CC BY
11Проблемы медицинской микологии, 2020, Т.22, №3
FAMILY OUNAVIRINAE
Denisenko E.A., Kislichkina A.A., Krasilnikova V.M., Verevkin V.V., Volozhantsev N.V.
State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia
Нетифоидные Salmonella enterica являются наиболее распространенными возбудителями пищевых инфекций человека. В связи с ростом устойчивости сальмонелл к антибиотикам литические бактериофаги становятся все более востребованными средствами подавления этих бактерий.
Цель исследования - сравнительный геномный анализ близкородственных бактериофагов VSe11 и VSe102, обладающих сходной литической активностью и широким спектром действия в отношении бактерий Salmonella enterica сероваров Enteritidis, Typhimurium и Infantis.
Материалы и методы. ДНК фагов секвенировали с помощью технологии Ion Torrent PGM. Сборку, редактирование и аннотацию геномов проводили с использованием программного обеспечения Newbler 2.9, GeneMarkS, RAST и NCBI BLAST.
Результаты. Бактериофаги VSe11 и VSe102 лизируют около 90% штаммов S. enterica и лишь незначительно различаются по специфичности и эффективности бляшкообразования на некоторых штаммах сальмонелл. Геномы фагов VSe11 и VSe102 представлены линейной двухцепочечной ДНК длиной 86360 и 86365 пар нуклеотидов соответственно, доля G+C составляет 39,0%. В их геномах 99,5% последовательностей идентичны. В геноме фага VSe102 в некодирующей области, содержащей повторяющиеся последовательности, обнаружен дополнительный повторяющийся элемент размером 33 п.н. Из 129 кодирующих последовательностей геномов обоих фагов 125 кодируют белки с идентичными аминокислотными последовательностями и четыре кодируют гипотетические белки, несколько различающиеся по аминокислотной последовательности. Вероятно, что именно это расхождение определяет разницу в штаммоспецифичности фагов. Ближайшими гомологами фагов VSe11 и VSe102 являются сальмонеллезные фаги Mushroom (GenBank KP143762), SPT-1 (JX181822) и Si3 (KY626162). Все они кодируют основные белки, присущие Felix O1-подобным фагам из семейства Myoviridae подсемейства Ounavirinae. Геномы этих фагов, также как VSe11 и VSe102, содержат два гена, кодирующих ДНК-полимеразы. Однако в отличие от фагов Mushroom и Si3, VSe11 и VSe102 имеют дополнительную кодирующую последовательность, соответствующую рекомбинационной эндонуклеазе VII в области, разделяющей два ДНК-полимеразных гена.
Заключение. Проведен сравнительный геномный анализ близкородственных сальмонеллезных бактериофагов VSe11 и VSe102. Выяснены возможные причины различий в штаммоспецифичности этих фагов, а также определены их ближайшие гомологи.
Работа выполнена в рамках отраслевой программы Роспотребнадзора.
ПЕРВЫЙ СЛУЧАИ ПОРАЖЕНИЯ КОЛЕННОГО СУСТАВА TALAROMYCES COLUMBINUS/PICEUS-COMPLEX
Десятик Е.А., Пономаренко В.А., Рябинин И.А., Борзова Ю.В., Выборнова И.А., Богомолова Т.С., Шнейдер О.В., Салихов М.Р., Васильева Н.В., Климко Н.Н.
Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова; Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Р.Р. Вредена, Санкт-Петербург, Россия
THE FIRST CASE OF KNEE-JOINT AFFECTION CAUSED BY TALAROMYCES COLUMBINUS/PICEUS-COMPLEX
Desyatik E.A., Ponomarenko V.A., Ryabinin I.A., Borzova Y.V., Vybornova I. A., Bogomolova T.S., Shneider O.V., Salichov M.R., Vasilyeva N.V., Klimko N.N.
North-West State Medical University named after I.I. Mechnikov; National Medical Research Center of Traumatology and Orthopedics after R.R. Vreden, St. Petersburg, Russia
Цель - представление первого случая поражения коленного сустава представителем Talaromyces columbinus/piceus-complex, который развился после артроскопических оперативных вмешательств.
Материалы и методы. Изолят выделенного возбудителя идентифицировали с помощью приемов, описанных в руководстве-определителе Yilmaz N. et al., 2014, включающих расширенное морфологическое исследование.
Результаты. Пациент К., 32 года, в апреле 2019 г. обратился в НМИЦ ТО им. Р.Р. Вредена с жалобами на боль и нестабильность сустава, возникающие при физической нагрузке в течение 3-х месяцев после получения травмы при катании на лыжах. На МРТ выявили признаки разрыва передней и задней крестообразных связок левого коленного сустава. Консервативное лечение (иммобилизация гипсовым тутором 4 недели, физиотерапия, нестероидные противовоспалительные препараты) было неэффективно. В апреле 2019 г. провели артроскопическую аллопластику передней и аутопластику задней крестообразных связок левого коленного сустава, резекцию латерального мениска, абразивную хондропластику
левого коленного сустава. В декабре 2019 г. в связи с миграцией импланта в области левой большеберцовой кости выполнены ревизия, санация, радикальная хирургическая обработка, удаление импланта, субтотальная синовэктомия, установка антимикробного спейсера левой большеберцовой кости. В постоперационном периоде рекомендован прием в течение 4-х недель левофлоксацина - 0,5 2 р/д per os и флуконазола - 300 мг 1 р/д per os. При микробиологическом исследовании операционного биоматериала и синовиальной жидкости в посевах выявлен рост Talaromyces columbinus/piceus-complex. При постановке диффузионного теста с диском вориконазола, согласно протоколу CZSI M5IA, получили зону задержки роста равную 19 мм. Пациенту назначена терапия вориконазолом (400 мг/сут) с положительным клиническим эффектом.
Вывод. Впервые выявлен случай инфекции коленного сустава, обусловленный Talaromyces columbinus/piceus-complex.
ХРОНИЧЕСКИИ АСПЕРГИЛЛЕЗ ЛЕГКИХ У РЕВМАТОЛОГИЧЕСКИХ БОЛЬНЫХ: ОПИСАНИЕ КЛИНИЧЕСКОГО СЛУЧАЯ, ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Десятик Е.А., Пономаренко В.А., Борзова Ю.В., Николаева Н.Г., Игнатьева С.М., Богомолова Т.С., Мартынова Л.В., Шостак М.С., Мазуров В.И., Васильева Н.В., Климко Н.Н.
Научно-исследовательский институт медицинской микологии им. П.Н. Кашкина, Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова, Санкт-Петербург, Россия
CHRONIC PULMONARY ASPERGILLOSIS IN RHEUMATOLOGY PATIENTS: REPORT ON ONE CASE AND REVIEW OF THE LITERATURE
Desyatik E, Ponomarenko V.A., Borzova Y.V, Nikolaeva N.G., Ignatyeva S.V., Bogomolova T.S., Martynova L.V., Shostak M.S., Mazurov V.I., Vasilyeva N.V., Klimko N.N.
Kashkin Research Institute of Medical Mycology of North-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov, St. Petersburg, Russia
Цель - представление случая успешного лечения хронического аспергиллё-за лёгких у пациентки с системной склеродермией.
Материалы и методы. Диагностику ХАЛ выполняли в соответствии с критериями ECMM/ESCMID/ERS, 2016.
Результаты. Пациентка К., 47 лет, с 2015 г. наблюдается у ревматолога по поводу системной склеродермии с поражением кожи, легких и почек. До марта 2016 г. получала метилпреднизолон (4 мг/сут), однократное пульсовое введение циклофосфамида в 2017 г. В марте 2019 г., в связи с неэффективностью терапии, начата терапия ритуксимабом. 20.03.19 г. и 24.04.19 г. проведены инфузии 500 мг ритуксимаба. В качестве базовой терапии получала азатиоприн (100 мг/сут) и метиппреднизолон (4 мг/сутки) с положительной динамикой в виде уменьшения одышки, кашля, увеличения толерантности к нагрузке, уменьшения выпадения волос. С сентября 2019 г. у пациентки отмечали нарастание одышки, усиление продуктивного кашля. На КТ ОГК от ноября 2019 г. наблюдали увеличение выраженности изменений в обоих лёгких. При посеве мокроты был выявлен рост Aspergillus fumigatus, положительный результат теста на IgG к A. fumigatus (1:40) в сыворотке крови. Диагностировали ХАЛ, в течение 1,5 месяцев больная получала вориконазол (400 мг/сутки) с положительной клинической динамикой в виде уменьшения одышки и кашля. Терапию ритуксимабом отложили. В январе 2020 г. на КТ ОГК установлено уменьшение выраженности изменений в обоих легких, некоторое уменьшение размеров внутригрудных лимфатических узлов. При посеве мокроты роста микромицетов не было. Рекомендовано продолжить антимико-тическую терапию вориконазолом в стандартной дозировке длительностью 1 месяц с учетом продолжения терапии фонового заболевания.
В электронно-поисковой системе PubMed с использованием ключевых слов выявили 151 случай из 21 исследования развития хронического аспергиллеза легких у ревматологических больных. Факторами риска развития ХАЛ у ревматологических пациентов, по данным зарубежных источников, являются активность ревматологического заболевания, высокие дозы кортикостероидов (>60 мг/день), иммуносупрессивная терапия ингибиторами ФНО-а (инфликсимаб), азатиоприном и циклофосфамидом, курение, поражение почек, нейтропения с лимфопенией.
Вывод. ХАЛ может развиваться у больных ревматологическими заболеваниями. Для благоприятного исхода необходима своевременная диагностика, адекватная антимикотическая терапия, при возможности, сочетание антимикотической терапии и оперативного лечения.
ОПРЕДЕЛЕНИЕ ВОЗМОЖНОСТИ ИНДИКАЦИИ ПРОДУКЦИИ ЭКСФОЛИАТИВ-НОГО ТОКСИНА А У КЛИНИЧЕСКИХ ШТАММОВ STAPHYLOCOCCUS AUREUS МЕТОДОМ MALDI-TOF MS НА МАСС-СПЕКТРОМЕТРЕ СЕРИИ MICROFLEX BRUKER
Детушев К.В., Абаев И.В.
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск, Россия
