Научная статья на тему 'Электростатические взаимодействия в докинге 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с тримером хондроитинсульфата и тетрамером гепарина'

Электростатические взаимодействия в докинге 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с тримером хондроитинсульфата и тетрамером гепарина Текст научной статьи по специальности «Биотехнологии в медицине»

CC BY
75
17
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
БЫЧЬЯ ТЕСТИКУЛЯРНАЯ ГИАЛУРОНИДАЗА / BOVINE TESTICULAR HYALURONIDASE / ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА / TERTIARY STRUCTURE / ГЛИКОЗАМИНОГЛИКАНОВЫЕ ЛИГАНДЫ / ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ / ELECTROSTATIC INTERACTIONS / ДОКИНГ / DOCKING / ХОНДРОИТИНСУЛЬФАТ / CHONDROITIN SULFATE / ГЕПАРИН / HEPARIN / ПОВЕРХНОСТНЫЙ ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЙ ПОТЕНЦИАЛ ФЕРМЕНТА / SURFACE ELECTROSTATIC ENZYME POTENTIAL / РЕГУЛЯЦИЯ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ БИОКАТАЛИЗАТОРА / ENZYME FUNCTIONING REGULATION / GLYCOSAMINOGLYCAN LIGAND

Аннотация научной статьи по биотехнологиям в медицине, автор научной работы — Максименко Александр Васильевич, Бибилашвили Роберт Шалвович

Выполнен молекулярный докинг 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с гликозаминогликановыми лигандами. В качестве последних использовали тример хондроитинсульфата и тетрамер гепарина. Методы вычислительной химии применены для выяснения регуляции функционирования гиалуронидазы в организме, когда гепариновый лиганд в активном центре биокатализатора вызывал его инактивацию, а хондроитинсульфатные лиганды проявляли защитное действие. Выявлены восемь значимых центров связывания лигандов, одинаково пригодных для взаимодействия с тримерами хондроитинсульфата и тетрамерами гепарина благодаря электростатическому связыванию. Обнаружена возможность протекания обратимых и необратимых конформационных изменений 3D-структуры фермента в зависимости от расположения на его глобуле отрицательно заряженных лигандов, способствующих инактивации и стабилизации биокатализатора в разных условиях. Выявлены центры на молекулярной поверхности гиалуронидазы, занятость которых оказывается достаточной для предотвращения необратимых деформаций конформации фермента при введении гепаринового лиганда в зону его активного центра. Продемонстрировано тонкое формирование эффективного вида поверхностного электростатического потенциала гиалуронидазы.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биотехнологиям в медицине , автор научной работы — Максименко Александр Васильевич, Бибилашвили Роберт Шалвович

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Electrostatic Interactions for Docking Bovine Testicular Hyaluronidase 3D-Model with Chondroitin Sulfate Trimers and Heparin Tetramers

Molecular docking 3D-model of bovine testicular hyaluronidase with glycosaminoglycan ligands was performed. Chondroitin sulfate trimer and heparin tetramer were used as ligands. Methods of computational chemistry were applied for elucidation of hyaluronidase functioning regulation, when heparin ligand inactivated biocatalyst and chondroitin sulfate ligand protected the enzyme structure. The eight binding sites on enzyme molecular surface were determined for glycosaminoglycan ligand coupling due to electrostatic interactions. Herewith there is the possibility for reversible and irreversible conformational alterations of 3D-model of enzyme. Suffusion of critical binding sites of hyaluronidase is sufficed for prevention of irreversible deformations of enzyme active site cave. The interaction of glycosaminoglycan ligands with hyaluronidase is determined by electrostatic forces mainly.

Текст научной работы на тему «Электростатические взаимодействия в докинге 3D-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы с тримером хондроитинсульфата и тетрамером гепарина»

УДК 577.322.5

ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ В ДОКИНГЕ 3Б-МОДЕЛИ БЫЧЬЕЙ ТЕСТИКУЛЯРНОЙ ГИАЛУРОНИДАЗЫ С ТРИМЕРОМ

ХОНДРОИТИНСУЛЬФАТА И ТЕТРАМЕРОМ ГЕПАРИНА

А.В. Максименко*, Р.Ш. Бибилашвили

(ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии Министерства здравоохранения Российской Федерации; *e-mail: alex.v. maks@mail.ru)

Выполнен молекулярный докинг 3Б-модели бычьей тестикулярной гиалурони-дазы с гликозаминогликановыми лигандами. В качестве последних использовали тример хондроитинсульфата и тетрамер гепарина. Методы вычислительной химии применены для выяснения регуляции функционирования гиалуронидазы в организме, когда гепариновый лиганд в активном центре биокатализатора вызывал его инактивацию, а хондроитинсульфатные лиганды проявляли защитное действие. Выявлены восемь значимых центров связывания лигандов, одинаково пригодных для взаимодействия с тримерами хондроитинсульфата и тетрамерами гепарина благодаря электростатическому связыванию. Обнаружена возможность протекания обратимых и необратимых конформационных изменений 3Б-структуры фермента в зависимости от расположения на его глобуле отрицательно заряженных лигандов, способствующих инактивации и стабилизации биокатализатора в разных условиях. Выявлены центры на молекулярной поверхности гиалуронидазы, занятость которых оказывается достаточной для предотвращения необратимых деформаций конформации фермента при введении гепаринового лиганда в зону его активного центра. Продемонстрировано тонкое формирование эффективного вида поверхностного электростатического потенциала гиалуронидазы.

Ключевые слова: бычья тестикулярная гиалуронидаза, пространственная структура, гликозаминогликановые лиганды, электростатические взаимодействия, докинг, хондрои-тинсульфат, гепарин, поверхностный электростатический потенциал фермента, регуляция функционирования биокатализатора.

Использование ферментных производных в качестве лекарственных агентов интенсивно формирует область энзимотерапии. Перспективными средствами для регуляции состояния эндотели-ального гликокаликса, представляющего собой первый защитный слой люминальной сосудистой поверхности [1, 2], проявили себя гликозидазы. Ответственными за метаболизм гиалуронана (одного из основных компонентов гликокаликса) считаются гиалуронидазы, входящие в состав гли-козидаз [3]. Следует заметить, что коммерчески доступным медицинским препаратом, разрешенным в России для внутримышечных/подкожных инъекций и местного применения, является бычья тестикулярная гиалуронидаза (БТГ, EC 3.2.1.35). В настоящее время она превращается в значимый объект гликобиологических исследований [4]. Трудности их проведения обусловлены малой изученностью гиалуронидаз позвоночных, их весьма низкой концентрацией в организме (~60 нг/мл) и недостатком структурной информации [5]. Гиалу-

ронидазы позвоночных обнаруживают на порядок более высокую ферментативную активность, чем другие глобулярные биокатализаторы, но отличаются невысокой стабильностью при очистке и выделении [4, 5]. Актуальность получения модифицированных форм гиалуронидазы со стабильной эндогликозидазной активностью для медицинского применения [6] (сейчас для коррекции состояния гликокаликса используют только средства заместительной терапии) подчеркивает важность изучения молекулярной структуры таких производных для оптимизации их свойств.

Установление пространственной структуры гиалуронидазы человека [7] способствовало ее использованию в качестве прототипа для построения т sШco методом гомологичного моделирования 3D-модели БТГ [8]. Функционированием БТГ в гликозаминогликановом (ГАГ) микроокружении обусловлен исследовательский интерес к выяснению закономерностей регуляции активности этого фермента при взаимодействии с

ГАГ-компонентами эндотелиального гликока-ликса. Определение природы лимитирующих структурных воздействий на фермент раскрывает механизмы регуляции функционирования гиалуронидаз их микроокружением. При физиологических условиях молекула БТГ положительно заряжена (pI 8,62) /http://www. uniprot.org/uniprot_/Q7YS45/, а ГАГ-лиганды несут отрицательный заряд [9]. Исследование развития электростатических взаимодействий между ними путем расчета их молекулярного докинга in silico (3Э-модели БТГ с тримерами хондроитинсульфата (ХС) и тетрамером гепарина в его активном центре) стало целью нашего исследования.

Расчетная часть

3Э-модели нативной БТГ как в свободном виде, так и в комплексе с субстратом (здесь приведен до-декамер гиалуронана), построенные нами ранее [8], были использованы в качестве исследуемой белковой структуры для проведения расчетного докинга с ХС и гепариновым лигандами.

Молекулярный докинг был выполнен с помощью программ UCSF Chimera, DOCK и Swiss-PdbViewer [10-13]. Программа DOCK использовалась для выполнения докинга низкомолекулярной молекулы в статичную макромолекулу, а UCSF Chimera и Swiss-PdbViewer - для построения рисунков, наложения (суперпозиции) изображений и визуализации. Для расчета изоповерхно-сти электростатического потенциала молекулярных комплексов применяли программное обеспечение PDB2PQR, APBS, UCSF Chimera и Delphi, используя силовые поля AMBER, GROMOS и CHARMM [14-19] в соответствии с уравнением Кулона и Больцмана-Пуассона. При выполнении докинга низкомолекулярную молекулу размещали в различных положениях по отношению к макромолекуле на расстоянии половины ее поперечного размера. Процедуру проводили многократно с моделированием реального времени. Обратимость/необратимость конформационных изменений БТГ определяли по степени возвращения структуры в исходное состояние за определенный интервал времени (50-100 пс). Следует отметить, что отсутствие изменений в белковой структуре при выполнении докинга в течение 50-100 пс означало, что она стабильна (т.е. не изменяется с точностью до колебаний конфор-маций, обусловленных тепловым движением). Потенциалы были выражены в натуральной системе единиц е/а0 (где е - заряд электрона, а

а0 - радиус Бора; величина потенциала 0,4 е/а0 соответствует в системе СИ примерно 1 В). За молекулярной динамикой следили с помощью программы NAMD [20].

Выбор ГАГ-лигандов /Pubchem.ncbi.nlm.nih. gov/ для молекулярного докинга с SD-моделью БТГ был произволен, поскольку не было известно, какой ГАГ-фрагмент селективно ингибирует БТГ. ГАГ обладают высокой конформационной гибкостью, благодаря чему только их короткие фрагменты (до тетрамеров) надежно расчет-но докируются. Это обусловило использование нами для вычислительного докинга тримера ХС ([GlcA-GalNAc]3, где GlcA - сульфатирован-ная по второму атому углерода глюкуроновая кислота, связанная через pi-3-гликозидную связь с сульфатированным по четвертому атому углерода N-ацетилгалактозамином - GalNAc) и тетрамера гепарина ([IdoA-GlcNAc(2,6)-IdoA-GlcNAc(2,6)-IdoA-GlcNAc(2,3,6)-IdoA-GlcNAc(2,6)]), где IdoA - сульфатированная по второму атому углерода идуроновая кислота, связанная глюкозамином посредством а-1-4-гликозидной связи с сульфатированным по второму и шестому (GlcNAc(2, 6)) или второму, третьему и шестому (GlcNAc(2, 3, 6)) атомам углерода (рис. 1). Длина выбранных молекулярных фрагментов ХС и гепарина соответствует в вытянутом состоянии поперечному размеру молекулы БТГ.

[-4) GlcA (р-1-3) GalNAc (р-1-]„

GalNS03"

(2-so3-) (4-soi-,

б - SO3")

1

[-4)ИоА (а-1-4) ОШАс(а-1-]„ 01сА ((3-1- '

ОкШОз

( 2 - БОз- ) ( 2 - БОз" ,

3 - 803-, 6 - БОз" )

2

Рис. 1. Условные формулы структурных единиц полимерного остава хондроитинсульфата (1) и сополимерно-го - гепарин / гепарансульфата (2)

Рис. 2. Иллюстративное представление (в ленточно-нитевом виде) 3Б-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы. Серым цветом (как, например, по позиции 446-447) выделены шесть участков с лизиновыми остатками первого уровня доступа для ковалентной модификации [8]

Рис. 3. Вид поверхностного электростатического потенциала (с его положительным значением - показано серой сетчатой оболочкой) свободной молекулы бычьей тестикулярной гиалуронидазы (здесь и далее: по уровню

0,4 е/а 0).

Результаты и их обсуждение

Построение 3D-модели БТГ (рис. 2) помогло получить расчетные данные поверхностного электростатического потенциала свободного фермента (рис. 3). Его отличает заметное доминирова-

ние положительно заряженных областей белкового потенциала. Следует отметить, что электростатические эффекты влияют на стабильность сворачивания человеческого белка РКВР12 [21], являются важной особенностью ингибиторов активности

сиртуина 2 [22], и в зависимости от диэлектрической константы среды изменяют свой вклад в бе-лок-лигандные взаимодействия [23].

Расчеты электростатических белковых потенциалов используются для определения связывающих ГАГ-центров в индивидуальных системах для выявления поверхностных областей молекулы белка (как предположительных позиций ГАГ-связывания) [24]. Известно, что на поверхности белковой молекулы мотивы таких связывающих центров оказываются участками белковой цепи с последовательностями аминокислот вида хБББххБх или хВВхВх, где В - основная аминокислота (лизин, аргинин или гистидин) [9]. Эффективное связывание при работе с ЭЭ-моделями белковых структур достигается при расположении рядом друг с другом двух центров связывания. В результате наших расчетов на молекулярной поверхности БТГ обнаружены двенадцать центров связывания ГАГ-лигандов. Мы рассмотрели восемь центров, свободная энергия связывания которых как минимум в два раза превышает энергию лигандов в свободном состоянии (рис. 4). Компьютерный расчет протекторного действия ХС-лиганда и ин-гибирующего/инактивирующего эффекта гепарина с ЭЭ-моделью БТГ в водно-солевом окружении

(и без него) выполнялся с введением в систему разного количества ХС-лигандов и помещенного в полость активного центра фермента ингибитора - гепаринового лиганда. Энергия связывания лиганда, зависящая главным образом от электростатических взаимодействий ГАГ-лигандов с ар-гининовыми и лизиновыми остатками фермента, определялась как разница между энергией всего комплекса до и после удаления лиганда с последующим заполнением освободившегося пространства растворителем (рис. 4). Заметим, что фермент в комплексе с субстратом стабилен при любом положении или количестве ассоциированных с ним лигандов (ХС или гепариновых). В дальнейшем мы будем анализировать устойчивость свободного от субстрата биокатализатора, причем БТГ в присутствии всех восьми лигандов ХС на своих центрах связывания стабильна.

Наличие электростатических взаимодействий - необходимое условие докинга и взаимного распознавания ГАГ-лигандов и белков [25]. Градиент электрического потенциала белка оказывается движущей силой, обеспечивающей перемещение лиганда по направлению вектора этого градиента, приложенного к центру масс присоединяемого лиганда. Наши расчетные

Рис. 4. Представление восьми центров связывания хондроитинсульфатных лигандов на 3Б-модели бычьей тестикулярной гиалуронидазы (белковая цепь окрашена в серый цвет). Изображение представлено в проекции, образованной главными осями инерции додекамерного фрагмента субстрата - гиалуронана (НА12, показан в центре, главная ось инерции гиалуронана направлена по вертикали) и бычьей тестикулярной гиалу-ронидазы (ось направлена по горизонтали). Свободные энергии связывания центров при 0 К, ккал/моль: -448,5 ^1); -360,2 ^2); -513,6 ^3); -145,5 (сб4); -201,6 ^5);

-577,6 (СБ6); -348,1 ^7); -752,2 (СБ8); -2398,1 (ИЛ12)

Рис. 5. Вид поверхностного электростатического потенциала (с доминирующим отрицательным значением, окрашен в серый цвет) молекулы бычьей тестикулярной гиалуронидазы со стабилизирующими ее структуру восемью лигандами - тримерами

хондроитинсульфата

Рис. 6. Изменение конформации бычьей тестикулярной гиалуронидазы при присоединении четырех хондроитинсульфатных лигандов по центрам сб1, сб2, сб3, сб4 и тетрамера гепарина в зоне сб6. Наложенные белковые структуры, окруженные хон-дроитинсульфатными лигандами, соответствуют виду комплекса на 20, 60, 100, 140 и 180 пс динамики с окрашиванием структуры фермента, соответственно, все более

темным цветовым тоном

данные наглядно показывают изменение поверхностного электростатического потенциала свободной БТГ (рис. 3) при взаимодействии с восемью тримерами ХС (рис. 5). Электрическое поле, создаваемое ферментом со всеми восемью лигандами охватывает белковый комплекс целиком и примерно повторяет профиль поверхности молекулы биокатализатора. Свободному ферменту присущ положительный потенциал (рис. 3), а ХС, окруженному оболочкой лигандов, - отрицательный (рис. 5). В обоих случаях система оказывается стабильной и введение в зону активного центра фермента тетрамера гепарина практически ничего не меняет в ней. Иная картина наблюдается при локализации фиксированных ХС-лигандов (по центрам С81, С82, с83, с84) и тетрамера гепарина в зоне С86 (рис. 6). Напряженность электрического поля, созданная по градиенту его потенциала, вталкивает гепариновый лиганд в зону активного центра БТГ. Не закрепленная дисульфидными связями белковая петля активного центра БТГ между Л8р139

и Л1а156, включающая в себя ответственные за ферментативную активность остатки Л8р147 и С1и149, выталкивается в зазор между протяженной альфа-спиралью от Л1а185 до С1у197 и спиралью от С1и243 до С1и256. Это ведет к необратимой деформации молекулы фермента и его инактивации (рис. 7). Оказывается, электрическое поле, созданное лигандами по центрам С81, С82, С83, С84 и С86 (рис. 8) не похоже на поле молекулы БТГ, стабилизированной окружением из восьми лигандов (рис. 5). По нашим данным, специфического связывания тетрамеров гепарина или тримеров ХС с активным центром БТГ не происходит. Развитие основных контактов обусловлено именно электростатическими взаимодействиями, для реализации которых важны аргининовые остатки, а при кова-лентной модификации БТГ - лизиновые [8].

Электростатические взаимодействия, регулирующие перемещение лигандов гепарина или ХС при введении в область активного центра фермента (позиция С86), определяют и нахождение

Рис. 7. Демонстрация необратимо конформационно измененной молекулы бычьей те-стикулярной гиалуронидазы с перемещенными на периферию ферментной структуры ответственными за каталитическую активность аминокислотными остатками в1и149 и Лзр147 (позиция в1и149 в начале и в конце конформационного перехода указана стрелкой) и значимым изменением положения цепи активного центра биокатализатора, приводящая к его инактивации. Расположение лигандов на центрах сб4 и сб6 указано до и после их вхождения в зону активного центра фермента. За все время динамики лиганды по центрам сб1 и сб3 остаются практически неподвижными относительно белка, а по центрам сб2, сб4, и сб6 движутся. Окраска структур фермента указана в подписи к рис. 6

Рис. 8. Вид поверхностного электростатического потенциала молекулы бычьей тестикулярной гиалуронидазы, окруженной вызывающими ее инактивацию пятью гликозаминогликановыми лигандами по центрам сб1, сб2, с83, с84 (тримеры ХС) и С86 (тетрамер гепарина). Серым цветом обозначены (три выраженных сетчатых образования) области отрицательного значения электростатического потенциала, а светло-серым - положительные

мест для их присоединения. Энергия связывания лиганда в позиции С86 при отсутствии субстрата почти не отличается от его энергии в растворителе. Лиганд довольно быстро, по данным докинга, находит себе место вблизи С83 и С88. Третья последовательно добавленная молекула лиганда на позицию С86 мигрирует к центру С84. Никакой необратимой деформации конформации БТГ при этом не происходит. Стабильность структуры фермента задается электрическим полем, создаваемым ГАГ -лигандами. Определяющую роль играет расположение лигандов на молекулярной поверхности биокатализатора, а не их число. Введение четвертой молекулы в позицию С86 (при распределении предыдущих трех молекул между центрами С83, С88, С84 и С85) вызывает движение лиганда к активному центру фермента. В результате происходит необратимая инактивация биокатализатора из-за деформации петли активного центра. Модельная иммобилизация ХС-лигандов по позициям С81 и С82 не приводит к защите биокатализатора от инактивации. Только ковалентная иммобилизация лигандов по центрам С87 или С87, С81, С85 (по данным докинга) полностью защищает БТГ от инактивации гепариновым лигандом. Приведенные данные теоретически демонстрируют регулирующую роль электростатических взаимодействий при молекулярном докинге БТГ с ГАГ-лигандами,

вызывая потерю активности биокатализатора или его стабилизацию в разных условиях. Следует напомнить, что деградация несульфатированного хондроитина под действием тестикулярной гиалу-ронидазы происходит эффективнее при более высоких значениях рН по сравнению с гиалуронаном [26]. 3D-структура гиалуронана и хондроитина отличается только позицией С-4 в гексозамино-вом остатке. Такие тонкие структурные различия могут значимо регулировать соотношение структура/функция гиалуронидаз. Расчеты показывают стабилизацию структуры БТГ при взаимодействии с шестью ХС-лигандами по центрам С87, С81, С82, С83, С84, С88 и гепариновым лигандом в зоне С86. Отличие вида возникающего при этом поверхностного электростатического потенциала белка (рис. 9) от такового для также стабильной конформации БТГ с восемью ХС-лигандами (рис. 5) подчеркивает тонкое формирование вида электрического поля ферментного комплекса, ассоциирующееся с отмеченной выше значимостью небольших структурных различий лигандов, регулирующих функционирование фермента. Аффинность связывания ГАГ-лигандов с ферментами определяется электростатическими и гидрофобными взаимодействиями [27], которые актуальны и для получения модифицированных производных биокатализаторов [28].

Рис. 9. Вид поверхностного электростатического потенциала молекулы бычьей те-стикулярной гиалуронидазы с шестью стабилизирующими ее структуру тримерами ХС, связанным по центрам сб7, сб1, сб2, сб3, сб4, сб8, и гепариновым тетрамером по центру сб6. Серым цветом обозначены (три выраженных сетчатых образования) области отрицательного значения поверхностного электростатического потенциала, а светло-серым - положительные). Стабилизация структуры фермента инициируется присоединением лиганда ХС по центру сб7

Таким образом, целесообразным и перспективным предстает исследование изменений электрического поля с варьированием вида ли-гандов на БТГ, выяснение вклада гидрофобных

взаимодействий в таких системах, а также обоснование рекомендаций для экспериментальной верификации полученных теоретических заключений.

Настоящая работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проекты № 15-04-03584 и 18-015-00056) и Министерства здравоохранения Российской

Федерации.

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Reitsma S., Slaaf D.W., Vink H., van Zandvoort M.A.M.J., onde Egbrink M.G.A. // Pflüger's Arch. 2007. Vol. 454. P. 345.

2. Максименко А.В. // Изв. АН. Сер. хим. 2015. № 9. С. 2036.

3. Stern R., Jedrzejas M.J. // Chem. Rev. 2006. Vol. 106. P. 818.

4. Stern R., Jedrzejas M.J. // Chem. Rev. 2008. Vol. 108. P. 5061.

5. EricksonM., SternR. // Biomed. Res. Int. 2012. Vol. 2012. doi: 10.1155/2012/893947.

6. Максименко А.В., Щечилина Ю.В., Тищенко Е.Г. // Биохимия. 2003. Т. 68. С. 1055.

7. Chao K.L., Muthukumar L., Herzberg O. // Biochemistry. 2007. Vol. 46. P. 6911.

8. Максименко А.В., Турашев А.Д., Бибилашвили Р.Ш. // Биохимия. 2015. Т. 80. № 3. С. 348.

9. Максименко А.В. // Хим.-фарм. журн. 2008. Т. 42. № 10. С. 3.

10. Pettersen E.F., Goddard T.D., Huang C.C., Couch G.S., Greenblatt D.M., Meng E.C., Ferrin T.E. // J. Comput. Chem. 2004. Vol. 25. N 13. P. 1605.

11. Sanner M.F., Olson A.J., Spehner J.C. // Biopolymers. 1996. Vol. 38. N 3. P. 305.

12. Lang P.T., Brozell S.R., Mukherjee S., Pettersen E.F., Meng E.C., Thomas V., Rizzo R.C., Case D.A., James T.L., Kuntz I.D. // RNA. 2009. Vol. 15. N 6. P. 1219.

13. Guex N., Peitsch M.C. // Electrophoresis. 1997. Vol. 18. P. 2714.

14. Dolinsky T.J., Czodrowski P., Li H., Nielsen J.E., Jensen J.E., Klebe G., Baker N.A. // Nucleic Acids Res. 2007. Vol. 35. P. W522.

15. Dolinsky T.J., Nielsen J.E., McCammon J.A., Baker N.A. // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32. P. W665.

16. Baker N.A., Sept D., Joseph S., Holst M.J., McCam-mon J.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. Vol. 98. P. 10037.

17. Honig B., Nicholls A. II Science. 1995. Vol. 268. P. 1144.

18. Nicholls A., Sharp K., Honig B. II Proteins. 1991. Vol. . P. 281.

19. Klapper I., Hagstrom R., Fine R., Honig B. II Proteins. 1986. Vol. 1. P. 47.

20. Phillips J.C., Braun R., Wang W., Gumbart J., Tajk-horshid E., Villa E., Chipot C., Skeel R.D., Kale L., Schulten K. II J. Comput. Chem. 2005. Vol. 26. P. 1781.

21. Batra J., Tjong H., Zhou H.-X. II Prot. Eng. Des. Sel. 2016. Vol. 29. P. 301.

22. Sakkiah S., Arooj M., Kumar M.R., Eom S.H., Lee K.W. II PLoS One. 2013. Vol. 8. P. e51429.

23. Wang B., Li L., Hurley T.D., Meroneh S.O. // J. Chem. Inf. Model. 2013. Vol. 53. P. 2659.

24. Samsonov S.A., Pisabarro M.T. // Glycobiology. 2016. Vol. 26. P. 850.

25. Samsonov S.A., Teyra J., Pisabarro M.T. // J. Comput. Aided Mol. Des. 2011. Vol. 25. N 5. P. 477. doi: 10.1007/ s10822-011-9433-1.

26. Honda T., Kaneiwa T., Mizumoto S., Sugahara K., Ya-mada S. // Biomolecules. 2012. Vol. 2. P. 549.

27. Gandhi N.S., Freeman C., Parish C.R., Mancera R.L. // Glycobiology. 2012. Vol. 22. P. 35.

28. Максименко А.В. // Изв. АН. Сер. хим. 2017. № 1. С. 1.

Поступила в редакцию 09.01.18

ELECTROSTATIC INTERACTIONS FOR DOCKING BOVINE TESTICULAR HYALURONIDASE 3D-MODEL WITH CHONDROITIN SULFATE TRIMERS AND HEPARIN TETRAMERS

A.V. Maksimenko*, R.S. Beabealashvili

(National Medical Research Center for Cardiology of Ministry of Health Care of Russian Federation; *e-mail: alex.v.maks@mail.ru)

Molecular docking 3D-model of bovine testicular hyaluronidase with glycosaminoglycan ligands was performed. Chondroitin sulfate trimer and heparin tetramer were used as ligands. Methods of computational chemistry were applied for elucidation of hyaluronidase functioning regulation, when heparin ligand inactivated biocatalyst and chondroitin sulfate ligand protected the enzyme structure. The eight binding sites on enzyme molecular surface were determined for glycosaminoglycan ligand coupling due to electrostatic interactions. Herewith there is the possibility for reversible and irreversible conformational alterations of 3D-model of enzyme. Suffusion of critical binding sites of hyaluronidase is sufficed for prevention of irreversible deformations of enzyme active site cave. The interaction of glycosaminoglycan ligands with hyaluronidase is determined by electrostatic forces mainly.

Key words: bovine testicular hyaluronidase, tertiary structure, glycosaminoglycan ligand, electrostatic interactions, docking, chondroitin sulfate, heparin, surface electrostatic enzyme potential, enzyme functioning regulation.

Сведения об авторах: Максименко Александр Васильевич - вед. науч. сотр.отдела биоинженерных технологий и поддержки научных исследований Института экспериментальной кардиологии ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии» Министерства здравоохранения РФ, профессор, докт. биол. наук (alex.v.maks@mail.ru); Бибилашвили Роберт Шалвович - руководитель лаборатории генной инженерии Института экспериментальной кардиологии ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии» Министерства здравоохранения РФ, канд. физ.-матем. наук (robert.bibi-lashvili@gmail.com).

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.