CC BY
0
DOI: 10.48612/sbornik-2024-1-58 УДК 619:616 - 0 97.3
ИММУНОДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ТЕСТЫ ОЦЕНКИ ИММУННОГО СТАТУСА И НАРУШЕНИЙ ПЕРЕДАЧИ ПАССИВНОГО ИММУНИТЕТА У НОВОРОЖДЕННЫХ ТЕЛЯТ
Федоров Юрий Николаевич, д-р биол. наук Богомолова Олеся Анатольевна, канд. биол. наук Царькова Кристина Николаевна Кочетова Людмила Николаевна
ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт биологической промышленности», Московская область, Российская Федерация
Основная цель исследований заключалась в оценке диагностической эффективности прямых и непрямых методов, которые могут быть использованы ветеринарными специалистами для определения иммунного статуса и передачи материнского иммунитета у новорожденных телят. Передача пассивного иммунитета определяется как абсорбция материнских иммуноглобулинов молозива через тонкий отдел кишечника телят в течение первых 24 часов после рождения. Нарушение передачи пассивного иммунитета классически диагностируется, когда концентрация IgG составляет <10,0 мг/мл. Передачу пассивного иммунитета оценивали с использованием прямых (ради1альная иммунодиффузия, «золотой стандарт») и непрямых (тест преципитации с сульфитом натрия, тест помутнения с сульфатом цинка, тест коагуляции с глутаровым альдегидом) методов для оценки концентрации IgG. Проведен анализ методов для лабораторной оценки иммунного статуса и полевой диагностики передачи пассивного иммунитета у новорожденных телят и его нарушений, обсуждаются положительные и отрицательные аспекты каждого метода.
Ключевые слова: методы иммуноанализа; иммуноглобулины; пассивный иммунитет; нарушение пассивного иммунитета, телята
IMMUNODIAGNOSTIC TESTS FOR DETECTION OF IMMUNE STATUS AND FAILURE OF PASSIVE
IMMUNITY TRANSFER IN NEWBORN CALVES
Fedorov Yuri Nikolayevich, Dr. Biol. Sci. Bogomolova Olesya Anatolyevna, PhD Biol. Sci. Tsarkova Kristina Nikolayevna Kochetova Lyudmila Nikolayevna
All-Russian Research and Technological Institute of the Biological Industry, Moscow Province, Russian Federation
The aim of this study was to evaluate the diagnostic efficiency of direct and indirect methods that may be used in veterinary practice to assess of immune status and maternal immunoglobulin transfer in neonatal calves. The transfer of passive immunity is defined as the absorption of the maternal immunoglobulin present in colostrum through the small intestine of the calf during the first 24 h after birth. Failure of transfer of maternal immunity is classically diagnosed when IgG concentration is <10.0 mg/ml. The transfer of passive immunity is evaluated using direct (radial immunodiffusion test, as «gold standard»), and indirect (sodium sulfite precipitation test, zinc sulfate turbidity test, the glutaraldehyde coagulation test) methods for assessing IgG concentration. An analysis of methods for laboratory assessment of immune status and field diagnosis of the transmission of passive immunity in newborn calves and its disorders was carried out; the positive and negative aspects of each method are discussed.
Key words: immunoassay methods; immunoglobulins; passive immunity; failure of transfer of passive immunity; calves
Проблема сохранения новорожденных телят в ранний постнатальный период остается актуальной в современном промышленном животноводстве. При рождении телята не имеют иммунной защиты, поскольку собственная иммунная система является незрелой, а материнские иммуноглобулины (антитела) не передаются через плаценту. Синде-смохориальная плацента (в современной классификации-синепителиохориальная) коров разделяет кровь матери и плода, препятствуя трансплацентарной передаче защитных иммуноглобулинов и иммунокомпетентных клеток. Поэтому телята рождаются агам-маглобулинемичными, не имеют в крови иммуноглобулинов. Передача иммуноглобулинов (Щ от матери происходит через молозиво в первые 24 часа после рождения, что является важнейшим фактором выживания в ранний постнатальный период, а уровень иммуноглобулинов в сыворотке крови новорожденных телят коррелирует с их устойчивостью к воздействию различных патогенов. Получение иммуноглобулинов с молозивом называется передачей пассивного иммунитета (колостральный иммунитет), а их концентрация в сыворотке крови новорожденных телят является объективным критерием оценки иммунного статуса организма и формирования пассивного иммунитета, от которых зависит заболеваемость и смертность в этот период [1, 5]. Оценка пассивного иммунитета и диагностика нарушений его передачи у телят основана на определении в сыворотке крови концентрации IgG, который является референсным информативным показателем иммунного статуса новорожденных телят, индикатором эффективности передачи иммуноглобулинов через молозиво. Концентрации ^ >10,0 или <10,0 мг/мл свидетельствуют соответственно об эффективной передаче пассивного иммунитета или его нарушениях. Нарушение передачи пассивного иммунитета диагностируется при содержании IgG в сыворотке крови новорожденных телят <10,0 мг/мл. Несмотря на то, что достигнуты определенные успехи в технологии выращивания новорожденных телят с использованием молозива, нарушение передачи пассивного иммунитета остается главной проблемой промышленного животноводства, приносящей значительный экономический ущерб, обусловленный повышенной заболеваемостью и смертностью новорожденных телят.
Нарушения пассивного иммунитета выражаются в несвоевременном и неадекватном по количеству и качеству получения молозива. Проблема широко обсуждается в научной и технической литературе стран мира с развитым промышленным животноводством. Несмотря на широкий спектр знаний в этой области, создание соответствующих диагностических тест-систем, нарушения пассивной передачи иммунитета у новорожденных телят остаются сравнительно высокими на молочных фермах во многих странах мира и в зависимости от страны, системы ведения животноводства, пороговых решений составляют 19-40 % [3, 7, 10].
Для оценки эффективности передачи пассивного иммунитета и своевременного контроля иммунобиологического статуса, диагностики нарушений передачи пассивного иммунитета необходимы тест-системы, которые позволят быстро и эффективно оценивать иммунный статус новорожденных животных (экспресс-методы) и принимать адекватные решения по иммунокоррекции при установлении иммунодефицитных состояний. Разработка современной концепции и алгоритма диагностики передачи пассивного иммунитета с использованием методов различной направленности и целевого назначения (для лабораторных и полевых исследований), стратегии иммунопрофилактики болезней в раннем постнатальном онтогенезе является актуальной проблемой ветеринарной науки и практики.
Цель настоящего исследования заключается в аналитической сравнительной оценке эффективности различных методов диагностики передачи пассивного иммунитета и её нарушений у новорожденных телят с определением критериев, перспективности их использования в лабораторных исследованиях и полевых условиях, стратегии и алгоритма применения.
Методика исследований. Аналитическая характеристика диагностических тест-систем по оценке передачи пассивного иммунитета и ее нарушений дана по отношению к прямым (радиальная иммунодиффузия, РИД) и непрямым (турбидиметрические тесты: с сульфитом натрия, сульфатом цинка и глута-ровым альдегидом) методам иммуноанализа. Метод радиальной иммунодиффузии, обладающий высокой специфичностью, основан на взаимодействии антиген-антитело с обра-
зованием нерастворимого преципитирующе-го комплекса, позволяющего определять концентрацию IgG в сыворотке крови («золотой стандарт»). Методы турбидиметрии основаны на феноменах преципитации (сульфит натрия), помутнения (сульфат цинка) и коагуляции (глутаровый альдегид). В сравнительных исследованиях по оценке диагностической ценности испытанных тест-систем метод радиальной иммунодиффузии выступал в качестве референсного. Сравнительную оценку методов проводили в стандартных и рекомендуемых авторами тест-систем условиях по их применению. Тест преципитации с сульфитом натрия основан на селективной преципитации высокомолекулярных белков сульфитом натрия в различных концентрациях (от 14 % до 18 %). Турбидиметрический тест с сульфатом цинка основан на селективной реакции помутнения и оценке по характеру и времени появления помутнения раствора в присутствии высокомолекулярных белков, которыми являются иммуноглобулины сыворотки крови. Имеется зависимость эффективности теста от концентрации сульфата цинка, гемолиза сыворотки крови, содержания СО2 в растворе и температуры окружающей среды. Полуколичественный тест коагуляции с глу-таровым альдегидом (ГЛА) в различных концентрациях основан на реакции коагуляции глутарового альдегида в присутствии высокой концентрации иммуноглобулинов в крови, в которой время образования сгустка коррелирует с содержанием IgG в сыворотке крови. Глутаровый альдегид реагирует с базовыми белками сыворотки крови с образованием нерастворимых комплексов (сгустка). Эти непрямые тесты иммуноанализа рассматриваются как экспресс-методы и пригодны для диагностики передачи пассивного иммунитета в производственных (полевых) условиях. Сравнительную оценку метода радиальной иммунодиффузии и непрямых методов определения иммуноглобулинов в сыворотке крови телят (пробирочный тест преципитации с сульфитом натрия в различных концентрациях, тест помутнения с сульфатом цинка и глу-таральдегидовый тест коагуляции) по оценке иммунного статуса телят проводили в стандартных условиях и с учетом научных рекомендаций по применению этих методов [2-4, 6, 9]. В работе по оценке эффективности различных тест- систем использовали сыворотку крови и цельную кровь телят до приема мо-
лозива и в различные периоды после получения молозива.
Результаты исследований и их обсуждение. Одним из наиболее информативных показателей при оценке иммунного статуса животных и критерием диагностики иммунодефицитных состояний является количественное содержание иммуноглобулинов в сыворотке крови. Исторически в течение длительного времени классическим золотым стандартом количественного определения концентрации IgG в сыворотке крови и молозиве, оценки передачи пассивного иммунитета у телят после рождения является метод радиальной иммунодиффузии («золотой стандарт») [8].
Метод радиальной иммунодиффузии (РИД) основан на том, что иммуноглобулины испытуемых проб (сыворотка крови, молозиво) радиально диффундируют в агар, содержащий моноспецифическую антисыворотку или моноклональные антитела к иммуноглобулинам отдельных изотипов, образуя кольцо преципитации, диаметр которого прямо пропорционален концентрации иммуноглобулинов в испытуемой пробе. Как прямой тест определения концентрации IgG, он является золотым стандартом, арбитражным рефе-ренсным методом по отношению к другим методам для подтверждения нарушений передачи пассивного иммунитета. Однако, этот метод для получения результатов требует 1824 ч., является дорогостоящим и не рекомендуется в качестве рутинного для мониторинга эффективности передачи пассивного иммунитета в полевых условиях (на фермах). Поэтому метод радиальной иммунодиффузии рекомендуется только для научных исследований и в качестве арбитражного теста при вспышках массовой смертности телят в связи с нарушением передачи пассивного иммунитета. Несмотря на это, РИД в течение многих лет остается как золотой стандарт в изучении передачи пассивного иммунитета у телят и диагностики его нарушений, арбитражным тестом в сложных иммунологических исследованиях по количественной оценке уровня иммуноглобулинов. В настоящих исследованиях метод РИД использован как референс-ный тест по отношению к другим испытанным методам. К непрямым методам, альтернативным методу РИД определения концентрации иммуноглобулинов в сыворотке крови телят, относятся турбидиметрические тесты
(тесты, основанные на феноменах преципитации, помутнения и коагуляции реагирующих компонентов реакции). Коэффициент вариации турбидимитрических тестов подобен методу радиальной иммунодиффузии («золотой стандарт») и составляет 47,1-47,2 %, с коэффициентом корреляции между двумя методами 0,988. Полуколичественные и количественные турбидиметрические тесты представляются как простые по исполнению экспресс-методы, которые имеют предпочтение использования в полевых условиях (на фермах) для оценки передачи пассивного иммунитета у новорожденных телят [2, 3, 6, 9].
Тест преципитации с сульфитом натрия (Ыа2803) - турбидиметрический пробирочный тест, представляется как трехступенчатый полуколичественный метод с использованием 14, 16 и 18 %-ных растворов сульфита натрия. Он является наиболее простым и информативным экспресс-методом оценки иммунного статуса у новорожденных телят, диагностическим тестом нарушений передачи пассивного иммунитета, позволяющим определять уровень иммуноглобулинов в сыворотке крови. Метод основан на селективной преципитации высокомолекулярных белков растворами сульфита натрия различных концентраций. Иммуноглобулины, которые появляются в сыворотке крови новорожденных
Турбидиметрический тест с сульфатом цинка (2^04.7Н20) основан на преципитации высокомолекулярных белков растворами сульфита цинка различной концентрации, вызывающих феномен помутнения. При этом наблюдается корреляция между результатами теста с сульфатом цинка по определению уровня общих иммуноглобулинов и результатами определения концентрации IgG методом РИД («золотой стандарт»). В исследованиях с высокой специфичностью испытана концентрация раствора с содержанием сульфата
телят после приема молозива, преципитиру-ются растворами сульфита натрия в концентрациях от 14 до 18 %. Более низкие концентрации реагента не эффективны, а более высокие - преципитируют и другие сывороточные белки, не относящиеся к иммуноглобулинам. Пробы плазмы крови непригодны для использования в тесте с сульфитом натрия, так как фибриноген и другие факторы свертывания преципитируются сульфитом натрия. В пробирки разливали по 1,9 мл каждого из трех растворов сульфита натрия (14, 16 и 18 %) и добавляли по 0,1 мл испытуемой сыворотки крови телят. Содержимое пробирок тщательно встряхивали и оставляли при комнатной температуре на один час. При положительной реакции в пробирке при визуальной оценке появляется помутнение или выпадает осадок (таблица 1). Растворы в указанных концентрациях позволяют выявить уровень иммуноглобулинов в наиболее важных значениях для оценки иммунного статуса: до 5,0 мг/мл, от 5,0 до 15,0 мг/мл и свыше 15,0 мг/мл. Чувствительность метода составляет 89 % и специфичность - 99 %. Тест с сульфитом натрия является простым, недорогим и эффективным непрямым экспресс-методом оценки передачи пассивного иммунитета в полевых условиях (на фермах).
цинка 208 мг/л и оценкой интенсивности помутнения на спектрофотометре при длине волны 660 нм, времени реакционной смеси — 60 мин. Проба сыворотки крови в объеме 100 мкл смешивалась с 6 мл раствора сульфата цинка, и смесь инкубировалась в течение часа. Интенсивность помутнения конвертировалась в мг/мл ^ после получения стандартной кривой на основании проб с известной концентрацией ^ крупного рогатого скота или выполнялась визуально. Коэффициент помутнения >200 ЕД свидетельствует о
Таблица 1 - Определение иммуноглобулинов в сыворотке крови по результатам
преципитации с сульфитом натрия
Уровень иммуноглобулинов, мг/мл Концентрация Na2SO3 (%0
Оптимальный (>15,0 мг/мл) 14 16 18
Пониженный (5-15 мг/мл) + + +
Низкий (< 5,0 мг/мл) - + +
Отсутствие иммуноглобулинов (0,0 мг/мл) - - +
Примечание: «+» - наличие иммуноглобулинов; «-» - их отсутствие
концентрации IgG в сыворотке крови 25-30 мг/мл. Стандартный раствор содержал 94 мл 0,2 N серной кислоты (95-97 %) и 6 мл 1,15 г/100 мл хлористого бария (ВаС12.2Н20), что соответствовало 40 ЕД помутнения спектро-фотометрии при длине волны 420 нм. С увеличением концентрации сульфата цинка повышается специфичность теста с незначительными изменениями чувствительности по отношению к другим концентрациям. Исследователи отмечают, что подтверждено и в наших исследованиях, тест помутнения с сульфатом цинка является простым для выполнения и недорогим скринирующим тестом с высокой чувствительностью и достаточной специфичностью, но в определенной степени зависимым от таких факторов, как гемолиз испытуемых проб сыворотки крови, продолжительности времени реакции, окружающей температуры и содержания СО2 в растворах. Поэтому, при определении уровня IgG тест с сульфатом цинка требует подтверждения прямых методов определения концентрации IgG, таких как РИД [8]. Реакция с сульфатом цинка адаптирована для оценки концентрации IgG в сыворотке крови и посредством этого используется для диагностики передачи пассивного иммунитета.
Глутаральдегидовый тест коагуляции. Принцип метода основан на способности глу-тарового альдегида в растворах различной
В настоящих исследованиях метод радиальной иммунодиффузии использован как «золотой стандарт» количественной оценки содержания ^ с применением охарактеризованной моноспецифической антисыворотки к IgG и референсной сыворотки крови крупного рогатого скота с известным содержанием IgG (специфичность метода - 100 %). В пробирочном тесте преципитации с безводным сульфитом натрия, концентрация реагента составляла: 14 %, 16 % и 18 %, с оценкой содержания иммуноглобулинов через 1 час: <5,0 мг/мл, 5,0-15,0 мг/мл и >15,0 мг/мл. В тесте помутнения с сульфатом цинка, с уче-
концентрации коагулировать белки сыворотки крови с образованием нерастворимых комплексов. При этом время, необходимое для этой химической реакции, обратно пропорционально концентрации иммуноглобулинов в реагируемой смеси. Метод применяется у телят для оценки степени передачи иммуноглобулинов через молозиво. Глута-ральдегидовый тест имеет варианты с использованием цельной крови и сыворотки крови. Последний является предпочтительным за счет элиминации потенциального взаимодействия с фибриногеном. В одной из модификаций теста помутнения с глутаро-вым альдегидом раствор готовили смешиванием 50 мл 25 %-ного глутарового альдегида, 1 г №2-ЭДТА и 1 л 0,9 % Для реакции 2 мл крови смешивали с 2 мл приготовленного раствора глутарового альдегида в антикоагу-лянтных коллекционных пробирках. Результаты оценивались в течение 15 мин или до наступления процесса коагуляции. Результаты классифицировались от 1 до 4, согласно следующим критериям. Время наступления коагуляции от 0 - <3 минут - высокое содержание иммуноглобулинов; >3 - <6 минут -умеренная концентрация иммуноглобулинов; >6 - <15 минут - низкая концентрация иммуноглобулинов; 15 минут - отсутствие иммуноглобулинов (таблица 2).
том реакции в течение 1 часа, использован раствор с содержанием 208 мг/мл. Формирование помутнения свидетельствует об адекватной передаче пассивного иммунитета. Глутаровый альдегид с учетом времени (в течение 15 мин.) для формирования сгустка использован в концентрации 25% (специфичность 94 %). Появление коагуляции в течение <3 мин свидетельствует о высоком содержании иммуноглобулинов в испытуемой пробе (>10,0 мг/мл). Сравнительные результаты, полученные в этих исследованиях, представлены в таблице 3.
Таблица 2 - Критерии оценки теста коагуляции с глутаровым альдегидом
ГЛА-категория Время коагуляции Результаты (содержание иммуноглобулинов)
1. 0 - < 3 мин. Высокое содержание ^ (> 15,0 мг/мл)
2. >3 - < 6 мин. Умеренное содержание ^ (10,0 - 15,0 мг/мл)
3. > 6 - < 15 мин. Низкое содержание ^ (< 10,0 мг/мл)
4. > 15 мин. Отсутствие ^ (0 - < 5,0 мг/мл)
Таблица 3 - Содержание иммуноглобулинов в сыворотке крови телят по результатам различных тест-систем
Сыворотка крови n РИД IgG, мг/мл Na2SO3, мг/мл ZnSO4 7Н2О, мг/мл ГЛА-тест, мг/мл
До приема молозива 5 0 0 0 0
После раннего приема молозива (2-4 час) 10 19,25±0,62 > 15,0 >10,0 > 10,0
После позднего приема молозива (6-8 час) 10 6,94±0,20 5-15 < 5,0 < 10,0
Из таблицы видно, что все пробы сыворотки крови телят до приема молозива, в которых не обнаруживались иммуноглобулины методом радиальной иммунодиффузии, не проявляли реакции со всеми использованными реагентами в соответствующих тест-системах. Проведенные исследования показали, что непрямые методы иммуноанализа позволяют легко и быстро определить уровень иммуноглобулинов в сыворотке крови в первые дни жизни и диагностировать эффективность передачи пассивного иммунитета с молозивом. Эти тесты дают возможность ветеринарным специалистам использовать их в практических условиях и по результатам своевременно принять меры, направленные на повышение иммунологического статуса организма новорожденных животных. Повышение защитных сил организма при этом может быть достигнуто за счет получения молозива в первые 24-36 часов после рождения с высоким содержанием иммуноглобулинов (>50,0 мг/мл), введения молодняку плазмы или сыворотки крови матерей, а также гипериммунных сывороток и гамма-глобулинов (иммуноглобулинов). Иммунодефицитное состояние, связанное с несвоевременным и неадекватным по количеству и содержанию иммуноглобулинов получением молозива после рождения, квалифицируется при концентрации в сыворотке крови телят <10,0 мг/мл.
Выводы. По результатам проведенного анализа показано, что непрямые методы им-муноанализа, основанные на феноменах преципитации, помутнения и коагуляции (тесты с сульфитом натрия, сульфатом цинка и глу-таровым альдегидом) рассматриваются как экспресс-методы диагностики передачи пассивного иммунитета с молозивом у новорожденных телят, пригодные для исследований в полевых условиях. При этом метод радиаль-
ной иммунодиффузии («золотой стандарт») выступает в качестве арбитражного теста для диагностики нарушений передачи пассивного иммунитета. Критерием эффективности передачи и формирования пассивного иммунитета является содержание иммуноглобулинов в сыворотке крови >10,0 мг/мл. Своевременная диагностика нарушений передачи пассивного иммунитета с использованием экспресс-методов позволяет повысить сохранность молодняка в ранний постнатальный период. Наиболее эффективным средством предотвращения инфекционных болезней в ранний постнатальный период является пассивный иммунитет, полученный с молозивом, который необходимо контролировать в первые дни после рождения с применением диагностических тест-систем различного уровня.
Список литературы
1. Фёдоров Ю. Н. Пассивный иммунитет: индикаторы и критерии оценки у новорожденных телят / Ю. Н. Фёдоров, В. И. Клюкина, О. А. Богомолова [и др.] //Ветеринария. -2022. - №8. - С. 3-7.
2. Bernarski E. E. The glutaraldehyde test and its use in dairy cattle /E. E. Bernarski, K.G. da Silva, L.V. nascimento [et al.] // Semina: Ciencias Agrarias, Londrina. - 2019.40 (5).1891-1900.
3. Cuttance E. L. A review of diagnostic tests for diagnosing failure of transfer of passive immunity in dairy calves in New Zealand / E. L. Cuttance, C. Regnerus, R. A. Laven // N.Z.Vet.J. -2019.67(6).277-286.
4. De Sousa R. S. Current Diagnostic Methods for Assessing Transfer of Passive Immunity in Calves and Possible Improvements: A Literature Review / R. S. De Sousa, L. B. C. dos Santos, I. O. Melo [et al.] // Animals. - 2021.11.2963.
5. Godden S. M. Colostrum management for dairy calves /S. M. Godden, J. E. Lombard, A. R. Woolums // Vet.Clin.North Am.Food Anim.Pract
- 2019. - 35. - P.535-556.
6. Kreuder A. J. Comparison of turbidometric immunoassay, refractometry, and gamma-glutamyl transferasa to radial immunodiffusion for assessment of transfer of passive immunity in high-risk beef calves / A. J. Kreuder, R. M. Breuer, C. Wiley [et al.] // J.Vet.IntMed. -2023.37(6).1923-1993.
7. Lombard J. Consensus recommendations on calf- and herd-level passive immunity in dairy calves in the United States / J. Lombard, N. Urie, F. Garry, S. Godden [et al.] // J.Dairy Sci. -2020.103.8.7611-7624.
8. Mancini G. Immunochemical quantitation of
antigens by single radial immunodiffusion / G. Mancini, O. Carbonara and J. F. Heremans // Im-munochem. - 1965.2. - P. 235-254.
9. Mugnier A. A parallel evaluation of 5 indirect cost-effective methods for assessing failure of passive immunity transfer in neonatal calves / A. Mugnier, K. Pecceu, F. Schelcher [et al.] // JDS Communication. - 2020(1).10-14.
10. Roadknigpt N. Prevalence of failure of passive immunity transfer in Australian non-replacement dairy calves / N. Roadknigpt, E. C. Jongman, P. Mansell, N. Cortman // Aust.Vet.J.-2022.100(7).292-295.
Б01: 10.48612^Ьогтк-2024-1-59 УДК 578.5/.8:636.4.082
ПОИСК ГЕНЕТИЧЕСКИХ МАРКЕРОВ ДЛЯ ИНДИКАЦИИ ПЕСТИВИРУСОВ СВИНЕЙ
Хаммадов Наиль Ильдарович1, канд. биол. наук Горбунова Мария Евгеньевна1, канд. биол. наук Шангараев Рафкат Искандерович1, канд. вет. наук Фахрутдинов Наиль Анисович1 Галеева Антонина Глебовна1, канд. вет. наук Хамидуллина Алина Ильфатовна2
1ФГБНУ «Федеральный центр токсикологической, радиационной и биологической безопасности», г. Казань, Российская Федерация
2ФГБОУ ВО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины имени Н.Э. Баумана», г. Казань, Российская Федерация
В статье представлены различные подходы к анализу генома пестивирусов свиней с целью дизайна специфических олигонуклеотидных затравок для индикации максимально большего количества штаммов и изолятов вируса классической чумы свиней, применяемых при амплификации кДНК искомого вируса с визуализацией результата реакции по технологии ТадМап. В ходе биоинформационного анализа было применено несколько подходов к первичному анализу потенциальных генетических маркеров. Вначале нами был выбран более классический подход, в котором короткие нуклеотидные последовательности (100-1000 пар оснований) подвергали БЬЛ8Т-анализу, и в рамках последовательностей со 100 % гомологией только к искомому вирусу выполняли предварительный дизайн олигонуклеотидный затравок для амплификации анализируемого генетического маркера. Однако для достижения желаемого результата начало анализа пришлось вести с множественного выравнивания искомых и гетерогенных нуклеотидных последовательностей.
Ключевые слова: пестивирусы; классическая чума свиней; биоинформатика; генетический маркер
SEARCH FOR GENETIC MARKERS FOR INDICATION OF SWINE PESTIVIRUSES
^ammadov Nail Ildarovich1, PhD Biol. Sci. Gorbunova Maria Evgenievna1, PhD Biol. Sci. Shangaraev Rafkat Iskanderovich1, PhD Vet. Sci.
