CC BY
11
ФИЗИКО-МАТЕМАТИЧЕСКИЕ НАУКИ
Long-wave luminescence of aqueous solution of protein HSP70 Bukina M.1, Bakulev V.2, Lisachenko D.3 Длинноволновая люминесценция водного раствора белка БТШ70
1 2 3
Букина М. Н. , Бакулев В. М. , Лисаченко Д. А.
1Букина Мария Николаевна /Bukina Maria - кандидат физико-математических наук, доцент,
кафедра общей физики-2; 2Бакулев Владимир Михайлович /Bakulev Vladimir - кандидат физико-математических наук,
старший научный сотрудник, кафедра молекулярной биофизики и физики полимеров; 3Лисаченко Дмитрий Андреевич /Lisachenko Dmitry - кандидат физико-математических наук,
доцент,
кафедра общей физики-2, физический факультет, Санкт-Петербургский государственный университет, г. Санкт-Петербург
Аннотация: в данной работе описана длинноволновая люминесценция водного раствора белка БТШ70 с максимумом спектра испускания 440 нм. Получена зависимость интенсивности испускания люминесценции на длинах волн 340 нм (триптофан) и 440 нм (длинноволновая компонента) от концентрации БТШ70 в растворе. Обнаружено, что интенсивность триптофановой люминесценции возрастает прямо пропорционально концентрации, тогда как интенсивность длинноволновой люминесценции возрастает нелинейно. Показано, что наблюдаемая длинноволновая люминесценция БТШ70 в видимой области спектра является собственной люминесценцией белка и, вероятнее всего, обусловлена межмолекулярными взаимодействиями при больших концентрациях БТШ70. Abstract: a long-wavelength luminescence of water solution of HSP70 protein with a 440 nm maximum in the emission spectrum is described. The dependence of the luminescence emission intensity at the wavelengths of 340 nm (tryptophan) and 440 nm (long-wavelength component) on HSP70 concentration in the solution is obtained. It is found that the intensity of tryptophan luminescence increases in direct proportion to the concentration, while the intensity of long-wavelength luminescence increases non-linearly. It is shown that the observed long-wavelength luminescence of HSP70 in the visible region of the spectrum is the intrinsic luminescence of protein and is most likely due to the intermolecular interactions at high concentrations of HSP70.
Ключевые слова: люминесценция, БТШ70, GFP. Keywords: luminescence, HSP70, GFP.
УДК 57.043; 577.322.4
Введение
Изучение люминесценции биологически важных полимеров является актуальной задачей, поскольку позволяет изучать особенности их нативной структуры и является методом неразрушающего анализа. Спектры испускания и возбуждения люминесценции несут информацию о природе основного и первого возбужденного состояния, типе окружения люминофоров, особенностях пространственной структуры биополимера. В данной работе обсуждаются люминесцентные свойства белка БТШ70, важного молекулярного шаперона, который активно исследуется в последнее время [1, 2]. В предыдущих работах авторов [3, 4] показано, что интенсивная люминесценция водного раствора БТШ70 обусловлена испусканием двух ароматических аминокислот - тирозина и триптофана, причем спектр испускания люминесценции зависит от длины волны возбуждения. Люминесценция
подавляющего большинства белков обусловлена входящими в их состав триптофанилами, спектрально-люминесцентные свойства которых проявляют сильную зависимость от физико-химических свойств окружения. БТШ70 принадлежит к незначительному классу белков, в люминесценции которых проявляется две компоненты - не только от трипофана, но также от тирозина. В данной работе обсуждается обнаруженная авторами еще одна компонента люминесценции БТШ70 - длинноволновая люминесценция с максимумом 440 нм, спектр возбуждения которой находится в области ближнего ультрафиолета с максимумом 360 нм, т. е. за пределами поглощения ароматических кислот. Подобные длинноволновые полосы, лежащие в видимой области спектра, несколько лет назад были открыты для ряда флуоресцирующих белков, получивших название вБР [5]. Люминофор, ответственный за длинноволновую люминесценцию, является продуктом внутримолекулярной циклизации аминокислотных остатков белка и находится внутри компактной структуры, образованной р-листами [5]. Известно, что различные продукты фотохимических реакций триптофана также обладают люминесценцией в видимой области [6]. Такие соединения могут накапливаться при хранении растворов белков. В данной работе показано, что наблюдаемая длинноволновая люминесценция БТШ70 в видимой области спектра является собственной люминесценцией белка и, вероятнее всего, обусловлена межмолекулярными взаимодействиями при больших концентрациях БТШ70.
Методика
В работе использовался высокоочищенный (содержание больше 98 %) рекомбинантный человеческий белок БТШ70, полученный с применением стандартной методики в ФГУП «Государственный научно-исследовательский институт особо чистых биопрепаратов». Спектральные исследования препарата проводились в водных буферных растворах (бидистиллированная вода, 0.02 М фосфатный буфер, рН=7,3). Корректированные спектры испускания и возбуждения люминесценции регистрировались на спектрофлуориметре НйасЫ-850.
Результаты и обсуждение
Заметное поглощение БТШ70, обусловленное, в основном, присутствием в белке ароматических остатков тирозина и триптофана, появляется при длинах волн короче 300 нм [3]. В зависимости от длины волны возбуждения в люминесценции БТШ70 проявляется или испускание тирозина (Хвозб = 260 нм, Хтах = 303 нм), или испускание триптофана (Хвозб = 295 нм, Хтах = 335 нм) [3, 4]. При используемых в работе концентрациях белка в растворе от 0.1мг/мл до 1.0 мг/мл поглощение БТШ70 в видимом спектральном диапазоне (300-700 нм) не наблюдается, что является свидетельством спектральной чистоты используемого соединения. Как известно, чувствительность люминесцентного метода на несколько порядков выше спектрофотометрического метода [7]. Поэтому с целью проверки исследуемого белка на люминесцентную чистоту был проведен поиск следовой люминесценции также и при разных длинах волн возбуждения в ближнем ультрафиолетовом и видимом спектральных диапазонах. Оказалось, что при Хвозб = 360 нм в люминесценции выявляется широкая бесструктурная полоса с максимумом 440 нм. Дальнейшие исследования показали, что данный спектр не является примесным, а обусловлен собственной люминесценцией БТШ70.
На рис. 1 представлены нормированные по интенсивности максимума спектры испускания и возбуждения люминесценции водного раствора БТШ70. Как видно из рисунка, длинноволновая люминесценция (кривая 1) значительно сдвинута относительно люминесценции триптофана (кривая 2) в сторону больших длин волн. Интенсивность длинноволновой люминесценции примерно в 50 раз меньше, чем у люминесценции триптофана и тирозина. В спектре возбуждения (кривая 3) длинноволновой люминесценции наблюдаются две полосы с максимумами 360 и 280 нм. Первая полоса (максимум 360 нм) не наблюдается в спектре поглощения белка,
что свидетельствует о малой концентрации данного люминофора и значительном квантовом выходе его флуоресценции. Тогда как вторая полоса (максимум 280 нм) полностью совпадает с первой полосой в спектре возбуждения триптофана (кривая 4), что в данном случае указывает на вероятную причинную связь обнаруженной длинноволновой люминесценции с триптофановыми остатками в БТШ70.
Рис. 1. Нормированные по максимуму спектры испускания (кривая 1 - Хвозб = 360 нм; кривая 2 -^возб = 295 нм) и возбуждения (кривая 3 - Хрег = 440 нм; кривая 4 - Хрег = 340 нм) люминесценции водного раствора БТШ70 (с = 0,5 мг/мл)
С целью определения природы длинноволновой люминесценции были измерены концентрационные зависимости интенсивности. Результаты таких измерений представлены на рис. 2а. Для сравнения на рис. 2б представлены аналогичные зависимости для интенсивности люминесценции триптофана от концентрации белка в буферном растворе. Ход зависимостей очевидно различен. В случае триптофана - она хорошо аппроксимируется прямой, что характерно для обычной концентрационной зависимости без комплексообразования - интенсивность люминесценции увеличивается прямо пропорционально концентрации растворенного люминофора. Для длинноволновой люминесценции (рис. 2а) - при больших концентрациях белка в растворе зависимость явно нелинейная. Рост интенсивности люминесценции значительно обгоняет увеличение концентрации белка, что, вероятнее всего, обусловлено появлением люминесцирующих агрегатов белковых молекул при больших концентрациях. При изменении концентрации белка форма спектра длинноволновой люминесценции не меняется. Этот факт, вероятнее всего, свидетельствует о том, что образуется только один тип люминесцирующих комплексов.
3000-,
0
250 300 350 400 450 500 550 600 Длина волны, нм
Концентрация, мг/мл
a)
0,0 0,5 1,0
Концентрация, мг/мл
Ь)
Рис. 2. Зависимость интенсивности люминесценции водного раствора БТШ70 от концентрации: а) Хвоз6 = 360 нм, Хрег = 440 нм Ь) Хвоз6 = 295 нм, Хрег = 340 нм;
Таким образом, проведенные спектрально-люминесцентные исследования и изучение концентрационной зависимости интенсивности показали, что наблюдаемая длинноволновая люминесценция БТШ70 в видимой области спектра является собственной люминесценцией белка и, вероятнее всего, обусловлена межмолекулярными взаимодействиями при больших концентрациях БТШ70.
Литература
1. Koyeli Mapa and all. The Conformational Dynamics of the Mitochondrial Hsp70 Chaperone // Molecular Cell. 2010. V. 38. P. 89-100.
2. Mayer M. P, Bukau B. Hsp70 chaperones: cellular functions and molecular mechanism // Cell.Mol.Life Sci. 2005. V. 62. № 6. P. 670-684.
3. Букина М. Н., Бакулев В. М., Бармасов А. В., Жахов А. В., Ищенко А. М. Спектрально-люминесцентные проявления изменения конформации белка БТШ70 в процессе тепловой денатурации // Оптика и Спектроскопия. 2015. Т. 118. № 6. С. 930-932.
4. Букина М. Н., Бакулев В. М., Лисаченко Д. А. Исследование люминесценции комплекса БТШ70-АТФ-Mg2+ и его тепловой денатурации // Проблемы современной науки и образования. 2016. № 2 (44). С. 6-10.
5. Зубова Н. Н., Булавина А. Ю., Савицкий А. П. Спектральные и физико-химические свойства зеленого (GFP) и красного (drFP583) флуоресцирующих белков // Успехи биологической химии. 2003. Т. 43. С. 163-224.
6. Truong T. B. Charge transfer to a solvent state. Luminescence studies of triptophanin aqueous 4.5M CaCl2 solutions at 300 and 77 K // J. Phys. Chem. 1980, Vol. 84, pp. 960-964.
7. Паркер С. Фотолюминесценция растворов. // М.: Мир, 1972. С. 247.
Determination of random binary sequence as a combinatorial object. Calculation of matching fragments in random binary sequences
Filatov O.
Определение случайной бинарной последовательности как комбинаторного объекта. Расчёт совпадающих фрагментов в случайных бинарных последовательностях Филатов О. В.
Филатов Олег Владимирович /Filatov Oleg - инженер-программист, НТЦ «Модуль», г. Москва
Аннотация: «Комбинаторика длинных последовательностей» открыла такое «поведение» исследуемых фрагментов в случайных последовательностях, которое начинает напоминать поведение частиц в микромире. Фрагменты последовательности оказывают влияние друг на друга. Фрагменты, как и физические частицы микромира, «чувствуют» когда их исследуют. Дано определение случайной последовательности, использующие явление влияния фрагментов друг на друга. А так же, описано совпадение фрагментов в независимых случайных последовательностях. Abstract: «Combinatorics long sequences» opened a «behavior» of the test pieces in random sequences, which is beginning to resemble the behavior of particles in microcosm. Fragments of the sequences have an impact on each other. Fragments as physical particles of the microcosm, «feel» when they are exploring. The definition of a random sequence using the phenomenon of fragments of influence on each other. And as described in coincidence fragments of independent random sequences.
Ключевые слова: Комбинаторика длинных последовательностей, составные события, комбинации Пенни, игра Пенни, Пенни, бинарная последовательность, эл, цуга, формула расчёта цуг, случайный бинарный объект, сложность индивидуального объекта, несжимаемые на один.
Keywords: Combinatorics long sequences, composite events, the combination Penny game Penny, Penny, a binary sequence, el, a train, a train of calculation formula, a random binary object, the complexity of the individual object, incompressible one.
Сокращения:
ф.; ф-ла - формула; Эл - элементарное бинарное случайное событие (0; 1);
П-ть - последовательность.
Введение.
В последние годы шли работы по развитию «Комбинаторики длинных бинарных последовательностей». В результате работ найдено новое определение (описание) случайной бинарной последовательности через формулу образующих её цуг. Найдена
