CC BY
72
ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ АСТРОВИРУСОВ, ВЫЯВЛЕННЫХ В 2008-09 ГОДАХ В НОВОСИБИРСКЕ
Артем Юрьевич ТИКУНОВ12, Елена Владимировна ЖИРАКОВСКАЯ2, Сергей Николаевич СОКОЛОВ13, Нина Викторовна ТИКУНОВА2, Наталья Алексеевна НИКИФОРОВА4, Вера Владимировна КЛЕМЕШЕВА4, Игорь Владимирович МОРОЗОВ2, Евгений Владиславович БРЕННЕР2, Александр Михайлович КУРИЛЬЩИКОВ2, Валерий Борисович ЛОКТЕВ3, Сергей Викторович НЕТЕСОВ1
1ГОУ ВПО Новосибирский государственный университет 630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 2
2Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН 630090, г. Новосибирск, пр. Академика Лаврентьева, 8
3ФГУН ГНЦ вирусологии и биотехнологии «Вектор»» Роспотребнадзора 630559, п. Кольцово, Новосибирская обл.
4МУЗ Детская городская клиническая больница № 3 630040, г. Новосибирск, ул. Охотская, 81
Цель данного исследования — выявление генетического разнообразия астровирусов, циркулировавших в Новосибирске в 2008—2009 гг. На присутствие РНК астровирусов исследовали 1058 образцов фекалий детей раннего возраста, госпитализированных с диагнозом острая кишечная инфекция с января 2008 по декабрь 2009 г. РНК астровирусов была выявлена в 28 образцах, собранных в 2008 г., и в 17 образцах, собранных в 2009 г. Генотипирование астровирусов проводили с помощью секвенирования участка ORF2; в 2008 г. в Новосибирске были обнаружены астровирусы первого (НА^-1), второго (HAstV-2) и третьего (HAstV-3) генотипов, в 2009 г. — только НА^-1. Выявлена постепенная смена одной линии НА^-1 на другую: в 2008 преобладали изоляты линии HAstV-1d, в 2009 — НА5^У-1с, в то время как в 2007 г. преобладали изоляты линии НА^-1Ь.
Ключевые слова: острые кишечные инфекции, дети, астровирус, генотипирование.
Острые кишечные инфекции (ОКИ) пред- вирусов представлен одноцепочечной (+) РНК, ставляют серьезную угрозу для здоровья детей содержащей от 6800 до 7200 нуклеотидов. Геном-раннего возраста. Основными этиологическими ная РНК полиаденилирована, включает три агентами в этом случае являются вирусы. открытые рамки трансляции: ОRF1a и ОRF1b, По данным эпидемиологических исследований, кодирующие неструктурные белки, включая второй по значимости причиной вспышек ОКИ полимеразу, и ОRF2, которая кодирует пред-в таких регионах, как Юго-Восточная Азия, шественник основного капсидного белка [1]. Северная и Латинская Америка и второй-третьей В инфицированных клетках, кроме геномной, причиной спорадических случаев ОКИ у детей присутствует субгеномная РНК размером 2,8 кб, раннего возраста служат астровирусы [1]. которая содержит ORF2 и полиА-последова-
Семейство Astroviridae состоит из двух тельность. Молекулярно-генетические иссле-родов: род Mamastrovirus, включающий все дования показали, что генотипы астровирусов астровирусы млекопитающих, в том числе человека, определенные по фрагменту нуклео-и астровирусы человека, и род Avastrovirus, тидной последовательности 4541—4953 ORF2, в который входят астровирусы птиц. Вирионы кодирующему С-концевой фрагмент структур-астровирусов обладают икосаэдрической фор- ного полипротеина, строго коррелируют с серо-мой, не имеют липидной оболочки, их размер типами [2]. К настоящему времени известно составляет 28—30 нм в диаметре. Геном астро- восемь серотипов астровирусов человека:
Тикунов А.Ю. — аспирант, e-mail: arttik@ngs.ru
Жираковская Е.В. — к.б.н., н.с. лаборатории молекулярной иммунологии, e-mail: ezhr@niboch.nsc.ru Соколов С.Н. — вед. инженер, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru
Тикунова Н.В. — д.б.н., зав. лабораторией молекулярной иммунологии, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru Никифорова Н.А. — главный врач
Клемешева В.В. — зав. отделения кишечных инфекций новорожденных
Морозов И.В. — к.б.н., руководитель группы функциональной геномики, e-mail: mor@niboch.nsc.ru Курильщиков А.М. — аспирант, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru
Бреннер Е.В. — к.б.н., младш.н.с. группы функциональной геномики, e-mail: eugene.brenner@gmail.com Локтев В.Б. — проф., д.б.н., зав. отделом молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов, e-mail: loktev@vector.nsc.ru
Нетесов С.В. — чл.-кор. РАН, проф., д.б.н., проректор НГУ по научной работе, e-mail: nauka@nsu.ru
HAstV-1 — HAstV-8. У детей раннего возраста чаще всего регистрируют первый и второй серо-типы [3—5], а у людей старше 20 лет—четвертый серотип [6]. Некоторые авторы предлагают разделять генотипы на линии, если наблюдаются различия в нуклеотидной последовательности внутри одного генотипа более чем на 7% [7, 8]. В этом случае HAstV-1 подразделяется на 4 линии (1a-1d), HAstV-2 — на две (2a и 2b), HAstV-4 — на четыре линии (4a—4d).
В России молекулярно-эпидемиологические исследования астровирусов до недавнего времени не проводились. В Новосибирске они выполняются нами с 2003 года на базе МУЗ Детская городская клиническая больница № 3. В ходе этих исследований была проведена оценка этиологической значимости астровирусов в структуре ОКИ у детей раннего возраста, особенностей астровирусной инфекции [9—11], а также были генотипированы изоляты астровирусов, циркулировавших на территории Новосибирска в 2007 году [11]. Настоящая работа посвящена определению генотипов астровирусов, выявленных в фекалиях детей, госпитализированных с диагнозом ОКИ в 2008—2009 гг.
Материалы и методы
Исследование проводили на базе 2-го инфекционного отделения МУЗ Детская городская клиническая больница № 3 Новосибирска. Группу обследованных составили дети до 3-х лет, госпитализированные с диагнозом ОКИ в это отделение с января 2008 г. по декабрь 2009 г. Данное исследование было рассмотрено и одобрено Этическим комитетом ФГУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»» Роспотребнадзора (IRB0001360). Его материалом служили образцы фекалий, которые собирали в одноразовые стерильные пластиковые контейнеры при поступлении пациентов в стационар и хранили при —20 °C. Транспортировку материала производили в условиях «холодовой цепи», длительное хранение материала осуществляли при —70 °С. Информацию об анамнезе заболевания врачи отделения вносили в индивидуальные медицинские карты, данные из них переносили в специально разработанную нами базу данных, структура которой была разработана на основе Microsoft Office Access.
Выделение РНК астровирусов производили из осветленных экстрактов фекалий методом аффинной сорбции на силикагеле с использованием комплекта реагентов «Рибо-сорб» (ИнтерЛабСервис, Россия). Реакцию обратной транскрипции выполняли с использованием
набора реагентов «Реверта-L» (ИнтерЛабСер-вис, Россия) со случайными гексамерными праймерами. Тестирование на наличие в пробах астровирусов проводили в одностадийной полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием комплекта реагентов «АмплиСенс Astrovirus-FPh» (ИнтерЛабСервис, Россия) на амплификаторе «Терцик» (ДНК-Технология, Россия) согласно инструкции производителя. Электрофоретический анализ продуктов амплификации выполняли в 1,5% горизонтальном агарозном геле в буфере TBE (89 мМ Трис-НС1; 2 мМ ЭДТА pH 8,0; 89 мМ Н3ВО3) с бромистым этидием (0,2 мкг/мл).
Определение нуклеотидных последовательностей проводили для участка ORF2 (4541—4953 н). Для постановки ПЦР использовали праймеры mon244 и mon245 [2]. Полученные ампликоны очищали с помощью набора Silica Bead DNA Gel Extraction Kit (Fermentas, Латвия) согласно инструкции производителя. Для реакции Сэн-гера брали 50—100 нг ДНК, 3,3 пмоль праймера, реактив BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing (Applied Biosystems, США) и буфер BigDye Terminator v3.1 Sequencing (Applied Biosystems, Великобритания). Очистку продуктов реакции проводили с использованием колонок CentriSep (Princeton Separations, США) по методике, рекомендованной производителем. Продукты реакции анализировали с помощью автоматического секвенатора ABI Prism 3100 Genetic Analyser («Perkin-Elmer», США). Анализ полученных последовательностей выполняли с помощью программ FinchTV, Vector-NTI Suite8, MEGA 4.1 (Beta 3). Сравнение полученных нуклеотидных последовательностей с ранее опубликованными выполняли с использованием сервера Национального центра биотехнологической информации (NCBI, США) BLAST 2.2.23., включающего базы данных GenBank (США), EMBL (Европа) и DDBJ (Япония). Для филогенетического анализа использовали доступные в GenBank соответствующие нуклеотидные последовательности (Katano23-6 Япония AB031031; Oxford США AF248738; Yuc-8 Мексика AF260508; Dresden Германия AY720891; Dresden Германия AY720892; Goiania/GO/12/94/Brazil Бразилия DQ028633; Hu/HAstV_1/2987/1999/OH,USA США EF138825; HCMC220/2006 Япония EU030292; Hu/CMH352/02/2002/THA Таиланд EU363891; 8022 Россия FJ004184; 10665 Россия FJ004220; 11094 Россия FJ004223; Beijing/131/2007/CHN Китай GQ169034; Beijing/124/2007/CHN Китай GQ169036; Oxford США L13745).
Результаты и обсуждение
Всего с января 2008 г. по декабрь 2009 г. была собрана и протестирована на наличие астровирусов коллекция из 1058 образцов фекалий от детей раннего возраста, госпитализированных с ОКИ. Астровирусы были обнаружены в 28 образцах, собранных в 2008 г., и в 17 образцах, собранных в 2009 г., что составило 4,2 и 4,4% соответственно. Данные по встречаемости астровирусов в образцах фекалий детей, госпитализированных с ОКИ, в целом согласуются с результатами, полученными исследователями в других регионах мира [8, 12].
Исследования особенностей кишечных инфекций в Новосибирске, проведенные нами ранее, показали, что в 6—8% образцов фекалий детей раннего возраста, госпитализированных с ОКИ, выявлялись астровирусы, причем примерно в половине случаев астровирусы регистрируются в составе микст-инфекций [9—11]. Выраженной сезонности в заболеваемости астро-вирусными ОКИ в Новосибирске выявлено не было. Анализ возрастного распределения больных с астровирусной инфекцией показал, что в большинстве случаев эта инфекция выявляется у детей первого года жизни — 80—90% [9—11]. Было обнаружено, что в 2007 г. в Новосибирске циркулировали астровирусы только первого и второго генотипов [11].
Для сравнительного молекулярно-генетического анализа геномов астровирусов, циркулировавших в Новосибирске в 2008—2009 гг., были определены нуклеотидные последовательности участка ORF2. Этот участок, имеющий длину 413 нуклеотидов, был подобран для целей генотипирования ранее авторитетной группой исследователей и приведен в работе [2]. Всего нами генотипирован 21 изолят астровирусов, выявленных в 2008—2009 гг. (номера доступа в GenBank GU212651; GU223906-GU223913; GU732187; HM630260-HM630270). Для филогенетического анализа и генотипирования использовали фрагмент длиной 373 нуклеотида (без последовательностей, комплементарных последовательностям праймеров), кодирующий 124 аминокислотных остатка. Для сравнения были взяты нуклеотидные последовательности астровирусов, доступные на сервере BLAST (NCBI, США), выявленные в различных регионах России и в других странах. Кроме того, для сравнения использовали последовательности астровирусов, обнаруженные нами в Новосибирске в 2007 году [11] и хранящиеся в Genbank за номерами FJ829070; FJ866761; GQ351325-GQ351342; GQ373004-GQ373013.
Филогенетическое дерево строили методом объединения ближайших соседей с использованием программного обеспечения MEGA 4.1 (Beta 3) (рис. 1). Все изоляты, выделенные в 2009 г., были нами отнесены к первому генотипу астровирусов (HAstV-1). Изоляты, обнаруженные в 2008 г., отличались большим генотипиче-
80
' 1854-JAN-07 ~
2218-JUN-07 1920-FEB-07 1943-М AR-07 2429-AUG-07 2295-JUN-07 1973-М AR-07 2128-АР R-07 1755-JAN-07 2168-MAY-07 2043-MAR-07 2111-APR-07 2115-АР R-07 2193-MAY-07 . -2252JUN-07 Tumen/11094/Sep-2006/RUS lL* D258-ОСТ-09 t- Beijing/131/Nov-2007/CHN |_| 1818-JAN-07 97M850-JAN-07
____i±3458-JUN-08
10? • D73-M AY-09 L Hu/352/Ma r-2002/THA -
Hu/HAstV 1/2987/1999/OH USA ~
iA 3015-FS-08
• D118-JUN-09
• D6-JAN-09
* D27-JAN-09 *D215-JUN-09 > D277-MAY-09 *D106-JUN-09
■D218-SEP-09 _
[Hc/220/2006/VET ~
•D157-AUG-09 ▲ 3464-JUN-08 •D26-J AN-09 A3390-MAY-08 A 3452-May-08 A 3459JUN-08 A3360-APR-08 HAstV-1(Dresden)
1756-JAN-07 1811-J AN-07
Chelabinsk/8022/Sep-2005/RUS 1763-J AN-07 1745-JAN-07
1829-J AN-07 _
a
и
<
100
■ Ch
V
йТ1
Ml
- HAstV-6(Osaca) A 3364-APR-08
- HAstV-3(BelJlng)
- HAstV-5(Goiana)
- HAstV-7(Oslo)
-------HAstV-4(Dresden)
- HAstV-8(Mexico)
<0
<
<0
<
• HAstV-2(Oxford)
± 3028-FEB-08
2156-MAY-07 2343-JUL-07
- 2415-AUG-07 2551-OCT-07 2011-MAR-07 Moscow/10665/2006/RUS 2443-SEP-07 2144-MAY-07 2360-AUG-07 2583-OCT-07
* 3041-FEB-08
Рис. 1. Филогенетическое дерево, построенное по участку ОКЕ2 длиной 373 н., различных изолятов астровирусов. Треугольниками отмечены изоляты, обнаруженные в Новосибирске в 2008 г., кружками — обнаруженные в 2009 г.
ским разнообразием: 7 изолятов принадлежали к HAstV-1, два—ко второму генотипу астровирусов (HAstV-2), один — к третьему (HAstV-3). Следует отметить, что по данным ряда исследователей генотип НА^-1 является наиболее распространенным и в других регионах мира [3—5].
Известно, что изоляты HAstV-1 могут быть разделены на 4 линии: HAstV-1a — HAstV-1d [8]. Большая часть изолятов HAstV-1, выявленных нами в 2008 г., относилась к линии HAstV-1d, в то время как большинство изолятов астровирусов, выявленных в 2009 г., принадлежала к линии HAstV-1с (рис. 1). Астровирусы линии HAstV-1b, преобладавшие в Новосибирске в 2007 году [11], в 2008—2009 гг. обнаружились в единичных случаях. Астровирусы линии HAstV-1a в 2008—2009 гг. выявлены не были.
Полученные нами последовательности фрагмента ORF2 изолятов линий HAstV-1с и HAstV-1d обладали высокой степенью гомологии между собой в рамках соответствующих линий (рис. 1). Интересно, что нуклеотидные последовательности фрагмента ORF2 изолятов линии HAstV-1d, обнаруженных в Новосибирске в 2007—2009 гг., обладали высокой
степенью гомологии с последовательностями данного фрагмента изолятов, выявленных в других регионах — Германия, Вьетнам, Россия (Урал). Вместе с тем нуклеотидные последовательности изучаемого фрагмента ORF2 изолятов линии HAstV-1с, выявленных в Новосибирске, начиная с 2008 г. кластеризовались отдельно от изолятов данной линии, выделенных в других регионах мира. Ближайший гомолог новосибирских изолятов линии HAstV-1 с был обнаружен в США в 1999 г. (рис. 1). Таким образом, можно предположить, что происходит постепенная смена доминирующей линии первого генотипа циркулирующих в Новосибирске астровирусов.
Следует отметить, что более 90% (16 из 18) изолятов генотипа HAstV-1 обладали идентичными аминокислотными последовательностями участка капсидного белка, кодируемого исследуемым фрагментом гена, а выявленные нуклеотидные замены не были значимыми (рис. 2). Астровирусы с такими же аминокислотными последовательностями исследуемого фрагмента капсидного белка были обнаружены в 2002 г. в Таиланде [13], в 2006 г. в России (Тюмень
11 1111111111 1111112222 2222222222 2233333333 33333333
134556601 2334557778 8899991222 3344556778 8900012223 34455667
4670251408 1366142381 2734694039 5814068140 9214792581 63425173
HAstV-1 (Dresden) GAACCTTCTG CCTCCTACGT CTACGTGCTC CTACTTGACT GGTGCAGCAT CATCTCGA
Bai jing/131/Nov-2 0 0 7/CHN A.G. CCT. . T.CT.AG..C ..GTACATCT .C.T.CAG.. A GTTGC ..CT.TAG
Tuxnen/11094/Sep-2006/RUS A.G. CCT. . .GCT.AG..C .CGTACATCT .C.T.CAG.. A GTTG. ..CT.TAG
Hu/352/Mar-2002/ТНА A.G.TCCT.. ..CTTAG..С ..GTACAT.T .C.T.CAG.. A GTTG. ..CT.TAG
Hc/220/2006/VET . . . . T G
Hu/HAstV 1/2987/1999/OH USA A... CTCA AGT.. T..T.CAT.T T. . ..CATT. AA.ATTTTG. . . .T.TAG
3015-FEB-08 A. .T . CTCA TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AA.ATTTTG. .G.T.TAG
3360-APR-08 . .T. . . . . . T
3390-MAY-08 . .T. . . . . . T
3452-May-08 . .T. . . . . . T
3458-JUN-08 AGG. CCT. . ..CTTAG..C .CG.ACATCT .CGT.CAG.C A GCTG. T.CTCTAG
3459-JUN-08 . .T. . . . . . T
3464-JUN-08 . .T. . . . . . T
D6-JAN-09 A. .T .CTCA ....TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATTTTG. .G.T.TAG
D26-JAN-09 . .T. . . . . . T
D27-JAN-09 A. .T .CTCA TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATTTTG. .G.T.TAG
D73-MAY-09 AGG. CCT. . ..CTTAG..С .CG.ACATCT .CGT.CAG.C A GCTG. S.CTCTAG
D106-JUN-09 A. .T .CTCA TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATCTTG. .G.T.TAG
Dll 8-JTJN-09 A. .T .CTCA ....TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AA.ATTTTG. .G.T.TAG
D157-AUG-09 . .T. . . . . . T T. . .
D215-JUN-09 A. .T .CTCA TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATCTTG. .G.T.TAG
D218-SEP-09 A. .T .CTCA ....TAGTA. T..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATCTTG. .G.T.TAG
D258-OCT-09 AGG. CCT. . .GC..AG..C .CGTACATCT .C.T.CAG.. A GTAG. ..CT.TAG
D277-MAY-09 A. .T .CTCA TAGTA. Т..T.CAT.T TCG.CCACT. AACATCTTG. .G.T.TAG
Рис. 2. Конденсированное выравнивание нуклеотидных последовательностей участка ORF2 (373 н. о.) изолятов HAstV-1. Серым цветом выделены значимые нуклеотидные замены и их номера. Идентичные нуклеотиды в сравниваемых последовательностях по отношению к последовательности референс-штамма HAstV-1 (Dresden) обозначены точками. Цифры сверху (вертикальное расположение) обозначают позицию нуклеотида в последовательности. Номера изолятов, исследованных в данной работе, заключены в рамку.
FJ004223), в 2007 г. в Китае (GQ169034). В аминокислотных последовательностях этого белка только двух изолятов 3458-JUN-08 (GU223911) и D73-MAY-09 (HM630263) были обнаружены замены. В этих изолятах произошла замена аминокислотного остатка Tre (191) на Ile. Интересно, что остаток Ile в этом положении характерен только для астровирусов HAstV-6. Для всех остальных генотипов астровирусов, за исключением HAstV-1 и HAstV-6, в этом положении расположен остаток Val.
Аминокислотные последовательности участка капсидного белка изолятов HAstV-2, выделенных в Новосибирске в 2008 г., полностью совпали с таковыми астровирусов этого генотипа, выделенных в Новосибирске в 2007 г. (рис. 1). Впервые изолят Nsc05-430 с такой последовательностью был выявлен нами в Новосибирске в мае 2005 г. (GQ351343). Кроме того, идентичной последовательностью белка обладал и изолят, выделенный в Москве в 2006 г. (FJ004220). Наиболее близкими по последовательностям белка к новосибирским являлись изоляты, обнаруженные в Москве в середине 2000-х гг. (98—100% гомологии) и в Европе — в конце 90-х—начале 2000-х гг. (96—97% гомологии) [8, 14].
Астровирусы третьего генотипа (HAstV-3) в мире встречаются довольно редко. К настоящему времени в международной базе данных GenBank представлено немногим более 30 последовательностей различных фрагментов геномов HAstV-3. В апреле 2008 г. в одном из образцов нами был выявлен астровирус этого генотипа (3364-APR-08, GU732187) (рис. 1). В Новосибирске HAstV-3 впервые был обнаружен нами в 2003 г. (RusNsc03-H191, GU223905). Секвенированная последовательность фрагмента ORF-2 изолята HAstV-3, выделенного в 2008 г., отличалась от таковой для изолята, выявленного в 2003 г., на 1 нуклеотид (рис. 3).
1111112222 2222222333 3333 2667990222 4677999123 4555 1033368039 1517258951 3258
HAstV-3(Oxford) TTTTAGTCTT GGAGTCTTGC AACC HAstV-3 (Beijing) CCC.G.CT.. .AGA..CACT .GT. RusNec03-H191 C.AC.A. .CC A. . .AAC. . . G.TT 3364-APR-08 C.AC.A. .CC_AAC... G.TT
Рис. 3. Конденсированное выравнивание нуклеотидных последовательностей участка ORF2 (373 н. о.) изолятов HAstV-3. Идентичные нуклеотиды в сравниваемых последовательностях по отношению к последовательности референс-штамма HAstV-3 (Oxford) обозначены точками. Цифры сверху (вертикальное расположение) обозначают позицию нуклеотида в последовательности.
От ближайшего гомолога, выделенного в Великобритании в 1999 г., новосибирские изоляты HAstV-3 отличались 12-ю и 13-ю нуклеотидами (рис. 3). Все обнаруженные нуклеотидные замены не были значимыми.
Таким образом, проведенные молекулярногенетические исследования подтвердили, что среди выявленных в Новосибирске доминировали астровирусы, относящиеся к первому генотипу (HAstV-1). Наличие большого количества изолятов астровирусов этого генотипа позволило обнаружить постепенную смену одной линии HAstV-1 на другую: в 2008 преобладали изоляты линии HAstV-1d, в 2009 — HAstV-1^ в то время как в 2007 г. преобладали изоляты линии HAstV-1b. Дальнейшие исследования генетического разнообразия астровирусов, циркулирующих в Западной Сибири, смогут показать, продолжается ли смена линий, с какой частотой это происходит, и происходит ли возвращение астровирусов, циркулировавших в предыдущие годы.
Благодарности
Настоящая работа выполнена при финансовой поддержке гранта НШ-65387.2010.4 по государственной поддержке ведущих научных школ Российской Федерации, Госконтракта № 02.740.11.0767 «Выявление вирусных возбудителей заболеваний, актуальных для здравоохранения Западной Сибири (гепатиты, гастроэнтериты, серозный менингит), изучение их генетического разнообразия в целях разработки и совершенствования диагностикумов» и гранта МНТЦ № 3796р. Определение нуклеотидных последовательностей выполнено с использованием ресурсов ЦКП «Секвенирование ДНК» СО РАН (г. Новосибирск, http://sequest.niboch.nsc.ru).
Список литературы:
1. Mendez. E., Arias C. Astroviruses // Fields Virology. Eds D. M. Knipe et al., 5-th Ed. Philadelphia, 2007. 1. 981-1000.
2. Noel J.S., Lee T.W., Kurtz J.B. et al. Typing of human astroviruses from clinical isolates by enzyme immunoassay and nucleotide sequencing // J. Clin. Microbiol. 1995. 33. (4). 797-801.
3. Guix S., Bosch A., Pinto R. Human astrovirus diagnosis and typing: current and future prospects // Lett. Appl. Microbiol. 2005. 41. (2). 103-105.
4. Mendez-Toss M., Griffin D.D., Calva J. et al. Prevalence and genetic diversity of human astroviruses in Mexican children with symptomatic and asymptomatic infections // J. Clin. Microbiol. 2004. 42. (1). 151-157.
5. Silva P.A., Santos R.A., Costa P.S. et al. The circulation of human astrovirus genotypes in the Central West Region of Brazil // Mem. Inst. Oswaldo Cruz. 2009. 104. (4). 655-658.
6. Cubitt W. Human, small round structured viruses, caliciviruses and astroviruses // Baillieres Clin. Gastroenterol. 199G. 4. 643—656.
7. Medina S.M., Gutierrez M.F., Liprandi F., Ludert I.E. Identification and type distribution of astroviruses among children with gastroenteritis in Colombia and Venezuela // J. Clin. Microbiol. 2GGG. 3В. (9). 3481—3483.
В. Guix S., Caballero S., Villena C. et al. Molecular epidemiology of astrovirus infection in Barcelona, Spain // J. Clin. Microbiol. 2GG2. 4G. (1). 133—139.
9. Боднев C.A., Тикунов AM., Жираковская Е.В. и др. Распространенность норовирусов среди детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2GG7 г. // Сиб. мед. журн. 2008. 82. (7). 81—83.
Bodnev C.A., Tikunov A.Yu., Zhirakovskaya E.V. et al. Prevalence of Noroviruses among children of early age in Novosibirsk in 2GG7 // Sib. med. zhurn. 2008. 82. (7). 81—83.
1G. Тикунов A.M., Жираковская Е.В., Боднев C.A. и др. Исследование астровирусной инфекции у детей раннего возраста в г. Новосибирске в 2GG6 году // Сиб. мед. журн. 2008. 82. (7). 133—135.
Tikunov A.Yu., Zhirakovskaya E.V., Bodnev C.A. et al. Research of astroviral infection among children of early age in Novosibirsk, 2GG6 // Sib. med. zhurn. 2008. 82. (7). 133—135.
11. Тикунов А.Ю., Жираковская Е.В., Юн Т.Э. и др. Молекулярно-генетическая характеристика астровирусов, циркулирующих в Новосибирске // Вопр. вирусол. 2G1G. (6). 37—41.
Tikunov A.Yu., Zhirakovskaya E.V., Yun T.E. et al. Molecular-genetic typing of Astroviruses, circulating in Novosibirsk // Vopr. Virusol. 2G1G. (6). 37—41.
12. Bhattacharya R., Sahoo G.C., Nayak M.K. et al. Molecular epidemiology of human astrovirus infections in Kolkata, India // Infect. Genet. Evol. 2GG6. 6. 425—435.
13. Malasao R., Maneekarn N., Khamrin P. et al. Genetic diversity of norovirus, sapovirus, and astrovirus isolated from children hospitalized with acute gastroenteritis in Chiang Mai, Thailand // J. Med. Virol. 2008. 80. (1G). 1749—1755.
14. Oh D., Schreier E. Molecular characterization of human astroviruses in Germany // Arch. Virol. 2GG1. 146. (3). 443—455.
GENETIC DIVERSITY OF ASTROVIRUSES REVEALED IN NOVOSIBIRSK IN 2008-2009
Artem Yurevich TIKUNOV1, Elena Vladimirovna ZHIRAKOVSKAYA12, Sergey Nikolaevich SOKOLOV13, Nina Viktorovna TIKUNOVA2, Natalia Alexeevna NIKIFOROVA4, Vera Vladimirovna KLEMESHEVA4, Igor Vladimirovich MOROZOV2, Eugeni Vladislavovich BRENNER2, Aleksandr Mikhailovich KURILSCHIKOV2, Valeri Borisovich LOKTEV3, Sergey Viktorovich NETESOV1
INovosibirsk State University
2, Pirogov str., Novosibirsk, 630090
2Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS
8, Lavrentiev prosp., Novosibirsk, 630090
3State Research Center of Virology and Biotechnology «Vector»
Koltsovo, Novosibirsk region, 630559
4Children Municipal Clinical Hospital No. 3 8I, Okhotskaya str., Novosibirsk, 630040
The aim of this work was to genotype astroviruses, circulated in Novosibirsk in 2008—2009. A total of 1058 fecal samples from young children hospitalized with acute enteric infection from January 2008 to December 2GG9 were tested for the presence of astrovirus RNA. Astroviruses were found in 28 samples collected in 2008 year and in 17 samples collected in 2GG9 year. Astroviruses were genotyped Ъу sequencing of ORF2 fragment; HAstV-1, HAstV-2 and HAstV-3 were found in Novosibirsk in 2008, and only HAstV-1 was revealed in 2GG9. One lineage of HAstV-1 was found to be replaced gradually Ъу another lineage: astroviruses belonging to lineage HAstV-1d dominated in 2008, lineage HAstV-Іс — in 2GG9, while astroviruses belonging to lineage HAstV-1b dominated in 2008.
Key words: acute enteric infections, children, astrovirus, genotype.
Tikunov A.Yu. — Ph.D. student, e-mail: arttik@ngs.ru Sokolov S.N. — research fellow, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru
Zhirakovskaya E.V. — candidate of biological sciences, research fellow of the laboratory of molecular immunology, e-mail: ezhr@niboch.nsc.ru
Tikunova N.V. — doctor of biological sciences, head of the laboratory of molecular immunology, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru Nikiforova N.A. — main physician
Klemesheva V.V. — head of hospital division of neonate enteric infections
Morozov I.V. — candidate of biological sciences, chief of group of functional genomics, e-mail: mor@niboch.nsc.ru Brenner E.V. — candidate of biological sciences, young research fellow of the group of functional genomics, e-mail: eugene.brenner@gmail.com
Kurilschikov A.M. — Ph.D. student, e-mail: tikunova@niboch.nsc.ru
Loktev V.B. — professor, doctor of biological sciences, head of department of molecular virology of flaviviruses and viral hepatitis, e-mail: loktev@vector.nsc.ru
Netesov S.V. — corresponding member of RAS, professor, doctor of biological sciences, vice-rector for science, e-mail: nauka@nsu.ru
