CC BY
21
АССОЦИАЦИЯ ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ПОЛИМОРФИЗМОВ RS62116755 ГЕНА GACAT3, RS12170546 ГЕНА PARVB, RS16994849 ГЕНА PLCB1, RS78143315 ГЕНА PDCD6IP С ВНЕЗАПНОЙ СЕРДЕЧНОЙ СМЕРТЬЮ
1 12 12 2 3 2 3 1
Иванова А. А. , Максимов В. Н. ' , Малютина С. К. ' , Новоселов В. П. ' , Савченко С. В. ' , Воевода М. И.
Цель. Проверка ассоциации с внезапной сердечной смертью (ВСС) однонук-леотидных полиморфизмов rs62116755 гена GACAT3, rs12170546 гена PARVB, rs16994849 гена PLCB1, rs78143315 гена PDCD6iP, которые были выявлены в собственном полногеномном ассоциативном исследовании как молеку-лярно-генетические маркеры ВСС.
Материал и методы. Группа ВСС (n=388, средний возраст 52,9±9,2 лет, мужчины — 77,2%, женщины — 22,8%) сформирована с использованием критериев ВСС Всемирной Организации Здравоохранения и Европейского общества кардиологов. Группа контроля (n=387, средний возраст 52,4±8,8 лет, мужчины — 62,3%, женщины — 37,7%) подобрана по полу и возрасту из банка ДНК международных исследований MONICA, HAPIEE. ДНК выделена методом фенол-хлороформной экстракции. Генотипирование выполнено методом полимеразной цепной реакции с последующим анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов.
Результаты. Не выявлено ассоциации с ВСС однонуклеотидных полиморфизмов rs62116755 гена GACAT3, rs78143315 гена PDCD6iP. В группе ВСС доля носителей генотипа ТТ полиморфизма rs12170546 гена PARVB статистически значимо больше, а генотипа ТС значимо меньше, чем в контрольной группе (ОШ =1,66, 95% ДИ 1,25-2,21, p=0,001; ОШ =0,67, 95% ДИ 0,50-0,90, p=0,009, соответственно). В группе младше 50 лет частота носителей генотипа GG полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 статистически значимо больше, а генотипа АА меньше по сравнению с контрольной группой (ОШ =4,92, 95% ДИ 1,01-23,20, p=0,032; ОШ =0,54, 95% ДИ 0,31-0,93, p=0,029, соответственно). В группе мужчин старше 50 лет доля носителей генотипа GG полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 значимо меньше, чем в контрольной группе (ОШ =0,11, 95% ДИ 0,01-0,91, p=0,024).
Заключение. Однонуклеотидные полиморфизмы rs62116755 гена GACAT3, rs78143315 гена PDCD6iP не связаны с ВСС. Генотип ТТ полиморфизма rs12170546 гена PARVB является генотипом риска ВСС, а генотип ТС обладает протективным эффектом в ее отношении. Генотип GG полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 является генотипом риска ВСС для лиц младше 50 лет и обладает протективным эффектом в группе старше 50 лет. Генотип АА полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 обладает протективным эффектом в отношении ВСС для лиц младше 50 лет.
Российский кардиологический журнал 2017, 10 (150): 23-28
http://dx.doi.org/10.15829/1560-4071-2017-10-23-28
Ключевые слова: внезапная сердечная смерть, GWAS, GACAT3, PARVB, PLCB1, PDCD6IP.
'Научно-исследовательский институт терапии и профилактической медицины — филиал ФГБНУ Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск; 2ГБОУ ВПО Новосибирский государственный медицинский университет Минздрава России, Новосибирск; Новосибирское областное клиническое бюро судебно-медицинской экспертизы, Новосибирск, Россия.
Иванова А. А.* — к.м.н., м.н.с. лаборатории молекулярно-генетических исследований терапевтических заболеваний, Максимов В. Н. — д.м.н., доцент, зав. лабораторией молекулярно-генетических исследований терапевтических заболеваний, профессор кафедры медицинской генетики и биологии медико-профилактического факультета, Малютина С. К. — д.м.н., профессор, профессор кафедры терапии, гематологии и трансфузиологии факультета повышения квалификации и профессиональной переподготовки врачей, зав. лабораторией этиопатогенеза и клиники внутренних заболеваний, Новоселов В. П. — д.м.н., профессор, начальник, Савченко С. В. — д.м.н., профессор, профессор кафедры судебной медицины лечебного факультета, Воевода М. И. — д.м.н., профессор, академик РАН, директор.
*Автор, ответственный за переписку (Corresponding author): [email protected]
HAPIEE — Health, Alcohol and Psychosocial factors In Eastern Europe, MONICA — Multinational MONItoring of trends and determinants in CArdiovascular disease, ВСС — внезапная сердечная смерть, ЛПВП — липопротеины высокой плотности, ЛПНП — липопротеины низкой плотности, ОНП — однонуклеотидный полиморфизм.
Рукопись получена 12.05.2017 Рецензия получена 04.06.2017 Принята к публикации 13.06.2017
ASSOCIATION OF THE MONONUCLEOTIDE POLYMORPHISMS RS62116755 OF GENE GACAT3, RS12170546 OF GENE PARVB, RS16994849 OF GENE PLCB1, RS78143315 OF GENE PDCD6IP WITH SUDDEN CARDIAC DEATH
1 12 12 2 3 2 3 1
Ivanova A. A. , Maksimov V. N. ' , Malyutina S. K. ' , Novoselov V. P. ' , Savchenko S. V. ' , Voevoda M. I.
Aim. To check the association of sudden cardiac death (SCD) with mononucleotide polymorphisms rs62116755 gene GACAT3, rs12170546 gene PARVB, rs16994849 gene PLCB1, rs78143315 gene PDCD6iP, that were set as genetic markers of SCD in previous full-genome associative original study.
Material and methods. Group of SCD (n=388, mean age 52,9±9,2 y.o., males — 77,2%, females — 22,8%) was formed by the SCD criteria of World Health Organization and European Society of Cardiology. Controls matched by sex and age (n=387, mean age 52,4±8,8 y.o., males — 62,3%, females — 37,7%) from the DNA banks of international studies MONICA, HAPIEE. Separation of DNA was done with the phenol-chlorophorm extraction. Genotyping was done by polymerase chain reaction with further polymorphism analysis of the lengths of restrictional fragments. Results. There was no association with SCD of the mononucleotide polymorphisms rs62116755 gene GACAT3, rs78143315 gene PDCD6iP. In SCD group the number
of TT carriers rs12170546 gene PARVB was significantly lower than in controls (OR =1,66, 95% CI 1,25-2,21, p=0,001; OR =0,67, 95% CI 0,50-0,90, p=0,009, respectively). In the group younger than 50 y.o. the number of GG carriers rs16994849 gene PLCB1 was significantly higher, and of genotype AA — lower, comparing to the controls (OR =4,92, 95% CI 1,01-23,20, p=0,032; OR =0,54, 95% CI 0,31-0,93, p=0,029, respectively). In males older than 50 the part of GG carriers rs16994849 gene PLCB1 was significantly lower than in control group (OR =0,11, 95% CI 0,01-0,91, p=0,024).
Conclusion. Mononucleotide polymorphisms rs62116755 gene GACAT3, rs78143315 gene PDCD6IP were not related to SCD. Genotype TT of polymorphism rs12170546 gene PARVB is a genotype of risk of SCD, and genotype TC is protective. Genotype GG of polymorphism rs16994849 gene PLCB1 is the genotype of risk for SCD for those younger than 50 y.o. and is protective in those older than
50. Genotype AA of polymorphism rs16994849 gene PLCB1 is protective against sCD in those younger 50 y.o.
Russ J Cardiol 2017, 10 (150): 23-28
http://dx.doi.org/10.15829/1560-4071-2017-10-23-28
1sRI of Therapy and Prevention Medicine — branch of FsbsI Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics of sD RAs, Novosibirsk; Novosibirsk state Medical University, Novosibirsk; Novosibirsk Oblast Clinical Bureau of Forensic Expertise, Novosibirsk, Russia.
Key words: sudden cardiac death, GWAs, GACAT3, PARVB, PLCB1, PDCD6ÍP.
В ходе проведения собственного полногеномного ассоциативного исследования внезапной сердечной смерти (ВСС) был получен список возможных новых молекулярно-генетических маркеров ВСС. Исследование проведено в центре "Биоинженерия" РАН на платформе Illumina Omni1S-8v1H12, содержащей 1,2 млн маркеров. Для анализа на чипе использовали хранимую ДНК группы ВСС (200 мужчин) и контрольной группы (200 мужчин, участников проекта HAPIEE). Исследование проводилось в двух репликах. После попарного сравнения выборок по частотам полиморфизмов получен список возможных новых молекулярно-генетических маркеров ВСС [1]. Выявленные новыми высокотехнологичными методами молекулярно-генетические маркеры требуют обязательной проверки в исследованиях дизайна "случай-контроль" для исключения ложноположи-тельных результатов. Таким образом, целью данного исследования является проверка ассоциации с ВСС некоторых однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП), выявленных в качестве молекулярно-генети-ческих маркеров ВСС в собственном полногеномном ассоциативном исследовании.
Материал и методы
Дизайн исследования — "случай-контроль".
Группа ВСС (n=388, средний возраст 52,9±9,2 лет, мужчины — 77,2%, женщины — 22,8%) сформирована с использованием критериев Всемирной Организации Здравоохранения и Европейского общества кардиологов. Согласно критериям, ВСС определяется как ненасильственная, неожиданная смерть, наступившая вследствие сердечной патологии, характеризующаяся развитием летального исхода в течение одного часа с момента возникновения острых симптомов. При отсутствии свидетелей смерти необходимо, чтобы состояние здоровья умершего оценивалось окружающими как стабильное и не вызывающее опасений в срок до 24 часов с установленного времени смерти [1]. В группу ВСС включены лица, умершие вне лечебно-профилактических учреждений на территории Октябрьского района г. Новосибирска, после проведения судебно-медицинского исследования причиной смерти которых была признана сердечная патология. Основные патологоана-томические диагнозы лиц, включенных в группу ВСС: острая коронарная недостаточность и острая недостаточность кровообращения, которые удовлет-
воряют критериям ВСС Всемирной Организации Здравоохранения и Европейского общества кардиологов [2]. Из группы исключены лица, находившиеся в состоянии алкогольного и наркотического опьянения, которое могло спровоцировать развитие летального исхода. Также исключены лица с патологоанато-мическими диагнозами гипертрофическая кардиоми-опатия, острый инфаркт миокарда. В ходе проведения аутопсии у умерших забиралась ткань миокарда массой 5-10 г, которая хранилась в дальнейшем при температуре -20° С до этапа выделения ДНК.
Группа контроля (n=387, средний возраст 52,4±8,8 лет, мужчины — 62,3%, женщины — 37,7%) подобрана по полу и возрасту из банка ДНК международных исследований Multinational MONItoring of trends and determinants in CArdiovascular disease (MONICA) и Health, Alcohol and Psychosocial factors In Eastern Europe (HAPIEE). В ходе проведения исследований у участников была забрана венозная кровь в пробирки с ЭДТА, которая хранилась в дальнейшем при температуре -20° С до этапа выделения ДНК.
Выделение ДНК выполнено методом фенол-хлороформной экстракции из ткани миокарда и венозной крови [3].
Выбор ОНП из списка возможных новых молеку-лярно-генетических маркеров ВСС осуществлялся, учитывая локализацию, функциональную характеристику ОНП, частоту редкого аллеля в популяции, литературные данные по связи других ОНП гена, в котором локализован исследуемый ОНП, с ВСС, сердечно-сосудистой патологией или другой патологией, которая играет роль в патогенезе ВСС. Таким образом, выбраны четыре полиморфизма: rs62116755 гена GACAT3, rs12170546 гена PARVB, rs16994849 гена PLCB1, rs78143315 гена PDCD6IP.
Генотипирование по выбранным ОНП выполнено методом полимеразной цепной реакции с последующим анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов. Детекцию продуктов амплификации и рестрикции осуществляли методом электрофореза в 5% полиакриламидном геле с последующим окрашиванием бромистым этидием (EtBr).
Для генотипирования по rs62116755 гена GACAT3 использовали праймеры: 5'-GGAGTGACACTGGAACATCAGT -3'(F) и 5'-CAGGAAAAGTTGCTGAGTTGTACTA -3'(R). Смесь для ПЦР объемом 25 мкл включала: Трис-HCI (pH 9,0)
75 мМ, (NH)SO, 20мМ, Tween-20 0,01%, 2,5 мМ
' v 4 2 4 ' ill
MgQ2, по 0,3 мМ каждого праймера, 0,2 мМ смеси dNTP, 2 мкг ДНК, 1 единицу активности Тaq-ДНК-полимеразы ("СибЭнзим", Новосибирск). Амплификацию проводили в следующем температурном режиме: 33 цикла, включающих денатурацию 95° С 30 сек, отжиг праймеров 56° С 30 сек и элонгацию 72° С 30 сек. Рестрикцию проводили с 10 единицами активности рестриктазы НаеШ ("СибЭнзим", Новосибирск). Размер продукта амплификации 167 п.н. После проведения рестрикции при генотипе ТТ определялся продукт 167 п.н., при СС генотипе — продукты 89 п.н. и 78 п.н., при гетерозиготном генотипе СТ все перечисленные продукты: 167 п.н., 89 п.н., 78 п.н.
Для генотипирования по ге12170546 гена PARVB использовали праймеры: 5'-GGTGCCTGGCAAACAGA -3'^) и 5'-TTCCACTTCCCAGGAGAC -3'^). Смесь для ПЦР объемом 25 мкл включала: Трис-НС1 (рН 9,0) 75 мМ, ^Н4)^04 20мМ, Тween-20 0,01%, 2,5 мМ Mga2, по 0,4 мМ каждого праймера, 0,2 мМ смеси dNTP, 2 мкг ДНК, 1 единицу активности Таq-ДНК-полиме-разы ("СибЭнзим", Новосибирск). Амплификацию проводили в следующем температурном режиме: 33 цикла, включающих денатурацию 95° С 30 сек, отжиг праймеров 58° С 30 сек и элонгацию 72° С 30 сек. Рестрикцию проводили с 10 единицами активности рестриктазы ВатН I ("СибЭнзим", Новосибирск). Размер продукта амплификации 115 п.н. После проведения рестрикции при генотипе ^ определялся продукт 115 п.н., при СС генотипе — продукты 79 п.н. и 36 п.н., при гетерозиготном генотипе ТС все перечисленные продукты: 115 п.н., 79 п.н., 36 п.н.
Для генотипирования по ге16994849 гена PLCB1, использовали праймеры: 5'-ACTGATAATTTTAGTGAATAAAGTGTCG -3'(Б) и 5'-AAGAAAAAGATCAGAGTTATCCTAAAA -3'^). Смесь для ПЦР объемом 25 мкл включала: Трис-НС1 (рН 9,0) 75 мМ, ^Н4)^04 20мМ, Тween-20 0,01%, 3,0 мМ MgQ2, по 0,8 мМ каждого праймера, 0,2 мМ смеси dNTP, 2 мкг ДНК, 1 единицу активности Тaq-ДНК-полимеразы ("СибЭнзим", Новосибирск). Амплификацию проводили в следующем температурном режиме: 33 цикла, включающих денатурацию 95° С 30 сек, отжиг праймеров 58° С 30 сек и элонгацию 72° С 30 сек. Рестрикцию проводили с 10 единицами активности рестриктазы TaqI ("СибЭнзим", Новосибирск). Размер продукта амплификации 189 п.н. После проведения рестрикции при генотипе GG определялся продукт 189 п.н., при AA генотипе — продукты 162 п.н. и 27 п.н., при гетерозиготном генотипе AG все перечисленные продукты: 189 п.н., 162 п.н., 27 п.н.
Для генотипирования по ге78143315 гена PDCD6IP использовали праймеры: 5'- CCTGGGGAATGGAGG TTGGGGATCTTAACAATCATG -3'^) и 5'-TGAGCCCCAATTAACTCCACAGAAGCG -3'^).
Смесь для ПЦР объемом 25 мкл включала: 10 мкл 2,5-кратной смеси для ПЦР-РВ №М-428 (ЗАО "Син-тол"), 3,5 мМ MgCl2, по 0,6 мМ каждого праймера. Амплификацию проводили в следующем температурном режиме: 33 цикла, включающих денатурацию 95° С 30 сек, отжиг праймеров 60° С 30 сек и элонгацию 72° С 30 сек. Рестрикцию проводили с 10 единицами активности рестриктазы Asplel ("СибЭнзим", Новосибирск). Размер продукта амплификации 216 п.н. После проведения рестрикции при генотипе AA определялся продукт 216 п.н., при GG генотипе — продукты 192 п.н. и 24 п.н., при гетерозиготном генотипе GA все перечисленные продукты: 216 п.н., 192 п.н., 24 п.н.
Полученные результаты статистически обработаны с помощью пакета программ SPSS 16.0, определены частоты генотипов и аллелей, изучаемых ОНП в группе ВСС и в контрольной группе, в контрольной группе с использованием критерия хи-квадрат оценено соответствие частот генотипов равновесию Харди-Вайнберга. Сравнение групп по частотам генотипов и аллелей выполнено с помощью таблиц сопряжённости с использованием критерия хи-ква-драт по Пирсону. В случае четырёхпольных таблиц применен точный двусторонний критерий Фишера с поправкой Йетса на непрерывность. Относительный риск ВСС по конкретному аллелю или генотипу вычислен как отношение шансов (ОШ) с использованием точного двухстороннего критерия Фишера и критерия хи-квадрат по Пирсону. В качестве уровня значимости использовали p<0,05.
С целью более полного понимания причастности ОНП к развитию ВСС в контрольной группе на предмет ассоциации с выбранными ОНП рассмотрены антропометрические (систолическое, диастоличе-ское, пульсовое артериальное давление, частота сердечных сокращений, индекс массы тела, окружность талии), биохимические параметры (концентрация липопротеинов низкой (ЛПНП) и высокой плотности (ЛПВП), триглицеридов, общего холестерина, глюкозы), а в группе ВСС — данные морфологического исследования (масса сердца, толщина межжелудочковой перегородки, левого и правого желудочка). Нормальность распределения параметров исследована с использованием теста Колмогорова-Смирнова. При нормальном распределении дальнейшие расчеты проведены с использованием теста ANOVA, при отклонении от нормального распределения использован тест Крускалла-Уоллиса. В качестве уровня значимости также использовали p<0,05.
Результаты
В контрольной группе наблюдаемые частоты генотипов ОНП rs62116755 гена GACAT3, rs12170546 гена PARVB, rs16994849 гена PLCB1, rs78143315 гена PDCD6IP соответствуют ожидаемым частотам
Таблица 1
Частоты генотипов и аллелей полиморфизмов ге62116755 гена вАОАТЗ, ге78143315 гена РйОй61Р в группе ВСС и контрольной группе
ОНП ^62116755 гена GACAT3 ге78143315 гена PDCD6iP
Генотип/аллель Группа ВСС Контрольная группа Генотип/аллель Группа ВСС Контрольная группа
п % п % п % п %
ТТ 18 4,6 14 3,8 АА 1 0,3 1 0,3
СТ 109 28,2 103 27,7 ОА 38 9,8 32 8,4
СС 260 67,2 255 68,5 ОО 349 89,9 347 91,3
Достоверность различий (р) 0,81 Достоверность различий (р) 0,80
Аллель Т 0,19 0,18 Аллель А 0,05 0,04
Аллель С
0,81
0,82
Аллель О
0,95
0,96
Таблица 2
Частоты генотипов и аллелей полиморфизма ге12170546 гена PARVB в группе ВСС и контрольной группе
Генотип/аллель
Группа ВСС п %
Контрольная группа п %
Таблица 3
Частоты генотипов и аллелей полиморфизма ге12170546 гена PARVB в группе мужчин
Генотип/аллель
Группа ВСС п %
Контрольная группа п %
ТТ* 239 62,1 192 49,6
ТС* 123 31,9 159 41,1
СС Достоверность различий (р) 23 0,002 6,0 36 9,3
Аллель Т 0,78 0,7
ТТ* 181 65,6 119 49,4
ТС* 80 29,0 99 41,1
СС Достоверность различий (р) 15 0,001 5,4 23 9,5
Аллель Т 0,8 0,7
Аллель С 0,22 0,3 Аллель С 0,2 0,3
Примечание: * — указывает на статистически значимые различия. Примечание: * — указывает на статистически значимые различия.
Таблица 4 Таблица 5
Частоты генотипов и аллелей полиморфизма Частоты генотипов и аллелей полиморфизма
^16994849 гена PLОB1 в группе младше 50 лет ^16994849 гена PLОB1 в группе мужчин старше 50 лет
Генотип/аллель Группа ВСС Контрольная группа Генотип/аллель Группа ВСС Контрольная группа
п % п % п % п %
ОО* 9 6,6 2 1,4
АО 35 25,7 27 19,1
АА* Достоверность различий (р) 92 0,025 67,6 112 79,5
Аллель О 0,19 0,11
ОО* 1 0,6 7 5,3
АО 50 30,5 40 30,1
АА 113 68,9 86 64,7
Достоверность различий(р) 0,047
Аллель О 0,16 0,2
Аллель А 0,81 0,89
Примечание: * — указывает на статистически значимые различия.
2
согласно равновесию Харди-Вайнберга (% =0,78; 0,14; 1,54; 0,08, соответственно).
По частотам генотипов и аллелей полиморфизмов ^62116755 гена ОАСАТ3, ^78143315 гена PDCD6IP не выявлено статистически значимых различий между группами (табл. 1).
В группе ВСС доля носителей генотипа ТТ полиморфизма ге12170546 гена РАКУВ статистически значимо больше, а генотипа ТС значимо меньше, чем в контрольной группе (ОШ =1,66, 95% ДИ 1,25-2,21, р=0,001; ОШ =0,67, 95% ДИ 0,50-0,90, р=0,009, соответственно) (табл. 2). При разделении групп по полу и возрасту данные различия сохраняются только в группе мужчин (табл. 3). В группе мужчин для генотипа ТТ отношение шансов составляет 1,95 (95% ДИ
Аллель А 0,84 0,8
Примечание: * — указывает на статистически значимые различия.
1,37-2,78, р=0,0002), а для генотипа ТС - 0,59 (95% ДИ 0,41-0,84, р=0,004).
В возрастной категории до 50 лет в группе ВСС частота носителей генотипа GG полиморфизма ге16994849 гена Р1СВ1 статистически значимо выше, а генотипа АА ниже по сравнению с контрольной группой (ОШ =4,92, 95% ДИ 1,01-23,20, р=0,032; ОШ =0,54, 95% ДИ 0,31-0,93, р=0,029, соответственно) (табл. 4). В группе мужчин старше 50 лет, умерших ВСС, доля носителей генотипа GG полиморфизма ге16994849 гена Р1СВ1 значимо меньше, чем в контрольной группе соответствующего пола и возраста (ОШ =0,11, 95% ДИ 0,01-0,91, р=0,024) (табл. 5).
В контрольной группе выявлена ассоциация генотипов полиморфизма ге62116755 гена GACAT3 с кон-
Таблица 6
Концентрация липопротеинов высокой плотности в зависимости от генотипа полиморфизма ге62116755 гена GACAT3 в контрольной группе
Генотип Концентрация липопротеинов Достоверность
высокой плотности различий (р)
Me (Q25-Q75), мг/дл
ТТ 62,0 (53,0-69,5) 0,005
CT 60,0 (52,0-72,25)
CC 54,0 (46,25-66,0)
Примечание: Me — медиана, Q25 — 25-й процентиль, Q75 — 75-й процентиль.
центрацией ЛПВП (р=0,005) (табл. 6). У носителей генотипа CC уровень ЛПВП значимо меньше, чем у носителей генотипов ТТ и ТС (р=0,001) (табл. 7). Также в контрольной группе выявлена ассоциация генотипов полиморфизма rs78143315 гена PDCD6IP с концентрацией ЛПНП (р=0,036). У носителей генотипа GA концентрация ЛПНП ниже (101,57±35,33 мг/ дл), чем у носителей генотипов AA и GG (121,61±42,83 мг/дл) (p=0,019). Кроме того, в группе ВСС у носителей генотипа GA толщина левого желудочка значимо больше, чем у носителей генотипов GG и АА (р=0,005) (табл. 8).
Обсуждение
Однонуклеотидные полиморфизмы rs62116755 гена GACAT3, rs12170546 гена PARVB, rs16994849 гена PLCB1, rs78143315 гена PDCD6IP, согласно данным литературы, ранее не были включены ни в одно исследование.
Однонуклеотидный полиморфизм rs62116755 (g.16071334C>T) локализован в интроне гена GACAT3. Частота редкого аллеля Т в европейской популяции составляет около 12%. Ген GACAT3 (gastric cancer associated transcript 3, 2p24.3) не является протеинко-дирующим геном, его продуктом является транскрипт, ассоциированный с раком желудка [4]. Длинные некодирующие РНК играют важную роль в возникновении и развитии онкологических заболеваний. Длина таких транскриптов составляет более 200 нук-леотидов, они регулируют экспрессию генов на разных уровнях [5]. Показана связь транскрипта, кодируемого геном GACAT3, с размером опухоли, метаста-зированием и стадией по классификации TNM у пациентов с раком желудка. Однако роль GACAT3 в патогенезе данной нозологии пока остается не известной [6]. Согласно полученным нами результатам, полиморфизм rs62116755 гена GACAT3 не ассоциирован с ВСС. Однако выявлена связь полиморфизма с концентрацией ЛПВП. Носители генотипа CC имеют уровень ЛПВП значимо меньший, чем носители генотипов ТТ и ТС. Таким образом, возможно, полиморфизм rs62116755 гена GACAT3 имеет отношение к нарушениям липидного обмена, но дан-
Таблица 7
Концентрация липопротеинов высокой плотности в зависимости от генотипа полиморфизма ге62116755 гена GACAT3 в контрольной группе при использовании доминантной модели
Генотип Концентрация липопротеинов Достоверность различий
высокой плотности (р)
Me (Q25-Q75), мг/дл
TT+CT 60,0 (52,25-72,0) 0,001
CC 54,0 (46,25-66,0)
Примечание: Me — медиана, Q25 — 25-й процентиль, Q75 — 75-й процентиль.
Таблица 8
Толщина левого желудочка в зависимости от генотипа полиморфизма ге78143315 гена PDCD6IP в группе ВСС
Генотип Толщина левого желудочка Me (Q25-Q75), см Достоверность различий (р)
GG+AA 1,5 (1,4-1,7) 0,005
GA 1,75 (1,6-1,98)
Примечание: Me — медиана, Q25 — 25-й процентиль, Q75 — 75-й процентиль.
ное предположение требует дополнительного исследования в фокусной группе.
Однонуклеотидный полиморфизм rs12170546 локализован в интроне гена PARVB (c.112+2002T>C), частота редкого аллеля С в популяции составляет около 35%. Ген PARVB (parvin beta, 22q13.31) кодирует Р-парвин, который является частью актинсвязываю-щих протеинов, которые играют роль в организации цитоскелета и клеточной адгезии [7]. Белок PARVB состоит из 364 аминокислот. Альтернативный сплайсинг гена PARVB приводит к синтезу двух протеинов, состоящих из 350 и 313 аминокислот [8]. В отличие от а-парвина и у-парвина, p-парвин экспрессируется преимущественно в сердце и скелетной мускулатуре [9]. В селезенке и тромбоцитах экспрессируются в основном короткие формы р-парвина [8]. Изменения в гене играют роль в развитии рестеноза после проведения чрескожного коронарного вмешательства. Показана ассоциация с рестенозом для ряда полиморфизмов гена PARVB, наиболее статистически значимая ассоциация выявлена для полиморфизма rs139107 (p<0,001). Экстраклеточное ремоделирова-ние, миграция и пролиферация гладкомышечных клеток сосудов считаются ключевыми процессами в развитии рестеноза. А p-парвин является модулятором клеточной выживаемости и играет важную роль в ангиогенезе [9]. Белок PARVB также имеет отношение к опухолевой супрессии [7]. Полученные нами результаты позволяют сделать вывод, что генотип ТТ полиморфизма rs12170546 гена PARVB является генотипом риска ВСС, а генотип ТС обладает протектив-ным эффектом в ее отношении. При этом при разделении групп по полу и возрасту различия сохраня-
ются в группе мужчин, что говорит о наибольшем развитии эффекта генотипов полиморфизма в отношении ВСС именно в группе мужчин.
Однонуклеотидный полиморфизм rs16994849 локализован в интроне гена PLCB1 (c.247-118080A>G), частота редкого аллеля G в европейской популяции составляет около 14%. Ген PLCB1 (phospholipase C beta 1, 20p12.3) кодирует одну из четырех изоформ фермента фосфолипазы бета, которая катализирует образование инозитол 1,4,5-трифосфата и диацил-глицерола из фосфатидилинозитол 4,5-бифосфата. Эта реакция играет важную роль во внутриклеточной передаче многих внеклеточных сигналов [10]. Гиперэкспрессия гена вызывает развитие гипертрофии кардиомиоцитов. В ряде крупных исследований показана связь вариантов гена PLCB1 с уровнем апо-липопротеина В, холестерина, ЛПВП крови, индексом массы тела и инсультом. Варианты в гене PLCB1 связывают с предрасположенностью к образованию аневризм коронарных артерий у пациентов с синдромом Кавасаки [11]. Согласно результатам нашего исследования, генотип GG полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 является генотипом риска, а генотип АА обладает протективным эффектом в отношении ВСС для лиц младше 50 лет. В группе старше 50 лет генотип GG полиморфизма связан с протективным эффектом в отношении ВСС. Таким образом, полученные нами данные об ассоциации генотипа GG полиморфизма с ВСС являются довольно противоречивыми, что может быть связано с недостаточно большими по численности возрастными группами. Чтобы сделать однозначные выводы об ассоциации полиморфизма rs16994849 гена PLCB1 с ВСС, необходимо провести дополнительное исследование с увеличением численности групп.
Однонуклеотидный полиморфизм rs78143315 локализован в интроне гена PDCD6IP (c.209+3156G>A). Частота редкого аллеля А в европейской популяции составляет около 4%. Ген PDCD6IP (programmed cell death 6 interacting protein, 3p22.3) кодирует протеин,
Литература
1. Babenko VN, Maximov VN, Kulakova EV, et al. Genome analysis of pull DNA In human cohort. Vavilovsky zhurnal genetiki I selektsii, 2014; 18 (4-2): 847-55. (In Russ.) Бабенко В. Н., Максимов В. Н., Кулакова Е.В. и др. Полногеномный анализ пулиро-ванных выборок ДНК когорт человека. Вавиловский журнал генетики и селекции, 2014; 18 (4-2): 847-55.
2. Priori SG, Aliot E, Bl0mstrom-Lundqvist C, et al. The Task Force for the Management of Patients with Ventricular Arrhythmias and the Prevention of Sudden Cardiac Death of the European Society of Cardiology (ESC). Europace 2015; 17 (11): 1601-87.
3. Sambrook J, Russell DW. Purification of nucleic acids by extraction with phenol: chloroform. CSH Protoc. 2006; 2006 (1).
4. GACAT3 gastric cancer associated transcript 3 (non-protein coding) [Homo sapiens (human)]. Database Gene. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/104797537 (20 April 2017)
5. Sun W, Yang Y Xu C, et al. Roles of long noncoding RNAs in gastric cancer and their clinical applications. J Cancer Res Clin Oncol. 2016; 142 (11): 2231-7.
6. Shen W, Yuan Y Zhao M, et al. Novel long non-coding RNA GACAT3 promotes gastric cancer cell proliferation through the IL-6/STAT3 signaling pathway. Tumour Biol. 2016; 37 (11): 14895-902.
который играет роль в цитокинезе, формировании внутриполостных эндосом. Гиперэкспрессия гена может блокировать апоптоз [12]. Ген PDCD6IP относят к генам онкологической предрасположенности [13]. По результатам проведенного исследования не выявлено ассоциации с ВСС полиморфизма ге78143315 гена PDCD6IP. Однако показана ассоциация полиморфизма с концентрацией ЛПНП в группе контроля и толщиной левого желудочка в группе ВСС, что может говорить о связи ОНП с липидным обменом и гипертрофией миокарда, но полученные результаты требуют обязательной проверки в целевых группах по данным нарушениям.
Заключение
Генотип ТТ полиморфизма ге12170546 гена РАКУВ является генотипом риска ВСС, а генотип ТС обладает протективным эффектом в ее отношении, с большим развитием эффекта в группе мужчин. Генотип GG полиморфизма ге16994849 гена Р1СВ1 является генотипом риска ВСС для лиц младше 50 лет и обладает протективным эффектом в группе старше 50 лет. В связи с неоднозначностью полученных результатов требуется дополнительное исследование на больших по размеру группах. Генотип АА полиморфизма ге16994849 гена Р1СВ1 обладает про-тективным эффектом в отношении ВСС для лиц младше 50 лет.
Не выявлено ассоциации с ВСС однонуклеотид-ных полиморфизмов ге78143315 гена PDCD6IP и ге62116755 гена GACAT3. Показана ассоциация полиморфизма ге78143315 гена PDCD6IP с уровнем ЛПНП и толщиной левого желудочка, а полиморфизма ге62116755 гена GACAT3 с уровнем ЛПВП.
Благодарности. Исследование выполнено при поддержке стипендии Правительства Новосибирской области. Кроме того, работа частично поддержана бюджетными проектами № 0324-2016-0002 и № 0120.0502961.
7. PARVB parvin beta [Homo sapiens (human)]. Database Gene. Режим доступа: https:// www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/29780 (20 April 2017)
8. Sepulveda JL, Wu C. The parvins. Cell Mol Life Sci. 2006; 63 (1): 25-35.
9. Verschuren JJ, Trompet S, Sampietro ML, et al. Pathway analysis using genome-wide association study data for coronary restenosis — a potential role for the PARVB gene. PLoS One. 2013; 8 (8): e70676.
10. PLCB1 phospholipase C beta 1 [Homo sapiens (human)]. Database Gene. https://www. ncbi.nlm.nih.gov/gene/23236 (20 April 2017)
11. Lin YJ, Chang JS, Liu X, et al. Genetic variants in PLCB4/PLCB1 as susceptibility loci for coronary artery aneurysm formation in Kawasaki disease in Han Chinese in Taiwan. Sci Rep. 2015; 5: 14762.
12. PDCD6IP programmed cell death 6 interacting protein [Homo sapiens (human)]. Database Gene. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10015 (20 April 2017)
13. Yu Q, Zhou C, Wang J, et al. A functional insertion/deletion polymorphism in the promoter of PDCD6IP is associated with the susceptibility of hepatocellular carcinoma in a Chinese population. DNA Cell Biol. 2013; 32 (8): 451-7.
