Arabian Peninsula. Due to an increased interest in coronaviruses, a large number of new Coronaviridae members was discovered in the first two decades of the XXI century, which required to revise its taxonomic structure several times. This review is aimed at outlining a history of investigating coronaviruses and their current classification that was shaped in early 2020 in accordance to the last recommendations of the International Committee on Taxonomy of Viruses.

Key words: coronavirus, Nidovirales, Coronaviridae, SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2, 2019-nCoV, COVID-19, taxonomy.

История изучения коронавирусов началась в 1931 г., когда американские ветеринары A.F. Schalk и M.C. Hawn описали «новое респираторное заболевание»1 у цыплят [107], в русскоязычной литературе получившее название «инфекционный бронхит кур» [3, 5]. Этиологический агент этого заболевания, ранее называвшийся вирус инфекционного бронхита (IBV — Infectious bronchitis virus), в настоящее время носит название коронавирус птиц (ACoV — Avian Coronavirus) (Gammacoronavirus, Igacovirus) 2 и включает в себя прежде самостоятельные коронавирус индеек 3 (TCoV — Turkey Coronavirus) [26, 85] и коронавирус фазанов (PhCoV — Pheasant Coronavirus) [26] (табл. 1). В СССР инфекционный бронхит кур был впервые идентифицирован в 1946 г. у цыплят, выведенных из импортированных яиц [5]. Природным резервуаром ACoV, по-видимому, являются азиатские представители семейства фазановых (Galliformes: Phasianidae) [19, 115]. ACoV повсеместно распространен в популяциях домашних птиц, главным образом кур (Gallus gallus domesticus) и индеек (Meleagris gallopavo), является высококонтагиозным и наносит серьезный экономический ущерб сельскому хозяйству, поражая респираторный тракт, почки

и репродуктивную систему инфицированных птиц, вызывая снижение привеса и яйценоскости взрослых особей, а также летальные (5—25%, в некоторых случаях — до 60—90%) эпизоотии у цыплят первого месяца жизни [3, 5, 19, 75, 107, 115].

В 1946 г. американские исследователи L.P. Doyle и L.M. Hutchings описали вирус трансмиссивного гастроэнтерита свиней (TGEV — Transmissible gastroenteritis virus) [43], который широко распространен во всем мире, протекает в форме тяжелого катарально-геморрагичес-кого гастроэнтерита, профузной диареи, рвоты и характеризуется высокой летальностью (до 100%) среди поросят в возрасте до двух недель [3, 43, 102]. В 1986 г. на территории Бельгии был впервые описан родственный респираторный коронавирус свиней (PRCV — Porcine respiratory coronavirus) [95], который в отличие от TGEV поражает главным образом респираторный тракт — от верхних его отделов до легких [3, 95]. Было установлено, что PRCV не является не только самостоятельным вирусом, но даже отдельным генотипом — этот вирусный вариант идентичен TGEV и представляет собой его патотип, отличающийся делецией 227 аминокислотных остатков в N-концевой

1 «Новым» это заболевание было названо, чтобы отличить его от описанного в 1920-х гг. заболевания, этиологически связанного

с вирусом инфекционного ларинготрахеита птиц (ILTV — infectious laryngotracheitis virus), который сегодня называется герпесвирус куриных 1-го типа (GaHV-1 — Gallid herpesvirus 1) (Herpesvirales: Herpesviridae, Iltovirus) [3, 5].

2 Здесь и далее таксономическое положение коронавирусов будет указываться по сокращенному формату (Род, Подрод) — см. табл. 1.

3 Коронавирусный энтерит индеек, вызываемый TCoV, назывался болезнью сизого гребня (bluecomb) [5].

части S-белка [108], участвующего во взаимодействии вириона с поверхностными рецепторами клеток-мишеней. Представители семейства псовых (Carnivora: Canidae) способны заражаться TGEV и порядка 2 недель выделять вирус с фекалиями [77]. Однако в 1974 г. у собак был описан собственный коронавирус, вызывающий поражение кишечника [22]. Позже этот вирус тоже разделили на два патотипа, имеющие различия в аминокислотной последовательности S-гена: менее патогенный коронавируса собак 1-го типа (CCoV-1 — Canine Coronavirus 1) и близкий к TGEV более патогенный CCoV-2 [3]. Аналогичная ситуация с разделением на пато-типы в результате различий в структуре S-гена возникла и у коронавирусов кошачьих (Carnivora: Felidae): менее летальный коронавирус энтерита кошек (FECV — Feline enteritis Coronavirus) широко распространен среди диких и домашних животных, вызванная им болезнь протекает относительно легко и может хронизироваться [94], а вирус инфекционного перитонита кошек (FIPV — Feline infectious peritonitis virus) встречается реже, но способен вызывать системное летальное заболевание [93]. В настоящее время, CCoV-1, CCoV-2, FECV, FIPV, PRCV и TGEV рассматриваются как подвиды альфакоронави-руса 1-го типа (AlphaCoV-1 — Alphacoronavirus 1)4 (Alphacoronavirus, Tegacovirus). Вместе с тем респираторный коронавирус собак (CRCoV — Canine respiratory Coronavirus) оказался штаммом коронавируса крупного рогатого скота (BetaCoV-1) с видоизмененным S-белком [71], а пантропный коронавирус собак (PanCCoV — Pantropic canine Coronavirus) — штаммом CCoV-2 (AlphaCoV-1) с единственной характерной заменой в спайко-вом белке S: D125N [40] (табл. 1).

В 1949 г. был описан вирус гепатита мышей (MHV — Murine hepatitis virus) [17, 29], который чрезвычайно широко распространен среди диких и лабораторных домовых мышей (Mus musculus), вызывает поражение печени и приводит к значительной летальности (до 100%) среди мышат-сосунков в виварных колониях [3, 20]. C 2011 г. MHV носит современное название «коронавирус мышей» (MCoV — Murine coronavirus) (Betacoronavirus, Embecovirus) [124]. К началу XXI в. MCoV был наиболее изученным представителем Coronaviridae (уступив затем этот «титул» особо опасным коронавирусам человека SARS-CoV и MERS-CoV). Подобно многим другим коронавирусам, многочисленные штаммы MHV были разделены на два па-тотипа, получившие названия энтеротропных5

(вызывающих цитолиз энтероцитов и многочисленные некрозы слизистой кишечника) и политропных (репродуцирующиеся в эпителии носоглотки, поражающие лимфоузлы, но не эпителий кишечника; известны нейро-тропные штаммы) [18]. В экспериментальных условиях крысы-сосунки могут быть заражены MHV, поэтому некоторое время этот вирус рассматривался как общий для мышей и крыс. Однако в 1970 г. был описан самостоятельный коронавирус крыс (RtCoV — Rat coronavirus), вызывающий поражение респираторного тракта и легких, а также сиалодакриоаденит [92]. К RtCoV чувствительны животные всех возрастов, но в наибольшей степени — новорожденные крысята, среди которых наблюдается умеренная летальность (до 40%) [3, 92]. Описанный еще в 1948 г. J.A. Miles и M.G. Stoker коронавирус пуффиноза (PCoV — Puffinosis coronavirus), который вызывает конъюнктивиты, волдыри на плавательных перепонках лап и спазмы раз-гибательных мышц у обыкновенных буревестников (Puffinus puffinus) на островах Скомер и Скохольм у юго-западного побережья Уэльса (Великобритания) [82, 88], оказался близок к MHV и RtCoV. Причина кроется в популя-ционных взаимодействиях мышевидных грызунов и буревестников, откладывающих яйца в норах, которые заселяются грызунами в межгнездовой период. В настоящее время MCoV включает в себя RtCoV и PCoV в качестве подвидов (табл. 1). Вероятнее всего, к MCoV принадлежит и вирус Рунде (RNDV — Runde virus), так и оставшийся еще с 1970-х гг. в статусе неклассифицированного [3]. RNDV был изолирован в 1977 г. из иксодовых клещей Ixodes uriae, собранных в гнездовых колониях морских птиц на норвежском острове Рунде [118]. Птицы вынуждены использовать для гнезд расщелины скал или рыть норы [например, так делают атлантические тупики (Fratercula arctica)]. Эти же укрытия используют затем грызуны, а напитавшиеся иксодиды могут содержать вирус по крайней мере в кишечнике (поскольку факт биологической трансмиссии RNDV не установлен). Косвенно в пользу этой гипотезы свидетельствует отсутствие коронавирусов среди штаммов, изолированных от I. uriae на небольших лишенных пресной воды островах, где грызуны отсутствуют [9, 73, 104].

Осенью 1958 г. в канадской провинции Онтарио было зарегистрировано тяжелое заболевание поросят: по достижению 6—7-дневного возраста у животных отмечались дрожь конеч-

4 Альфакоронавирусы других типов пока отсутствуют, и указание на «1-й тип» является историческим артефактом, поскольку вирусы в составе Л1рЬаСоУ-1 объединялись не сразу, а постепенно, и некоторое время существовали терминологические предложения

по альфакоронавирусам разных типов.

5 Энтеротропные штаммы МНУ некоторое время рассматривались как самостоятельный летальный кишечный вирус мышат [18], но это таксономическое предложение не получило широкой поддержки.

Таблица 1. Таксономическая структура* семейства Coronaviridae (Nidovirales, Cornidovirineae)

Table 1. Taxonomic structure* of Coronaviridae family (Nidovirales, Cornidovirineae)

Род Подрод Вид Species Прототипные штаммы Prototype strains

Genus Subgenus современное название** modern name** аббревиатура abbreviation обозначение*** designation*** источник изоляции source of isolation GenBankID

Подсемейство Letovirinae

Alphaletovirus Milecovirus Летовирус узкоротых квакш 1 -го типа Microhyla letovirus 1 ЛВУК-1 MLeV-1 MLeV-1 Microhyla fissipes Отсутствует на 29.02.2020

Подсемейство Orthocoronavirinae

Colacovirus Коронавирус летучих мышей CDPHE15 Bat Coronavirus CDPHE15 КВЛМ-С0РНЕ15 BtCoVCDPHE15 USA-2006 Myotis iucifugus NC_022103

Decacovirus Альфакоронавирус больших подковоносов НиВ2013 Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB2013 АКВБП-НиВ2013 BtRfAlphaCoV-HuB2013 BtRf-HuB2013 Rhinolophus ferrumequinum NC_028814

Коронавирус летучих мышей HKU10 Bat Coronavirus HKU10 квлм-нкию HCoV-HKUlO HKU10/183A Rousettus leschenaultii NC_018871

Duvinacovirus Коронавирус человека 229Е Human Coronavirus 229Е КВЧ-229Е HCoV-229E lnf-1 Homo sapiens sapiens NC_002645

Luchacovirus Коронавирус крыс Лунцюань Rn Lucheng Rn rat Coronavirus КВКЛ-Rn LRNV Lucheng-19 Rattus norvegicus NC_032730

Alphacoronavirus Minacovirus Коронавирус норок 1 -го типа Mink Coronavirus 1 KBH-1 MkCoV-1 ECGV/WD1127 Mustela vison NC_023760

Коронавирус хорьков KBX ECEV/FECV1 Mustela putorius furo KX512809

Ferret Coronavirus FrCoV FSCV/FSCV6 Mustela putorius furo KX512810

Minunacovirus Коронавирус длиннокрылое 1 -го типа Miniopterus bat Coronavirus 1 КВДК-1 BtMiCoV-1 AFCD62 Miniopterus magnater EU420138

Коронавирус длиннокрылое HKU8 Miniopterus bat Coronavirus HKU8 квдк-нкиг BtCoV-HKU8 HKU8/AFCD77 Miniopterus pusillus NC_010438

Myotacovirus Альфакоронавирус азиатских рыбоядных ночниц Sax-2011 Myotis ricketti alphacoronavirus Sax2011 AKBAPH-Sax-2011 BtMrAlphaCoV- Sax-2011 BtMr-SAX2011 Myotis ricketti NC_028811

Nyctacovirus Альфакоронавирус китайских вечерниц SC2013 Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC2013 AKBKB-SC2013 BtNv-AlphaCoV-SC2013 BtNv-SC2013 Nyctalus plancyi velutinus NC_028833

Род Подрод Вид Species Прототипные штаммы Prototype strains

Genus Subgenus современное название** modern name** аббревиатура abbreviation обозначение*** designation*** источник изоляции source of isolation GenBank ID

Pedacovirus Вирус эпизоотической диареи свиней Porcine epidemic diarrhea virus вэдс PEDV CV777 Sus scrofa domesticus KT323979

Коронавирус домовых гладконосов 512 Scotophilus bat Coronavirus 512 КВДГ-512 BtCoV-512 BtCoV/512/2005 Scotophilus kuhlii NC_009657

Rhinacovirus Коронавирус подковоносов HKU2 Rhinolophus bat Coronavirus HKU2 КВПН-НК112 BtCoV-HKU2 H KU2/G D/430/2006 Rhinolophus sinicus NC_009988

Setracovirus Коронавирус человека NL63 Human Coronavirus NL63 KB4-NL63 HCoV-NL63 Amsterdam I Homo sapiens sapiens AY567487

NI-63-подобный коронавирус BtKYNL63-9b NL63-related bat Coronavirus BtKYNL63-9b ШбЗ-ПКВЛМ-ЭЬ NL63-rBtCoV-9b BtKYNL63-9b Triaenops afer KY073745

Alphacoronavirus CCoV-1/259/01 AF502583

CCoV-2/lnsavc-1 Canis lupus familiaris D13096

Альфакоронавирус 1 -го типа Alphacoronavirus 1 AKB-1 AlphaCoV-1 PanCCoV/CB/05 KP981644

Tegacovirus FECV/RM Felis silvestris catus FJ938051

FIPV/79-1146 AY994055

PRCV/OH7269 Sus scrofa domesticus KR270796

TGEV/Purdue NC_038861

Incertae sedis Коронавирус кроликов, вызывающий кардиомиопатию Rabbit Coronavirus provoking cardiomyopathy КВК-КМП RbCoVCMP Stockholm agent Oryctolagus cuniculus domesticus Отсутствует на 29.02.2020

LAMV/Longquan-343 Apodemus agrarius KF294357

BCoV/Mebus Bos taurus taurus BCU00735

CRCoV/BJ232 Canis lupus familiaris KX432213

Бетакоронавирус 1-го типа Betacoronavirus 1 БКВ-1 ECoV/NC99 Equus férus caballus EF446615

Betacoronavirus Embecovirus BetaCoV-1 HCoV-OC43/ATCC VR-759 Homo sapiens sapiens AY391777

RbCoV-HKU14 Oryctolagus cuniculus domesticus NC_017083

PHEV/CC14 Sus scrofa domesticus MF083115

Коронавирус крыс Китая HKU24 China Rattus Coronavirus HKU24 KBKK-HKU24 CRCoV-HKU24 HKU24-R05005I Rattus norvegicus NC_026011

Окончание таблицы 1. Таксономическая структура* семейства Coronaviridae (Nidovirales, Cornidovirineae)

Table 1. Taxonomic structure* of Coronaviridae family (Nidovirales, Cornidovirineae) (continued)

Вид Прототипные штаммы

Род Подрод Species Prototype strains

Genus Subgenus современное название** аббревиатура обозначение*** источник изоляции GenBank ID

modern name** abbreviation designation*** source of isolation

MHV/JHM Mus musculus AC_000192

Коронавирус мышей квм LRLV/Longquan-370 Rattus losea KF294371

Embecovirus Murine Coronavirus MCoV RtCoV/Parker Rattus norvegicus NC_012936

PCoV Puffinus puffinus AJ544718

Коронавирус человека HKU1 Human Coronavirus HKU1 KB4-HKU1 HC0V-HKU1 HKU1 Homo sapiens sapiens NC_006577

Hibecovirus Бетакоронавирус листоносов Пратта Zhejiang2013 Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013 вквлп-гмз BtHp-BetaCoV-Zh13 Zhejiang2013 Hipposideros pratti NC_025217

Коронавирус Ближневосточного Jeddah/Camel-1 Camelus dromedarius KF917527

респираторного синдрома КВ-БВРС EMC/2012 Homo sapiens sapiens JX869059

Middle East respiratory syndrome-related Coronavirus MERS-CoV Italy/206645-63/2011 Pipistrellus kuhlii MG596803

Merbecovirus Коронавирус ежей 1 типа Hedgehog Coronavirus 1 КВЕ-1 HdCoV-1 EriCoV Erinaceus europaeus MK679660

Коронавирус косолапых кожанов HKU4 Tylonycteris bat Coronavirus HKU4 KBKK-HKU4 BtCoV-HKU4 HKU4/B04Í Tylonycteris pachypus NC_009019

Betacoronavirus Коронавирус нетопырей HKU5 Pipistrellus bat Coronavirus HKU5 КВНП-НК115 BtCoV-HKU5 HKU5/LMH03Í Pipistrellus abramus NC_009020

Коронавирус ночных крыланов GCCDC1 Rousettus bat Coronavirus GCCDC1 KBHK-GCCDC1 BtCoV-GCCDC1 GCCDC1/356 Rousettus leschenaulti NC_030886

Nobecovirus Коронавирус ночных крыланов HKU9 Rousettus bat Coronavirus HKU9 KBHK-HKU9 BtCoV-HKU9 HKU9/BF_005I Rousettus leschenaultii NC_009021

Коронавирус пальмовых крыланов С704 Eidolon bat Coronavirus C704 КВПК-С704 BtCoV-C704 KY24/2006 Eidolon helvum KX285106

Коронавирус китайских подковоносов КВКП CoVZC45 Rhinolophus sinicus MG772933

Rhinolophus sinicus Coronavirus BtRsCoV C0VZXC21 Rhinolophus sinicus MG772934

Коронавирус тяжелого острого GD01 Homo sapiens sapiens AY278489

респираторного синдрома KB-TOPC SZ3 Paguma larvata AY304486

Sarbecovirus Severe acute respiratory syndrome-related Coronavirus SARS-CoV Rs672/2006 Rhinolophus sinicus FJ588686

Коронавирус тяжелого острого Wuhan-Hu-1 Homo sapiens sapiens NC_045512

респираторного синдрома 2-го типа Severe acute respiratory syndrome-related KB-TOPC-2 SARS-CoV-2 PaCoV-1420 Manis javanica Отсутствует на 29.02.2020

Coronavirus 2 RaTG13 Rhinolophus affinis MN996532

Род Genus Подрод Subgenus Вид Species Прототипные штаммы Prototype strains

современное название** modern name** аббревиатура abbreviation обозначение*** designation*** источник изоляции source of isolation GenBank ID

Deltacoronavirus Andecovirus Коронавирус свиязей HKU20 Wigeon Coronavirus HKU20 KBC-HKU20 WiCoV-HKU20 HKU20-9243 Anas penelope NC_016995

Buldecovirus Дельтакоронавирус свиней Porcine deltacoronavirus ДКВС PDCoV HKU15-44 Sus scrofa domesticus JQ065042

HKU15/IN2847 Sus scrofa domesticus KJ569769

SpCoV-HKU17 Passer montanus NC_016992

Коронавирус белоглазок HKU16 White eye Coronavirus HKU16 КВБГ-НК1116 WEC0V-HKUI6 HKU16-6847 Zosterops paipebrosus NC_016991

Коронавирус бюльбюлей HKU11 Bulbul Coronavirus HKU11 КВББ-НК1111 BuCoV-HKU11 H KU 11-796 Pycnonotus sinensis FJ376620

Коронавирус муний HKU13 Munia Coronavirus HKU13 KBA-HKU13 MuCoV-HKU13 HKU13-3514 Lonchura striata NC_011550

MRC0V-HKUI8 Copsychus sauiaris NC_016993

Herdecovirus Коронавирус квакв HKU19 Night heron Coronavirus HKU19 KBK-HKU19 NHC0V-HKUI9 HKU19-6918 Nycticorax nycticorax NC_016994

Moordecovirus Коронавирус камышниц HKU21 Common moorhen Coronavirus HKU21 KBK-HKU21 CMC0V-HKU2I HKU21-8295 Gallinula chioropus NC_016996

Gammacoronavirus Cegacovirus Коронавирус китообразных Cetacean Coronavirus KB КО CetCoV SW1 Deiphinapterus ieucas EU111742

HKU22 Tursiops aduncus KF793826

Igacovirus Коронавирус птиц Avian Coronavirus КВП ACoV IBV/Connecticut Gallus gallus domesticus KF696629

IBV/Massachusetts Gallus gallus domesticus GQ504724

TCoV/MG10 Meleagris gallopavo NC_010800

KQ6 Pavo cristatus AY641576

PhCoV/10623/17 Phasianus colchicus MK423877

* Порядок следования родов и подродов внутри каждого рода соответствует их латинскому названию, вирусов внутри каждого подрода — их русскому названию, прототипных штаммов каждого вируса — латинскому названию источника их изоляции.

** Прототипные вирусы каждого рода представлены в табл. 2.

*** Косая черта в данном столбце используется как необходимый элемент идентификация штамма.

* The consequence of genera and subgenera within each genus corresponds to their Latin name, viruses within each subgenus — to their Russian name, prototypical strains of each virus — to the Latin name of the source of their isolation.

** Prototype viruses of each genus are presented in table 2.

*** The slash In this column is used as the required element strain Identification.

ностей, съеживание и визг, а затем развивался энцефаломиелит, сопровождающийся рвотой, запорами и критическим истощением [101]. Данное заболевание получило широкое распространение в провинции Онтарио и на сопредельных территориях в течение нескольких последующих лет [14]. A.S. Greig с соавт. (1962), изолировавшие этиологический агент этого заболевания из мозга больных поросят на первичной клеточной культуре почки свиньи, дали ему название гемагглютинирующий вирус энцефаломиелита свиней (PHEV — Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus) [48]. В 1972 г. E.L. Stair с соавт. описали выделение и электронно-микроскопическую идентификацию коронавируса из фекалий новорожденных телят, страдающих поражением кишечника и респираторного тракта [114]. Этот вирус сначала получил название вирус диареи телят Небраски, а потом — коронавирус крупного рогатого скота (BCoV — Bovine Coronavirus). Родственный коронавирус лошадей (ECoV — Equine Coronavirus) был идентифицирован в 1999 г. [52]. BCoV, ECoV и PHEV входят в состав бетакоронавируса 1-го типа (BetaCoV-1 — Betacoronavirus 1)6 (Betacoronavirus, Embecovirus) (табл. 1).

В 1965 г. D.A. Tyrrell и M.L. Bynoe, сотрудники отдела ОРЗ Медицинского госпиталя в г. Солсбери (Великобритания), использовали органную культуру трахеи 14-22-недельно-го человеческого эмбриона (HETOC — human embryonic tracheal organ culture) для изоляции вирусов из назальных смывов больных ОРЗ и получили штамм первого коронавируса человека (HCoV — Human coronavirus). Этот штамм вошел в историю вирусологии под названием B814 (в связи с маркировкой соответствующего смыва) [119]. Год спустя D. Hamre и J.J. Procknow из Чикагского университета опубликовали результаты изоляции штамма 229E от студента с симптомами ОРЗ [53]. В 1967 г. K. Mcintosh с соавт. сообщили об изоляции обширной серии штаммов с помощью HETOC, которые они обозначали OC1, OC2 и т.д. [78]. Наибольшую известность из них получил штамм OC43 [23]. Известные в те годы коронавирусы человека считались настолько безопасными, что их даже пассировали на волонтерах [25, 119]. К сожалению, подавляющее большинство указанных выше штаммов 1960—1970 гг. не сохранились в коллекциях и оказались утерянными,

за исключением HCoV-229E (Alphacoronavirus, Duvinacovirus) и HCoV-OC43. Последний входит в BetaCoV-1 в ранге подвида (табл. 1).

«Коронация» коронавирусов состоялась 16.11.1968 г., когда в свет вышел очередной 5168-й выпуск журнала Nature, в котором группа из восьми вирусологов (включая некоторых авторов первых эпидемических коронавиру-сов) опубликовала краткое таксономическое предложение: вследствие характерной морфологии вирионов (рис. 1) IBV, MHV, B814, 229E, OC43 на негативно контрастированных электронных фотографиях — выраженного зубчатого (коронообразного)7 обрамления (порядка 20 нм) округлых плейоморфных частиц (120—160 нм) — объединить эти вирусы в группу «coronaviruses» [15]. Поскольку перечисленные вирусы первоначально рассматривались как миксовирусы8, то предложение было направлено профессору A.P. Waterson, возглавлявшему тогда Группу изучения миксовирусов в составе Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV — International Committee on Taxonomy of Viruses). Уже год спустя при описании RtCoV J.C. Parker с соавт. (1970) использовали в названии статьи термин «coronavirus». В I Таксономическом каталоге ICTV (1971 г.) [34] коронавирусы были выделены в отдельную группу (род), а в 1976 г. ICTV присвоил корона-вирусам статус семейства [35] и включил в него известные в то время, но не учтенные в первоначальном предложении [15] TCoV, TGEV, CCoV, PHEV, RtCoV, BCoV и возбудитель EVD.

В 1972 г. английский ветеринарный врач J. Oldham описал новое инфекционное кишечное заболевание свиней, которое напоминало TGEV-индуцированный гастроэнтерит, но в отличие от TGEV поражало не столько поросят-сосунков, сколько поросят-отъемышей [89]. Заболевание было названо эпизоотической вирусной диареей (EVD — Epidemic viral diarrhea). В 1976 г. этиологический агент подразделили на два типа, и считалось, что EVD-2 способен поражать не только отъемышей, но свиней всех возрастных групп [140]. В 1978 г. специалисты из Гентского Университета (Бельгия) показали значительное отличие EVD от известных тогда TGEV, PRCV и PHEV, предложив считать EVD самостоятельным ко-ронавирусом [96], который вскоре получил современное название: эпизоотическая диарея свиней (PEDV — Porcine epidemic diarrhea virus)

6 Бетакоронавирусы других типов пока отсутствуют, и указание на «1-й тип» является историческим артефактом, поскольку вирусы в составе BetaCoV-1 объединялись не сразу, а постепенно, и некоторое время существовали терминологические предложения

по бетакоронавирусам разных типов.

7 В оригинальной статье [15] «зубчатое обрамление» названо «бахромой», а именно: «„there is also a characteristic «fringe» of projections 200 A long...».

8 Миксовирусы (от др.-греч. — слизь) — устаревшая таксономическая группа вирусов, предложенная в 1955 г. C.H. Andrewes и включавшая в себя вирусы, способные связываться с полисахаридами и гликопротеинами на поверхности клетки-мишени. Впоследствие была разделена на несколько семейств: Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Coronaviridae, Pneumoviridae.

(Alphacoronavirus, Pedacovirus) [31]. PEDV является одним из наиболее экономически значимым вирусом для современного свиноводства, приводя к значительной (до 50%) летальности среди всех возрастных групп с пиком (до 100%) у поросят 5-6-недельного возраста и значительным потерям привеса во время откорма животных [129]. D.U. Lee с соавт. (2016) с помощью ОТ-ПЦР показал, что порядка 10% диких кабанов (Sus scrofa) в Республике Корея инфицированы PEDV, на основании чего было сделано предположение о том, что дикие кабаны могут служить природным резервуаром этого вируса.

Эпизоотический катаральный энтерит (ECG — epizootic catarrhal gastroenteritis) среди американских9 норок (Neovison vison), описанный на зверофермах A.E. Larsen и J.R. Gorham (1975), сначала не рассматривался как инфекционное заболевание: потеря веса и снижение качества меха у животных в возрасте 4 мес. и старше при относительно невысокой летальности (< 5%) могли быть вызваны множеством причин. Инфекционная природа ECG была установлена лишь в начале 1980-х гг. [109], а в 1985 г., после того как M. Hansen описал вирусные частицы в фекалиях американских норок во время эпизоотии ECG в Дании, появился термин ECGV (ECG virus), рассматриваемый в то время как «коронавирус-подобный» [47, 54]. В настоящее время, ECGV носит название коронавирус норок 1-го типа (MkCoV-1 — Mink coronavirus 1)10 (Alphacoronavirus, Minacovirus).

Весной 1993 г. по восточному побережью США прокатилась эпизоотия среди фреток (Mustela putorius furo)11, сопровождавшаяся обильной диареей ярко-зеленого цвета с высоким содержанием слизи. Заболевание быстро охватывало все стадо в питомнике, но летальность не превышала 3%. В фекалиях больных животных были найдены вирусные частицы с характерной коронавирусной морфологией, что позволило сразу же классифицировать новый вирус эпизоотического катарального энтерита (ECEV — Epizootic catarrhal enteritis virus) с точностью до семейства [130]. Известный с 2002 г. коронавирус системного заболевания хорьков (FSCV — Ferret systemic disease coronavirus), вызывающий энтерит с высокой летальностью [76, 97], оказался идентичен ECEV и отличается от него лишь структурой S-белка [132]. На сегодняшний день, ECEV и FSCV объединены под общим названием ко-

ронавирус хорьков (FrCoV — Ferret coronavirus) (Alphacoronavirus, Minacovirus).

J.D. Small с соавт. (1979), идентифицируя так называемый «Стокгольмский агент», описали коронавирус кроликов, вызывающий кардио-миопатию (RbCoV-CMP — Rabbit coronavirus cardiomyopathy provoking) (Incertae sedis) с характерной морфологией вирионов (рис. 1Ж). Историю «Стокгольмского агента» следует начинать с 1912 г., когда из цереброспинальной жидкости пациента с нейросифилисом был изолирован один из наиболее известных прототипных штаммов бледной трепонемы (Treponema pallidum) Nichols, который начали пассировать на домашних кроликах (Oryctolagus cuniculus domesticus) путем интертестикулярно-го (в яичко) введения [86]. С 1953 г. этот штамм успешно перевивался на кроликах в Швеции вплоть до 1961 г., когда сначала у отдельных инокулированных животных, а потом все чаще стало развиваться заболевание, характеризующееся ректальной температурой свыше 40°С, выраженным отеком легких, застойными явлениями в поверхностных лимфатических узлах и летальностью на уровне 50—75% на фоне выраженной кардиомиопатии. Гомогенат кроличьих яичников, пропущенный через бактериальные фильтры после температурной инактивации12 трепанем, сохранял свою патогенность [51]. Полученный таким образом инфекционный препарат и получил название «Стокгольмского агента», природа которого несколько лет оставалась неизвестной [50], пока десять лет спустя не появилась работа J.D. Small с соавт. (1979). Источник RbCoV-CMP остался неизвестен. Нельзя исключать, что это результат лабораторной контаминации. Антисыворотка против RbCoV-CMP в реакции связывания комплемента взаимодействовала с антигенами HCoV-229E, но не MHV [110]; в реакции нейтрализации методом бляшек in situ — с TGEV и CCoV, но не с FIPV; вакцина против CCV, FIPV и TGEV лишь незначительно снижала летальность от RbCoV-CMP-инфекции [111]. Вероятнее всего, RbCoV-CMP представляет собой самостоятельный вирус из семейства Alphacoronavirus (табл. 1), однако отсутствие молекулярно-генетических данных не позволяет верифицировать эту гипотезу. Долгое время RbCoV-CMP был единственным коронавирусом кроликов и постепенно утратил вторую часть названия (CMP) — так же, как и открытый позже коронавирус кроли-

9 В настоящее время географический термин «американская» в названии данного вида следует рассматривать в историческом контексте, поскольку в результате искусственной интродукции этот вид широко распространился на территории Северной Евразии, существенно потеснив и сократив ареал европейской норки (Mustela lutreola).

10 Коронавирусы норок иных типов пока неизвестны, однако название «MkCoV-1» отражает надежду на существование у европейских норок (Mustela lutreola) собственного варианта возбудителя ECG.

11 Фретки, или фуро (Mustela putorius furo), — одомашненная форма лесного хорька (M. putorius).

12 T. pallidum сохраняет жизнеспособность в узком диапазоне температур в районе 37°С, поэтому может быть инактивирована незначительным повышением температуры, при котором сохраняется жизнеспособность оболочечных вирусов.

100 nm

Ф-ГШ^® ШКШШ

JsnuHp

■¡■■■■HaoI

a>

100 nm

Пепломеры, сформированные тримерами белка S Peplomers formed by the trimers of the protein S

Гемагглютинин-эстераза HE Hemagglutinin-esterase HE

Нуклеокапсидный белок N Nucleocapsid protein N

Трансмембранный белок M Transmembrane protein M

Трансмембранные пентамеры белка E Transmembrane pentamers of protein E

Рисунок 1. Морфология вириона коронавирусов: электронно-микроскопические фотографии и схематическое изображение вириона

Figure 1. Morphology of the virion of coronaviruses: electron microscopy images and schematic image of the virion

А. Вирус инфекционного бронхита кур, или коронавирус птиц, ACoV (Gammacoronavirus, Igacovirus), из работы G. Marsolais с соавт. (1971). Б. Почкующиеся частицы вируса трансмиссивного гастроэнтерита свиней, или альфакоронавируса 1 типа, TGEV (Alphacoronavirus, Tegacovirus), из работы J.W. Rossen с соавт. (1994). В. Коронавирус SW1, CetCoV (Gammacoronavirus, Cegacovirus), из работы K.A. Mihindukulasuriya с соавт. (2008). Г. Коронавирус человека NL63, HCoV-NL63 (Alphacoronavirus, Setracovirus), из работы J.A. Lednicky с соавт. (2013). Д. Коронавирус Ближневосточного респираторного синдрома, MERS-CoV (Betacoronavirus, Merbecovirus), из работы W.B. Park с соавт. (2016). Е. Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2 типа, SARS-CoV-2 (Betacoronavirus, Sarbecovirus), из работы W.B. Park с соавт. (2020). Ж. Коронавирус кроликов, вызывающий кардиомиопатию, RbCoV-CMP (Incertaesedis), из работы J.D. Small с соавт. (1970). З. Схематическое изображение вириона коронавирусов. Оболочечные вирусные частицы имеют округлую (120-160 нм) плеоморфную форму. Булавовидные поверхностные пепломеры, формирующие «зубцы короны» длиной 10-25 нм, представляют собой тримеры спайкового гликопротеина S (150-220 kDa), первая субъединица (S1) которого взаимодействует с рецептором клетки-мишени. Поверхностный гликопротеин HE (9-12 kDa), обладающий гемагглютинин-эстеразной активностью, имеется лишь у BetaCoV-1, CRCoV-HKU24, HCoV-HKU1, MCoV. Белок М (23-35 kDa) является трансмембранным с трехзаходной NexoCendo-топологией (AlphaCoV-1 дополнительно содержит трансмембранный белок M' с четырехзаходной ^^С^топологией). Пентамеры белка Е (9-12 kDa) способны формировать ионные каналы и представляют собой важный фактор вирулентности коронавирусов (таких пентамеров в оболочке вириона очень мало — всего нескольких копий на вирион). Нуклеокапсид (60-70 нм) спиральной симметрии формируется фосфорилированным белком N (50-60 kDa) в комплексе с вирионной геномной РНК в форме одиночного сегмента позитивной полярности (вгРНК+), который m7G кэпирован13 на 5'-и полиаденилирован на 3'-конце [3, 124].

A. Chicken infectious bronchitis virus, or avian coronavirus, ACoV (Gammacoronavirus, Igacovirus), from the article

of G. Marsolais et al. (1971). B. Budding particles of porcine transmissible gastroenteritis virus, or alphacoronavirus 1, TGEV

13 ш70 кэпирование означает наличие на 5'-конце молекулы РНК модифицированного рибонуклеотида — 7-метилгуанозина, который соединен 5',5'-трифосфатным мостиком с первым нуклеотидным остатком.

(Alphacoronavirus, Tegacovirus), from the article of J.W. Rossen et al. (1994). C. Coronavirus SW1, CetCoV (Gammacoronavirus, Cegacovirus), from the article of K.A. Mihindukulasuriya et al. (2008). D. Human Coronavirus NL63, HCoV-NL63 (Alphacoronavirus, Setracovirus), from the article of J.A. Lednicky et al. (2013). E. Middle East respiratory syndrome Coronavirus, MERS-CoV (Betacoronavirus, Merbecovirus), from the article of W.B. Park et al. (2016). F. Coronavirus of severe acute respiratory syndrome 2, SARS-CoV-2 (Betacoronavirus, Sarbecovirus), from the article of W.B. Park et al. (2020). G. Rabbit coronavirus that causes cardiomyopathy, RbCoV-CMP (Incertaesedis), from the article of J.D. Small et al. (1970). H. Schematic representation of the coronavirus virion. Enveloped virus particles have a rounded (120-160 nm) pleomorphic shape. Petal-shaped surface peplomers that form "crown teeth" 10-25 nm long are trimers of spike glycoprotein S (150-220 kDa), the first subunit (S1) of which interacts with the target cell receptor. Surface glycoprotein HE (9-12 kDa), which has hemagglutinin-esterase activity, is available only in BetaCoV-1, CRCoV-HKU24, HCoV-HKU1, and MCoV. Protein M (23-35 kDa) is a transmembrane with a triple-spanning NexoCendo topology (AlphaCoV-1 additionally contains a transmembrane protein M' with a tetra-spanning NexoCexo topology). Pentamers of protein E (9-12 kDa) are able to form ion channels and are an important factor in the virulence of coronaviruses (there are very few such pentamers in the virion envelope — only a few copies per virion). A nucleocapsid (6070 nm) of helical symmetry is formed by phosphorylated protein N (50-60 kDa) in complex with virion genomic RNA in the form of a single segment of positive polarity (vgRNA+), which is m7G-capped at the 5'- and polyadenylated at the 3'-end [3, 124].

ков HKU14 (RbCoV-HKU14 — Rabbit coronavirus HKU14) [64], что часто затрудняет анализ каталогов вирусных штаммов. В настоящее время RbCoV-HKU14 включен в BetaCoV-1.

Еще в V Таксономическом каталоге ICTV (1991 г.) [122] семейство Coronaviridae подразделялось на два рода (Coronavirus14 и Torovirus15) и не входило в таксоны более высокого порядка. В 1996 г. C.R. Pringle по итогам X Международного вирусологического конгресса (Иерусалим, 11—16.08.1996) формулирует таксономическое предложение о формировании отряда Nidovirales на основе Arteriviridae (повысив до статуса семейства ранее отдельный род Arterivirus) и Coronaviridae [98]. Название нового отряда было выбрано от лат. nidos (гнезда), поскольку экспрессия генома включает синтез 3'-котерминальных вложенных субгеномных мРНК (рис. 2). Современная структура семейств и родов Nidovirales представлена в таблице 2.

К началу XXI в. о коронавирусах сложилось мнение как об актуальных ветеринарных патогенах, но не представляющих особой опасности для человека. Ситуация кардинально поменялась в 2002 г., когда вирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV — Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus) (Betacoronavirus, Sarbecovirus) был идентифицирован как этиологический агент эпидемии в южных провинциях16 Китая. В период этой эпидемии, 01.11.2002—31.07.2003, на территории Китая17 летальность составила 9,2% (685/7429), а по всему миру, с учетом 667 заболевших и 89 умерших в 29 странах за пределами Китая18, 19 вследствие завозных случаев — 9,6% (774/8096)20 [3, 4, 6, 11, 141]. Было установлено, что зараже-

ние людей произошло от гималайских цивет (Paguma larvata) [49]. Дальнейшее изучение экологии SARS-CoV позволило установить, что этот вирус является природно-очаговым, его природным резервуаром являются летучие мыши (Chiroptera, Microchiroptera) [3, 68, 79], которые переносят инфекцию инаппарантно, но выделяют вирус со слюной, мочой и фекалиями, заражая мелких млекопитающих, широко используемых в странах Юго-Восточной Азии для нужд восточной медицины и употребляемых в пищу.

Эпидемия, вызванная SARS-CoV, подстегнула процесс изучения коронавирусов. В 2004 г. голландские исследователи описали корона-вирус человека NL63 (от англ. Sample number 63 from the Netherlands) (HCoV-NL63 — Human coronavirus NL63) (Alphacoronavirus, Setracovirus) [45, 66, 121]. В январе 2005 г. сотрудники Гонконгского университета изолировали от 71-летнего пациента с ОРЗ, осложненным двусторонней пневмонией, новый коронавирус человека HKU1 (HCoV-HKU1 — Human coronavirus HKU1) (Betacoronavirus, Hibecovirus) [135], положив начало использованию префикса HKU (от англ. Hong Kong University) с порядковым номером штамма, который встречается в названиях многих вирусов (табл. 1). Однако на протяжение «трех пятилеток», 2005—2019 гг., «ударными темпами» открывались новые коронавирусы рукокрылых (Chiroptera): коронавирус подковоносов HKU2 (BtCoV-HKU2 — Rhinolophus bat coronavirus HKU2) (Alphacoronavirus, Rhinaco-virus); коронавирус подковоносов HKU3 (BtCoV-HKU3 — Rhinolophus bat Coronavirus HKU3), в настоящее время вошедший в SARS-CoV; коронавирус косолапых кожанов HKU4 (BtCoV-

14 В настоящее время Coronavirus разделился на два рода: Alphacoronavirus и Betacoronavirus (табл. 1).

15 В настоящее время род Torovirus является прототипным для подсемейства Torovirinae семейства Tobaniviridae в отряде Nidovirales.

16 Эпицентром эпидемии стала китайская провинция Гуандун.

17 Включая Гонконг, Макао и Тайвань, которые в статистике ВОЗ выделяются отдельными строками, но согласно законодательству Китайской Народной Республики, входят в ее состав.

18 Количество собственно завозных случаев было равно 121, еще 546 случаев стали результатом последующих заражений.

19 Один завозной случай SARS-CoV был зарегистрирован на территории Российской Федерации в г. Благовещенске.

20 В некоторых источниках приводится увеличенная статистика: 10,9 % (916/8422). Это связано с тем, что ВОЗ исключила из статистики 326 случаев заболевания и 142 смертельных случая по формальным причинам недостаточности документального подтверждения, хотя эти случаи продолжают использоваться в национальной статистике.

Рисунок 2. Экспрессия генома коронавирусов на примере коронавируса мышей, MCoV (Betacoronavirus, Embecovirus), прототипного вируса этого семейства21

Figure 2. Expression of the coronavirus genome on the example of Murine coronavirus, MCoV (Betacoronavirus, Embecovirus), a prototype virus of this family

Вирионная геномная РНК+ (вгРНК+) представляет собой односегментную молекулу РНК позитивной полярности. Будучи т7й-кэпирована на 5'-конце и 3'-полиаденилирована вгРНК+ выступает в качестве мРНК для синтеза двух протяженных полипротеинов ppla и pplab длиной порядка 4000 и 7000 аминокислотных остатков соответственно (см. верхнюю часть рисунка). Полипротеин pplab включает в себя ppla и образуется в результате игнорирования рибосомой в 20-30% случаев стоп-сигнала из-за шпильки, смещающей рамку считывания. Полипротеины ppla и pplab не существуют в клетке как единые молекулы и котрансляционно нарезаются протеазами на 16 неструктурных белков (nsp — nonstructural protein): nspl — расщепляет хозяйские мРНК, ингибирует продукцию интерферонов, блокирует клеточный цикл; nsp2, nsp4, nsp6, nspl 1 — преобразуют складки эндоплазматического ретикулума и формируют двухслойные везикулы, в которых происходят ранние этапы сборки дочерних вирусных частиц; nsp3 — АДФ-рибоза-1'-фосфатаза, а также содержит два аутопротеолитических фрагмента папаин-подобных протеаз (PL1 и PL2 — сайты расщепления показаны стрелками); nsp5 — 3С-подобная протеаза (сайты расщепления показаны стрелками); nsp7, nsp9 — эффективно связываются с одноцепочечными РНК; nsp8 — в комплексе с nsp7 способна выполнять функцию дополнительной РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp — RNA-dependent RNA-polymerase); nsp10 — формирует «цинковый палец»; nsp12 — основная RdRp; nsp13 — 5'^ 3'-геликаза (Hel — Helicase); nsp14 — 3'^5' экзорибонуклеаза (требуется для исправления ошибок RdRp) и гуанин^7-метилтрансфераза (GN7M — guanine-N7-methyltransferase); nsp15 — эндорибонуклеаза (NendoU, NeU, — Endoribonuclease); nsp16 — 2'-0-метилтрансфераза (O-MT — 2'-0-methyltransferase), метилирующая два первых нуклеотида после т^-кэпа. Используя вгРНК+ в качестве матрицы, RdRp синтезирует комплементарную геномной РНК негативной полярности (кгРНК-), которая, в свою очередь, выступает в качестве матрицы для синтеза вгРНК+ для дочерних вирионов (правая часть рисунка). Помимо этого, RdRp синтезирует на матрице вгРНК серию субгеномных РНК негативной полярности (сгРНК-) с разрывом цепи и переносом ее к 5'-концу матрицы, в результате чего все сгРНК- этой серии имеют одинаковые 3'-/5'-фланги и центральные части различной степени вложенности друг в друга (нижняя часть рисунка). Эта особенность синтетического аппарата является общей для всех представителей отряда Nidovirales, из-за которой он и получил свое название от лат. nidos (гнезда). Далее сгРНК- используются

21 Другие коронавирусы могут не иметь НЕ и несколько отличаться структурой 3'-концевого набора генов, участвующих в формировании сгмРНК.

в качестве матрицы для синтеза субгеномных матричных РНК позитивной полярности (сгмРНК)22, с которых считываются структурные и некоторые неструктурные белки. Сборка дочерних вирионов происходит в эндоплазмтическом ретикулуме, и затем они покидают хозяйскую клетку путем экзоцитоза.

Virion genomic RNA+ (vgRNA+) is a monomeric positive-sense RNA molecule. Being m7G-capped at the 5'-terminus and 3'-polyadenylated vgRNA+ acts as an mRNA for the synthesis of two extended pp1a and pp1ab polyproteins about 2000 and 7000 amino acid residues long, respectively (see the upper part of the figure). The pp1ab polyprotein includes pp1a and is formed as a result of the ribosome ignoring the stop signal in 20-30% of cases due to a hairpin RNA loop that shifts the reading frame. Polyproteins pp1a and pp1ab do not exist in the cell as single molecules and are cotranslationally cut by proteases into 16 nonstructural proteins (nsp): nsp1 — cleaves host mRNAs, inhibits interferon production, blocks the cell cycle; nsp2, nsp4, nsp6, nsp11 -transform the folds of the endoplasmic reticulum and form two-layer vesicles in which the early stages of the assembly of new virus particles occur; nsp3 — ADP-ribose-1'-phosphatase and also contains two autoproteolytic fragments of papain-like proteases (PL1 and PL2 — cleavage sites are shown by arrows); nsp5 — 3C-like protease (cleavage sites are shown by arrows); nsp7, nsp9 — effectively bind to single-stranded RNAs; nsp8 — in combination with nsp7 is able to perform the function of an additional RNA-dependent RNA polymerase (RdRp — RNA-dependent RNA-polymerase); nsp10 — forms a "zinc finger"; nsp12 — basic RdRp; nsp13 — 5'^ 3'-helicase (Hel — helicase); nsp14 — 3'^ 5'-exoribonuclease (required for RdRp error correction) and guanine-N7-methyltransferase (GN7M — guanine-N7-methyltransferase); nsp15 — endoribonuclease (NendoU, NeU, — Endoribonuclease); nsp16 — 2'-O-methyltransferase (O-MT — 2'-O-methyltransferase) methylating the first two nucleotides after the m7G-cap. Using vgRNA+ as a matrix RdRp synthesizes a complement negative-sense genomic RNA (cgRNA), which in turn acts as a matrix for the synthesis of vgRNA+ for new virions (right part of the figure). In addition RdRp synthesizes a series of subgenomic RNAs of negative polarity (sgRNA) on the vgRNA matrix with a chain break and transition into the 5'-terminus of the matrix, as a result all sgRNAs of this series have the same 3'/5'-flanks and central parts of various degrees of nesting in each other (lower part of the figure). This feature of the synthetic apparatus is common to all representatives of the order Nidovirales, which is why it got its name from Latin nidos (nests). Further sgRNAs are used as a matrix for the synthesis of subgenomic positive-sense matrix RNA (sgmRNA), from which structural and some non-structural proteins are translated. Assembly of new virions occurs to the endoplasmic reticulum and then they leave the host cell by exocytosis.

HKU4 — Tylonycteris bat Coronavirus HKU4) (Betacoronavirus, Merbecovirus); коронавирус нетопырей HKU5 (BtCoV-HKU5 — Pipistrellus bat Coronavirus HKU5) (Betacoronavirus, Merbecovirus); коронавирус длиннокрылов HKU8 (BtCoV-HKU8 — Miniopterus bat Coronavirus HKU8) (Alphacoronavirus, Minunacovirus); коронавирус ночных крыланов HKU9 (BtCoV-HKU9 — Rou-settus bat Coronavirus HKU9) (Betacoronavirus, Nobecovirus); коронавирус летучих мышей HKU10 (BtCoV-HKU10 — Bat Coronavirus HKU10) (Alphacoronavirus, Decacovirus) [61, 62, 65, 134, 135, 137]; коронавирус длиннокрылов 1-го типа (BtMiCoV-1 — Miniopterus bat Coronavirus 1) (Alphacoronavirus, Minunacovirus) [32]; коронавирус домовых гладконосов 512 (BtCoV-512 — SCotophilus bat Coronavirus 512) (Alphacoronavirus, Pedacovirus), близкий к PEDV [116]; коронавирус ночных крыланов GCCDC1 (BtCoV-GCCDC1 — Rousettus bat Coronavirus GCCDC1) (Betacoronavirus, Nobecovirus), родственный BtCoV-HKU9 [57]; альфакоронавирус азиатских рыбоядных ночниц Sax-2011 (BtMr-AlphaCoV-Sax-2011 — Myotis riCketti alphaCorona-virus Sax-2011) (Alphacoronavirus, Myotacovirus); альфакоронавирус китайских вечерниц SC2013 (BtNv-AlphaCoV-SC2013 — NyCtalus velutinus alpha-Coronavirus SC2013 (Alphacoronavirus, Nyctacovirus); альфакоронавирус больших подковоносов HuB2013 (BtRf-AlphaCoV-HuB2013 — Rhinolophus ferrumequinum alphaCoronavirus HuB2013) (Alpha-coronavirus, Decacovirus); коронавирус летучих мышей CDPHE15 (BtCoV-CDPHE15 — Bat Corona-

virus CDPHE15) (Alphacoronavirus, Colacovirus); бе-такоронавирус листоносов Пратта Zhejiang2013 (BtHp-BetaCoV-Zh13 — Bat Hp-betaCoronavirus Zhejiang2013) (Betacoronavirus, Hibecovirus) [147]; NL63-подобный коронавирус BtKYNL63-9b (NL63-rBtCoV-9b — NL63-related bat Coronavirus BtKYNL63-9b) (Alphacoronavirus, Setracovirus) [117], коронавирус китайских подковоносов (BtRsCoV — Rhinolophus siniCus Coronavirus) [56].

В 2008 г. при вскрытии погибшего в аква-парке Сан-Диего 13-летнего самца белухи (Del-phinapterus leucas), рожденного в неволе, было зарегистрировано генерализованное поражение легких и патологические изменения печени, в которой с помощью трансмиссионной электронной микроскопии были обнаружены вирусные частицы диаметром порядка 100 нм, не позволяющие провести достоверную идентификацию вируса. Молекулярно-генетические исследования позволили установить, что эти относительно небольшие для Coronaviridae ви-рионы содержат самый протяженный из всех известных науке РНК-содержащий геном (~31,5 kb) нового коронавируса, который сначала получил обозначение SW1 (от англ. San Diego whale N 1), а на сегодняшний день именуется коронавирусом китообразных (CetCoV — CetaCean Coronavirus) (Gammacoronavirus, Cegacovirus) [81]. Изоляция в 2014 г. трех изолятов CetCoV от индийских афалин (Tursiops aduncus), содержащихся в гонконгском океанариуме, подтвердила гипотезу о широком распространении этого вируса по крайней мере среди зубатых китов (Odontoceti) [138].

22 Знак «плюс» в аббревиатуре сгмРНК не пишется, поскольку используется термин «матричная РНК», из которого автоматически следует позитивность полярности РНК.

Таблица 2. Структура* семейств и родов в отряде Nidovirales

Table 2. Structure* of families and généra in the order Nidovirales

Подотряд Suborder Семейство Family Подсемейство Subfamily Род Genus Прототипный вирус рода** Prototype virus for the genus** Хозяева вирусов рода*** Hosts of the viruses from the genus***

Abnidovirineae Abyssoviridae Tiamatvirinae Alphaabyssovirus Абиссовирус морскихзайцев Aplysia abyssovirus Брюхоногие моллюски Gastropods

Crocarterivirinae Muarterivirus Мюартеривирус африканских гигантских землероек Muarterivirus afrigant Млекопитающие Mammals

Equarterivirinae Alphaarterivirus Альфаартеривирус лошадей Alphaarterivirus equid Млекопитающие Mammals

Heroarterivirinae Lambdaarterivirus Лямбдаартеривирус хомяковых крыс Lambdaarterivirus afriporav Млекопитающие Mammals

Deltaarterivirus Дельтаартеривирус геморрагической лихорадки обезьян Deltaarterivirus hemfev Млекопитающие Mammals

Epsilonarterivirus Эпсилонартеривирус геморрагического энцефалита обезьян Epsilonarterivirus hemcep Млекопитающие Mammals

Simarterivirinae Etaarterivirus Этаартеривирус угандийских красных колобусов 1 -го типа Etaarterivirus ugarco 1 Млекопитающие Mammals

Arnidovirineae Arteriviridae lotaarterivirus Йотакоронавирус краснохвостых мартышек Кибале lotaarterivirus kibreg 1 Млекопитающие Mammals

Thetaarterivirus Тетаартеривирус желтых бабуинов Микуми 1-го типа Thetaarterivirus mikelba 1 Млекопитающие Mammals

Zetaarterivirus Зетаартеривирус угандийских красных колобусов 1 -го типа Zetaarterivirus ugarco 1 Млекопитающие Mammals

Variarterivirinae Betaarterivirus Бетаартеривирус свиней 1-го типа, или вирус репродуктивно-респираторного синдрома свиней Betaarterivirus suid 1 Млекопитающие Mammals

Gammaarterivirus Гаммаартеривирус повышения уровня лактатдегидрогеназы мышей Gammaarterivirus lacdeh Млекопитающие Mammals

Zealarterivirinae Kappaarterivirus Каппаартеривирус синдрома шаткости поссумов Kappaarterivirus wobum Млекопитающие Mammals

Letovirinae Alphaletovirus Летовирус узкоротых квакш 1 -го типа Microhyla letovirus 1 Земноводные Amphibia

Cornidovirineae Coronaviridae Orthocoronavirinae Alphacoronavirus Альфакоронавирус 1-го типа Alphacoronavirus 1 Млекопитающие Mammals

Betacoronavirus Коронавирус мышей Murine coronavirus Млекопитающие Mammals

Подотряд Suborder Семейство Family Подсемейство Subfamily Род Genus Прототипный вирус рода** Prototype virus for the genus** Хозяева вирусов рода*** Hosts of the viruses from the genus***

Cornidovirineae Coronaviridae Orthocoronavirinae Deltacoronavirus Коронавирус бюльбюлей HKU11 Bulbul Coronavirus HKU11 Птицы, млекопитающие Birds, mammals

Gammacoronavirus Коронавирус птиц Avian Coronavirus Птицы, млекопитающие Birds, mammals

Mesnidovirineae Medioniviridae Medionivirinae Turrinivirus Нидовирус туррителл 1 -го типа Turrinivirus 1 Брюхоногие моллюски Gastropods

Tunicanivirinae Bolenivirus Нидовирус темных колониальных асцидий Botrylloides leachii nidovirus Асцидии Sea squirts

Mesoniviridae Hexponivirinae Alphamesonivirus Альфамезонивирус 1-го типа Alphamesonivirus 1 Насекомые Insects

Monidovirineae Mononiviridae Mononivirinae Alphamononivirus Нидовирус планарий 1 -го типа Planidovirus 1 Ресничные черви Turbellarian worms

Ronidovirineae Euroniviridae Ceronivirinae Charybnivirus Нидовирус морских плавающих крабов 1 -го типа Charybnivirus 1 Высшие раки Malacostraca

Crustonivirinae Paguronivirus Нидовирус рака-отшельника 1-го типа Paguronivirus 1 Высшие раки Malacostraca

Roniviridae Okanivirinae Okavirus Нидовирус, поражающий жабры креветок Gill-associated virus Высшие раки Malacostraca

Tornidovirineae Tobaniviridae Piscanivirinae Bafinivirus Нидовирус густер White bream virus Рыбы Pisces

Oncotshavirus Нидовирус тихоокеанских лососей 1 -го типа Chinook salmon nidovirus 1 Рыбы Pisces

Remotovirinae Bostovirus Нидовирус крупного рогатого скота 1-го типа Bovine nidovirus 1 Млекопитающие Mammals

Serpentovirinae Infratovirus Infratovirus 1 Хромадореи Chromadorea

Pregotovirus Нидовирус королевских питонов Ball python nidovirus 1 Пресмыкающиеся Reptiles

Sectovirus Sectovirus 1 Хромадореи Chromadorea

Tiruvirus Нидовирус короткохвостого сцинка 1 -го типа Shingleback nidovirus 1 Пресмыкающиеся Reptiles

Torovirinae Torovirus Торовирус лошадей Equine torovirus Млекопитающие Mammals

* Порядок следования подотрядов, семейств внутри каждого подотряда, подсемейств внутри каждого семейства и родов внутри каждого подсемейства соответствует их латинскому названию. ** Названия вирусов, представляющие бинарную номенклатуру, выделены курсивом, уникальные названия вирусов — жирным шрифтом.

*** Указаны классы потенциальных хозяев.

* The consequence of suborders, families within each suborder, subfamilies within each family, and genera within each subfamily corresponds to their Latin name. ** Virus names that represent a binary nomenclature are shown in Italics, whereas unique virus names are shown In bold font.

*** Classes of potential hosts are specified.

История изучения вируса Ближневосточного респираторного синдрома (MERS-CoV — Middle East respiratory syndrome-related coronavirus)23 (Betacoronavirus, Merbecovirus) началась в июне 2012 г., когда из назофарингеального смыва 60-летнего мужчины с внебольничной пневмонией, позже скончавшегося в госпитале г. Джидда (западная часть Саудовской Аравии), был получен вирусный изолят с выраженным цитопатическим эффектом на модели перевиваемых клеточных линий почек африканской зеленой мартышки (Vero) и макаки-резус (LLC-MK-2). Полимеразная цепная реакция с универсальными коронавирусными праймерами позволила провести первичную идентификацию возбудителя как представителя Coronaviridae [149]. Последующим секвенированием, проведенным в университете Эразмус (Нидерланды), было установлено, что новый бетакоронавирус родственен, но не идентичен SARS-CoV, будучи наиболее близок в генетическом отношении к BtCoV-HKU4 и BtCoV-HKU5 [28, 120]. В сентябре 2012 г. в одну из лондонских клиник поступил 49-летний мужчина с внебольничной двусторонней пневмонией. Пациент был доставлен из госпиталя Катара, до этого посещал Саудовскую Аравию и скончался на 30 сутки. от начала заболевания. Из трахеальных аспи-ратов пациента был также изолирован штамм MERS-CoV [21]. Ретроспективные серологические исследования показали, что по меньшей мере 9 случаев внебольничных пневмоний, из которых 2 завершились летально (подтверждены с помощью ОТ-ПЦР патологического материала), среди пациентов иорданских госпиталей в марте-апреле (12—24 недели) 2012 г. были связаны с MERS-CoV [13], и стало понятно, что человечество столкнулось с новым особо опасным коронавирусом. Анализ инфекционной динамика MERS-CoV позволил отечественным специалистам сделать в конце 2013 г. прогноз о «возросшем уровне эпидемической опасности» [11], который сбылся с началом масштабной эпидемической вспышки весной—летом (14—24 недели) 2014 г. на территории Саудовской Аравии с летальностью 42,1% (110/261) [87]. В начале 2015 г. был сделан очередной прогноз о том, что с высокой вероятностью возможен завоз MERS-CoV в Восточную Азию [7]: действительно, в период 11.05—10.07.2015 в результате завозного случая на территории Республики Корея возникла крупнейшая за пределами Аравийского

полуострова эпидемическая вспышка, вызванная MERS-CoV, с летальностью 18,5% (35/189) [8, 90]. По данным ВОЗ на начало января 2020 г., летальность от MERS-CoV в 27 странах мира составила 34,4% (866/2519) [142].

Природные очаги MERS-CoV находятся на территории Аравийского полуострова, где в качестве резервуара вируса выступают рукокрылые [3, 83, 113]. Человек может заражаться MERS-CoV в результате контактов с выделениями рукокрылых либо от промежуточных хозяев. Сужение круга поиска последних методом аналогий с достаточно изученным к тому времени SARS-CoV не годилось, поскольку фауна аридных ландшафтов Аравии резко контрастирует с мусонно-субтропическими ландшафтами юго-восточного и влажными тропическими ландшафтами Южного Китая. Серологическая разведка в популяциях сельскохозяйственных животных на территории Омана показала, что 100% одногорбых верблюдов (Camelus dromedarius) имеют антитела против субъединицы S1 спайкового белка MERS-CoV [99]. Затем были получены прямые доказательства циркуляции в организме верблюдов вариантов MERS-CoV, идентичных эпидемическим, и возможности заражения человека от этих животных [16, 44]. Рукокрылые заражают верблюдов во время своих дневок в укрытиях для сельскохозяйственных животных. Оказалось, что иммунная прослойка против MERS-CoV среди одногорбых верблюдов имеется в Африке, включая Канарские острова [36, 84, 99]. Вместе с тем специфические анти-MERS-CoV антитела отсутствуют у одногорбых верблюдов в Австралии24 [38], что свидетельствует о том, что эти животные не могут быть основным хозяином MERS-CoV. Специфические анти-MERS-CoV антитела были обнаружены у содержащихся в Катаре альпака (Vicugna pacos) [100]. Не исключено, что все мозоленогие (Artiodactyla: Tylopoda) чувствительны к MERS-CoV и могут являться промежуточным хозяином и удобным индикатором для этого вируса при наличии природного резервуара — рукокрылых, содержащих вирус. Это предположение согласуется с отсутствием иммунной прослойки у двугорбых верблюдов (Camelus bactrianus) на неэндемичных для MERS-CoV территориях: в Казахстане [80], Монголии [27] и Cеверном Китае [70]. Несмотря на то что поиск хозяев MERS-CoV

23 Для MERS-CoV было предложено несколько временных названий: вирус острого респираторного синдрома с почечной недостаточностью (ARSRFV — acute respiratory syndrome with renal failure), новый коронавирус (NCoV — novel Coronavirus), EMC/2012 (от англ. Erasmus Medical Center, 2012). Последнее предложение являлось наиболее радикальной новацией, поскольку неизвестно ни одного названия вируса (в отличие от штаммов), в котором бы фигурировало название научно-исследовательского учреждения.

24 Одногорбые верблюды были завезены в Австралию с территории Аравийского полуострова, Пакистана и Афганистана в XIX в. и активно использовались тогда как транспортное средство на аридных территориях. С появлением автомобилей в начале XX в. нужда в гужевом транспорте постепенно отпала, верблюды одичали и на сегодняшний день представляют крупнейшее (порядка 800 тыс. голов) и единственное дикое стадо одногорбых верблюдов в мире.

среди других домашних животных — крупного рогатого скота, лошадей, коз, овец — не увенчался успехом [55, 99], эти исследования существенно стимулировали изучение коронави-русов в популяциях млекопитающих помимо рукокрылых.

Молекулярно-генетический скрининг 169 образцов фекалий свиней без клинических признаков заболеваний, собранных в Гонконге в период 2007—2011 гг., показал, что в 17 (10,1%) из них присутствует новый коронавирус, получивший сначала обозначение HKU15, а затем — дельтакоронавирус свиней (PDCoV — Porcine deltacoronavirus) (Deltacoronavirus, Buldecovirus) [137]. В 2014 г. результаты расшифровки эпизоо-тий диареи среди домашних свиней в американских штатах Огайо и Индиана позволили обозначить PDCoV этиологическим агентом этого заболевания [125, 127]. Нуклеотидные последовательности Hel-, S- и N-генов PDCoV менее чем на 2% отличаются от коронавируса бенгальских кошек25 (ALCCoV — Asian leopard cat Coronavirus)26 [42], что свидетельствует о более широком круге потенциальных хозяев PDCoV.

В результате молекулярно-вирусологичес-кого обследования популяций грызунов в вос-точнокитайской провинции Чжэцзян, выполненного в 2011—2013 гг., были идентифицированы три вируса (в названиях которых фигурируют название административного района и сокращенное латинское название хозяина): коронавирус мышей Лунцюань Aa (LAMV — Longquan Aa mouse Coronavirus) от полевой мыши (Apodemus agrarius), коронавирус крыс Лунцюань Rl (LRLV — Longquan Rl rat coronavirus) от малой рисовой крысы (Rattus losea) и коронавирус крыс Лунцюань Rn (LRNV — Lucheng Rn rat Coronavirus) от серой крысы (R. norvegicus) [126]. Последующий анализ геномов показал, что LAMV является вариантом BetaCoV-1, LRLV — MCoV, а LRNV (Alphacoronavirus, Luchacovirus) имеет статус самостоятельного вида. Аналогичные исследования грызунов сотрудники Гонконгского университета проводили в южных провинциях Китая в 2010—2012 гг., идентифицировав коро-

навирус крыс Китая HKU24 (CRCoV-HKU24 — China Rattus coronavirus HKU24) (Betacoronavirus, Embecovirus) [63].

В 2014 г. вирусологи из Боннского университета (Германия) сообщили об идентификации нового коронавируса, близкого к SARS-CoV, от обыкновенного ежа (Erinaceus europaeus) [37]. В научной литературе широко распространено первоначальное название этого вируса — EriCoV (Erinaceus coronavirus) — но в настоящее время, ICTV рекомендует другое название: коронавирус ежей 1-го типа (HdCoV-1 — Hedgehog coronavirus 1)27 (Betacoronavirus, Merbecovirus). HdCoV широко распространен в популяциях E. europaeus Западной Европы, включая Великобританию [37, 106]. Вирус поражает слизистую кишечника и выделяется с фекалиями, которые могут приобретать желтый или зеленый оттенок, однако ни диарея, ни другие клинические проявления HdCoV-1-инфекции не наблюдаются. В генетическом отношении HdCoV близок к MERS-CoV, что требует проверки гипотезы о циркуляции MERS-CoV-подобных вирусов в популяциях эфиопских ежей (Paraechinus aethiopicus), ареал которых включает Северную Африку, Судан и Аравийский полуостров, и длинноиглых ежей (Paraechinus hypomelas) — типичных обитателей аравийских оазисов.

P.C. Woo с соавт. (2009), проведя молекуляр-но-генетическое обследование более чем полутора тысяч мертвых птиц, собранных на территории Гонконга, обнаружили три новых представителя Coronaviridae: коронавирус бюльбю-лей28 HKU11 (BuCoV-HKU11 — Bulbul coronavirus HKU11) (Deltacoronavirus, Buldecovirus); коронавирус дроздов29 HKU12 (ThCoV-HKU12 — Thrush coronavirus HKU12), который является подвидом BuCoV-HKU11; коронавирус муний30 HKU13 (MuCoV-HKU13 — Munia coronavirus HKU13) (Deltacoronavirus, Buldecovirus). Позже та же исследовательская группа опубликовала результаты выявления из трахеальных смывов гонконгских птиц коронавируса белоглазок 31 (WECoV-HKU16 — White eye coronavirus HKU16) (Deltacoronavirus, Buldecovirus); коронавируса воробьев HKU17 (SpCoV-HKU17 — Sparrow

25 Бенгальская кошка (Prionailurus bengalensis) не относится к леопардам (Pantherapardus), но переводится на англ. как Asian leopard cat из-за ее пятнистой, «леопардовой», окраски. На юге российского Дальнего Востока этот вид называется «дальневосточный кот».

26 Геном ALCCoV секвенирован лишь частично — см. GenBank ID EF584908.

27 Предполагается, что в других родах настоящих ежей (Erinaceinae) могут встречаться коронавирусы других типов.

28 В некоторых руководствах этот вирус ошибочно переводится как коронавирус соловьев HKU11, поскольку в английском языке слово «bulbul» является синонимом «nightingale» (соловья). Однако соловьи (Luscinia sp.) принадлежат семейству мухоловковых (Pas-seriformes: Muscicapidae) и отличаются от бюльбюлей — представителей сем. бюльбюлевых, или короткопалых дроздов (Passeriformes: Pycnonotidae). BuCoV-HKU11 был изолирован от китайских бюльбюлей (P. sinensis) и краснощеких бюльбюлей (P. jocosus). Бюльбюли распространены в тропических и субтропических лесах Африки и Азии.

29 ThCoV-HKU12 был изолирован от сизых дроздов (Turdus hortulorum), гнездящегося в северных китайских провинциях и на юге российского Дальнего Востока, зимующего — на юге Китая, во Вьетнаме, Лаосе, Мьянме и севере Таиланда.

30 MuCoV-HKU13 был изолирован от острохвостых бронзовых амадин (Lonchura striata) из рода муний семейства вьюрковых ткачиков (Passeriformes: Estrildidae), обитающих в Юго-Восточной Азии и на полуострове Индостан.

31 Белоглазки (Zosterops sp.) — небольшие птицы из семейства белоглазковых (Passeriformes, Zosteropidae) с характерным ободком из белых перьев вокруг глаз, обитающие в лесах субсахариальной Африки, полуострова Индостан, Восточной (включая юг российского Дальнего Востока) и Юго-Восточной Азии, Австралии и Океании.

Coronavirus HKU17), идентичного PDCoV; ко-ронавируса сорочьих славок32 HKU18 (MRCoV-HKU18 — magpie robin Coronavirus HKU18), идентичного MuCoV-HKU13; коронавируса квакв 33 (NHCoV-HKU19 — Night heron Coronavirus HKU19) (Deltacoronavirus, Herdecovirus); коронавируса свиязей HKU20 (WiCoV-HKU20 — Wigeon Coronavirus HKU20); коронавируса камышниц HKU21 (CMCoV-HKU21 — Common moorhen Coronavirus HKU21) (Deltacoronavirus, Moordecovirus) [137].

В начале декабря 2019 г. в срединной китайской провинции Хубэй стали развиваться эпидемические события, связанные с новым коро-навирусом, способным вызывать у людей тяжелые (вплоть до летальных) первичные вирусные пневмонии. Первый случай такой пневмонии был официально зарегистрирован в г. Ухань

08.12.2019 г. [103]. Уже 30.12.2019 г. медицинское управление городского комитета здравоохранения Уханя выпустили «срочное уведомление о появлении пневмонии неясной этиологии».

03.01.2020 г. ВОЗ объявила о 44 заболевших, из которых 27 (61,4%) посещали Рыбный рынок Уханя, на котором продавалось большое количество диких животных. 07.01.2020 г. изолированный этиологический агент заболевания был идентифицирован как представитель Coronaviridae и получил временное обозначение 2019-nCoV (novel Coronavirus 2019) [148]. 12.01.2020 г. был анонсирован полноразмерный геном нового коронавиру-са, что позволило приступить к разработке ОТ-ПЦР тест-систем и генно-инженерных препаратов [30, 143]. Заболевание, связанное с 2019-nCoV, получило название C0VID-2019 (Coronavirus Disease 2019) [146].

Одиннадцатимиллионный г. Ухань является столицей одной из наиболее (60 млн человек) густонаселенных (323 человек/км2) китайских провинций с развитой системой транспортного сообщения, поэтому эпидемия быстро развивалась в эпицентре (в провинции Хубэй) и сопровождалась большим количеством завозных случаев как в другие провинции Китая, так и в другие страны [91, 131]. Уже к 30.01.2020 г. Комитет ВОЗ по чрезвычайным ситуациям объявил эпидемическую вспышку в провинции Хубэй, вызванную 2019-nCoV, чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, имеющей международное значение: общая летальность по миру составила 2,2% (170/7818); вне Китая — 0,0% (0/82) (в 18 странах) [145]. Эти же цифры на момент завершения дан-

ной статьи 29.02.2020 г.: 3,4% (2924/85 403); 1,4% (86/6009) (в 53 странах) [144]. Неготовность многих стран мира к проведению столь же жестких противоэпидемических мероприятий, какие осуществил Китай, делает реальным разрастание нынешней эпидемии в полномасштабную пандемию34.

Геном 2019-nCoV оказался гомологичен MERS-CoV на 50%, SARS-CoV - 79%, BtRsCoV -88%. Учитывая особенности структуры генома нового коронавируса 2019-nCoV, ICTV переименовал его в вирус острого респираторного синдрома 2-го типа (SARS-CoV-2 — Severe acute respiratory syndrome 2) и вместе с SARS-CoV и BtRsCoV включил в подрод Sarbecovirus (Betacoronavirus) [46]. SARS-CoV-2 является природно-очаговым с резервированием вируса в популяциях рукокрылых: наиболее близким штаммом от рукокрылых является RaTG13 (гомология 96%), который может быть сведен в синонимы SARS-CoV-2. Промежуточными хозяевами могут являться мелкие млекопитающие. Это, в частности, объясняет, почему источником вируса стал рынок Уханя [72, 105, 128, 150]. Хозяевами SARS-CoV-2 могут являться панголины: нуклеотидные последовательности, идентичные SARS-CoV-2, были обнаружены методом метагеномного секвенирования у яванских ящеров (Manisjavanica) [39, 59, 69, 133]. Мясо панголинов является деликатесом в странах Юго-Восточной Азии, а кожные чешуи широко используются в восточной медицине, что делает этих животных, входящих в Международную Красную книгу, одними из наиболее массовых объектов нелегальной торговли [112].

Гипотеза W. Ji с соавт. (2020) о возможной роли китайской кобры (Naja atra) и южнокитайского многополосого крайта (Bungarus multicinctus) в качестве хозяев SARS-CoV2 опирается исключительно на сопоставлении частоты встречаемости синонимичных кодонов в геноме вируса и потенциального хозяина, не подтверждена результатами полевых исследований и крайне маловероятна, учитывая экологию вирусов из подрода Sarbecovirus и отсутствием известных науке коронавирусов пресмыкающихся (Reptilia). И хотя последние могут быть обнаружены в будущем, скорее всего они будут формировать отдельное подсемейство наподобие Letovirinae (см. далее).

Первая классификация коронавирусов сложилась к концу первого десятилетия XXI в. (в то время — рода Coronavirus в составе Coronaviridae,

32 Сорочья славка, или сорочий шама-дрозд (Copsychus saularis), — небольшая птица из сем. мухоловковых (Passeriformes: Muscicapidae) с характерной черной окраской и крупными белыми пятнами на боках, обитающая на полуострове Индостан и в Юго-Восточной Азии.

33 МНСо^НКШ9 изолирован от обыкновенных квакв (Nycticoraxnycticorax), широко распространенных в Северной и Южной Америке, Африке и южном поясе Евразии за исключением Восточной Сибири и Тибета.

34 Уже после направления статьи в журнал, 11.03.2020, ВОЗ объявила начало пандемии COVID-19. — Прим. ред.

что соответствует сегодня подсемейству Ortho-coronavirinae, см. табл. 1, 2) и основывалась на различиях их рецепторной специфичности [2, 123]. К первой группе были отнесены коро-навирусы, использующие в качестве клеточного рецептора N-аминопептидазу (APN — Aminopeptidase N), которая также известна как маркер клеточной дифференцировки CD13: CCoV-1, CCoV-2, FECV, FIPV, PRCV, TGEV (вошедшие позже в AlphaCoV-1); ECGV (MkCoV-1); ECEV, FSCV (FrCoV); HCoV-229E; PEDV. Вторая группа включала коронавирусы, для которых имелось два альтернативных клеточных рецептора — молекула клеточной адгезии, ассоциированная с раково-эмбриональным антигеном, 1 типа (CEACAM1 — Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1), или CD66a, и N-ацетил^-О-ацетилнейраминовая кислота (Neu5,9Ac2 — N-acetyl-9-O-acetylneuraminic acid): BCoV, CRCoV, ECoV, HCoV-OC43 (BetaCoV-1); HCoV-HKU1; MHV, RtCoV (MCoV). Третья группа объединяла в себе коронавиру-сы, специфичные к а2'-3 '-сиалозидам — полисахаридам, терминированным сиаловой, или N-ацетилнейраминовой, кислотой (Neu5Ac — N-acetylneuraminic acid), связанной со следующим моносахаридом а2'-3'-связью: IBV, TCoV (ACoV), SW1 (CetCoV).

Классификация, основанная на рецептор-ной специфичности, с самого начала подвергалась критике, потому что спайковый белок S, взаимодействующий с клеточным рецептором, является наиболее вариабельным и отражает процесс адаптации к потенциальным хозяевам, а не эволюционные связи между различными коронавирусами. В дальнейшем выяснилось, что вновь открытые HCoV-NL63 и SARS-CoV, генетически близкие по константным генам (RdRp, Hel, N) к вирусам второй группы, специфически связываются с ангиотензинпревращаю-щим ферментом 2 типа (ACE2 — angiotensin-converting enzyme 2). Пришлось разделить группу 2 на две подгруппы: 2А (включающую прежнюю группу 2) и 2B (HCoV-NL63 и SARS-CoV). Специфичность представителей подгруппы 2А в отношении Neu5,9Ac2 объясняется наличием гликопротеина гемагглютинин-эстеразы, аффинного к такому типу сиалозидов. Открытие MERS-CoV, BtCoV-HKU4 и BtCoV-HKU5, для которых рецептором является дипептидилпеп-тидаза 4 типа (DPP4 — dipeptidyl peptidase 4), или CD26, потребовало введения подгруппы 2С.

Очередная подгруппа 2D понадобилась в связи с открытием BtCoV-HKU9 и BtCoV-GCCDCl. Первая группа дифференцировалась в две подгруппы из-за различий в структуре 3' концевого набора генов: подгруппа la (CCoV, FIPV, FrCoV, MkCoV-1, TGEV) не имеет, а подгруппа lb (HCoV-229E, HCoV-NL63, PEDV) имеет дополнительную рамку считывания для одного или двух неструктурных белков между генами S и E. Аналогичная дифференцировка имела место в третьей группе: подгруппа 3A (IBV, TCoV, PhCoV) содержит рамки считывания для двух, подгруппа 3B (SW1) — для трех, а подгруппа 3С (BuCoV-HKUll, MuCoV-HKU13 и др. — см. табл. l) — для более чем трех неструктурных белков между генами S и E [3, 7, ll, 33, 4l, l24, l36].

Таким образом, в начале второго десятилетия XXI в. таксономическая структура рода Coronavirus оказалась настолько мозаичной, что потребовалось повышение ранга таксонов, и в IX Таксономическом каталоге ICTV (20ll г.) [l24] род Coronavirus перешел в статус подсемейства Coronavirinae. Поскольку нумерацию групп часто заменяли символьными обозначениями а, ß, у, то первые четыре буквы древнегреческого алфавита и положили в основу названий четырех новых родов: группа l ^ Alphacoronavirus, группа 2 ^ Betacoronavirus, подгруппы 3a и 3b ^ Gammacoronavirus, подгруппа 3c ^ Deltacoronavirus.

В августе 20l8 г. таксономическая структура Coronaviridae подверглась очередной серьезной ревизии. Во-первых, было введено понятие подрода35. В основу выделения подродов положены пороговые значения патристических дистанций на филогенетическом дереве, построенном методом наибольшего правдоподобия после множественного выравнивания полноразмерных геномов всех известных представителей семейства. В настоящее время этот порог для подрода принят равным 0,l86, для рода — 0,789, для подсемейства — l,583 (может постепенно меняться в зависимости от расширения множества известных коронавирусов) [l5l]. Во-вторых, исследуя транскриптомы раскрашенных карликовых квакш (Microhyla fissipes) 36, K. Bukhari с соавт. (20l8) с помощью методов метагеномного анализа описали новый коронавирус, получивший название летовирус уз-коротых квакш l-го типа (MLeV-l — Microhyla letovirus l)37 (Alphaletovirus, Milecovirus). Этот вирус, будучи генетически дистантен по отноше-

35 Хотя таксономическое окончание подрода пока еще совпадает с окончанием рода — см. табл. 1 — не приходится сомневаться, что эта терминологическая неоднозначность будет исправлена.

36 Этот вид из рода узкоротых квакш (Microhylidae, Microhyla) распространен на территории центрального и южного Китая и полуострова Малакка.

37 МЬеУ других типов пока неизвестны. Однако узкоротые квакши (Microhyla Брр.) — обширный род микроквакш (Anura: Microhylidae), включающий несколько десятков видов с разнообразной экологией на обширном ареале от полуострова Индостан до Японии

и островов Малайского архипелага. Биологическое разнообразие этого рода потенциальных хозяев вируса столь велико, что требуется заранее учесть вероятность появления новых типов МЬеУ.

нию ко всем представителям Orthocoronavirinae, был выделен ICTV в отдельное подсемейство Letovirinae. Появление среди коронавирусов инфекционных агентов земноводных (Amphibia), с одной стороны, нарушает экологическую целостность этого семейства, лишь недавно обретенную после исключение из него подсемейства Torovirinae, содержавшего вирусы рыб38 [3, 124] и имеющего теперь ранг самостоятельного семейства Tobaniviridae (табл. 2). С другой стороны, появляется надежда обнаружить в результате расширения спектра потенциальных хозяев следы более древней эволюции коронавирусов.

Учитывая обнаружение коронавирусов земноводных и гораздо большую близость птиц (одних из основных хозяев коронавирусов) к пресмыкающимся, нежели к амфибиям, можно предполагать существование вирусов этого семейства, поражающих и рептилий (вероятнее всего — в составе отдельного подсемейства).

Подсемейство Orthocoronavirinae тесно связано с крылатыми животными, которые являются природными резервуарами для этих вирусов: рукокрылые — для Alphacoronavirus и Betacoronavirus, птицы — для Deltacoronavirus и Gammacoronavirus. Наличие специализированных к млекопитающим подродов (см. табл. 1)

Список литературы/References

является результатом расширения коронавиру-сами спектра их потенциальных хозяев вследствие высокой экологической пластичности. И здесь на первый план выходит эпидемический (и пандемический) потенциал коронавирусов. Особо опасные для человека коронавирусы входят в состав двух бетакоронавирусных под-родов: Sarbecovirus (SARS-CoV и 8АЯ8-Со^2) и Ме^есоу^ш (MERS-CoV). Понятно, что вирусы рукокрылых уже адаптированы к клеткам млекопитающих, и им проще проникать в популяции людей, однако и коронавирусы птиц не стоит исключать из контекстного анализа: их рецепторная специфичность к а2'-3'-сиалозидам подобна таковой у вирусов гриппа А птиц и некоторых вариантов эпидемических штаммов, способных поражать нижние отделы респираторного тракта человека [10, 73, 74]. Принимая во внимание миграционные способности рукокрылых и особенно птиц, следует не только включить коронавирусы в мониторинговые программы, но и существенно расширить масштаб и глубину эколого-вирусоло-гического мониторинга [1, 3, 12, 73] с привлечением профильных научных советов Российской академии наук, проводящих комплексное изучение биологического разнообразия.

1. Львов Д.К., Дерябин П.Г., Аристова В.А., Бутенко А.М., Галкина И.В., Громашевский В.Л., Давыдова А.А., Колобухина Л.В., Львов С.Д., Щелканов М.Ю. Атлас распространения возбудителей природноочаговых вирусных инфекций на территории Российской Федерации. М.: Изд-во МЗ РФ, 2001. 192 с. [Lvov D.K., Deryabin P.G., Aristova V.A., Butenko A.M., Galkina I.V., Gromashevsky V.L., Davydova A.A., Kolobukhina L.V., Lvov S.D., Shchelkanov M.Yu. Atlas of distribution of natural foci virus infections on the territory of Russian Federation. Moscow: Publishing House of the Ministry of Public Health of Russian Federation, 2001. 192p. (In Russ.)]

2. Медицинская вирусология. Под ред. Д.К. Львова. М.: МИА, 2008. 656 с. [Medical virology. Ed. Lvov D.K. Moscow: Medical Information Agency, 2008. 656p. (In Russ.)]

3. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. Под ред. Д.К. Львова. М.: МИА, 2013. 1200 с. [Handbook of virology. Viruses and viral infections of humans and animals. Ed. Lvov D.K. Moscow: Medical Information Agency, 2013. 1200p. (In Russ.)]

4. Пульмонология. Национальное руководство. Под ред. А.Г. Чучалина. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2016. 800 с. [Pulmonology. National guide. Ed. A.G. Chuchalin. Moscow: GEOTAR-Media, 2016. 800p. (In Russ.)]

5. Сопиков П.М. Болезни птиц. М.—Л.: Сельхозгиз, 1953. 288 с. [Sopikov P.M. Avian diseases. Moscow—Leningrad: Selkhozgiz, 1953. 288p. (In Russ.)]

6. Чучалин А.Г. Тяжелый острый респираторный синдром // Архив патологии. 2004. № 3. С. 5—11. [Chuchalin A.G. Severe acute respiratory syndrome. Arkhivpatologii =Archive of Pathology, 2004, no. 3, pp. 5—11. (In Russ.)]

7. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015. № 2. С. 94—98. [Shchelkanov M.Yu., Ananiev V.Yu., Kuznetsov VV., Shumatov V.B. Middle East respiratory syndrome: when will smouldering focus outbreak? Tikhookeanskiy meditsin-skiy zhurnal = Pacific Medical Journal, 2015, no. 2, pp. 94—98. (In Russ.)]

8. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015. № 3. С. 25—29. [Shchelkanov M.Yu., Ananiev V.Yu., Kuznetsov V.V., Shumatov V.B. Epidemic outbreak of Middle East respiratory syndrome in the Republic of Korea (May-July, 20015): reasons, dynamics, conclusions. Tikhookeanskiy meditsinskiy zhurnal = Pacific Medical Journal, 2015, no. 3, pp. 25—29. (In Russ.)]

9. Щелканов М.Ю., Галкина И.В., Ананьев В.Ю., Самарский С.С., Лиенхо С.Ю., Дедков В.Г., Сафонова М.В., Орехов В.Е., Щелканов Е.М., Алексеев А.Ю., Шестопалов А.М., Питрук Д.Л., Серков В.М. Экологическая обстановка на о. Тюлений в акватории Охотского моря (2015 г.): популяционные взаимодействия между ластоногими, птицами, иксодовыми

38 Torovirinae содержал род Bafinivirus, в который входили вирус густер (WBV — White beam virus) и нидовирус тупоголовых гольянов (FHMNV — Fathead minnow nidovirus). В настоящее время, Bafinivirus сохранил за собой статус рода в Tobaniviridae.

клещами и вирусами // Юг России: экология, развитие. 2017. Т. 12, № 1. С. 30—43. [Shchelkanov M.Yu., Galkina I.V., Ananiev V.Yu., Samarsky S.S., Lienho S.Yu., Dedkov V.G., Safonova M.V., Orekhov V.E., Shchelkanov E.M., Alekseev A.Yu., Shestopalov A.M., Pitruk D.L., Serkov V.M. Ecological situation on the Tyuleniy Island in the Okhotsk Sea (2015): population interactions between pinnipeds, birds, Ixodidae ticks and viruses. Yug Rossii: ekologiya, razvitie = South of Russia: Ecology, Development, 2017, vol. 12, no. 1, pp. 30-43. doi: 10.18470/1992-1098-2017-1-30-43 (In Russ.)]

10. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Грипп: история, клиника, патогенез // Лечащий врач. 2011. № 10. С. 33—38. [Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Influenza: history, clinics, pathogenesis. Lechashchiy vrach = The Attending Physician, 2011, no. 10, pp. 33-38. (In Russ.)]

11. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013. № 10. С. 49—54. [Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Human coronaviruses (Nidovirales, Coronaviridae): increased level of epidemic threat. Lechashchiy vrach = The Attending Physician, 2013, no. 10, pp. 49-54. (In Russ.)].

12. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. 2012. Приложение 1. С. 159—168. [Shchelkanov M.Yu., Lvov D.K. New subtype of influenza A virus from bats and new tasks for ecologo-virological monitoring. Voprosy virusologii. Prilozhenie 1 = Problems of Virology, suppl. 1, 2012, pp. 159-168. (In Russ.)]

13. Al-Abdallat M.M., Payne D.C., Alqasrawi S., Rha B., Tohme R.A., Abedi G.R., Al Nsour M., Iblan I., Jarour N., Farag N.H., Haddadin A., Al-Sanouri T., Tamin A., Harcourt J.L., Kuhar D.T., Swerdlow D.L., Erdman D.D., Pallansch M.A., Haynes L.M., Gerber S.I. Hospital associated outbreak of Middle East respiratory syndrome coronavirus: a serologic, epidemiologic, and clinical description. Clin. Infect. Dis, 2014, vol. 59, pp. 1225-1233. doi: 10.1093/cid/ciu359

14. Alexander T.J., Richards W.P., Roe C.K. An encephalomyelitis of suckling pigs in Ontario. Can. J. Comp. Med. Vet. Sci., 1959, vol. 23, pp. 316-319.

15. Almeida J.D., Berry D.M., Cunningham C.H., Hamre D., Hofstad M.S., Mallucci L., McIntosh K., Tyrrell D.A.J. Virology: Coronaviruses. Nature, 1968, vol. 220, p. 650. doi: 10.1038/220650b0

16. Azhar E.I., El-Kafrawy S.A., Farraj S.A., Hassan A.M., Al-Saeed M.S., Hashem A.M., Madani T.A. Evidence for camel-to-human transmission of MERS coronavirus. N. Engl. J. Med., 2014, vol. 370, no. 26, pp. 2499-2505. doi: 10.1056/NEJMoa1401505

17. Bailey O.T., Pappenheimer A.M., Cheever F.S., Daniels J.B. A murine virus (JHM) causing disseminated encephalomyelitis with extensive destruction of myelin: II. Pathology. J. Exp. Med, 1949, vol. 90, pp. 195-212. doi: 10.1084/jem.90.3.195

18. Baker D.G. Natural pathogens of laboratory mice, rats, and rabbits and their effects on research. Clin. Microbiol. Rev., 1998, vol. 11, no. 2, pp. 231-266.

19. Bande B., Arshad S.S., Omar A.R., Hair-Bejo M., Mahmuda A., Nair V. Global distributions and strain diversity of avian infectious bronchitis virus: a review. Anim. Health Res. Rev, 2017, vol. 18, no. 1, pp. 70-83. doi: 10.1017/S1466252317000044

20. Barthold S.W. Host age and genotypic effects on enterotropic mouse hepatitis virus infection. Lab. Anim. Sci., 1987, vol. 37, no. 1, pp. 36-40.

21. Bermingham A., Chand M.A., Brown C.S., Aarons E., Tong C., Langrish C., Hoschler K., Brown K., Galiano M., Myers R., Pebody R.G., Green H.K., Boddington N.L., Gopal R., Price N., Newsholme W., Drosten C., Fouchier R.A., Zambon M. Severe respiratory illness caused by a novel coronavirus, in a patient transferred to the United Kingdom from the Middle East, September 2012. Euro Surveill, 2012, vol. 17, p. 10290.

22. Binn L.N., Lazar E.C., Keenan K.P., Huxsoll D.L., Marchwicki R.H., Strano A.J. Recovery and characterization of a coronavirus from military dogs with diarrhea. Proc. Annu. Meet. US Anim. Health Assoc., 1974, vol. 78, pp. 359-366.

23. Bruckova M., McIntosh K., Kapikian A.Z., Chanock R.M. The adaptation of two human coronavirus strains (OC38 and OC43) to growth in cell monolayers. Proc. Soc. Exp. Biol. Med, 1970, vol. 135, no. 2, pp. 431-435. doi: 10.3181/00379727-135-35068

24. Bukhari K., Mulley G., Gulyaeva A.A., Zhao L., Shu G., Jiang J., Neuman B.W. Description and initial characterization of me-tatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. Virology, 2018, vol. 524, pp. 160-171. doi: 10.1016/j.virol.2018.08.010

25. Callow K.A., Parry H.F., Sergeant M., Tyrrell D.A. The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. Epidemiol. Infect., 1990, vol. 105, pp. 435-446. doi: 10.1017/s0950268800048019

26. Cavanagh D. A nomenclature for avian coronavirus isolates and the question of species status. Avian Pathol., 2001, vol. 30, no. 2, pp. 109-115. doi: 10.1080/03079450120044506

27. Chan S.M.S., Damdinjav B., Perera R.A.P., Chu D.K.W., Khishgee B., Enkhbold B., Poon L.L., Peiris M. Absence of MERS-coronavirus in Bactrian camels, Southern Mongolia, November 2014. Emerg. Infect. Dis., 2015, vol. 21, pp. 1269-1271. doi: 10.3201/ eid2107.150178

28. Chan J.F., Li K.S., To K.K., Cheng V.C., Chen H., Yuen K.Y. Is the discovery of the novel human betacoronavirus 2c EMC/2012 (HCoV-EMC) the beginning of another SARS-like pandemic? J. Infect, 2012, vol. 65, no. 6, pp. 477-489. doi: 10.1016/j. jinf.2012.10.002

29. Cheever F.S., Daniels J.B., Bailey O.T., Pappenheimer A.M. A murine virus (JHM) causing disseminated encephalomyelitis with extensive destruction of myelin. I. Isolation and biological properties of the virus. J. Exp. Med., 1949, vol. 90, pp. 181-194.

30. Chen Y., Liu Q., Guo D. Emerging coronaviruses: Genome structure, replication, and pathogenesis. J. Med. Virol., 2020, vol. 92, no. 4, pp. 418-423. doi: 10.1002/jmv.25681

31. Chen X., Zhang X.X., Li C., Wang H., Wang H., Meng X.Z., Ma J., Ni H.B., Zhang X., Qi Y., Sun D. Epidemiology of porcine epidemic diarrhea virus among Chinese pig populations: a meta-analysis. Microb. Pathog., 2019, vol. 129, pp. 43-49. doi: 10.1016/j. micpath. 2019.01.017

32. Chu D.K., Poon L.L., Chan K.H., Chen H., Guan Y., Yuen K.Y., Peiris J.S. Coronaviruses in bent-winged bats (Miniopterus spp.). J. Gen. Virol, 2006, vol. 87, pt 9, pp. 2461-246. doi: 10.1099/vir.0.82203-0

33. Chuck C.P., Chow H.F., Wan D.C.C., Wong K.B. Profiling of substrate specificities of 3C-like proteases from group 1, 2a, 2b, and 3 coronaviruses. PLoS One, 2011, vol. 6, no. 11: e27228-e27228. doi: 10.1371/journal.pone.0027228

34. Classification and nomenclature of viruses. First report of the International committee on nomenclature of viruses. Ed. Wildy P. Basel: Karger, 1971. 81 p.

35. Classification and nomenclature of viruses. Second report of the International Committee on Taxonomy ofViruses. Ed. Fenner F. Basel: Karger, 1976. 115p.

36. Corman V.M., Jores J., Meyer B., Younan M., Liljander A., Said M.Y., Gluecks I., Lattwein E., Bosch B.J., Drexler J.F., Bornstein S., Drosten C., Muller M.A. Antibodies against MERS coronavirus in dromedary camels, Kenya, 1992—2013. Emerg. Infect. Dis, 2014, vol. 20, no. 8, pp. 1319-1322. doi: 10.3201/eid2008.140596

37. Corman V.M., Kallies R., Philipps H., Gopner G., Müller M.A., Eckerle I., Brünink S., Drosten C., Drexler J.F. Characterization of a novel betacoronavirus related to Middle East respiratory syndrome coronavirus in European hedgehogs. J. Virol., 2014, vol. 88, no. 1, pp. 717-724. doi: 10.1128/JVI.01600-13

38. Crameri G., Durr P., Barr J., Yu M., Graham K., Williams O., Kayali G. Absence of MERS-CoV antibodies in feral camels in Australia: implications for the pathogen's origin and spread. One Health, 2015, vol. 1, pp. 76-82. doi: 10.1016/j.onehlt.2015.10.003

39. Cyranoski D. Did pangolins spread the China coronavirus to people? Nature, 2020. doi: 10.1038/d41586-020-00364-2

40. Decaro N., Martella V., Elia G., Campolo M., Desario C., Cirone F., Tempesta M., Buonavoglia C. Molecular characterisation of the virulent canine coronavirus CB/05 strain. Virus Res., 2007, vol. 125, no. 1, pp. 54- 60. doi: 10.1016/j.virusres.2006.12.006

41. Dijkman R., Jebbink M.F., Wilbrink B., Pyrc K., Zaaijer H.L., Minor P.D., Franklin S., Berkhout B., Thiel V., van der Hoek L. Human coronavirus 229E encodes a single ORF4 protein between the spike and the envelope genes. Virol. J, 2006, no. 3, p. 106. doi: 10.1186/1743-422X-3-106

42. Dong B.Q., Liu W., Fan X.H., Vijaykrishna D., Tang X.C., Gao F., Li L.F., Li G.J., Zhang J.X., Yang L.Q., Poon L.L., Zhang S.Y., Peiris J.S., Smith G.J., Chen H., Guan Y. Detection of a novel and highly divergent coronavirus from Asian leopard cats and Chinese ferret badgers in Southern China. J. Virol, 2007, vol. 81, no. 13, pp. 6920-6926. doi: 10.1128/JVI.00299-07

43. Doyle L.P., Hutchings L.M. A transmissible gastroenteritis in pigs. J. Am. Vet. Med. Assoc., 1946, vol. 108, pp. 257-259.

44. Drosten C., Kellam P., Memish Z.A. Evidence for camel-to-human transmission of MERS coronavirus. N. Engl. J. Med., 2014, vol. 371, no. 14, pp. 1359-1360. doi: 10.1056/NEJMc1409847

45. Fouchier R.A., Hartwig N.G., Bestebroer T.M., Niemeyer B., de Jong J.C., Simon J.H., Osterhaus A.D. A previously undescribed coronavirus associated with respiratory disease in humans. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, vol. 101, pp. 6212-6216. doi: 10.1073/ pnas. 0400762101

46. Gorbalenya A.E., Baker S.C., Baric R.S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A.A., Haagmans B.L., Lauber C., Leontovich A.M., Neuman B.W., Penzar D., Perlman S., Poon L.L.M., Samborskiy D., Sidorov I.A., Sola I., Ziebuhr J. Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: the species and its viruses — a statement of the Coronavirus Study Group. bioRxiv, 2020. doi: 10.1101/2020.02.07.937862

47. Gorham J.R., Evermann J.F., Ward A., Pearson R., Shen D., Hartsough G.R., Leathers C. Detection of coronavirus-like particles from mink with epizootic catarrhal gastroenteritis. Can. J. Vet. Res., 1990, vol. 54, no. 3, pp. 383-384.

48. Greig A.S., Mitchell D., Corner A.H., Bannister G.L., Meads E.B., Julian R.J. A hemagglutinating virus producing encephalomyelitis in baby pigs. Can. J. Comp. Med. Vet. Sci., 1962, vol. 26, pp. 49-56.

49. Guan Y., Zheng B.J., He Y.Q., Liu X.L., Zhuang Z.X., Cheung C.L., Luo S.W., Li P.H., Zhang L.J., Guan Y.J., Butt K.M., Wong K.L., Chan K.W., Lim W., Shortridge K.F., Yuen K.Y., Peiris J.S., Poon L.L. Isolation and characterization of viruses related to the SARS coronavirus from animals in southern China. Science, 2003, vol. 302, pp. 276-278. doi: 10.1126/science.1087139

50. Gudjonsson H., Newman B., Turner T.B. Demonstration of a virus-like agent contaminating material containing the Stockholm substrain of the Nichols pathogenic Treponema pallidum. Br. J. Vener. Dis., 1970, vol. 46, pp. 435-440.

51. Gudjonsson H., Skog E. Fever after inoculation of rabbits with Treponema pallidum. Br. J. Vener. Dis., 1970, vol. 46, pp. 318-322.

52. Guy J.S., Breslin J.J., Breuhaus B., Vivrette S., Smith L.G. Characterization of a coronavirus isolated from a diarrheic foal. J. Clin. Microbiol., 2000, vol. 38, pp. 4523-4526.

53. Hamre D., Procknow J.J. A new virus isolated from the human respiratory tract. Proc. Soc. Exp. Biol. Med., 1966, vol. 121, pp. 190-193. doi: 10.3181/00379727-121-30734

54. Hansen M. Diseases and hygiene. In: Ed. G. Joergensen. Mink production. Denmark: Scientific Publ., 1985, pp. 279-294.

55. Hemida M.G., Perera R.A., Wang P., Alhammadi M.A., Siu L.Y., Li M., Poon L.L., Saif L., Alnaeem A., Peiris M. Middle East respiratory syndrome (MERS) coronavirus seroprevalence in domestic livestock in Saudi Arabia, 2010 to 2013. Euro Surveill., 2013, vol. 8, no. 50, pp. 20659. doi: 10.2807/1560-7917.es2013.18.50.20659

56. Hu D., Zhu C., Ai L., He T., Wang Y., Ye F., Yang L., Ding C., Zhu X., Lv R., Zhu J., Hassan B., Feng Y., Tan W., Wang C. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg. Microbes Infect., 2018, vol. 7, no. 1, p. 154. doi: 10.1038/s41426-018-0155-5

57. Huang C., Liu J., Xu W., Jin T., Shi Y., Ji W., Jia H., Zhou Y., Wen H., Zhao H., Liu H., Li H., Wang Q., Wu Y., Wang L., Liu D., Liu G., Yu H., Holmes E., Lu L., Gao G.F. A bat-derived putative cross-family recombinant coronavirus with a reovirus gene. PLoS Pathog., 2016, vol. 12, no. 9: e1005883. doi: 10.1371/journal.ppat.1005883

58. Ji W., Wang W., Zhao X., Zai J., Li X. Cross-species transmission of the newly identified coronavirus 2019-nCoV. J. Med. Virol., 2020, vol. 92, no. 4, pp. 433-440. doi: 10.1002/jmv.25682

59. Lam T.T., Shum M.H., Zhu H.C., Tong Y.G., Ni X.B., Liao Y.S., Wei W., Cheung W.Y., Li W.J., Li L.F., Leung G.M., Holmes E.C., Hu Y.L., Guan Y. Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China. bioRxiv, 2020. doi: 10.1101/2020.02.13.945485

60. Larsen A.E., Gorham J.R. A new mink enteritis: an initial report. Vet. Med. Small Anim. Clin., 1975, vol. 70, pp. 291-292.

61. Lau S.K., Li K.S., Tsang A.K., Shek C.T., Wang M., Choi G.K., Guo R., Wong B.H., Poon R.W., Lam C.S., Wang S.Y., Fan R.Y., Chan K.H., Zheng B.J., Woo P.C., Yuen K.Y. Recent transmission of a novel alphacoronavirus, bat coronavirus HKU10, from Leschenault's rousettes to pomona leaf-nosed bats: first evidence of interspecies transmission of coronavirus between bats of different suborders. J. Virol., 2012, vol. 86, no. 21, pp. 11906-11918. doi: 10.1128/JVI.01305-12

62. Lau S.K., Poon R.W., Wong B.H., Wang M., Huang Y., Xu H., Guo R., Li K.S., Gao K., Chan K.H., Zheng B.J., Woo P.C., Yuen K.Y. Coexistence of different genotypes in the same bat and serological characterization of Rousettus bat Coronavirus HKU9 belonging to a novel Betacoronavirus subgroup. J. Virol., 2010, vol. 84, no. 21, pp. 11385-11394. doi: 10.1128/JVI. 01121-10

63. Lau S.K., Woo P.C., Li K.S., Tsang A.K., Fan R.Y., Luk H.K., Cai J.P., Chan K.H., Zheng B.J., Wang M., Yuen K.Y. Discovery of a novel coronavirus, China Rattus coronavirus HKU24, from Norway rats supports the murine origin of Betacoronavirus 1 and has implications for the ancestor of Betacoronavirus lineage A. J. Virol., 2015, vol. 89, no. 6, pp. 3076-3092. doi: 10.1128/ JVI. 02420-14

64. Lau S.K., Woo P.C., Yip C.C., Fan R.Y., Huang Y., Wang M., Guo R., Lam C.S., Tsang A.K., Lai K.K., Chan K.H., Che X.Y., Zheng B.J., Yuen K.Y. Isolation and characterization of a novel Betacoronavirus subgroup A coronavirus, rabbit coronavirus HKU14, from domestic rabbits. J. Virol., 2012, vol. 86, no. 10, pp. 5481-5496. doi: 10.1128/JVI. 06927-11

65. Lau S.K., Woo P.C., Yip C.C., Tse H., Tsoi H.W., Cheng V.C., Lee P., Tang B.S., Cheung C.H., Lee R.A., So L.Y., Lau Y.L., Chan K.H., Yuen K.Y. Coronavirus HKU1 and other coronavirus infections in Hong Kong. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 6, pp. 2063-2071. doi: 10.1128/JCM.02614-05

66. Lednicky J.A., Waltzek T.B., McGeehan E., Loeb J.C., Hamilton S.B., Luetke M.C. Isolation and genetic characterization of human coronavirus NL63 in primary human renal proximal tubular epithelial cells obtained from a commercial supplier, and confirmation of its replication in two different types of human primary kidney cells. Virol. J., 2013, vol. 10, p. 213. doi: 10.1186/1743-422X-10-213

67. Lee D.U., Kwon T., Je S.H., Yoo S.J., Seo S.W., Sunwoo S.Y., Lyoo Y.S. Wild boars harboring porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) may play an important role as a PEDV reservoir. Vet. Microbiol., 2016, vol. 192, pp. 90-94. doi: 10.1016/j.vetmic.2016.07.003

68. Li W., Shi Z., Yu M., Ren W., Smith C., Epstein J.H., Wang H., Crameri G., Hu Z., Zhang H., Zhang J., McEachern J., Field H., Daszak P., Eaton B.T., Zhang S., Wang L.F. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science, 2005, vol. 310, pp. 676-679. doi: 10.1126/science.1118391

69. Liu P., Chen W., Chen J.P. Viral metagenomics revealed Sendai virus and coronavirus infection of Malayan pangolins (Manis javanica). Viruses, 2019, vol. 11, no. 11: e979. doi: 10.3390/v11110979

70. Liu R., Wen Z., Wang J., Ge J., Chen H., Bu Z. Absence of Middle East respiratory syndrome coronavirus in Bactrian camels in the West Inner Mongolia Autonomous Region of China: surveillance study results from July 2015. Emerg. Microbes Infect., 2015, no. 4: e73. doi: 10.1038/emi.2015.73

71. Lorusso A., Desario C., Mari V., Campolo M., Lorusso E., Elia G., Martella V., Buonavoglia C., Decaro N. Molecular characterization of a canine respiratory coronavirus strain detected in Italy. Virus Res., 2009, vol. 141, no. 1, pp. 96-100. doi: 10.1016/j. virusres. 2008.12.011

72. Lu R., Zhao X., Li J., Niu P., Yang B., Wu H., Wang W., Song H., Huang B., Zhu N., Bi Y., Ma X., Zhan F., Wang L., Hu T., Zhou H., Hu Z., Zhou W., Zhao L., Chen J., Meng Y., Wang J., Lin Y., Yuan J., Xie Z., Ma J., Liu W.J., Wang D., Xu W., Holmes E.C., Gao G.F., Wu G., Chen W., Shi W., Tan W. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 2020. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8

73. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press, 2015. 452p.

74. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Prilipov A.G., Vlasov N.A., Fedyakina I.T., Deryabin P.G., Alkhovsky S.V., Zaberezhny A.D., Suares D. Evolution of HPAI H5N1 virus in natural ecosystems of Northern Eurasia (2005—2008). Avian Dis., 2010, vol. 54, pp. 483-495. doi: 10.1637/8893-042509-Review.1

75. Marsolais G., Berthiaume L., DiFranco E., Marois P. Rapid diagnosis by electron microscopy of avian coronavirus infection. Can. J. Comp. Med., 1971, vol. 35, no. 4, pp. 85-288.

76. Martinez J., Reinacher M., Perpinan D. Identification of group 1 coronavirus antigen in multisystemic granulomatous lesions in ferrets (Mustela putorius furo). J. Comp. Pathol., 2008, vol. 138, pp. 54-58. doi: 10.1016/j.jcpa.2007.10.002

77. McClurkin A.W., Stark S.L., Norman J.O. Transmissible gastroenteritis (TGE) of swine: the possible role of dogs in the epizootio-logy of TGE. Can. J. Comp. Med, 1970, vol. 34, no. 4, pp. 347-349.

78. McIntosh K., Dees J.H., Becker W.B., Kapikian A.Z., Chanock R.M. Recovery in tracheal organ cultures of novel viruses from patients with respiratory disease. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1967, vol. 57, pp. 933-940. doi: 10.1073/pnas.57.4.933

79. Menachery V.D., Yount B.L. Jr, Debbink K., Agnihothram S., Gralinski L.E., Plante J.A., Graham R.L., Scobey T., Ge X.Y., Donaldson E.F., Randell S.H., Lanzavecchia A., Marasco W.A., Shi Z.L., Baric R.S. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat. Med., 2015, vol. 21, no. 12, pp. 1508-1513. doi: 10.1038/nm.3985

80. Miguel E., Perera R.A.P., Baubekova A., Chevalier V., Faye B., Akhmetsadykov N., Ng C.Y., Roger F., Peiris M. Absence of Middle East respiratory syndrome coronavirus in camelids, Kazakhstan, 2015. Emerg. Infect. Dis., 2016, vol. 22, no. 3, pp. 555557. doi: 10.3201/eid2203.151284

81. Mihindukulasuriya K.A., Wu G., St Leger J., Nordhausen R.W., Wang D. Identification of a novel coronavirus from a beluga whale by using a panviral microarray. J. Virol, 2008, vol. 82, no. 10,pp. 5084-5088. doi: 10.1128/JVI.02722-07

82. Miles J.A.R., Stoker M.G.P. Puffinosis, a virus epizootic of the Manx shear-water (Puffinus p. puffinus). Nature, 1948, vol. 161, pp. 1016-1017. doi: 10.1038/1611016a0

83. Mohd H.A., Al-Tawfiq J.A., Memish Z.A. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) origin and animal reservoir. Virol. J, 2016, vol. 13,p. 87. doi: 10.1186/s12985-016-0544-0

84. Muller M.A., Corman V.M., Jores J., Meyer B., Younan M., Liljander A., Bosch B.J., Lattwein E., Hilali M., Musa B.E., Bornstein S., Drosten C. MERS coronavirus neutralizing antibodies in camels, Eastern Africa, 1983—1997. Emerg. Infect. Dis., 2014, vol. 20, no. 12, pp. 2093-2095. doi: 10.3201/eid2012.141026

85. Naqi S.A., Panigrahy B., Hall C.F. Purification and concentration of viruses associated with transmissible (coronaviral) enteritis of turkeys (bluecomb). Am. J. Vet. Res, 1975, vol. 36, pp. 548-552.

86. Nichols H.J., Hough W.H. Demonstration of Spirochaeta pallid in the cerebrospinal fluid from a patient with nervous relapse following the use of Salvarsan. J. Am. Med. Assoc., 1913, vol. 60, pp. 108-110.

87. Noorwali A.A., Turkistani A.M., Asiri S.I., Trabulsi F.A., AlwafiO.M., Alzahrani S.H., Rashid M.M., Hegazy S.A., Alzaydi M.D., Bawakid K.O. Descriptive epidemiology and characteristics of confirmed cases of Middle East respiratory syndrome coronavi-rus infection in the Makkah Region of Saudi Arabia, March to June 2014. Ann. Saudi Med., 2015, vol. 35, no. 3, pp. 203-209. doi: 10.5144/0256-4947.2015.203

88. Nuttall P.A., Harrap K.A. Isolation of a coronavirus during studies on puffinosis, a disease of the Manx shearwater (Puffinus puffinus). Arch. Virol, 1982, vol. 73, no. 1, pp. 1-13. doi: 10.1007/bf01341722

89. Oldham J. Letter to the editor. Pig Farming, 1972, vol. 10, pp. 72-73.

90. Park W.B., Kwon N.J., Choe P.G., Choi S.J., Oh H.S., Lee S.M., Chong H., Kim J.I., Song K.H., Bang J.H., Kim E.S., Kim H.B., Park S.W., Kim N.J., Oh M.D. Isolation of Middle East respiratory syndrome coronavirus from a patient of the 2015 Korean outbreak. J. Korean Med. Sci, 2016, vol. 31, no. 2, pp. 315-320. doi: 10.3346/jkms.2016.31.2.315

91. Park W.B., Kwon N.J., Choi S.J., Kang C.K., Choe P.G., Kim J.Y., Yun J., Lee G.W., Seong M.W., Kim N.J., Seo J.S., Oh M.D. Virus isolation from the first patient with SARS-CoV-2 in Korea. J. Korean Med. Sci., 2020, vol. 35, no. 7: e84. doi: 10.3346/ jkms.2020.35.e84

92. Parker J.C., Cross S.S., Rowe W.P. Rat coronavirus (RCV): a prevalent, naturally occurring pneumotropic virus of rats. Arch. Gesamte Virusforsch, 1970, vol. 31, no. 3, pp. 293-302. doi: 10.1007/bf01253764

93. Pedersen N.C., Boyle J.F., Floyd K. Infection studies in kittens, using feline infectious peritonitis virus propagated in cell culture. Am. J. Vet. Res., 1981, vol. 42, pp. 363-367.

94. Pedersen N.C., Boyle J.F., Floyd K., Fudge A., Barker J. An enteric coronavirus infection of cats and its relationship to feline infectious peritonitis. Am. J. Vet. Res., 1981, vol. 42, pp. 368-377.

95. Pensaert M., Callebaut P., Vergote J. Isolation of a porcine respiratory, non-enteric coronavirus related to transmissible gastroenteritis. Vet. Q., 1986, vol. 8, pp. 257-261. doi: 10.1080/01652176.1986.9694050

96. Pensaert M.B., de Bouck P. A new coronavirus-like particle associated with diarrhea in swine. Arch. Virol., 1978, vol. 58, pp. 243247. doi: 10.1007/bf01317606

97. Perera K.D., Kankanamalage A.C., Rathnayake A.D., Honeyfield A., Groutas W., Chang K., Kima Y. Protease inhibitors broadly effective against feline, ferret and mink coronaviruses. Antiviral. Res., 2018, vol. 160,pp. 79-86. doi: 10.1016/j.antiviral.2018.10.015

98. Pringle C.R. Virus taxonomy 1996 — a bulletin from the Xth International Congress of Virology in Jerusalem. Arch. Virol., 1996, vol. 141, no. 11, pp. 2251-2256. doi: 10.1007/bf01718231

99. Reusken C.B., Haagmans B.L., Muller M.A., Gutierrez C., Godeke G.J., Meyer B., Muth D., Raj V.S., Smits-De Vries L., Corman V.M., Drexler J.F., Smits S.L., El Tahir Y.E., De Sousa R., van Beek J., Nowotny N., van Maanen K., HidalgoHermoso E., Bosch B.J., Rottier P., Osterhaus A., Gortazar-Schmidt C., Drosten C., Koopmans M.P. Middle East respiratory syndrome coronavirus neutralising serum antibodies in dromedary camels: a comparative serological study. Lancet Infect. Dis., 2013, vol. 13, no. 10,pp. 859-866. doi: 10.1016/S1473-3099(13)70164-6

100.Reusken C.B., Schilp C., Raj V.S., De Bruin E., Kohl R.H., Farag E.A., Haagmans B.L., Al-Romaihi H., Le Grange F., Bosch B.J., Koopmans M.P. MERS-CoV infection of alpaca in a region where MERS-CoV is endemic. Emerg. Infect. Dis., 2016, vol. 22, pp. 1129-1131. doi: 10.3201/eid2206.152113

101. Roe C.K., Alexander T.J. A disease of nursing pigs previously unreported in Ontario. Can. J. Comp. Med. Vet. Sci., 1958, vol. 22, pp. 305-307.

102.Rossen J.W., Bekker C.P., Voorhout W.F., Strous G.J., van der Ende A., Rottier P.J. Entry and release of transmissible gastroenteritis coronavirus are restricted to apical surfaces of polarized epithelial cells. J. Virol., 1994, vol. 68, no. 12, pp. 7966-7973.

103. Ryu S., Chun B.C. An interim review of the epidemiological characteristics of 2019 novel coronavirus. Epid. Health, 2020, vol. 42: e2020006. doi: 10.4178/epih.e2020006

104.Safonova M.V., Shchelkanov M.Yu., Khafizov K.F., Matsvay A.D., Ayginin A.A., Dolgova A.S., Shchelkanov E.M., Pimkina E.V., Speranskaya A.S., Galkina I.V., Dedkov V.G. Sequencing and genetic characterization of two strains Paramushir virus obtained from the Tyuleniy Island in the Okhotsk Sea (2015). Ticks Tick-borne Dis., 2019, vol. 10, no. 2, pp. 269-279. doi: 10.1016/j.ttb-dis.2018.11.004

105. Salata C., Calistri A., Parolin C., Palu G. Coronaviruses: a paradigm of new emerging zoonotic diseases. Pathog. Dis., 2019, vol. 77, no. 9: ftaa006. doi: 10.1093/femspd/ftaa006

106.Saldanha I.F., Lawson B., Goharriz H., Rodrigues-Ramos Fernamdez J., John S., Fooks A.R., Cunningham A.A., Johnson N. and Horton D.L. Extension of the known distribution of novel clade C betacoronavirus in wildlife host. Epidemiol. Infect., 2019, vol. 147: e169. doi: 10.1017/S0950268819000207

107. Schalk A.F., Hawn M.C. An apparently new respiratory disease of baby chicks. J. Am. Vet. Med. Assoc., 1931, vol. 78, p. 19.

108.Schultze B., Krempl C., Ballesteros M.L., Shaw L., Schauer R., Enjuanes L., Herrler G. Transmissible gastroenteritis coronavirus, but not the related porcine respiratory coronavirus, has a sialic acid (N-glycolylneuraminic acid) binding activity. J. Virol., 1996, vol. 70, pp. 5634-5637.

109. Shen D.T., Gorham J.R., Larsen A.E., Hansen M. Reviewing the transmission of epizootic catarrhal gastroenteritis. Vet. Med., 1984, vol. 79, pp. 1501-1504.

110. Small J.D., Aurelian L., Squire R.A., Strandberg J.D., Melby E.C. Jr, Turner T.B., Newman B. Rabbit cardiomyopathy associated with a virus antigenically related to human coronavirus strain 229E. Am. J. Pathol., 1979, vol. 95, no. 3, pp. 709-729.

111. Small J.D., Woods R.D. Relatedness of rabbit coronavirus to other coronaviruses. Adv. Exp. Med. Biol., 1987, vol. 218, pp. 521-527. doi: 10.1007/978-1-4684-1280-2 68

112. Sonricker Hansen A.L., Li A., Joly D., Mekaru S., Brownstein J.S. Digital surveillance: a novel approach to monitoring the illegal wildlife trade. PLoS One, 2012, vol. 7, no. 12: e51156. doi: 10.1371/journal.pone.0051156

113. St John S.E., Tomar S., Stauffer S.R., Mesecar A.D. Targeting zoonotic viruses: Structure-based inhibition of the 3C-like protease from bat coronavirus HKU4 — the likely reservoir host to the human coronavirus that causes Middle East respiratory syndrome (MERS). Bioorg. Med. Chem, 2015, vol. 23, no. 17,pp. 6036- 6048. doi: 10.1016/j.bmc.2015.06.039

114. Stair E.L., Rhodes M.B., White R.G., Mebus C.A. Neonatal calf diarrhea: purification and electron microscopy of a coronavirus-like agent. Am. J. Vet. Res, 1972, vol. 33, no. 6, pp. 1147-1156.

115. Sun L., Zhang G.H., Jiang J.W., Fu J.D., Ren T., Cao W.S., Xin C.A., Liao M., Liu W.J. A Massachusetts prototype like coro-navirus isolated from wild peafowls is pathogenic to chickens. Virus Res., 2007, vol. 130, no. 1-2, pp. 121-128. doi: 10.1016/j. virusres.2007.06.003

116. Tang X.C., Zhang J.X., Zhang S.Y., Wang P., Fan X.H., Li L.F., Li G., Dong B.Q., Liu W., Cheung C.L., Xu K.M., Song W.J., Vijaykrishna D., Poon L.L., Peiris J.S., Smith G.J., Chen H., Guan Y. Prevalence and genetic diversity of coronaviruses in bats from China. J. Virol, 2006, vol. 80, no. 15, pp. 7481-7490. doi: 10.1128/JVI.00697-06

117. Tao Y., Shi M., Chommanard C., Queen K., Zhang J., Markotter W., Kuzmin I.V., Holmes E.C., Tong S. Surveillance ofbat coronaviruses in Kenya identifies relatives of human coronaviruses NL63 and 229E and their recombination history. J. Virol., 2017, vol. 91, no. 5: e01953-16. doi: 10.1128/JVI.01953-16

118. Traavik T., Mehl R., Kjeldsberg E. "Runde" virus, a coronavirus-like agent associated with seabirds and ticks. Arch. Virol., 1977, vol. 55, no. 1-2, pp. 25-38. doi: 10.1007/bf01314476

119. Tyrrell D.A., Bynoe M.L. Cultivation of a novel type of common-cold virus in organ cultures. Br. Med. J., 1965, vol. 1, pp. 14671470. doi: 10.1136/bmj. 1.5448.1467

120.Van Boheemen S., De Graaf M., Lauber C., Bestebroer T.M., Raj V.S., Zaki A.M., Osterhaus A.D., Haagmans B.L., Gorbalenya A.E., Snijder E.J., Fouchier R.A. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. mBio, 2012, vol. 3, no. 6: e00473-12. doi: 10.1128/mBio.00473-12

121. Van der Hoek L., Pyrc K., Jebbink M.F., Vermeulen-Oost W., Berkhout R.J., Wolthers K.C., Wertheim-van Dillen P.M., Kaandorp J., Spaargaren J., Berkhout B. Identi cation of a new human coronavirus. Nat. Med., 2004, vol. 10, pp. 368-373. doi: 10.1038/nm1024

122 .Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Fifth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. Francki R.I.B., Fauquet C.M., Knudson D.L., Brown F. Wien-NY: Springer-Verlag, 1991. 453p.

123. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. Fauguet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselberger U., Ball L.A. Elsevier Academic Press, 2005. 1162p.

124. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Elsevier Academic Press; 2011. 1338p.

125.Wang L., Hayes J., Sarver C., Byrum B., Zhang Y. Porcine deltacoronavirus: histological lesions and genetic characterization. Arch. Virol, 2016, vol. 161, no. 1,pp. 171-175. doi: 10.1007/s00705-015-2627-4

126.Wang W., Lin X.D., Guo W.P., Zhou R.H., Wang M.R., Wang C.Q., Ge S., Mei S.H., Li M.H., Shi M., Holmes E.C., Zhang Y.Z. Discovery, diversity and evolution of novel coronaviruses sampled from rodents in China. Virology, 2015, vol. 474, pp. 19-27. doi: 10.1016/j.virol. 2014.10.017

127. Wang L., Zhang Y., Byrum B. Complete genome sequence of porcine coronavirus HKU15 strain IN2847 from the United States. Genome Announcements, 2014, vol. 2, no. 2: e00291-14. doi: 10.1128/genomeA.00291-14

128.Wassenaar T.M., Zou Y. 2019_nCoV: Rapid classification of betacoronaviruses and identification of traditional Chinese medicine as potential origin of zoonotic coronaviruses. Lett. Appl. Microbiol., 2020. doi: 10.1111/lam.13285

129. Weng L., Weersink A., Poljak Z., de Lange K., von Massow M. An economic evaluation of intervention strategies for porcine epidemic diarrhea (PED). Prev. Vet. Med, 2016, vol. 134, pp. 58- 68. doi: 10.1016/j.prevetmed.2016.09.018

130.Williams B.H., Kiupel M., West K.H., Raymond J.T., Grant C.K., Glickman L.T. Coronavirus associated epizootic catarrhal enteritis in ferrets. J. Am. Vet. Med. Assoc, 2000, vol. 217, pp. 526-530. doi: 10.2460/javma.2000.217.526

131. Wilson M.E., Chen L.H. Travelers give wings to novel coronavirus (2019-nCoV). J. Travel. Med., 2020: taaa015. doi: 10.1093/jtm/ taaa015

132.Wise A.G., Kiupel M., Garner M.M., Clark A.K., Maes R.K. Comparative sequence analysis of the distal one-third of the genomes of a systemic and an enteric ferret coronavirus. Virus Res., 2010, vol. 149, no. 1, pp. 42-50. doi: 10.1016/j.virusres.2009.12.011

133. Wong M.C., Cregeen S., Ajami N.J., Petrosino J.F. Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019. bioRxiv, 2020. doi: 10.1101/2020.02.07.939207

134.Woo P.C.Y., Lau S.K.P., Chen Y., Wong E.Y.M., Chan K.H., Chen H., Zhang L., Xia N., Yuen K.Y. Rapid detection of MERS coronavirus-like viruses in bats: potential for tracking MERS coronavirus transmission and animal origin. Emerg. Microb. Infect., 2018, vol. 7, pp. 2-7. doi: 10.1038/s41426-017-0016-7

135. Woo P.C., Lau S.K., Chu C.M., Chan K.H., Tsoi H.W., Huang Y., Wong B.H., Poon R.W., Cai J.J., Luk W.K., Poon L.L., Wong S.S., Guan Y., Peiris J.S., Yuen K.Y. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia. J. Virol, 2005, vol. 79, pp. 884-895. doi: 10.1128/JVI.79.2.884-895.2005

136.Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lai K.K., Huang Y., Lee P., Luk G.S., Dyrting K.C., Chan K.H., Yuen K.Y. Comparative analysis of complete genome sequences of three avian coronaviruses reveals a novel group 3c coronavirus. J. Virol., 2009, vol. 83, no. 2, pp. 908-917. doi: 10.1128/JVI.01977-08

137. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lau C.C., Tsang A.K., Lau J.H., Bai R., Teng J.L., Tsang C.C., Wang M., Zheng B.J., Chan K.H., Yuen K.Y. Discovery of seven novel mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus. J. Virol, 2012, vol. 86, no. 7, pp. 3995-4008. doi: 10.1128/JVI.06540-11

138.Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Tsang A.K., Hui S.W., Fan R.Y., Martelli P., Yuen K.Y. Discovery of a novel bottlenose dolphin coronavirus reveals a distinct species of marine mammal coronavirus in Gammacoronavirus. J. Virol., 2014, vol. 88, no. 2, pp. 1318-1331. doi: 10.1128/JVI.02351-13

139. Woo P.C., Lau S.K., Li K.S., Poon R.W., Wong B.H., Tsoi H.W., Yip B.C., Huang Y., Chan K.H., Yuen K.Y. Molecular diversity of coronaviruses in bats. Virology, 2006, vol. 351, no. 1, pp. 180-187. doi: 10.1016/j.virol.2006.02.041

140. Wood E.N. An apparently new syndrome of porcine epidemic diarrhea. Vet. Rec., 1977, vol. 100, pp. 243-244. doi: 10.1136/vr.100.12.243

141. World Health Organization. Summary of probable SARS cases with onset of illness from 1 November 2002 to 31 July 2003 (based on data as of the 31 December 2003). URL: https://www.who.int/csr/sars/country/table2004_04_21/en (29.02.2020).

142.World Health Organization. MERS situation update, January 2020. URL: http://www.emro.who.int/health-topics/mers-cov/mers-outbreaks.html (29.02.2020).

143. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report1 (21 January 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200121-sitrep-1-2019-ncov.pdf?sfvrsn=20a99c10_4 (29.02.2020).

144. World Health Organization. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report40 (29 February 2020). URL: https://www. who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200222-sitrep-33-covid-19.pdf?sfvrsn=c9585c8f_2 (29.02.2020).

145. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report10 (30 January 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200130-sitrep-10-ncov.pdf?sfvrsn=d0b2e480_2 (29.02.2020).

146. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report22 (11 February 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200211-sitrep-22-ncov.pdf?sfvrsn=fb6d49b1_2 (29.02.2020).

147. Wu Z., Yang L., Ren X., He G., Zhang J., Yang J., Qian Z., Dong J., Sun L., Zhu Y., Du J., Yang F., Zhang S., Jin Q. Deciphering the bat virome catalog to better understand the ecological diversity of bat viruses and the bat origin of emerging infectious diseases. ISME J, 2016, vol. 10, no. 3, pp. 609-620. doi: 10.1038/ismej.2015.138

148. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., Hu Y., Tao Z.W., Tian J.H., Pei Y.Y., Yuan M.L., Zhang Y.L., Dai F.H., Liu Y., Wang Q.M., Zheng J.J., Xu L., Holmes E.C., Zhang Y.Z. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature, 2020. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3

149. Zaki A.M., Van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. N. Engl. J. Med., 2012, vol. 367, no. 19, pp. 1814-1820. doi: 10.1056/NEJMoa1211721

150.Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.R., Zhu Y., Li B., Huang C.L., Chen H.D., Chen J., Luo Y., Guo H., Jiang R.D., Liu M.Q., Chen Y., Shen X.R., Wang X., Zheng X.S., Zhao K., Chen Q.J., Deng F., Liu L.L., Yan B., Zhan F.X., Wang Y.Y., Xiao G.F., Shi Z.L. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 2020. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7

151. Ziebuhr J., Baric R.S., Baker S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A., Haagmans B.L., Neuman B.W., Perlman S., Poon L.L.M., Sola I., Gorbalenya A.E. Reorganization of the family Coronaviridae into two families, Coronaviridae (including the current subfamily Coronavirinae and the new subfamily Letovirinae) and the new family Tobaniviridae (accommodating the current subfamily Torovirinae and three other subfamilies), revision of the genus rank structure and introduction of a new subgenus rank. Proposal 2017.013S (08.08.2018) for International Committee on Taxonomy of Viruses.

Авторы:

Щелканов М.Ю., д.б.н., доцент, руководитель Международного научно-образовательного Центра биологической безопасности Роспотребнадзора в Дальневосточном федеральном университете, г. Владивосток, Россия; зав. лабораторией вирусологии Федерального научного Центра биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии ДВО РАН, г. Владивосток, Россия; эксперт ФБУЗ Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае, г. Владивосток, Россия;

Попова А.Ю., д.м.н., профессор, руководитель Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Москва, Россия; зав. кафедрой организации санитарно-эпидемиологической службы Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования, Москва, Россия; Дедков В.Г., к.м.н., зам. директора по научной работе ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия;

Акимкин В.Г., д.м.н., профессор, академик РАН, директор Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия;

Малеев В.В., д.м.н., профессор, академик РАН, советник директора по научной работе Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва, Россия.

Поступила в редакцию 16.03.2020 Принята к печати 18.03.2020

Authors:

Shchelkanov M.Yu., PhD, MD (Biology), Associate Professor, Head of the International Scientific and Educational Center for Biological Security of Rospotrebnadzor in the Far Eastern Federal University, Vladivostok, Russian Federation; Head of the Laboratory of Virology, Federal Scientific Center of East Asia Terrestrial Biodiversity, Far Eastern Branch of Russian Academy of Sciences, Vladivostok, Russian Federation; Expert of the "Center of Hygiene and Epidemiology in the Primorsky Territory", Vladivostok, Russian Federation;

Popova A.Yu., PhD, MD (Medicine), Professor, Head of the Federal Service for Surveillance in the Sphere of Consumer Rights Protection and Human Welfare; Head of the Department of Sanitary and Epidemiological Service Organization, Russian Medical Academy of Continuing Professional Education, Moscow, Russian Federation;

Dedkov V.G., PhD (Medicine), Deputy Director for Science, St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation; Akimkin V.G., PhD, MD (Medicine), Professor, RAS Full Member, Director of the Central Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Moscow, Russian Federation; Maleev V.V., PhD, MD (Medicine), Professor, RAS Full Member, Advisor of the Director for Research of the Central Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Moscow, Russian Federation.

Received 16.03.2020 Accepted 18.03.2020