CC BY
24
м
принадлежности к определенному культуральному МЛЬБ1-масс-спектров С. auris, сходства и различия
масс-спектрах культур других микромицетов. зивный кандидоз, модификационная изменчивость,
* Контактное лицо: Рябинин Игорь Андреевич, e-mail: [email protected]
с микробиологическим программным обеспече-за, а также их внутривидового типирования [2].
крыта интересная перспектива экспресс-
ние отечественных специалистов в области ла-используются или планируются к использова-
штамма Candida auris РКПГ Y-1821 в зависимо-
торного животного и принадлежности к определенному культуральному варианту.
Модельный штамм C. auris РКПГ Y-1821
городской клинической больницы №67 им. Л.А.
методом полногеномного ДНК-секвенирования РКПГ Y-1821 на среде Сабуро с 2% глюкозы и
и для субкультуры на кровяном агаре. Подгото-
обработанной биомассой клеток с кровяного агара для автономной работы масс-
на масс-спектрометре. Подготовленные позиции
температуре 25 °С раствора а-циано-4-гидрокиционамовой кислоты в растворителе
том программного обеспечения. При ионизации точнике ионов 1 и 2 - 19,89 и 18,64 kV соответ-
ции полученных масс-спектров использовали на момент проведения анализа имела следую-
клеточных экстрактов, однако режим культивирования и питательная среда в оригинальных
териала почек, сердца и селезенки с последую-
позиции кислотно-травленных клеток на мише-масс-спектрометрии проводили, как описано
ведении модельного эксперимента обнаружили спектрометрическим исследованием.
пользовали иерархическую кластеризацию ме-
культур из органов лабораторного животного, а также двух культуральных вариантов в высеве
из почек использовали построение матрицы спектрометра «MALDI Biotyper ОС» того же
личество детектируемых пиков и сравнивали их с количеством детектируемых пиков культуры
среде масс-спектрометра, позволила выявить у тонким, его покрывали округлые гранулы раз-
формы, также покрытыми кристаллами матрицы
нии автоматического режима работы идентифи-
ны, из двух других суммировать сигнал в масс-жиме штамм успешно идентифицирован. Как
же с кислотно-обработанными клетками с агара
ство точечных спектров удовлетворительного качества, таким путем получили, соответствен-
стороны, при работе с позициями, на которые
шее количество точечных спектров подходящего качества, так, что удалось образовать 49 сум-
Т 1 "Г1 Г | Г 1 Т~Г"[ Г- т т гртт т ']•
3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 m/Z Рис. 2. Свойства С. auris РКПГ Y-1821, выявляемые посредством MALDI-TOF-масс-спектрометрии. Часть
• сегмент «малых масс» (2 - -5,5 kDa) -
• сегмент «средних масс» (-5,5 - -7,5 kDa)
- детализованный и стабильный по композиции
• сегмент «больших масс» (-7,5 - 13 kDa)
- детализован слабо (это связано у дрожжей и
АС - агар Сабуро.
нии дендрограммы, составленной методом
является обособленной, вторая близка спектрам той же субкультуры с измененным диапазоном
ных экстрактов дистанцированы от спектров,
распределения, вероятно, связана с их большей му биомассы и муравьиной кислоты.
агара, 20 - из обработанной на мишени биомас-личались сходством с типовым МСП С. auris
.
именно в сегменте «средних масс» (это хорошо
этого сегмента спектра следует обратить макси-
но съемка МЛЬВ1-масс-спектра с детализиро-
идентифицировать с высокими показателями культур из различных органов мыши. Полусоставил 0,9342-0,9937; Рис. 2.3). По диагонали
- средние показатели, отражающие сходство масс-спектрами других субкультур выявили у
нии со спектральными группами из других ор-
ханизмов адаптации возбудителя к существованию в окружении клеток, опосредствующих акты врожденного и приобретенного иммунитета,
жет включать изменения в составе протеома, а
ки, что в конечном итоге отражается на качественных и количественных характеристиках получаемой при обработке белково-пептидной
получаются более интенсивные масс-спектры, в
число детектируемых пиков после заражения животного статистически значимо уменьшается (расчет критерия Уилкоксона: Wэмпирич=9, Wкри-тич.=92, N=27, р<0,01). Масс-спектры из орган-
сива данных методом анализа главных компонентов сосредотачиваются в виде обособленной, но несколько гетерогенной группы, отделенной
одного состава, в идентичных условиях и с оди-ванного животного.
и регуляции ее структуры определяют виру-нам не удалось найти в доступной литературе
ведено методом построения матрицы сложного
спектров «серого» варианта более гетерогенна методом прослеживаются неярко выраженные
спектры двух вариантов кластеризуются строго раздельно (кроме одного спектра серого вариан-
«внегрупповую» ветвь).
тиной на мишени масс-спектрометра.
3. При использовании кислотного травле-
том.
мере штамма РКПГ Y-1821) не является обяза-признаками.
ап^ РКПГ Y-1821 присутствуют в масс-спектрах из культур других микромицетов.
лониальные варианты, которые отличаются масс-спектрометрическими свойствами.
9. После пассажа в органах лабораторного
ние интенсивности ионного тока по всему диа-
наиболее выраженные масс-спектрометрические различия в сравнении с субкультурами из других органов мыши, включенных в исследование.
J
A
.
канд. мед. наук. СПб.: СЗГМУ им. И.И. Мечникова, 2015. - 22 с. [Rausch E.R. Features of nosocomial matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) Database
https://www.escmid.org/escmid_publications/escmid_elibrary/
грибковых инфекций. Модуль. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2016. - Режим доступа: https://www.rosmedlib.ru/book/1MECH-0006.html [Ryabinin I.A. Mass-spectrometry in the specific identification of pathogens of bacterial and fungal infections. Module. - Moscow: GEOTAR-Media, 2016. -Mode of access: https://www.rosmedlib.ru/book/1MECH-0006.html (in Russ.)].
