CC BY
2УДК 575.116.4
Т. А. Шарапова, Т. И. Линник, И. Г. Барская, О.Ю. Верлинский, С. Я. Речицкая
ИНТЕНСИВНОСТЬ И РАСПРЕДЕЛЕНИЕ РЕКОМБИНАЦИОННЫХ СОБЫТИЙ В ОБЛАСТИ ГЛАВНОГО КОМПЛЕКСА ГИСТОСОВМЕСТИМОСТИ У ЧЕЛОВЕКА
Институт Репродуктивной Генетики, Чикаго, США
Введение
В настоящее время не вызывает сомнения тот факт, что рекомбинационные события в геноме человека распределены не случайно, а сконцентрированы на небольших участках размером всего несколько тысяч пар оснований (т.п.о.), называемых горячими точками рекомбинации (ГТР). Горячие точки рекомбинации разделены протяженными фрагментами ДНК с низкой рекомбинационной активностью (холодные точки рекомбинации или рекомби-национными пустыни) [1]. Изучение распределения ГТР в геноме человека и построение рекомбинационных карт имеет важное как теоретическое, так и прикладное значение. Во-первых, точная локализация ГТР способствует изучению процесса рекомбинации и механизмов ее регуляции. Несмотря на то, что сам механизм гомологичной рекомбинации у эукариот довольно хорошо изучен, пока нет четкого представления о том, какие факторы отвечают за инициацию рекомбинации на том или ином участке генома. Во-вторых, данные о ГТР позволяют моделировать эволюцию отдельных участков генома [2]. В-третьих, построение точных рекомбинационных карт позволяет оптимальный подбор маркеров для современных полногеномных исследований ассоциаций (Genome Wide Association studies) и тем самым в значительной степени определяет успех и эффективность данных исследований [3].
Существует три подхода к изучению распределения горячих точек рекомбинации у человека: анализ сцепления маркеров в родословных, генотипирование ДНК сперматозоидов и компьютерное моделирование на основе попу-ляционных исследований однонуклеотидных
полиморфизмов (ОНП). Каждый из методов имеет свои преимущества и недостатки. Метод родословных был самым первым методом, который использовался для изучения генетической рекомбинации и построения генетических карт. Недостатком метода является то, что он не дает статистически достоверных результатов вследствие малого размера анализируемых родословных [4]. Генотипирование сперматозоидов позволяет проанализировать огромное количество продуктов мейоза и получить статистически достоверный результат, однако является дорогостоящим и трудоемким, а также позволяет оценить частоту рекомбинации только у мужчин [5]. Популяционные исследования сцепления полиморфизмов отражают не реальную, а исторически сложившуюся картину распределения рекомбинацион-ных блоков, которая может не соответствовать действительной вследствие быстрой эволюции горячих точек рекомбинации [6].
Повышенный интерес к изучению рекомбинации в области главного комплекса гистосовместимости, или МНС (Major Histocomhatibility Complex), обусловлен не только участием HLA генов в иммунном ответе, но и его ассоциацией с рядом воспалительных и хронических заболеваний, например, таких как диабет типа 1, ревматоидный артрит, системная красная волчанка и др. [7].
В 2002 году группой исследователей штата Мэриленд было генотипировано 20000 единичных сперматозоидов для построения рекомбинационной карты МНС области [8]. Результаты данного исследования, а также данные анализа ОНП в популяциях на сегодняшний день являются основным источником
информации о рекомбинации в МНС и основой для построения рекомбинационной карты данной области генома. Тем не менее, информация о рекомбинации в МНС все еще является неполной. Результаты анализа спермы, несмотря на огромное количество исследованных гамет, имеют целый ряд неточностей. Во-первых, построенная карта отражает распределение рекомбинаций только у мужчин. Во-вторых, в исследовании использовалась сперма, полученная всего от 12 доноров, двое из которых монозиготные близнецы, и двое братья с идентичным HLA (Human Leukocyte Antigen) гаплотипом, сводя общее количество независимых HLA хромосом до 20. Рядом исследователей было доказано, что существуют значительные различия в частоте и локализации рекомбинации у мужчин и женщин, а также существуют значительные межиндивидуальные колебания в распределении рекомбинаций на различных участках генома [9].
В течение последнего десятилетия широкое распространение получила предимплантаци-
онная генетическая диагностика (111Д), позволяющая установить генотип будущего ребенка до имплантации [10]. Разновидностью ПГД является ИЬЛ генотипирование эмбрионов человека, кото рое применяется для предим-плантационного подбора совместимого донора для лечения больного сибса. Методы ИЬЛ генотипирования, основанные на использовании БТЯ маркеров, позволяют обнаружить и локализовать горячие точки рекомбинации на микроуровне не только у мужчин, но и у женщин, поскольку дают возможность анализа в реальном времени огромного количества женских мейозов, обычно не доступных для изучения. Исследование же большого количества эмбрионов позволяет получить статистически достоверные результаты.
Задачей исследования являлось изучение частоты и распределения генетической рекомбинации внутри фрагмента, включающего главный комплекс совместимости, у женщин и мужчин с использованием данных предим-плантационного ИЬЛ генотипирования.
Материал и методы исследования
В качестве материала для исследования использовались единичные бластомеры, выделенные из эмбрионов на 3-й день развития после оплодотворения in vitro, и принадлежащие супружеским парам, нуждающимся в подборе HLA совместимого донора для лечения больного ребенка. Биопсия бластомеров проводилась только после подписания пациентом формы информированного согласия. Всего в исследовании принимали участие 110 супружеских пар (220 человек), в возрасте от 24 до 49 лет, прошедших через ЭКО/ПГД программу, включавшую предимплантационное HLA генотипирование.
Единичные бластомеры были получены методом механической биопсии эмбрионов на стадии 6-12 клеток и лизированы с использованием буфера, содержащего протеиназу К (0.2мг/мл), 0.1% ТритонХ100, 0.1% Твин 20. Подбор STR маркеров в области 6р21 осуществлялся с использованием электронных баз данных The Genome Database (www.gdb. org) и dbMHC, а также программы-браузера Ensemble (www.ensemble.org). Дизайн прай-меров для амплификации полиморфных
STR-локусов в области МНС производился с использованием программного обеспечения PrimerPremier (Biosoft International). Во внутренний праймер для амплификации каждого локуса была введена флуоресцентная метка (молекула флуорофора FAM или HEX) для последующей детекции полиморфного ПЦР продукта с помощью капиллярного электрофореза. Последовательности использованных праймеров приведены в табл.1.
Для анализа единичных бластомеров использовалась мультиплексная двухступенчатая ПЦР с вложенными праймерами (nested). Первый раунд амплификации проводили в объеме 75 мкл, содержащем 10 мМ трис-HCl (pH 8.3), 50мМ KCl, 1,75 мМ MgCl2, 6% DMSO, 100 мкМ каждого дезоксинуклеотидтрифосфа-та (дНТФ), 2 единицы ДНК-полимеразы Taq (Bioline), 5 пикомоль каждого внешнего прай-мера. Вторые раунды ПЦР проводили в объеме 25 мкл, содержащем 10 мМ трис-HCl (pH 8.3), 50мМ KCl, 6% DMSO, 1.5 MgCl2, 56 мкМ каждого дНТФ, 0.75 единицы ДНК-полимеразы Taq (Bioline), 7 пикомолей каждого праймера и 2 мкл ПЦР продукта первого раунда. Детек-
ция и анализ продуктов амплификации прово- с использованием автоматического генетиче-дилась методом капиллярного электрофореза ского анализатора ABI PRISM 3130x/.
Таблица 1
Последовательности и 5Лмодификация праймеров, использованных для амплификации полиморфных 8ТЯ маркеров в области 6р21
STR-маркер Праймер Нуклеотидная последовательность и 5'модификация Комбинации праймеров Размер продукта, п.н. Т отжига
1 D6S248 D6S248-F D6S248-R D6S248-INS 5' GACTCTCAATCCTCGTTAATGC 5' CAAAAAGAACTGCCAAATACAA 3' 5'\ HEX\AGGAATGGTGAGAAGGGAAA 3' 1 Раунд F+ R 350 52°С
2 Раунд F+ INS 250-280 52°С
2 D6S1624 D6S1624-F D6S1624-R D6S1624-INS 5' TTGGCTGTTTTCTGAAAATT 3' 5' AATAACTTGCTAGGTTTAAGACTTT 3' 5'\ HEX\AAATAATTTACGTCCTATCAGTTAA3' 1 Раунд F+ R 207-221 52°С
2 Раунд F+ INS 177-191 52°С
3 D6S258 D6S258-F D6S258-R D6S258-INS 5' ATCAAGAATGTAATTCCCTTT 3' 5' TTCCATTTGTTTGTGTCATC 3' 5'\ FAM\TTCAGCAGTGCTTTGTAGTT 3' 1 Раунд F+ R 175-194 53°С
2 Раунд F+ INS 125-144 52°С
4 D6S2972 (MOG) D6S2972-F D6S2972-R D6S2972-INS 5' CGAGTGAGTCTCTTTATTCTTTC 3' 5' GGTAACTGAAGCATTGAAAAG 3' 5'\ FAM\GATAAAGGGGAACTACTACA 1 Раунд F+ R 190-210 55°С
2 Раунд F+ INS 160-186 55°С
5 D6S2971 (RF) D6S2971-F D6S2971-R D6S2971-INS 5' TCAGGTACAACTTTTCCAGAGA 3' 5' GCTTGGTGCCAGACAATG 3' 5'\ FAM\AGAATGAAGGTCTAGAGACAGTT 3' 1 Раунд F+ R 180-300 60°С
2 Раунд F+ INS 130-250 55°С
6 D6S510 D6S510-F D6S510-R D6S510-INS 5' CAACACACTGATTTCCATAGC 3' 5' AATGGGCTACTACTTCACACC 3' 5'\ HEX\CACTTTGTCTTTCCCAATGTA 3' 1 Раунд F+ R 179-195 55°С
2 Раунд R+INS 149-165 55°С
7 D6S265 D6S265-F D6S265-R D6S265-INS-F D6S265-INS-R 5' AAGCCAGGCACAGAAA 3' 5' GTGTTGGGAACATTACAAG 3' 5' ATCGAGGTAAACAGCAGAAAG 3' 5'\ FAM\AGTCACCCTACTGTGCTATC 3' 1 Раунд F+ R 300 56°С
2 Раунд INS-F + INS-R 172-182 55°С
8 9N-2 9N2 —F 9N2 -R 9N2 -INS 5' TCAACACACCGTCTTCCCT 3' 5' GGGCCCAGCAGGGTTTA 3' 5'\ FAM\GTTAGGACATGTGTCCCTACAAG 3' 1 Раунд F+ R 167-180 53°С
2 Раунд F+ INS 131-140 55°С
9 MIC A MIC-F MIC-R MIC-INS 5' GGTGCTTCAGAGTCATTGGC 3' 5' ATCTCCAGAAACTGCCCG 3' 5'\ FAM\CGCTTTTCTCACCTGGACC 3' 1 Раунд F+ R 150-173 55°С
2 Раунд F+ INS 130-143 55°С
10 D6S2673 (MIB) D6S2673-F D6S2673-R D6S2673-INS 5' GCTTCACCCGATCAGTAGA 3' 5' AGAAGCAGAATCAATAGGG 3' 5'\ HEX\CCTGCAGATTTTCATACTTAC 3' 1 Раунд F+ R 230-250 53°С
2 Раунд R+INS 142-160 55°С
11 D6S2792 (TNF-A) D6S2792-F D6S2792-R D6S2792-INS 5' GCACTCCAGCCTAGGCCACAGA 3' 5' GCCTCTAGATTTCATCCAGCCACA 3' 5'\ FAM\CCTCTCTCCCCTGCAACACACA 3' 1 Раунд F+ R 216 60°С
2 Раунд R+INS 100-112 60°С
12 D6S273 D6S273-F D6S273-R D6S273-INS 5' AGCTAAATGCAATGTAGGA 3' 5' GCCAAAGTTAAAACCAAAC 3' 5'\ FAM\ACCAAACTTCAAATTTTCGG 3' 1 Раунд F+ R 290 55°С
2 Раунд F+ INS 266-279 55°С
13 D6S2885 (LH1) D6S2885-F D6S2885-R D6S2885-INS 5' GAGACAATGCCTAGAACCAAA 3' 5' TAGGAAGAAGGTGACCTGGAC 3' 5'\ FAM\CTATGCTAGTCTGTGCCAAGG 3' 1 Раунд F+ R 185-205 56°С
2 Раунд R+INS 148-180 55°С
14 D6S2447 D6S2447-F D6S2447-R D6S2447-INS 5' CATGTTACCCAGGCTTGG 3' 5' GTTTCTTTTTGCGTCTATTTT 3' 5'\ FAM\AAGTTGTTAAAACTCTGGTAGACA3' 1 Раунд F+ R 180-200 55°С
2 Раунд R+INS 150-170 55°С
15 G51152 G51152- F G51152-R G51152-INS 5' GCCAGAGTATGCTTTCAC 3' 5' TTTCTACAAAACGCCAAG 3' 5'\ FAM\CCTTCACCTCAACTTATGG 3' 1 Раунд F+ R 202-230 51°С
2 Раунд R+INS 182-210 52°С
16 D6S2443 D6S2443-F D6S2443-R D6S2443 -INS 5' CCATACCAAAGTAAAACCCAG 3' 5' GAGGATGAAGGGAAATTAGAG 3' 5'\ FAM\AAGGTTTGGGATCTCGTTTGT 3' 1 Раунд F+ R 188-208 55°С
2 Раунд F+ INS 100-130 55°С
17 D6S2444 D6S2444-F D6S2444-R D6S2444- INS 5' AATACATTCTTTCAGTAAAATCCAA 3' 5' GAGCCAAGAACCCAGCATTC 3' 5'\ HEX\GGAAGGATTCTAAATAGGGGAG 3' 1 Раунд F+ R 160-170 58°С
2 Раунд R+INS 140-150 55°С
18 TAP1 TAP1-F TAP1-R TAP1-INS 5' CTGTTCATATCCTCATACATCTG 3' 5' TAAGGAGGACAATATTTTGC 3' 5'\ FAM\TATTTTGCTCCTGAGGTATATC 3' 1 Раунд F+ R 235-251 55°С
2 Раунд F+ INS 205-221 52°С
19 D6S2656 (Ring1) D6S2656-F D6S2656-R D6S2656-INS 5' GAGGTAATGTCACAGGATGG 3' 5' TGCTTATAGGGAGACTACCG 3' 5'\ HEX\CCCTGTGGATGTCAAGAAT 3' 1 Раунд F+ R 223-243 55°С
2 Раунд R+INS 156-162 55°С
20 D6S1560 D6S1560-F D6S1560-R D6S1560-INS 5' CTCCAGTCCCCACTGCCT 3' 5' AATAATGGACATTGTGACTCTGA 3' 5'\ FAM\TCCTTGGTGGTAGTGTTTCTAA 3' 1 Раунд F+ R 182-202 60°С
2 Раунд R+INS 150-160 55°С
21 D6S1583 D6S1583-F D6S1583-R D6S1583-INS 5' TCTGCCCCTAACCTGCTTC 3' 5' CTCTGGAAGGCAGATGGC 3' 5'\ FAM\CTTAGGTCCTCAGGGACAGAC 3' 1 Раунд F+ R 160-180 60°С
2 Раунд F+ INS 140-160 55°С
22 D6S1629 D6S1629-F D6S1629-R D6S1629-INS 5' AAACGTTGCTGAACCCATAGT 3' 5' ATGCTAGGGAAGGGGTATCTG 3' 5'\ HEX\GGAATTTCATACACAGTGACTTGTAC 1 Раунд F+ R 200-220 56°С
2 Раунд R+INS 170-190 55°С
23 D6D1568 D6S1568-F D6S1568-R D6S1568-INS 5' AGCTAGGCCAGGCCGTG 3' 5' GAGGAAGGAGTCCTGGCTG 3' 5'\ HEX\GCCCAGTCTACAGATATCCCC 3' 1 Раунд F+ R 160-200 60°С
2 Раунд F+ INS 120-140 55°С
24 D6S1618 D6S1618-F D6S1618-R D6S1618-INS 5' TTGAGGCCGGAGCACGT 3' 5' CCTAATCTGCGGGTGTTT 3' 5'\ HEX\TGGCCTGAGCAGTGCAT 3' 1 Раунд F+ R 137-160 56°С
2 Раунд R+INS 127-150 55°С
Для оценки частоты и распределения рекомбинации внутри области МНС использовался подход, аналогичный предложенному Си11еп
с соавт. (2002). Статистическая обработка полученных данных проводилась с использованием метода х2.
Результаты и обсуждение
Была изучена частота и распределение ре-комбинационных событий внутри фрагмента размером 5,4 Мб в области 6р21. Исследованный фрагмент, заключенный между маркерами Б6Б248 и Б681618, включал МНС (3,3Мб) и фланкирующие его области с теломерной и центромерной стороны. Данные о реком-бинационных событиях в пределах данного фрагмента были собраны в ходе предимплан-тационного генотипирования бластомеров, полученных от 1896 эмбрионов. Всего было проанализировано 1787 отцовских и 1839 материнских хромосом. В пределах исследованного фрагмента было обнаружено 33 рекомбинации у мужчин и 50 у женщин.
Для изучения распределения рекомбинаций внутри МНС из коллекции микросателлитных маркеров, используемых для ИЬЛ генотипи-рования, были отобраны 24 БТЯ маркера, которые разделили исследуемый фрагмент на 23 сегмента длиной от 30 до 700 т.п.о. (рис.1). Было определено количество рекомбинацион-ных событий, приходящихся на каждый сег-
мент. Каждое наблюдаемое рекомбинационное событие было локализовано между двумя БТЯ маркерами, т. е. определен рекомбинационный интервал. Всего 12 из 83 обнаруженных рекомбинаций были локализованы между двумя соседними БТЯ маркерами, т.е. в пределах одного сегмента; 71 рекомбинационный интервал захватывал два и более соседних сегмента. Для подсчета частоты рекомбинации внутри каждого сегмента мы использовали математическую модель, в которой каждый реком-бинационный интервал был представлен в виде суммы долей, приходящихся на каждый охватываемый сегмент. Для каждого сегмента был определен вклад каждой рекомбинации путем деления наблюдаемого рекомбинаци-онного интервала на количество охваченных сегментов пропорционально размеру каждого сегмента (рис.1). Полученные взвешенные значения числа рекомбинаций, приходящихся на каждый сегмент, были использованы для расчета интенсивности рекомбинации (сМ/ Мб). Для обнаружения горячих точек реком-
бинации, полученные взвешенные значения количества рекомбинаций сравнивались с теоретическим значением для каждого сегмента, рассчитанным исходя из гипотезы о том, что рекомбинационные события распределены внутри всего исследованного фрагмента равномерно.
Средняя интенсивность рекомбинации внутри исследованного фрагмента размером 5,4 Мб составила 0,37сМ/Мб для мужчин, 0,53сМ/ Мб для женщин и 0,45сМ/Мб для обоих полов. Полученные значения уровня рекомбинации в области МНС в два раза ниже, чем средний уровень рекомбинации для генома человека, который составляет 1сМ/Мб [11]. Низкий уровень рекомбинации в области МНС был подтвержден рядом других исследователей и может быть объяснен высокой степенью по-лиморфности данной области, затрудняющей синапс гомологичных хромосом во время профазы мейоза 1.
Рис. 1. Позиция и взаимное расположение 8ТЯ маркеров, использованных для изучения рекомбинации МНС области.
Полученное среднее значение интенсивности рекомбинации для обоих полов 0,45сМ/ Мб соответствует значению, рассчитанному на основе популяционных данных (0,44сМ/ Мб), что может свидетельствовать в пользу медленной эволюции главного комплекса ги-стосовместимости, позволяющей сохранять эволюционно благоприятные сочетания HLA аллелей в ряду поколений [12].
Полученное соотношение интенсивности рекомбинации внутри исследуемого фрагмента у мужчин и женщин 1:1.5 соответствует среднему уровню для генома человека. В 1990 годы методом родословных было получено аналогичное соотношение для HLA области 1:4 [13]. Поскольку в последующие годы точные данные относительно частоты рекомбинации у женщин так и не были получены, данное соотношение по-прежнему используется для расчета усредненного значения рекомбинации для обоих полов, в частности при сравнении популяционных данных и результатами анализа спермы, а также для расчета уровня рекомбинации у женщин исходя из среднего по-пуляционного значения.
Была определена средняя интенсивность рекомбинации для каждого из классов главного комплекса гистосовместимости, а также на участках, фланкирующих МНС (рис.2). Было обнаружено неравномерное распределение рекомбинационных событий в области МНС, большинство из которых приходится на область генов класса II и прилегающий к нему центромерный участок. Область HLA генов класса I, а также прилегающий к нему тело-мерный фрагмент, обнаружили пониженный (0,2 - 0,37 сМ/Мб) уровень рекомбинации, что согласуется с данными, полученными при изучении неравновесия по сцеплению LD (Linkage Disequilibrium), где было показано, что МНС класс I, вместе с прилегающим к нему кластером генов зрительных рецепторов, является одним из самых протяженных LD блоков в геноме человека размером почти 1Мб [14].
Для 9 из 23 сегментов было обнаружено отличие в уровне рекомбинации между мужчинами и женщинами в 2-8 раз, что подтверждает гетерогенность распределения рекомбинаций у мужчин и женщин (рис.3). У женщин для 6, а у мужчин для 4 сегментов было обнаружено
увеличение рекомбинационной активности по сравнению со средним значением в 1.6-5 раз. Три из них, Б682447-051152, ТАР1-Шп§3 и Шп§3-Б681560 находятся в области ИЬА класса II и соответствуют ранее описанным горячим точкам рекомбинации DQB1-DQB3, БМВ и Шп§3-БРВ1 (табл.2) [15]. Три оставшиеся сегмента, Б681583-Б6Б1629, Б681629-
Б681568 и Б681568-Б681618 находятся за пределами ИЬА области и были исследованы впервые. Для сегмента Б681629-Б681568 получено статистически значимое увеличение уровня рекомбинации по сравнению со средним, что достоверно указывает на присутствие горячей точки рекомбинации размером 167 т. п. о., ранее не описанной в литературе.
Рис. 2. Карта рекомбинационных событий, обнаруженных внутри исследованного фрагмента размером 5,4 Мб. Синие и красные штрихи отображают рекомбинационные интервалы у мужчин и женщин соответственно.
Таблица 2
Горячие точки рекомбинации, обнаруженные в пределах 5.4Мб фрагмента
№ Сегмент Позиция, кб Интенсивность рекомбинации, сМ/Мб Увеличение интенсивности рекомбинации Локализация ранее описанных горячих точек
Женщины Мужчины Среднее значение Женщины Мужчины Среднее значение
14 D6S2447 - G51152 32,734-32,778 1.50 14 0.3862 0.9651 x 2.8 x 1.1 x 2.1 DQB1-DQB3
18 TAP1-CA - Ring3CA 32,927-33,050 1.0637 0.6201 0.8505 x 2 x 1.7 x 1.9 DMB
19 Ring3CA - D6S1560 33,051-33,662 0.8431 0.5956 0.7241 x 1.6 x 1.6 x 1.6 Ring3-DPB1
21 D6S1583 - D6S1629 33,795-33,927 1.1135 1.3203 1.2132 x 2.1 x 3.6 x 2.7 -
22 D6S1629 - D6S1568 33,996-34,063 2.5391 1.4055 1.9931 x 4.8 p<0.05 x 3.8 x 4.4 p<0.05 -
23 D6S1568 - D6S1618 34,112-34,263 1.9592 0.2464 1.1441 x 3.7 x 0.7 x 2.5 -
Рис. 3. Рассчитанный уровень рекомбинации для HLA классов I, II и III и прилегающих участков. Синим цветом обозначен уровень рекомбинации у мужчин, красным - у женщин и черным - средний для об
Рис. 4. Распределение уровня рекомбинации у мужчин и женщин для 23 изученных сегментов
Заключение
Впервые на значительной выборке была определена интенсивность рекомбинации в области главного комплекса гистосовмести-мости и на прилегающих к нему участках генома у женщин, которая составила 0.53 сМ/ Мб. Интенсивность рекомбинации у мужчин составила 0.37сМ/Мб, что значительно ниже определенной ранее при исследовании спермы. На основе полученных данных впервые рассчитано соотношение уровня рекомбинации в МНС области у мужчин и женщин равное 1:1.5. Данное соотношение может быть использовано для расчета и сравнения усредненного уровня рекомбинации на основе исследования спермы, а также для расчета уровня рекомбинации у женщин, используя популяционные данные для обоих полов. У женщин было обнаружено 6, а у мужчин 4 горячие области рекомбинации, три из которых соответствуют ранее описанным ГТР. Впервые
была исследована рекомбинация на участках, прилегающих к МНС. Увеличение уровня рекомбинации до 2 сМ/Мб достоверно указывает на присутствие горячей точки рекомбинации между маркерами Б6Б1629 и Б6Б1568. Необходимы дальнейшие исследования для более точной локализации ГТР внутри данного фрагмента (с разрешением до 2-3 т.п.о.).
Полученные данные по частоте рекомбинации в МНС области не только представляют собой новые данные о рекомбинационных свойствах генома в целом, но и являются важной информацией, незаменимой при отборе маркеров для предимплантационного генотипи-рования с целью подбора доноров для лечения больного ребенка. Очевидно, что для областей с более высоким уровнем рекомбинации информативность и плотность используемых маркеров должна быть выше, чем для областей с более низкой рекомбинационной активностью.
Список использованных источников
1. Mammalian Meiotic Recombination Hot recombination in the human genome / S. Myers Spots / N. Arnheim [et al.] // Annu. Rev. Genet. [et al.] // Biochemical Society Transactions. -- 2007. - Vol.41. - P. 369-399. 2006. - Vol.34. - P.526-530.
2. The distribution and causes of meiotic 3. The Fine-Scale Structure of Recombination
Rate Variation in the Human Genome / A. Gilean [et al.] // Science. - 2004. - Vol.304. - P.581-584.
4. Comprehensive Human Genetic Maps: Individual and Sex-Specific Variation in Recombination / K. W. Broman [et al.] // Am. J. Hum. Genet. - 1998. - Vol.63. - P.861-869.
5. Justified chauvinism: advances in defining meiotic recombination through sperm typing / M Carrington, M Cullen // Trends in Genetics. -2004. - Vol.20 (4). - P. 196-205.
6. A Fine-Scale Map of Recombination Rates and Hotspots across the Human Genome / S. Myers [et al.] // Science. - 2005. - Vol.310. -P. 321-324.
7. Mapping of multiple susceptibility variants within the MHC region for 7 immune-mediated diseases / J. D. Rioux // Proc Natl. Acad. Sci. U S A. - 2009. - Vol.106 (44). - P. 18680-18685.
8. High-Resolution Patterns of Meiotic Recombination across the Human Major Histocompatibility Complex / M. Cullen [et al.] // Am. J. Hum. Genet. - 2002. - Vol.71. - P.759-776.
9. An evolutionary view of human recombination / G. Coop and M. Przeworski // Nature Reviews/ Genetics. - 2007. - Vol.8. - P. 23-34.
10. Preimplantation Genetic Diagnosis - An Overview / C. M. Ogilvie [et al.] // Journal of Histochemistry & Cytochemistry. - 2005. -Vol.53. - P.255-260.
11. A high-resolution recombination map of the human genome / A. Kong [et al.] // Nature Genetics. - 2002. - Vol.31. - P.241-247.
12. A high-resolution HLA and SNP haplo-type map for disease association studies in the extended human MHC / P. W. de Bakker // Nature Genetics. - 2006. - Vol.38. - P. 1166-1172.
13. Characterization of recombination in the HLA class II region / M. Cullen [et al.] // Am J Hum Genet. - 1997. - Vol.60 (2). - P. 397-407.
14. A High-Resolution Linkage-Disequilibrium Map of the Human Major Histocompatibility Complex and First Generation of Tag Single-Nucleotide Polymorphisms / M. Miretti [et al.] // Am. J. Hum. Genet. - 2005. - Vol.76. -P. 634-646.
15. Where the Crossovers are: Recombination Distributions in Mammals / L. Kauppi [et al.] // Nature Reviews/Genetics. - 2004. - Vol.5. -P. 413-424.
Дата поступления статьи 6 сентября 2010 г.
