Д.С. Тарасов, Н.И. Акберова Виртуальные машины для исследования молекулярно-биологических процессов
operation
input site 1
input site 2
output site
Puc. 4. Графические обозначения для МБВМ программ.
Lactose pracess lacOperon
input site 1 input site 2
Glucose
Puc. 5. Лактозный оперон, часть 1. String object.new г
ных комплексов. Концепции метаболических путей могут быть абстрагированы как МБВМ операции и целые ре-гуляторные подсистемы могут быть представлены как МБВМ объекты.
;or_part
String Lactose Method 1 Gene 1
Allolactose
Рис. б. Лaкmoзныlй onepoн, часть II.
Puc. 7. Простая МБВМ программа для цикла.
Экспрессия генов представляется в МБВМ программах как компиляция строк, и дифференциальный сплайсинг может быть представлен как система обработки строк. Таким образом, эффект мутаций может быть представлен как модификация исходных строк в определенных местах. Возможность отображения мутаций ДНК на строки исходного кода говорит о возможности создания ДНК -> МБВМ компилятора.
Более того, МБВМ может быть использована для разработки и выполнения программ, которые прямо не связаны с молекулярными системами (Рис. 7). Можно легко представить, что возможно использование одного и того же языка для моделирования биологических систем, написания расширений для программы моделирования или даже программирования баз данных для хранения биологической информации. Разумеется, любой язык общего назначения, такой как C++ или Java, может использоваться для этого, но их использование требует знаний организации операционной системы, что делает программирование сложной задачей для биологов. МБВМ этого не требует. Она основана на логической организации живой клетки, поэтому молекулярные биологи, которые научатся программировать МБВМ, обнаружат, что они уже знакомы с используемым вычислительным устройством.
Литература
Amdahl G.M., Blaauw G.A., Brooks P.P. Architecture of the IBM System-360. IBM J. of Research and Development. N 8. 1964. 87-101.
Cardelli L. Abstract Machines of Systems Biology. Transactions on Computational Systems Biology. N 3. 2005. 145-168.
Fages F., Soliman D., Chabrier-Rivier N. Modelling and query inginteraction networks in the biochemical abstract machine BIOCHAM. Biological Physics and Chemistry. N 4. 2004. 64-73.
Goldberg R.P., Survey of virtual machine research. IEEE Computer Magazine. N 6. 1975. 34-45.
Goldberg A., Robson D., Smalltalk-80: The Language and Its Implementation. Addison-Wesley. 1983.
Ji S. The cell as the smallest DNA-based molecular computer. Biosystems. N 52. 1999. 123-133.
Lindholm T., Yellin F. The Java(TM) Virtual Machine Specification (2nd Edition). Addison-Wesley Professional. 1999.
Regev A., Panina E.M., Silverman W., Cardelli L., Shapiro E. BioAmbients: An Abstraction for Biological Compartments. Theoretical Computer Science. N 325. 2004. 141-167.
Shapiro B.E, Levchenko A., Elliot M., Wold B., Eric D.M. Cellerator: extending a computer algebra system to include biochemical arrows for signal transduction simulations. Bioinformatics. N 19. 2003. 677-678.
Tomita M., Hashimoto K., et al., E-CELL: software environment for whole-cell simulation. Bioinformatics. N 15. 1999. 72-84.
Казань: Образцовая типография, 2006. - 142 c.
Интегральная геология
P.X. Сунгатуллин
J¿
Монография посвящена разработке нового научного направления, системно изучающего ин-формационно-энерге-тические функции различных сфер Земли. 'Г"*^-'^- .,_ . Предложена универ-
сальная методика компьютерно-математического изучения геологического пространства. Разработаны-методические приемы формализации и ранжирования качественных характеристик отдельных сред на примере осадочного чехла Восточно-Европейской платформы. Выявлены новые геодинамические, геохимические, геофизические критерии поисков и прогнозирования полезных ископаемых. Книга предназначена для исследователей в области наук о Земле, геологов, экологов и географов широкого профиля, преподавателей и. студентов .естественных
факулЬтётовуниверситетов.
Казань: Изд-во «Плутон», 2003. - 176 с.
АКАДЕМИЯ НАУК РЕСПУБЛИКИ ТАТАРСТАН
Геофизические поиски
минерального строительного сырья
М.Я. Боровский, Т.Е. Кузнецов, Д.И. Хасанов
В книге показаны возможности геофизических методов поиска и разведки месторождений строительных полезных ископаемых. Рассмотрены результаты исследований на залежах карбонатного, глинистого, песчаного и песчано-гравийного сырья; представлены материалы опытно-методических наблюдений нетрадиционных видов полезных ископаемых - оникс кальцитовый и др.; приведены сведения о физических свойствах горных пород; предложена рациональная стадийность-геофизических работ; определены перспективнуегеофизические технологии: Издание предназначено для^ирокого круга' - специалистов и студентов геофизических^^еЬлогичеРкихг Экологических и строительных-специадьностей ВУЗов. ISBN 5-902089-07-7
i— научно-технический журнал
I еоресурсы 4 od 2006