CC BY
72
УДК 578.28
У.В. Потапова Е.В. Романова В.В. Потапов Н.В. Кулакова Г.Н. Леонова 2,
С.И. Феранчук 3, С.И. Беликов 1
АНАЛИЗ МУТАЦИЙ И МОЛЕКУЛЯРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ КОМПЛЕКСА СЕРИНОВОЙ ПРОТЕАЗЫ NS2B-NS3 ВИРУСА КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА
1 Учреждение Российской Академии наук Лимнологический институт СО РАН (Иркутск)
2 Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии СО РАМН (Владивосток)
3 Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси (Минск)
В статье рассматривается влияние точечных мутаций в белке NS3 на пространственную структуру сериновой протеазы вируса клещевого энцефалита. Модели сериновой протеазы, построены, для. двух штаммов вируса с различной патогенностью. Две мутации, вызывают, конформационные изменения белкового комплекса, которые приводят, к пространственному разобщению гидрофильного мотива белка N82В и. каталитического центра N83 протеазы, что может, изменять процессинг вирусного полипротеина и. влиять на патогенность вируса.
Ключевые слова: клещевой энцефалит, NS2B-NS3 протеаза
MUTATION ANALYSIS AND MOLECULAR MODELING OF NS2B-NS3 PROTEASE OF TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS
U.V. Potapova E.V. Romanova V.V. Potapov N.V. Kulakova G.N. Leonova 2,
S.I. Feranchuk 3, S.I. Belikov 1
1 Limnological Institute SB RAS, Irkutsk
2 Institute of Epidemiology and Microbiology SB RAMS, Vladivostok
3 United Institute of Informatics Problems of the National Academy of Sciences of Belarus, Minsk
Effect of point mutations in the NS3 protein on the 3D structure of serine protease of tick-borne encephalitis virus is discussed. 3D models of serine pro tease have been made for two strains with different pathogenicity. Two mutations cause the conformational changes of the protein complex that lead, to separation of protein NS2B hydrophilic motif and the NS3 pro tease catalytic site, which may alter the processing of viral polyprotein, and affect the pathogenicity of the virus.
Key words: tick-borne encephalitis, NS2B-NS3 protease
Клещевой энцефалит является одной из самых распространенных и опасных природно-очаговых инфекций лесной зоны России. Вирус клещевого энцефалита относится к семейству флавивирусов, включающему около 80 различных видов вирусов, многие из которых являются патогенными для человека: вирус Западного Нила, лихорадки Денге. Вирус клещевого энцефалита способен вызывать у человека острое инфекционное заболевание, характеризующееся лихорадкой, интоксикацией и поражением центральной нервной системы [3].
Известно 3 субтипа вируса: дальневосточный, европейский и сибирский. Установлено, что принадлежность к определенному субтипу не определяет клиническую форму заболевания, и все субтипы вируса клещевого энцефалита могут вызывать полный спектр клинических проявлений инфекции. При этом статистически достоверно показано, что в европейской части континента клещевой энцефалит обычно протекает в виде двухволновой лихорадки, в Сибири преобладают лихорадочные и менингиальные формы, а на Дальнем Востоке чаще, чем в других регионах отмечаются очаговые формы заболевания. Таким образом, вирус клещевого энцефалита дальневосточного субтипа вызывает наиболее тяжелые формы заболевания
с летальностью до 20 — 35 %, а наименее опасным для человека является европейский субтип вируса с единичными летальными исходами.
Для попытки детальных исследований причин различной вирулентности мы выбрали штаммы дальневосточного субтипа вируса, вызвавшие у человека заболевания различной тяжести: от субклинических до очаговых форм, приведших к летальному исходу. Штаммы вируса европейского субтипа, выделенные к настоящему времени только от умерших от энцефалита людей или клещей, не включены в анализ. К сожалению, среди них отсутствуют штаммы с документированной сниженной вирулентностью для человека, что не позволяет сделать сколько-нибудь определенные выводы.
В результате полногеномного секвенирования и сравнительного анализа транслированных последовательностей полипротеина штаммов вируса клещевого энцефалита было обнаружено 17 позиций аминокислотных остатков, по которым различались группы вирусов, изолированных от людей с инаппарантной формой заболевания и летальным исходом [4]. Наиболее значимыми группспецифич-ными заменами, ведущими к изменению физикохимических свойств аминокислот, и, следовательно, пространственной структуры вирусных белков,
является делеция в капсидном белке С (позиция 111) и мутации в неструктурном белке NS3: 1505 R K (позиция 16) и1534 S F (позиция 45). Мы предполагаем, что описанные мутации оказывают влияние на изменение конформации комплекса NS2B-NS3 протеазы, что, в свою очередь, может приводить к изменению каталитической активности белка NS3 при его взаимодействии с белком NS2B.
Комплекс NS2B-NS3 протеазы обладает свойствами трипсиноподобной сериновой протеазы, необходимой для расщепления вирусных белков из полипротеина-предшественника для ко- и посттрансляционного процессинга вирусного полипротеина в индивидуальные функциональные белки [8, 10, 16].
Изменение конформации белка можно рассчитать исходя из аминокислотной последовательности, основываясь на известной кристаллической структуре гомологичного белка с использованием метода молекулярного моделирования. Используя модель комплекса сериновой протеазы вируса Западного Нила, нами проведен анализ влияния мутаций в белке NS3 на изменение конформации белкового комплекса сериновой протеазы вируса клещевого энцефалита [14].
МЕТОДИКА
В работе использовали нуклеотидные последовательности геномов штаммов вируса клещевого энцефалита, депонированные в международную базу данных GenBank, Vasilchenko (AF069066), Svetlogorie(GU121642), Primorye-69 (EU816453), Primorye-94 (EU816454), Primorye-89 (FJ906622), Primorye-332 (AY169390), Dalnegorsk (FJ402886), Primorye-253 (EU816451), Primorye-212 (EU816450), Sofjin-HO (AB062064), Primorye-92 (HQ201303), Kavalerovo (FJ402885), Glubinnoe/2004 (DQ862460), Primorye-18 (GQ228395), Primorye-90 (FJ997899), Primorye-86 (EU816455), Primorye-270 (EU816452). Все штаммы, кроме Vasilchenko и Sofjin-HO, были изолированы и охарактеризованы в лаборатории клещевого энцефалита НИИ эпидемиологии и микробиологии СО РАМН (г. Владивосток) под руководством д.м.н. Г.Н. Леоновой. Штаммы, изолированные от людей с инаппарантной инфекцией, выделены из крови невакцинированных людей с укусом клеща в анамнезе, высокопатогенные штаммы изолированы из мозга умерших от клещевого энцефалита людей. Нуклеотидную последовательность штамма Vasilchenko использовали в качестве аутгруппы, для построения филогенетического древа.
Нуклеотидные последовательности выравнивали с помощью пакета программ BioEdit 5.0.9 (Tippmann, 2004). Филогенетический анализ проводили методом объединения ближайших соседей (Neighbor joining, эволюционная модель Tamura-Nei) с помощью программы Mega 4 (Tamura et al., 2007) и методом Байеса, используя программу MrBayes 3.1.2. (Huelsenbeck, Ronquist, 2001). Статистическую поддержку кластеризации штаммов определяли бутстреп-анализом на основе 1000 повторов.
Гомологичное моделирование пространственных структур белковых комплексов NS2B-NS3 вирусных сериновых протеаз проводили для штаммов Dalnegorsk (FJ402886) и Primorye-270 (EU816452) вируса клещевого энцефалита. Парное и множественное выравнивание аминокислотных последовательностей было выполнено с помощью алгоритма GeneBee [7, 12]. Используя методику гомологичного молекулярного моделирования, были построены пространственные структуры вирусных протеаз высокопатогенного (Dalnegorsk) и низкопатогенного (Primorye-270) штаммов вируса клещевого энцефалита. Выбор структурного шаблона для моделирования по гомологии NS2B-NS3 протеазы вируса клещевого энцефалита произведен по результатам сравнительного анализа 11 кристаллических структур родственных белков протеаз вируса Денге: 2vbc, 2fom, 2bhr, 2bmf,1bef, 1df9, 2qid и структуры протеаз вируса Западного Нила: 3e90, 2ggv, 2ijo, 2fp7. Трехмерные модели взяты из базы данных Международного банка данных пространственных структур белков (PDB). В качестве шаблона для гомологичного моделирования выбрана кристаллическая структура NS2B-NS3 протеазы вируса Западного Нила (код PDB: 3E90) (Gautier Robin, 2009). Трехмерные модели NS2B-NS3 протеазы штаммов Dalnegorsk и Primorye-270 вируса клещевого энцефалита построены программой nest из пакета программ Jackal. Структурное выравнивание молекулярных моделей белков в пространстве проведено на основе критерия минимума среднеквадратичного отклонения по алгоритму Кабша (Kabsch W., 1978). Все этапы молекулярного моделирования выполняли с использованием вебсервиса www.bri-shur.com. Визуализацию и анализ пространственных структур белков проводили с использованием программы UCSF Chimera версия 1.5.2. (Pettersen E.F., 2004).
РЕЗУЛЬТАТЫ
На основании известных белок-кодирующих нуклеотидных последовательностей геномов штаммов был проведен филогенетический анализ. Древа, построенные с помощью различных методов, имеют идентичную топологию и высокие значения бутстреп-поддержки, что свидетельствует о высокой степени достоверности полученных результатов.
На рисунке 1 представлено филогенетическое дерево исследуемых штаммов вируса клещевого энцефалита. Штаммы дальневосточного субтипа формируют три клады. Большинство штаммов, изолированных от людей с инаппарантной формой инфекции, находятся в одной кладе (кластер I) и представляют собой монофилетичную группу близкородственных вирусов. В две другие клады вошли штаммы, изолированные от умерших от клещевого энцефалита людей. Таким образом, кластер II объединяет более гетерогенную группу вирусов, вызвавших летальные случаи клещевого энцефалита у людей в различных районах Приморского края. Распределение на клады согласуется
с результатами, полученными при анализе замен аминокислотных остатков в полипротеине при сравнении штаммов изолированных от людей с инаппарантной формой инфекции и летальным исходом клещевого энцефалита [1, 2]. Исключение составляют лишь штаммы Рптогуе-86 и Рптогуе-90: по характеру аминокислотных замен и положению на филогенетическом дереве они соответствуют группе штаммов, вызвавших инаппарантную инфекцию, однако оба штамма изолированы от людей с летальным клещевым энцефалитом. Такое несоответствие можно объяснить совокупностью факторов, включая индивидуальную восприимчивость человека к вирусу клещевого энцефалита, обусловленную иммунным статусом, сопутствующие заболевания, различия в полученной дозе вируса и др. Таким образом, в результате филогенетического анализа была выявлена группа штаммов, обладающих пониженной вирулентностью для человека и вызывающих инаппарантную форму заболевания, что представляет особый интерес для изучения молекулярных основ патогенности вируса клещевого энцефалита.
Рис. 1. Филогенетическое положение штаммов вируса клещевого энцефалита дальневосточного субтипа.
Для дальнейшего анализа были использованы геномные последовательности штаммов Рптогуе-270 и Эа1педо^к. Как показано ранее, штаммы Рптогуе-270 и Эа1педо^к имеют мутации характерные группам штаммов, изолированных от людей с инаппарантной формой инфекции и летальным исходом, соответственно [1]. По результатам филогенетического анализа эти штаммы располагаются в различных кладах. На основании полученных результатов можно предположить, что филогенетическая ветвь вирусов, вызвавших инаппарантное течение заболевания, имеет специфические мутации, которые ведут к ослаблению вирулентных свойств вируса. Анализ мутаций, описанных ранее для штаммов с различной вирулентностью для человека, позволил выдвинуть гипотезу о сочетанном влиянии делеции в позиции 111 а.о. белка С и мутаций NS3 Я1505^К (16 а.о. белка ^), $1534^^ (позиция 45 а.о. белка N$3) на процессинг капсидного белка С [1, 4]. Оценка возможных конформационных изменений в комплексе вирусной протеазы NS2B-NS3 под воздействием обнаруженных мутаций в белке N$3 проведена на основе пространственных моделей.
Белок N$3 является полифункциональным белком, проявляющим геликазную и протеазную активность. С-концевой фрагмент NS2B и про-теазный домен N$3 образуют белковый комплекс Ж2В^$3 протеазы [10]. Комплекс NS2B-NS3 спо-собнен расщеплять белки после последовательности двух положительно заряженных аминокислот [16]. NS2B-NS3 протеаза расщепляет неструктурные белки в области ^2А/^2В, Ж2В/^3, N$3/ Ж4А, и NS4B/NS5 и внутренний сайт в капсидном белке С [8]. Белок NS2B является гидрофобным, но содержит консервативный гидрофильный домен. Этот домен необходим для повышения селективности протеазного домена белка N$3 [5, 11]. Мутации в NS2B-NS3 могут влиять на скорость работы протеазного комплекса и строго согласованный ход процессинга полипротеина вируса клещевого
* .. +.*..+ . * * *. ***.* ,
^2В_ТВЕУ 51/1407 УАЕЮЗ<к:УЁюНРЕЬМЫЕ6СЁУЗЬКУК0ОЗМООТНЬТЁЬЕК
Зе90 WNV 53/1425 NIЕИТАЭIБДОЕ Б ЭАЕIТСБ Б ЕКУБУКЬ ЭООЬМЫБРС
ЫБЗ Ба1 ЫБЗ Ргз.т Зе90
* * * * * * * * * * в в * * * * в в в * в**в**-|-**в*-|-****
9/1498 ССКЕКСОКРЕЕУК----В-СУУИIЁ £> РСЬЬДОСОИОУСУСУСБКСУЬНТМДОН ОТИСААЬ81
9/1497 ССКЕКСОКРЕЕУК----В-------GVYRIFSPGLLWGQRQVGVGYGFKGVLHTMWHVTRGAALSI
1/150 6 GG-VLWDTPSPKEYKKGDTTTGVYRIMTRGLL-GSYQAGAGVMVEGVFHTLWHTTKGAALMS
ЫБЗ Ба1 ЫБЗ Ргз.т Зе90 WNV
( * +. ** ,
* * +
64/1553 DDAVAGPYWADVKEDVVCYGGAWSLEEKWKG-ETVQVHAFPPGRAHEVHQCQPGELLLDTG 64/1552 DDAVAGPYWADVKEDVVCYGGAWSLEEKWKG-ETVQVHAFPPGRAHEVHQCQPGELLLDTG 61/1556 GEGRLDPYWGSVKEDRLCYGGPWKLQHKWNGQDEVQMIWEPGKNVKNVRTKPGVFKTPEG
ЫБЗ Ба1 N33 Ргз.т Зе90
(**** + * <
*******
*+****** +
. * + * .
124/1613 RRIGAVPIDLAKGTSGSPILNSQGVWGLYGNG-LKTNETYVSSIAQGEAEKSRPNLP 124/1612 RRIGAVPIDLAKGTSGSPILNSQGVWGLYGNG-LKTNETYVSSIAQGEAEKSRPNLP 122/1606 -EIGAVTLDFPTGTSGSPIVDKNGDVIGLYGNGVIMPNGSYISAIVQGK-RMDEPI—
Рис. 2. Матрица для гомологичного моделирования пространственной структуры белкового комплекса NS2B-NS3 протеазы вируса клещевого энцефалита.
энцефалита, нарушая правильное формирование вирусных частиц [9]. В данной работе мы рассмотрели влияние этих мутаций на конформацию активного центра и функциональную активность NS2B-NS3 протеазы инаппарантных и вызвавших летальные случаи штаммов вируса клещевого энцефалита.
Как установлено ранее, если белки гомологичны и идентичность последовательностей составляет 25 % и выше, они имеют похожие пространственные структуры [15]. В результате анализа последовательностей наибольшее совпадение обнаружено с протеазой вируса Западного Нила (код РDB 3е90) (рис. 2) [14]. Модели сериновых протеаз, характерные для штаммов, вызвавших инаппарантное течение и летальные случаи клещевого энцефалита, построены на основе транслированных нуклеотидных последовательностей штамма Рптогуе-270, изолированного из крови пациента с инаппарантной формой инфекции и штамма Dalnegoгsk, изолированного от человека с очаговой формой инфекции (из тканей мозга).
Белок-кодирующие аминокислотные последовательности вируса Западного Нила и вируса клещевого энцефалита имеют наибольшее сходство в участках N$3 протеазы и С-концевого фрагмента NS2B (рис. 2), что позволило нам провести эксперименты по гомологичному моделированию высокопатогенной и низкопатогенной сериновых протеаз вируса клещевого энцефалита, используя в качестве шаблона расшифрованную структуру сериновой протеазы вируса Западного Нила [14].
Для дальнейшего этапа построения пространственной модели был проведен сравнительный анализ профилей гидрофобности С-концевого участка белка NS2B вируса Западного Нила, Денге и клещевого энцефалита. Для анализа использовали 40-членный фрагмент белка NS2B, который считается достаточным для индукции протеазной активности белка N$3 флавивирусов. В результате исследования было установлено, что гидрофильные участки белка NS2B у всех трех вирусов имеют одинаковое местоположение. Гидрофобные области, соответствующие заякоренным в мембране участкам белка, также имеют общие фрагменты, несмотря на некоторую дисперсию ввиду филогенетической дистанции между тремя данными вирусами. На профиле гидрофобности белка NS2B четко выражен гидрофильный домен, внутри которого наибольшей гидрофильностью обладает аминокислотный мотив GNFHL. Эти результаты согласуются с данными о функционально значимом домене NS2B вируса Западного Нила, повышающем протеазную активность N$3 [14]. Поскольку показано, что N$3 протеаза может взаимодействовать только с гидрофильной областью белка NS2B, а гидрофильные области белка NS2B совпадают у всех трех видов вирусов, можно сделать вывод о корректности выбора описанного 40-членного участка белка NS2B для моделирования пространственных структур комплексов NS2B-NS3.
N$3 сериновая протеаза вируса Западного Нила имеет функциональную каталитическую триаду, образованную аминокислотными остатками №$51, А$р75, $ег135 [6]. Это расположение каталитической триады также характерно и для других флавивирусов, таких как вирус Денге и вирус желтой лихорадки [13]. Каталитическая триада вируса клещевого энцефалита немного смещена по сравнению с другими флавивирусами и образована аминокислотами Н1б54, А$р78, $ег 138 (рис. 2). Для оценки корректности выбора структурного шаблона для построения моделей сериновой протеазы учитывали общее сходство последовательностей и консервативность расположения трех аминокислотных остатков, образующих каталитическую триаду.
Анализ выравнивания последовательностей протеаз Западного Нила, высокопатогенного и низкопатогенного вируса клещевого энцефалита показал, что для фрагмента NS2B клещевого энцефалита идентичность составляет 25 % и сходство 57,5 %, для цепи N$3 высокопатогенной модели идентичность 45,35 % и сходство 70,35 %, для цепи N$3 низкопатогенной модели идентичность 45,35 % и сходство 70,93 % последовательностей со структурным шаблоном (рис. 2).
Ключевые мутаций в белке N$3, предположительно ответственные за тяжесть течения заболевания клещевым энцефалитом, Агд^Туя (Ш505^-К, позиция 16 в белке N$3) и $ег^^е ($1534^Т, позиция 45 в белке N$3), представлены на рисунках 2 и 3.
Мутация $ег^№е ($1534^Т, позиция 45 а.о. белка N$3) приводит к резкому изменению гидрофобных свойств аминокислоты. Гидрофобность серина равна 0,359, гидрофобность же фенилаланина значительно выше и равна 1,0, происходит замена полярной гидроксил содержащей аминокислоты высокопатогенной группы штаммов на неполярную аминокислоту у низкопатогенной группы штаммов. Не смотря на слабое изменение физико-химических свойств аминокислоты при замене Агд^Ту$ (Ш505^-К, 16 а.о. белка N$3), сочетание обеих мутаций $ег^№е и Агд^Ту$ вызывает локальный сдвиг гидрофобности протеазы, так как конформационно эти две замены находятся близко друг к другу (рис. 3). Локальное значение гидрофобности протеазы увеличивается от суммарного значения серина и аргинина равного 0,359 до суммарного значения фенилаланина и лизина равного 1,283. Такое существенное повышение гидрофобности, локализованное в одном участке белковой глобулы, влияет на общую пространственную укладку протеазы, что в свою очередь может влиять на скорость работы белкового комплеса.
Охарактеризованный локальный полюс гидрофобности протеазного домена N$3 влияет на общую конформацию белкового комплекса NS2B-NS3. Конформация комплекса NS2B и N$3 высокопатогенной протеазы вируса клещевого энцефалита отличается от конформации того же комплекса низкопатогенной протеазы вируса.
His54
Рис. 3. Конформация белкового комплекса ^213-^3 протеазы вируса клещевого энцефалита.
Конформационное отличие состоит в том, что белковые цепи NS2B и NS3 низкопатогенной модели протеазы не могут близко подойти к друг другу в месте активного центра (His 54, Ser 138) фермента (рис. 3). Значимые аминокислотные остатки GNFHL, необходимые для быстрой работы фермента, из-за конформационных сдвигов оказываются отдалены в пространстве от каталитической триады, которая осуществляет гидролиз пептидной связи субстрата. Тем самым конформационные изменения могут приводить к изменению скорости работы протеазы.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Изменение скорости работы протеазы, на первый взгляд, не должны существенно влиять на патогенность штаммов. Однако имеется еще один сайт процессинга полипротеина, осуществляющегося с помощью клеточной сигналазы. Он расположен между капсидным белком и премем-бранным белком рядом с участком нормального процессинга. Оба процесса должны быть строго согласованы по времени, поскольку дисбаланс может приводить к образованию большого количества дефектных вирусных частиц, не содержащих РНК и, следовательно, не вирулентных. Такие дефектные частицы могут усиливать обычный противовирусный ответ иммунной системы организма-хозяина, который легко справляется с небольшим количеством вирусных частиц, содержащих РНК.
Работа выполнена при поддержке Федеральной целевой программы Госконтракт № 389П, Совместного проекта фундаментальных исследований Национальной академии наук Беларуси и Сибирского отделения Российской академии наук №14, гранта Международного научнотехнического центра № 4006.
ЛИТЕРАТУРА
1. Беликов С.И. др. Анализ геномов штаммов вируса клещевого энцефалита, обладающих различной вирулентностью для человека // Тихоокеанский Медицинский журнал. — 2010. — № 3. — С. 23-26.
2. Беликов С.И. и др. Кодирующие нуклеотидные последовательности штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных из крови людей без клинических проявлений инфекции // Генетика. - 2010. - № 3. - С. 356-363.
3. Зильбер Л.А. Весенний (весенне-летний) эпидемический клещевой энцефалит // Архив биол. Наук. - 1939. - Т. 56 (2).
4. Романова Е.В. Сравнительный геномный анализ штаммов вируса клещевого энцефалита, обладающих разной вирулентностью : автореф. дис. ... канд. биол. наук. - Новосибирск, 2011. - 17 с.
5. Aleshin A.E. et al. Structural evidence for regulation and specificity of flaviviral proteases and evolution of the Flaviviridae fold // Protein Sci. -2007. - Vol. 16. - P. 795-806.
6. Brinton M.A. The molecular biology of West Nile virus: a new invader of the western hemisphere // Annu. Rev. Microbiol. - 2002. - Vol. 56. -P. 371 -402.
7. Brodsky L.I. et al. A novel method of multiple alignment of bio-polymers (MA-Tools module of Gen-eBee package) // Biosystems. - 1993. - Vol. 30. -P. 65-79.
8. Chambers T.J. et al. Evidence that the N-terminal domain of nonstructural protein NS3 from yellow fever virus is a serine protease responsible for site-specific cleavages in the viral polyprotein // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1990. - Vol. 87 (22). - P. 8898-8902.
9. Garoff H., Hewson R., Opstelten D.J., Virus maturation by budding // Microbiol Mol Biol. - Rev. 1998. - Vol. 62 (4). - P. 1171-1190.
10. Falgout B. et al. Both nonstractural proteins NS2B and NS3 are required for the proteolytic processing of Dengue Virus nonstructural proteins // J. Virol. - 1991. - Vol. 65. - P. 2467-2475.
11. Falgout R.H., Miller C.J., Deletion analysis of dengue virus type 4 nonstructural protein NS2B: identification of a domain required for NS2B-NS3 protease activity // J. Virol. - 1993. - Vol. 67. -P. 2034-2042.
12. Nikolaev V.K., Leontovich A.M., Drachev V.A., Brodsky L.I. Building multiple alignment using iterative analyzing biopolymers structure dynamic improvement of the initial motif alignment // Biochemistry. - 1997. - Vol. 62 (6). -P. 578-582.
13. Preugschat F., Yao C.W., Strauss J.H. In vitro processing of dengue virus type 2 nonstructural proteins NS2A, NS2B, and NS3 // J. Virol. - 1990. -Vol. 9. - P. 4364-4374.
14. Robin G. et al. Structure of West Nile virus NS3 protease: ligand stabilization of the catalytic conformation // J. Mol. Biol. - 2009. - Vol. 385 (5). -P. 1568-1577.
15. Yang A.S, Honig B. An integrated approach to the analysis and modeling of protein sequences and structures // J. Mol. Biol. - 2000. - Vol. 301 -P. 665-711.
16. Yamshchikov V.F., Compans R.W. Formation of the flavivirus envelope: role of the viral NS2b-NS3 protease // J. Virol. - 1995. - Vol. 69. - P. 1995-2003.
Сведения об авторах
Потапова Ульяна Валерьевна - аспирант, инженер Учреждения Российской Академии наук Лимнологического института СО РАН (664033, г. Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3; раб. тел.: 8 (3952) 511-874, 8 (908) 660-62-46; e-mail: [email protected]) Романова Елена Владимировна - инженер Учреждения Российской Академии наук Лимнологического института СО РАН (664033, г Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3)
Потапов Владимир Витальевич - инженер Учреждения Российской Академии наук Лимнологического института СО РАН (664033, г Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3)
Кулакова Нина Викторовна - старший научный сотрудник Учреждения Российской Академии наук Лимнологического института СО РАН (664033, г. Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3)
Леонова Галина Николаевна - доктор медицинских наук, профессор, заведующая лабораторией клещевого энцефалита Научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии СО РАМН (690087, г. Владивосток, ул. Сельская, 1; тел.: 8 (4232) 440-712)
ФеранчукСергей Ильич - кандидат физико-математических наук, научный сотрудник Объединенного института проблем информатики Национальной академии наук Беларуси
Беликов Сергей Иванович - доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией аналитической био-органической химии Учреждения Российской Академии наук Лимнологического института СО РАН (664033, г. Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3)
