CC BY
61
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION.
NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
УДК 577.21:616-006.66:575.23 DOI 10.23683/0321-3005-2017-3-2-111-117
исследование cpg-метилирования промоторных участков генов APC, CDH13, MLH1, MGMT, P16, RASSF1A при метастазирующем раке толстой кишки
© 2017 г. Н.Н. Тимошкина1, Д.И. Водолажский1, И.Ю. Ефимова1, Н.А. Петрусенко1, А.А. Маслов1,
Д.В. Бурцевв2, Н.В. Николаева1
1Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, Ростов-на-Дону, Россия, 2Областной консультативно-диагностический центр, Ростов-на-Дону, Россия
cpg-methylation of the promoter apc, cdh13, mlh1, mgmt, p16, rassf1a genes in colorectal cancer patients
N.N. Timoshkina1, D.I. Vodolazhsky1, I. Yu. Efimova1, N.A. Petrusenko1, A.A. Maslov1,
D. V. Burtsev2, N. V. Nikolaeva1
1Rostov Research Institute of Oncology, Rostov-on-Don, Russia, 2Regional Consultative and Diagnostic Center, Rostov-on-Don, Russia
Тимошкина Наталья Николаевна - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, лаборатория молекулярной онкологии, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-я линия, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия, e-mail: molonco@yandex.ru
Водолажский Дмитрий Игоревич - кандидат биологических наук, руководитель лаборатории молекулярной онкологии, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-я линия, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия, e-mail: dvodolazhsky@gmail.com
Ефимова Ирина Юрьевна - младший научный сотрудник, лаборатория молекулярной онкологии, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-я линия, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия
Петрусенко Наталья Александровна - младший научный сотрудник, лаборатория молекулярной онкологии, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-ялиния, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия
Маслов Андрей Александрович - доктор медицинских наук, профессор, главный врач, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-я линия, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия
Бурцев Дмитрий Владимирович - доктор медицинских наук, главный врач, Областной консультативно-диагностический центр, ул. Пушкинская, 127, г. Ростов-на-Дону, 344000, Россия, e-mail: dr-burtsev@mail.ru
Николаева Надежда Владимировна - доктор медицинских наук, врач-гематолог, отделение онкогематологии, Ростовский научно-исследовательский онкологический институт, ул. 14-ялиния, 63, г. Ростов-на-Дону, 344037, Россия
Natalya N. Timoshkina - Candidate of Biological Science, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Oncology, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia, e-mail: molonco@yandex.ru
Dmitry I. Vodolazhsky - Candidate of Biological Sciences, Head of the Laboratory of Molecular Oncology, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia, e-mail: dvodolazhsky@gmail.com
Irina Yu. Efimova - Junior Researcher, Laboratory of Molecular Oncology, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia
Natalya A. Petrusenko - Junior Researcher, Laboratory of Molecular Oncology, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia
Andrey A. Maslov - Doctor of Medicine, Professor, Main Doctor, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia
Dmitry V. Burtsev - Doctor of Medicine, Main Doctor, Regional Consultative and Diagnostic Center, Pushkinskaya St., 127, Rostov-on-Don, 344000, Russia, e-mail: dr-burtsev@mail.ru
Nikolaeva Nadezhda Vladimirovna - Doctor of Medicine, Hematolo-gist, Rostov Research Institute of Oncology, 14-ya Liniya St., 63, Rostov-on-Don, 344037, Russia
ISSN 0321-3005 ИЗВЕСТИЯ ВУЗОВ. СЕВЕРО-КАВКАЗСКИИ РЕГИОН._ЕСТЕСТВЕННЫЕ НАУКИ. 2017. № 3-2
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION. NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
Цель - количественный анализ CpG-метилирования генов-онкосупрессоров APC, CDH13, MLH1, MGMT, P16 и RASSF1A в операционных биоптатах условно нормальной и опухолевой ткани толстой кишки с параллельной идентификацией активирующих SNP-мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF.
Методы. С помощью метода бисульфитного пиросеквенирования был определен уровень метилирования (Met, %) 65 CpG-сайтов в опухолях и условно нормальных тканях толстой кишки 50 пациентов (медиана возраста - 60,5 года), прооперированных по поводу спорадического колоректального рака (ККР) в ФГБУ «РНИОИ». Мутации в генах KRAS и NRAS определяли методом прямого секвенирования по Сэнгеру, мутацию V600E в гене BRAF - методом Real-Time-PCR.
Результаты. В исследованной выборке выявлены образцы опухолей с достоверно повышенным уровнем метилирования промоторных участков всех исследованных генов (в 3-5 раз при p<0,01). Выявлена ассоциация статуса метилирования APC, CDH13, MGMT, P16 и RASSF1A с формированием метастазов (х2=7,3, р=0,007). Мутация BRAF V600E не была идентифицирована. У19 пациентов (38 %) было определено 7 типов мутаций в гене KRAS и одна - в гене NRAS. Основная доля активирующих мутаций в гене KRAS идентифицирована в опухолях с метастазами в регионарные лимфоузлы (58 %). CpG-гиперметилирование хотя бы по одному гену и наличие активирующей мутации в гене KRAS в 2,6 раза повышают риск метастазирования (OR-2,63; CI 95 %: 1,15-6,09, p<0,05).
Выводы. Использование метода пиросеквенирования позволило продемонстрировать статистически достоверное увеличение уровня метилирования промоторных участков генов-онкосупрессоров APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A в аденокарциномах (G2-3) по сравнению с образцами условно нормальной ткани толстой кишки в 32, 34, 55, 28, 4, 26 и 8 % случаев соответственно.
Аберрантное метилирование предложенного паттерна генов достоверно чаще встречается в злокачественных опухолях толстой кишки с регионарными и отдаленными метастазами (х2=7,3, р=0,007).
Присутствие гиперметилирования одного или более локусов (APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A) в КРР-опухолях средней и низкой степени дифференцировки, несущих активирующую SNP мутацию в гене KRAS, достоверно повышает риск метастазирования (p<0,05).
Ключевые слова: CpG-метилирование, колоректальный рак, гены APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A, CIMP.
Aim - quantitative analysis of CpG-methylation of oncosuppressor gene APC, CDH13, MLH1, MGMT, P16 and RASSF1A in biopsies of normal and tumor tissue and the identification of activating SNP mutations in KRAS, NRAS, BRAF genes in colorectal cancer.
Methods. The level of methylation (Met, %) of 65 CpG-sites was determined in tumors and conditionally normal tissue of 50 patients (median age 60.5 years) with sporadic colorectal cancer (CRC) using the method of bisulphite pyrosequencing. Mutations in the KRAS and NRAS genes were determined by direct Sanger sequencing, the V600E mutation in the BRAF were by the Real-Time-PCR method.
Results. Samples of tumors with significantly increased methylation level ofpromoter sites of all the investigated genes were detected in the sample (3-5 times for p <0.01). The hypermethylation status of APC, CDH13, MGMT, P16 and RASSF1A was revealed with the formation of metastases (X2 = 7.3, p = 0.007). The mutation BRAF V600E was not identified. 7 types of mutations in the KRAS gene and one mutation in the NRAS gene were identified in 19 patients (38 %). The majority of activating mutations in the KRAS gene were identified in tumors with metastases to regional lymph nodes (58 %). CpG-hypermethylation for at least one gene and the presence of an activating mutation in the KRAS gene increases the risk of metastasis by 2.6 times (OR-2.63; CI 95 %: 1.15-6.09, p <0.05).
Conclusions. Using the pyrosequencing method, it was possible to demonstrate a statistically significant increase in the level of methylation of the promoter sites of the gene APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A in adenocarcinomas (G2-3) compared to samples of conventionally normal colon tissue in 32, 34, 55, 28, 4, 26 and 8 % of the cases, respectively.
Aberrant methylation of the proposed gene pattern is significantly more frequent in colon malignant tumors with regional and distant metastases (x2 = 7.3, p = 0.007).
The presence of hypermethylation of one or more loci (APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A) in medium and low grade CRC-tumors bearing an SNP-activating mutation in the KRAS gene significantly increases the risk of metastasis (p <0.05) .
Keywords: CpG-methylation, colorectal cancer, APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A, CIMP.
Введение
В настоящее время устоялось представление о механизме онкотрансформации клетки как результате накопления не только генетических, но и эпигенетических изменений, в последнем случае таких как аномальное метилирование ДНК, прерывающее экспрессию ряда генов - опухолевых супрессоров и, напротив, потерю импритинга онкоассоцииро-ванных генов [1, 2]. После внедрения в широкую исследовательскую практику методов оценки метилирования областей генома было отмечено не-
случайное накопление гиперметилирования CpG-островков в промоторах генов в значительной доле неопластических образований толстой кишки [3, 4]. В дальнейшем была разработана молекулярная классификация колоректального рака (КРР), включающая альтернативные активирующие мутации в генах KRAS или BRAF, инактивирующие мутации в гене-онкосупрессоре АРС, микросателлитную нестабильность (MSI) и статус метилирования генома, так называемый фенотип метилированных CpG-островков, или CIMP [5, 6]. Важность эпигенетических механизмов отмечена не только для
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION.
инициации рака, но и при опухолевой прогрессии, метастазировании [2, 7].
Кроме определения клинико-морфологических особенностей, понимание роли генетических и эпигенетических изменений в патогенезе КРР даёт информацию для разработки новых биомаркеров эффективного профилактического скрининга, выбора таргетной терапии, прогнозирования течения заболевания и ответа на лечение [4, 8, 9].
Цель исследования - количественный анализ CpG-метилирования промоторных участков генов-онкосупрессоров APC, CDH13, MLH1, MGMT, P16 и RASSF1A в операционных биоптатах условно нормальной и опухолевой ткани толстой и прямой кишки в сочетании с идентификацией активирующих SNP-мутаций в генах KRAS, NRAS, BRAF.
Материал и методы
В исследование статуса метилирования 6 генов были включены 50 пациентов с умеренно (G2) и низ-кодифференцированной (G3) аденокарциномой толстой кишки (медиана возраста - 60,5 года), проходивших стационарное лечение в ФГБУ «РНИОИ» в 2013-2014 гг. Информация о пациентах приведена в табл. 1.
Таблица 1
Клинико-морфологическая характеристика пациентов / Clinical and morphological data of patients
Характеристика Переменные Количество %
Клиническая классификация T3N0M0 15 30
T3-4N1M0 20 40
T3-4N1-2M1 15 30
Гистологический тип опухоли Аденокарцинома 49 98
Слизистый рак 1 2
Стадия диффе-ренцировки опухоли 2 43 86
3 7 14
Пол Женщины 24 48
Мужчины 26 52
Возраст, лет <55 32 64
>55 18 36
Перед началом работы были получены добровольное информированное согласие пациентов и разрешение этического комитета РНИОИ на использование операционного материала для научных исследований.
Тотальную ДНК из опухолевых и условно здоровых тканей выделяли методом фенол-хлороформной экстракции [10]. Бисульфитное конвертирование
NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
ДНК проводили согласно протоколу, описанному ранее [11]. Количественное метилирование 65 CpG-сайтов промоторов в опухолях и условно нормальных тканях толстой кишки оценивали методом пи-росеквенирования с использованием системы генетического анализа PyroMark Q24 (Qiagen, Germany) в соответствии с рекомендациями производителя. Постановку пиросеквенирования каждого образца проводили как минимум в двух повторах. Полученные данные анализировали с помощью программного обеспечения PyroMark Q24 Software (Qiagen, Germany). Значение метилирования отдельного CpG-сайта, рассчитанного как отношение содержания нуклеотидов С/Т, использовали для вычисления усредненного метилирования промоторного участка каждого гена (Met, %).
Методом прямого секвенирования по Сэнгеру (АВ3500, LifeTechnologies, USA) идентифицировали мутации во 2-, 3- и 4-м экзонах генов KRAS и NRAS. Методом ПЦР в реальном времени определяли наличие мутации V600E в гене BRAF с использованием набора Real-Time-PCR-BRAFV600E («Био-линк», Россия).
Статистический анализ: расчёты показателей (медиана, вариация, U-критерий Манна - Уитни и х2-тест) проведены с помощью программы STATISTICA 7.0 (Stat Soft Inc, 2004).
Результаты и обсуждение
Усредненные данные уровня метилирования (Ме^ %) промоторных участков каждого гена представлены в табл. 2.
Во всех образцах условно нормальной ткани был зарегистрирован фоновый уровень Меt промоторных участков исследованных генов. Опухолевые образцы продемонстрировали высокую гетерогенность - по каждому гену зафиксированы случаи как гипер-, так и гипометилирования (подгруппы CRC-H и CRC-L соответственно). В подгруппе CRC-H отмечено статистически достоверное повышение уровня метилирования промоторных участков APC, CDH13, MGMT, P16 и RASSF1A в 4,5; 3,2; 7; 7,8 и 13,6 раза соответственно. Более того, метилирование промоторных участков генов в подгруппе CRC-Н было статистически достоверно выше, чем в подгруппах условно нормальной ткани и CRC-L, по всем генам при высоком уровне значимости (p<0,001). В данном исследовании идентифицированы только 2 случая CpG-гиперметилирования промотора MLH1. Наиболее часто в CRC-опухолях встречали гиперметилирование промотора гена Т-кадгерина CDH13 (53 %). Согласно значениям ин-терквартильного интервала в CRC-Н наблюдали и более высокое варьирование показателей уровня Ме1
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION. NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
Таблица 2
Метилирование промоторных участков шести генов у пациентов с КРР / Methylation of promoter sites in patients with CRC
Ген Группа Кол-во, % Медиана Met, % Интерквар-тильный интервал Met, % Достоверность различий Меt по сравнению с условно нормальной тканью в и-тесте, р Достоверность различий Меt между группами CRC-H и CRC-L в U-тесте, p
APC N 42 4 2,0 8,0
CRC-H 18, 36 18 11,8 35,8 6,04; p<0,000
CRC-L 32, 64 4 2,0 8,0 0,32; p=0,749 3,5; p<0,000
CDH13 N 48 8 4,7 11,2
CRC-H 26, 53 28,5 19,0 54,8 6,76; p<0,000 5,99; p<0,000
CRC-L 23, 47 8,5 6,5 12,4 0,92; p=0,363
MGMT N 40 2 1,5 4,0
CRC-H 19 14 9,0 37,6 6,23; p<0,000 5,93; p<0,000
CRC-L 31 3 2,0 4,5 1,53; p=0,149
MLH1 N 13 3 1,2 5,0
CRC-H 2, 4 3 2,0 5,0 2,25; p=0,019 2,55; p=0,002
CRC-L 48, 96 42 34,9 46,2 2,14; p=0,032
P16 N 25 3 1,0 4,0
CRC-H 12, 25 23,5 16,0 39,9 4,89; p<0,000
CRC-L 36, 75 2 0,5 4,0 1,13; p=0,272
RASSF1A N 41 2,5 0,0 3,5
CRC-H 4, 8,2 34 29,4 42,8 3,31; p=0,000013 3,31; p=0,000009
CRC-L 45, 91,8 2 0,0 4,0 0,21; p=0,836
Примечание. N - условно нормальная ткань; CRC-H - образцы опухоли с Met, превышающим показатели нормы; CRC-L - образцы опухоли с Met, не отличающимся от нормы.
В целом 35 образцов колоректальных неоплазий (70 %) продемонстрировали CpG-гиперметилирование хотя бы по одному гену, 16 из них (45 %) были гипер-метилированы по 3-4 генам.
Ранее при анализе литературных источников нами было отмечено несовпадение частоты гиперметилирования генов, определенной двумя методами: качественным MSP и пиросеквенированием [11]. Эта тенденция сохранилась и в настоящем расширенном исследовании. В разных работах частота гиперметилирования гена RASSF1A в КРР-опухолях варьирует от 81 до 21 %, более того, приводили данные о 49%-м гиперметилировании данного гена в нормальном эпителии толстой кишки [4]. В нашем исследовании повышение уровня CpG-метилирования RASSF1A продемонстрировано только в 8 % случаев опухолей и ни одного случая в условно нормальной ткани (табл. 2).
Ассоциация возраста и пола пациентов с уровнем метилирования CpG-сайтов не выявила значимой корреляции, за исключением метилирования
гена ЫОЫТ, уровень которого изменялся обратно пропорционально возрасту пациента. Рассчитанный коэффициент корреляции Спирмена свидетельствовал о достоверной отрицательной ассоциации метилирования гена ЫОЫТ в условно нормальной ткани толстой кишки и возраста пациента (г=-0,480, p<0,01). Тенденция сохранялась при сравнении показателей возраста и метилирования по данному локусу опухолевой ткани, но не являлась статистически значимой (г=-0,177, p>0,05).
В более ранней работе было показано отсутствие ассоциаций между возрастными, гендерны-ми, гистологическими показателями и статусом CpG-метилирования гена АРС в неопластических образованиях толстой кишки [12]. По данным других исследователей, с возрастом происходит увеличение уровня ДНК-метилирования генома, в том числе генов - супрессоров опухолей [13], например, гена mismatch-репарации ЫЬИ1 [14], в то же время возраст - главный фактор риска инициации КРР [15]. Тем не менее обнаружение различий в
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION.
уровнях возрастзависимого метилирования генов у лиц одного возраста предполагает наличие экологических и других неизвестных факторов, провоцирующих опухольассоциированные эпигенетические изменения [5]. Поэтому наличие возрастной ассоциации со статусом метилирования до сих пор не мешает использовать маркеры в панелях CIMP для молекулярной классификации КРР [16].
Выявляемое на ранних этапах канцерогенеза аберрантное метилирование ДНК помимо диагностического маркера является признаком метастатического, прогрессирующего рака. В исследованной выборке КРР-опухолей наблюдали увеличение доли гиперметилированных образцов хотя бы по одному из пяти локусов, коррелирующее с метастази-рованием заболевания: от стадии без признаков поражения регионарных лимфатических узлов (T3-4N0M0) до стадии с отдаленными метастазами (T3-4N1-2M1) (рисунок). В нашем исследовании подтвердилась тенденция, отмеченная ранее на меньшей выборке [11, 17]. Увеличение CpG-метилирования по одному и более промоторному участку гена присутствовало в 33 % случаев КРР без метастазов; в 75 % - КРР с метастатическим поражением регионарных лимфатических узлов (T3-4N1M0) и в 87 % - с отдаленными метастазами (T3-4N1-2M1). В итоге определена статистически достоверная ассоциация статуса метилирования 5 генов APC, CDH13, MGMT, P16 и RASSF1A с формированием метастазов (%2=7,3, р=0,007).
Центральное место в описании молекулярно-генетического профиля злокачественных новообразований в слизистой толстой и прямой кишках отводится активирующим мутациям в генах BRAF и KRAS, а также абберантному метилированию генома [18], которые рассматривают как события, ини-
NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
циирующие различные сигнальные пути канцерогенеза.
Частота активирующей мутации BRAF V600E составляет от 8 до 15 % случаев спорадического КРР (данные COSMIC) [18], однако в исследуемой выборке не обнаружено опухолей, несущих этот SNP. Тем не менее часто сопутствующее наличию мутации BRAF V600E гиперметилирование промотора MLH1 было отмечено в 2 из 50 исследованных случаев (4 %).
У 19 пациентов (38 %) было определено 7 типов мутаций в гене KRAS и одна мутация (p.Q61H) в гене NRAS. Частота активирующих мутаций в гене KRAS в целом и по различных типам SNP соответствовала данным COSMIC об их встречаемости в популяции больных спорадическим КРР [19].
Известная из более ранних исследований ассоциация гиперметилирования гена mismatch-репарации MGMT с активирующей мутацией в гене KRAS [18] не была статистически значимой по нашим данным (х2=1,6 при р>0,05): только 38 % случаев КРР несли оба аберрантных изменения.
События гиперметилирования промоторных участков и активирующих мутаций в гене KRAS имели разный характер распределения по группам, выделенным на основании клинической классификации. Основная доля активирующих мутаций в гене KRAS была идентифицирована в образцах КРР с метастазами в регионарные лимфатические узлы (58 %); оставшаяся часть образцов с мутацией была распределена по группам следующим образом: 26 % -в группе T3-4N1-2M1 и 16 % - T3-4N0M0. Приведенное выше распределение событий гиперметилирования (рисунок) демонстрирует увеличение частоты эпигенетических изменений от группы без метастазов к группе с отдаленными метастазами.
"•1 ]|1
:: ■ | Д ""
Зависимость степени метилированности образцов опухолей от наличия регионарных и удаленных метастазов / Dependence of the degree of methylation of tumor samples on the presence of regional and distant metastases
ISSN 0321-3005 ИЗВЕСТИЯ ВУЗОВ. СЕВЕРО-КАВКАЗСКИЙ РЕГИОН._ЕСТЕСТВЕННЫЕ НАУКИ. 2017. № 3-2
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION. NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
Рассматривая ассоциацию CpG-гиперметилиро-вания хотя бы по одному гену с наличием активирующей мутации в гене KRAS, отметим синхронность этих изменений в 30 из 34 случаев метастазирования (88 %). По литературным данным, для злокачественных образований в толстой кишке, характеризующихся наличием мутаций в гене KRAS и отсутствием или низким уровнем метилирования, показано более благоприятное течение болезни с большей общей выживаемостью по сравнению с опухолями, несущими мутацию BRAF V600 и CIMP-фенотип [8]. Согласно полученным данным, совместное действие эпигенетических и генетических изменений показало достоверное, в 2,6 раза, повышение шансов метастазирования при наличии гиперметилирования промоторного участка хотя бы одного из 5 исследованных генов (OR-2,63; CI 95 % 1,15-6,09, p<0,05). Выявленная ассоциация указывает на возможность использования показателей уровня метилирования исследованных генов как маркеров повышенного риска метастази-рования в случае КРР-опухолей, несущих мутацию в гене KRAS.
Выводы
1. Использование метода пиросеквенирования позволило продемонстрировать статистически достоверное увеличение уровня метилирования промоторных участков генов-онкосупрессоров APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A в аденокар-циномах (G2-3) по сравнению с образцами условно нормальной ткани толстой кишки в 32, 34, 55, 28, 4, 26 и 8 % случаев.
2. Аберрантное метилирование предложенного паттерна генов достоверно чаще встречается в злокачественных опухолях толстой кишки с регионарными и отдаленными метастазами (%2=7,3, р=0,007).
3. Присутствие гиперметилирования одного или более локусов (APC, CDH13, MGMT, MLH1, P16, RASSF1A) в КРР-опухолях средней и низкой степени дифференцировки, несущих активирующую SNP мутацию в гене KRAS, достоверно повышает риск метастазирования (p<0,05).
Литература
1. Worthley D.L., Leggett B.A. Colorectal cancer: molecular features and clinical opportunities // Clin. Biochem. Rev. 2010. Vol. 31. P. 31-38.
2. Murata A., Baba Y., Watanabe M., Shigaki H., Miyake K., Ishimoto T., Iwatsuki M., Iwagami S., Sakamoto Y., Miyamoto Y., Yoshida N., Nosho K., Baba H. Methylation levels of LINE-1 in primary lesion and matched metastatic lesions of colorectal cancer // British J. of Cancer. 2013. Vol. 109. P. 408-415.
3. Lao V.V., Grady W.M. Epigenetics and colorectal cancer // Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2011. Vol. 8. P. 686-700.
4. Kim M.S., Lee J., Sidransky D. DNA methylation markers in colorectal cancer // Cancer Metastasis Rev. 2010. Vol. 29. P. 181-206.
5. Grady W.M., Carethers J.M. Genomic and epigenetic instability in colorectal cancer pathogenesis // Gastroenterology. 2008. Vol. 135. P. 1079-1099.
6. Ogino S., Goel A. Molecular classification and correlates in colorectal cancer // J. of Molecular Diagnostics. 2008. Vol. 10 (1). P. 13-27.
7. Hibi K., Nakao A. Lymph node metastasis is infrequent in patients with highly-methylated colorectal cancer // Anticancer Res. 2006. Vol. 26 (1A). P. 55-58.
8. Phipps A.I., LimburgP.J., Baron JA., Burnett-Hartman A.N., Weisenberger D.J., Laird P.W., Sinicrope F.A., Rosty C., Buchanan D.D., Potter J.D., Newcomb P.A. Association Between Molecular Subtypes of Colorectal Cancer and Patient Survival // Gastroenterology. 2015. Vol. 148. P. 77-87
9. Vladimirova L.Y., Kit O.I., Nikipelova E.A. Resilts of monoclonal antibodies against EGFR-receptors application in patients with metastatic colorectal cancer // Clin. Oncology. 2013. Vol. 31, № 15S. С. 19047.
10. Корниенко И.В., Водолажский Д.И., Вейко В.П., Щербаков В.В., Иванов П.Л. Подготовка биологического материала для молекулярно-генетических идентификационных исследований при массовом поступлении неопознанных тел. Ростов н/Д. : Ростиздат, 2001. 256 с.
11. Кит О.И., Водолажский Д.И., Двадненко К.В., Ефимова И.И., Олейникова Е.Н., Олейников Д.Д., Тимошкина Н.Н. Аберрантное метилирование промоторных участков генов APC, CDH13 и MGMT у больных колоректальным раком // Сиб. онкол. журн. 2016. Т. 15, № 2. С. 48-55.
12. Ding Z.Y., Jiang T., Piao Y., Han T., Han Y.L., Xie X.D. Meta-analysis of the association between APC promoter methyl-ation and colorectal cancer // Onco. targets and therapy. 2015. Vol. 5 (8). P. 211-222.
13. Horvath S. DNA methylation age of human tissues and cell types // Genome Biol. 2013. Vol. 14 (10). P. 115.
14. Nakagawa H., Nuovo G.J., Zervos E.E., Martin E.W., Salovaara Jr.R., Aaltonen L.A., de la Chapelle A. Age-related hy-permethylation of the 5' region of MLH1 in normal colonic mucosa is associated with microsatellite-unstable colorectal cancer development // Cancer Research. 2001. Vol. 61. P. 6991-6995.
15. Одинцова И.Н., Писарева Л.Ф., Хряпенков А.В. Эпидемиология злокачественных новообразований в мире // Сиб. онкол. журн. 2015. № 5. С. 95-101.
16. Kaneda A., Yagi K. Two groups of DNA methylation markers to classify colorectal cancer into three epigenotypes // Cancer Sci. 2011. Vol. 102(1). P. 18-24. DOI 10.1111/j.1349-7006.2010.01712.x.
17. KitO.I., VodolazhskyD.I., DvadnenkoK.V., OleynikovaE.N., Oleynikov D.D., Bogomolova O.A., Mezhevova I.A., Kutilin D.S., Timoshkina N.N., Enin Y.S., Efimova I.Y., Pushkin A. Association between promoter hypermethylation of APC, CDH13, MLH1 and MGMT genes and colorectal cancer metastasis // J. Clin. Oncol. 2016. Vol. 34.
18. De Vogel S., Weijenberg M.P., Herman J.G., Wouters K.A., de Goeij A.F., van den Brandt P.A., de Bruine A.P., van Engeland M. MGMT and MLH1 promoter methylation versus APC, KRAS and BRAF gene mutations in colorectal cancer: indications for distinct pathways and sequence of events // Ann. Oncol. 2009. Vol. 20 (7). P. 1216-1222.
ISSN 0321-3005 IZVESTIYA VUZOV. SEVERO-KAVKAZSKII REGION.
19. Catalogue of somatic mutations in cancer - COSMIC. URL: http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic (дата обращения: 11.11.2015).
References
1. Worthley D.L., Leggett B.A. Colorectal cancer: molecular features and clinical opportunities. Clin. Biochem. Rev. 2010, vol. 31. pp. 31-38.
2. Murata A., Baba Y., Watanabe M., Shigaki H., Miyake K., Ishimoto T., Iwatsuki M., Iwagami S., Sakamoto Y., Miyamoto Y., Yoshida N., Nosho K., Baba H. Methylation levels of LINE-1 in primary lesion and matched metastatic lesions of colorectal cancer. British J. of Cancer. 2013, vol. 109, pp. 408-415.
3. Lao V.V., Grady W.M. Epigenetics and colorectal cancer. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2011, vol. 8, pp. 686-700.
4. Kim M.S., Lee J., Sidransky D. DNA methylation markers in colorectal cancer. Cancer Metastasis Rev. 2010, vol. 29, pp. 181-206.
5. Grady W.M., Carethers J.M. Genomic and epigenetic instability in colorectal cancer pathogenesis. Gastroenterology. 2008, vol. 135, pp. 1079-1099.
6. Ogino S., Goel A. Molecular classification and correlates in colorectal cancer. J. of Molecular Diagnostics. 2008, vol. 10 (1), pp. 13-27.
7. Hibi K., Nakao A. Lymph node metastasis is infrequent in patients with highly-methylated colorectal cancer. Anticancer Res. 2006, vol. 26 (1A), pp. 55-58.
8. Phipps A.I., Limburg P.J., Baron J.A., Burnett-Hartman A.N., Weisenberger D.J., Laird P.W., Sinicrope F.A., Rosty C., Buchanan D.D., Potter J.D., Newcomb P.A. Association Between Molecular Subtypes of Colorectal Cancer and Patient Survival. Gastroenterology. 2015, vol. 148, pp. 77-87.
9. Vladimirova L.Y., Kit O.I., Nikipelova E.A. Resilts of monoclonal antibodies against EGFR-receptors application in patients with metastatic colorectal cancer. Clin. Oncology. 2013, vol. 31, No. 15S, p. 19047.
10. Kornienko I.V., Vodolazhskii D.I., Veiko V.P., Shcher-bakov V.V., Ivanov P.L. Podgotovka biologicheskogo materiala dlya molekulyarno-geneticheskikh identifikatsionnykh issledo-vanii pri massovom postuplenii neopoznannykh tel [Preparation of biological material for molecular genetic identification stud-
NATURAL SCIENCE. 2017. No. 3-2
ies in the mass supply of unidentified bodies]. Rostov-on-Don: Rostizdat, 2001, 256 p.
11. Kit O.I., Vodolazhskii D.I., Dvadnenko K.V., Efimova I.I., Oleinikova E.N., Oleinikov D.D., Timoshkina N.N. Aberrantnoe metilirovanie promotornykh uchastkov genov APC, CDH13 i MGMT u bol'nykh kolorektal'nym rakom [Aberrant methylation of promoter sites of APC, CDH13 and MGMT genes in patients with colorectal cancer]. Sib. onkol. zhurn. 2016, vol. 15, No. 2, pp. 48-55.
12. Ding Z.Y., Jiang T., Piao Y., Han T., Han Y.L., Xie X.D. Meta-analysis of the association between APC promoter methyl-ation and colorectal cancer. Oncol. targets and therapy. 2015, vol. 5 (8), pp. 211-222.
13. Horvath S. DNA methylation age of human tissues and cell types. Genome Biol. 2013, vol. 14 (10), p. 115.
14. Nakagawa H., Nuovo G.J., Zervos E.E., Martin E.W., Salovaara Jr.R., Aaltonen L.A., de la Chapelle A. Age-related hypermethylation of the 5' region of MLH1 in normal colonic mucosa is associated with microsatellite-unstable colorectal cancer development. Cancer Research. 2001, vol. 61, pp. 6991-6995.
15. Odintsova I.N., Pisareva L.F., Khryapenkov A.V. Epi-demiologiya zlokachestvennykh novoobrazovanii v mire [Epidemiology of malignant neoplasms in the world]. Sib. onkol. zhurn. 2015, No. 5, pp. 95-101.
16. Kaneda A., Yagi K. Two groups of DNA methylation markers to classify colorectal cancer into three epigenotypes. Cancer Sci. 2011, vol. 102 (1), pp. 18-24. DOI 10.1111/j.1349-7006.2010.01712.x.
17. Kit O.I., Vodolazhsky D.I., Dvadnenko K.V., Oleyniko-va E.N., Oleynikov D.D., Bogomolova O.A., Mezhevova I.A., Kutilin D.S., Timoshkina N.N., Enin Y.S., Efimova I.Y., Pushkin A. Association between promoter hypermethylation of APC, CDH13, MLH1 and MGMT genes and colorectal cancer metastasis. J. Clin. Oncol. 2016, vol. 34.
18. De Vogel S., Weijenberg M.P., Herman J.G., Wouters K.A., de Goeij A.F., van den Brandt P.A., de Bruine A.P., van Engeland M. MGMT and MLH1 promoter methylation versus APC, KRAS and BRAF gene mutations in colorectal cancer: indications for distinct pathways and sequence of events. Ann. Oncol. 2009, vol. 20 (7), pp. 1216-1222.
19. Catalogue of somatic mutations in cancer - COSMIC. Available at: http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic (accessed 11.11.2015).
Поступила в редакцию /Received_5 июня 2017 г. / June 5, 2017
